genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  64  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19241824--19241925	26	3.4	32	74	24	105	64	1	9	23	1.34
19241762--19241850	22	4.0	22	70	16	67	64	2	10	23	1.36
19241853--19241997	21	6.8	22	72	19	87	60	1	12	25	1.40
19241977--19242051	34	2.3	31	82	11	80	61	0	12	26	1.31
19241715--19242051	5	66.0	5	68	20	114	62	1	12	24	1.39
19241833--19242052	59	3.7	58	76	17	170	60	1	12	25	1.40
19242626--19242665	20	2.0	20	95	0	71	50	10	2	37	1.50
19246970--19247017	6	7.7	6	88	2	60	77	4	0	18	0.93
19248621--19248674	3	18.3	3	85	14	69	70	0	0	29	0.88
19248621--19248672	14	3.8	14	80	19	65	71	0	0	28	0.87
19252956--19253015	14	4.4	14	78	4	59	45	33	0	21	1.52
19252956--19253014	7	8.6	7	70	10	50	45	33	0	20	1.51
19253226--19253320	50	1.9	50	84	0	127	48	24	2	25	1.62
19253821--19253932	7	16.1	7	74	8	95	42	39	0	16	1.55
19253948--19254036	40	2.2	40	82	4	108	28	24	21	25	1.99
19253969--19254266	115	2.6	114	86	2	418	30	21	18	29	1.97
19254202--19254287	40	2.2	40	80	0	100	27	20	17	33	1.95
19255676--19255725	19	2.6	19	93	3	82	36	8	22	34	1.83
19256823--19256868	21	2.2	21	100	0	92	56	0	4	39	1.19
19261829--19261866	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
19268271--19268340	34	2.1	34	97	0	131	28	24	21	25	1.99
19275965--19276034	34	2.1	34	83	0	86	32	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19276168--19276214	21	2.2	21	92	0	76	31	21	25	21	1.98
19279748--19279850	43	2.4	43	76	0	107	29	26	16	28	1.97
19280018--19280083	35	1.9	35	84	9	91	53	4	4	37	1.42
19280133--19280181	19	2.6	19	80	0	53	69	2	2	26	1.10
19282890--19283042	79	1.9	80	82	10	195	37	7	33	21	1.82
19283200--19283233	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
19283642--19283677	15	2.5	15	90	4	56	72	22	0	5	1.05
19283644--19283677	7	4.7	7	89	7	50	73	23	0	2	0.97
19283644--19283690	22	2.1	22	84	7	60	68	25	0	6	1.13
19283667--19283802	43	3.2	42	69	7	112	50	25	1	22	1.57
19284287--19284336	14	3.6	14	84	10	59	40	50	0	10	1.36
19284285--19284371	21	4.1	21	79	5	79	42	41	1	14	1.54
19284297--19284391	14	6.7	14	79	8	77	45	36	1	16	1.55
19284311--19284391	7	11.6	7	77	12	51	46	34	1	17	1.56
19284416--19284494	40	2.0	40	90	5	124	26	22	24	26	2.00
19284428--19284725	115	2.6	115	88	1	445	31	20	18	29	1.96
19286135--19286185	19	2.6	19	93	3	84	33	13	23	29	1.93
19287291--19287336	21	2.2	21	92	0	74	58	2	2	36	1.22
19294412--19294458	21	2.2	21	88	0	67	31	19	23	25	1.98
19294724--19294760	18	2.1	19	85	10	51	18	43	27	10	1.83
19300943--19301135	91	2.1	91	98	0	368	35	18	17	29	1.93
19309755--19309842	44	2.0	42	91	4	140	59	5	0	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19325774--19325821	22	2.2	22	84	0	60	27	14	10	47	1.76
19325781--19325824	22	2.0	22	95	0	79	25	13	11	50	1.75
19327934--19327979	23	2.0	23	95	0	83	34	32	8	23	1.86
19328008--19328032	12	2.1	12	100	0	50	64	16	0	20	1.30
19329184--19329216	16	2.0	17	88	5	50	51	18	9	21	1.73
19347814--19347838	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
19348382--19348557	27	6.6	27	81	5	196	27	15	28	28	1.96
19354143--19354321	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
19354169--19354319	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
19354867--19354891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
19365543--19365642	51	2.0	51	86	7	141	34	28	17	21	1.95
19365601--19365687	43	2.0	43	90	0	138	26	32	19	21	1.97
19371185--19371563	193	2.0	191	87	4	548	31	8	25	34	1.85
19380982--19381013	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
19394928--19395046	36	3.4	36	85	10	151	48	16	1	32	1.56
19396255--19396313	29	2.1	29	87	3	84	38	3	10	47	1.54
19408810--19408842	17	1.9	17	88	11	50	54	6	3	36	1.41
19422617--19422841	40	5.6	40	81	2	254	25	26	22	25	2.00
19422581--19422841	80	3.3	79	79	5	258	26	26	21	25	2.00
19443756--19444033	92	3.0	92	98	0	529	26	24	17	30	1.97
19444857--19444900	20	2.2	20	100	0	88	13	29	9	47	1.74
19454489--19454577	43	2.1	42	85	6	117	32	24	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19456861--19457005	42	3.4	42	80	6	139	34	26	15	23	1.95
19468235--19468300	12	5.4	12	77	10	71	48	12	18	21	1.80
19468283--19468360	31	2.5	31	80	2	93	52	11	11	24	1.70
19468244--19468324	37	2.2	37	84	0	99	51	12	14	20	1.74
19468497--19468596	27	3.7	26	88	5	128	36	21	24	19	1.95
19468757--19468821	22	3.0	22	73	13	62	35	21	23	20	1.96
19469248--19469441	27	7.2	27	82	0	219	25	21	19	33	1.97
19469248--19469441	54	3.6	53	86	3	253	25	21	19	33	1.97
19469248--19469441	81	2.4	81	83	0	246	25	21	19	33	1.97
19469434--19469511	27	2.9	27	80	0	84	33	8	24	33	1.87
19469491--19469582	27	3.4	27	83	3	87	31	8	17	42	1.80
19469462--19469820	81	4.4	80	81	3	335	31	8	20	40	1.81
19469534--19469820	27	10.6	27	85	0	358	31	7	20	40	1.80
19469480--19469820	54	6.3	54	84	0	396	30	7	20	40	1.81
19476398--19476556	43	3.7	43	78	9	173	31	27	18	22	1.97
19482248--19482288	22	1.9	22	85	5	57	56	26	4	12	1.56
19484699--19484834	42	3.2	42	74	6	105	27	20	17	34	1.95
19487414--19487545	47	2.8	48	82	1	158	34	28	14	23	1.94
19487657--19487707	21	2.4	22	90	3	77	39	17	7	35	1.79
19488478--19488593	58	2.0	58	98	0	223	33	15	3	47	1.62
19492983--19493007	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
19497149--19497207	27	2.2	27	90	6	93	20	23	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19506989--19507047	26	2.2	27	84	3	75	38	15	16	28	1.89
19508751--19508934	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
19508751--19508931	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
19516673--19516855	40	4.6	40	81	8	196	24	20	26	28	1.99
19516673--19516852	80	2.3	81	83	10	221	23	21	27	27	1.99
19516673--19516892	40	5.6	38	77	10	165	24	20	26	28	1.99
19520247--19520466	69	3.2	68	85	3	228	37	20	20	20	1.94
19520245--19520576	69	4.8	67	77	5	218	39	21	20	19	1.93
19524971--19525086	46	2.5	46	98	0	223	28	26	22	22	1.99
19528359--19528394	18	2.0	18	89	10	56	27	16	5	50	1.68
19530310--19530425	46	2.5	46	97	0	214	28	25	22	23	1.99
19548921--19548975	26	2.1	26	100	0	110	18	10	18	52	1.73
19548932--19548987	26	2.2	26	83	6	69	23	14	19	42	1.88
19551543--19551677	42	3.1	43	79	6	148	25	18	26	28	1.98
19551600--19551705	42	2.5	42	81	1	122	29	20	23	26	1.99
19555859--19555912	16	3.4	16	86	0	81	44	9	14	31	1.77
19560740--19560789	25	2.0	25	92	0	82	28	8	32	32	1.86
19562593--19562640	24	2.0	24	100	0	96	37	25	16	20	1.93
19565332--19565447	39	3.0	39	88	0	151	27	27	21	23	1.99
19569634--19569888	55	4.8	53	80	6	250	36	16	24	22	1.95
19569641--19569841	108	1.8	110	90	2	325	34	17	24	23	1.96
19573452--19573682	39	5.9	39	88	4	105	31	28	21	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19573476--19573721	39	6.3	39	90	0	359	30	28	21	19	1.97
19573794--19573866	28	2.6	28	80	0	83	27	21	9	41	1.84
19581003--19581069	20	3.3	20	87	0	98	34	13	19	32	1.91
19581120--19581199	25	3.2	25	89	7	126	31	18	22	27	1.97
19581118--19581190	24	3.0	24	92	4	128	28	20	21	28	1.98
19581384--19581447	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
19582682--19582724	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
19583191--19583344	28	5.5	28	93	0	238	25	12	28	32	1.93
19590641--19590665	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
19591210--19591388	27	6.6	27	82	6	182	27	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320