genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75145220--75145517	120	2.5	120	93	1	517	42	2	5	49	1.37
75145293--75145480	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
75145345--75145396	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
75145461--75145495	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75145657--75145747	45	2.0	45	82	2	112	37	27	6	28	1.82
75145728--75145796	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
75145728--75145796	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
75146575--75146605	15	2.1	15	94	5	55	35	12	0	51	1.40
75146845--75146910	30	2.2	29	84	10	80	65	7	4	22	1.37
75146845--75146911	29	2.2	31	79	12	86	65	7	4	22	1.36
75147521--75147619	31	3.2	31	91	0	153	43	13	11	32	1.79
75148418--75148484	20	3.3	19	75	17	62	29	1	2	65	1.16
75148418--75148482	10	6.4	10	72	13	53	29	1	3	66	1.16
75148419--75148464	21	2.2	20	84	7	56	26	2	4	67	1.21
75148449--75148489	20	2.0	20	90	0	64	39	0	4	56	1.21
75148651--75148681	14	2.2	14	94	0	53	41	12	6	38	1.69
75148876--75148906	7	4.4	7	95	0	53	48	9	0	41	1.36
75152039--75152109	33	2.2	33	94	0	124	43	16	7	32	1.75
75158600--75158799	87	2.3	87	80	6	206	26	21	21	30	1.98
75158640--75158969	44	7.6	44	74	12	240	25	21	21	31	1.98
75170032--75170102	29	2.4	31	79	15	78	45	14	8	32	1.74
75170288--75170477	93	2.0	93	100	0	380	46	5	10	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75188140--75188353	106	2.0	106	99	0	419	24	15	35	24	1.94
75192099--75192128	7	4.3	7	100	0	60	43	40	0	16	1.48
75195994--75196030	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
75195755--75196093	185	1.8	186	94	1	601	31	5	3	59	1.38
75195804--75196077	3	89.7	3	66	21	108	32	5	3	58	1.39
75196248--75196290	3	14.3	3	80	0	50	25	2	4	67	1.22
75196601--75196639	11	3.5	11	82	0	51	43	0	2	53	1.14
75230180--75230210	16	1.9	16	93	0	53	6	3	41	48	1.45
75234178--75234236	27	2.2	27	84	9	84	37	8	3	50	1.49
75235360--75235403	11	4.1	10	88	11	61	29	29	0	40	1.57
75235360--75235401	22	1.9	22	90	9	68	26	30	0	42	1.55
75235396--75235435	22	1.9	21	85	10	55	25	20	7	47	1.75
75236574--75236623	7	7.0	7	93	2	82	26	4	14	56	1.56
75236574--75236629	21	2.6	21	88	2	85	26	5	14	53	1.62
75237137--75237203	30	2.2	30	89	0	98	32	43	14	8	1.77
75237150--75237216	30	2.2	30	86	0	89	28	46	17	7	1.75
75237824--75237858	15	2.3	15	85	0	52	31	0	0	68	0.90
75237722--75237967	131	1.9	132	93	4	428	35	4	4	54	1.43
75237921--75238005	39	2.2	38	81	6	100	40	7	7	45	1.58
75237993--75238024	9	3.4	9	91	8	55	37	0	0	62	0.95
75240153--75240187	15	2.2	16	90	5	54	57	31	0	11	1.34
75241985--75242050	31	2.1	31	85	0	87	40	13	12	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75243387--75243521	30	4.5	29	71	13	85	43	11	3	40	1.59
75243476--75243533	29	1.9	31	86	6	84	50	17	0	32	1.46
75247474--75247498	13	1.9	13	100	0	50	8	16	36	40	1.77
75249653--75249726	31	2.5	29	78	10	78	43	14	6	35	1.72
75253841--75253888	21	2.2	22	85	3	62	56	18	14	10	1.66
75255795--75255839	20	2.3	19	85	11	63	48	0	11	40	1.39
75256677--75256716	19	2.0	20	85	4	55	37	12	22	27	1.90
75267117--75267154	19	2.0	19	94	0	67	47	7	5	39	1.55
75270162--75270430	46	5.8	46	87	0	342	40	14	23	20	1.90
75270172--75270430	138	1.9	138	87	1	385	40	15	23	20	1.90
75279692--75279722	14	2.1	15	94	5	55	61	0	0	38	0.96
75281164--75281245	38	2.2	38	95	2	148	23	12	13	51	1.74
75292759--75292823	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
75294669--75294776	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
75299785--75299849	34	2.0	34	81	6	80	32	24	15	27	1.95
75301694--75301802	26	4.2	26	91	0	182	36	23	6	33	1.81
75305902--75306011	47	2.3	47	80	13	120	52	6	8	32	1.56
75305946--75305986	20	2.0	21	90	4	66	56	4	4	34	1.42
75305902--75306035	27	5.5	25	75	17	97	52	6	7	32	1.55
75306112--75306175	24	2.8	22	79	6	65	51	4	6	37	1.48
75306202--75306280	23	3.4	23	79	11	81	56	6	2	34	1.38
75306273--75306353	26	3.2	24	67	20	58	54	6	7	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75306341--75306367	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
75306434--75306516	27	3.0	28	74	15	82	63	3	3	28	1.28
75308238--75308392	71	2.2	71	88	3	240	34	20	18	27	1.96
75308310--75308480	88	2.0	86	86	8	238	36	17	18	28	1.93
75308177--75308553	162	2.4	156	84	6	497	34	20	17	27	1.95
75308426--75308624	73	2.7	72	88	3	283	32	20	17	30	1.95
75324585--75324612	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
75328530--75328644	25	4.6	25	70	14	85	53	6	8	32	1.56
75328678--75328848	23	7.8	22	68	19	72	55	5	4	33	1.45
75328769--75328847	23	3.4	23	79	11	81	56	6	2	34	1.38
75329109--75329242	3	44.0	3	70	12	69	60	3	4	31	1.34
75329979--75330022	21	2.0	22	83	12	56	9	11	13	65	1.46
75331034--75331278	49	4.9	49	69	14	171	33	15	20	31	1.94
75331015--75331278	100	2.6	100	98	0	519	32	15	21	31	1.94
75331242--75331580	44	7.5	44	76	7	257	31	20	20	27	1.97
75331242--75331580	89	3.7	89	76	6	313	31	20	20	27	1.97
75331280--75331528	96	2.7	90	79	5	268	32	19	19	28	1.96
75331506--75331787	141	2.0	141	88	1	422	34	21	16	27	1.95
75340532--75340834	104	2.9	104	84	1	367	33	16	21	29	1.95
75340590--75340888	104	2.9	105	84	2	361	34	15	19	30	1.93
75349220--75349413	3	65.7	3	66	14	66	61	4	7	27	1.41
75351122--75351151	15	2.0	15	93	0	51	43	3	0	53	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75352993--75353050	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
75355560--75355611	20	2.7	19	79	5	59	44	1	5	48	1.38
75356759--75356808	3	16.7	3	100	0	100	68	32	0	0	0.90
75356950--75356984	12	2.9	12	82	0	52	65	2	2	28	1.21
75360877--75360929	26	2.0	26	100	0	106	18	9	22	49	1.76
75361033--75361181	44	3.4	44	72	5	138	30	18	19	32	1.95
75360967--75361185	89	2.5	89	83	0	276	29	20	16	33	1.95
75375501--75375526	9	2.9	9	100	0	52	69	30	0	0	0.89
75379897--75379923	12	2.2	12	100	0	54	37	7	7	48	1.59
75383746--75383792	20	2.3	20	88	0	67	57	4	8	29	1.48
75383849--75383896	14	3.5	13	86	8	60	66	4	2	27	1.21
75385378--75385533	43	3.4	44	66	17	111	30	25	15	28	1.96
75385371--75385552	95	1.9	95	92	2	303	32	24	15	27	1.96
75385617--75385728	44	2.5	44	80	5	111	30	19	19	30	1.97
75385725--75386088	87	4.2	88	83	2	389	27	25	20	26	1.99
75385851--75385987	43	3.2	43	64	20	104	24	23	24	27	2.00
75385892--75386031	44	3.2	43	67	17	126	28	27	21	22	1.99
75388217--75388244	9	3.1	9	100	0	56	10	0	10	78	0.96
75390808--75390858	19	2.7	20	81	6	61	41	11	19	27	1.86
75403377--75403412	13	2.8	12	91	8	54	38	44	0	16	1.48
75403377--75403412	12	2.8	13	87	8	56	38	44	0	16	1.48
75403388--75403452	29	2.2	29	84	7	87	32	47	0	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75403813--75403992	3	60.7	3	70	13	88	28	2	2	65	1.20
75403829--75403992	14	11.9	14	66	20	62	29	3	2	65	1.20
75403828--75403992	17	9.8	17	71	13	94	29	3	2	65	1.20
75403822--75403992	20	8.7	20	70	18	92	29	2	2	64	1.22
75403929--75403963	8	4.4	8	96	0	61	17	0	0	82	0.66
75404009--75404052	18	2.4	18	81	7	54	22	4	9	63	1.42
75404579--75404812	126	1.9	126	91	0	387	26	15	17	39	1.90
75409218--75409553	126	2.6	129	76	8	355	39	11	13	36	1.80
75409796--75409832	18	2.1	17	90	5	56	32	2	0	64	1.07
75412008--75412040	16	2.1	16	88	11	50	81	0	15	3	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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