genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92641174--92641442	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
92643781--92643816	18	1.9	19	94	5	65	47	16	2	33	1.61
92649058--92649112	25	2.2	25	83	6	67	27	3	0	69	1.05
92651167--92651205	17	2.3	18	83	16	57	20	12	0	66	1.24
92651170--92651208	16	2.4	16	88	12	62	23	12	0	64	1.28
92656477--92656835	52	7.1	51	85	8	477	34	14	22	28	1.93
92656463--92656824	98	3.6	98	94	2	598	34	14	22	28	1.94
92656469--92656872	150	2.8	144	83	10	511	35	14	22	27	1.93
92656799--92656944	37	4.0	37	93	1	251	36	16	22	24	1.94
92657938--92657977	11	3.6	11	86	0	53	42	2	5	50	1.37
92660582--92660629	20	2.5	20	83	10	55	33	10	10	45	1.72
92662554--92662603	21	2.4	21	79	0	55	34	20	6	40	1.77
92662569--92662608	21	1.9	21	84	0	53	35	12	7	45	1.70
92664191--92664248	27	2.1	28	96	3	109	48	13	10	27	1.75
92664920--92664949	12	2.5	12	88	0	51	16	56	10	16	1.66
92672026--92672120	43	2.2	45	86	3	131	30	25	13	30	1.94
92671790--92672362	176	3.3	175	85	2	751	27	24	17	30	1.97
92672316--92672478	89	1.8	89	81	5	204	30	24	15	30	1.95
92671964--92672776	437	1.9	439	85	4	1149	28	23	17	30	1.97
92672649--92673032	147	2.6	147	94	0	662	24	25	17	32	1.97
92673214--92674352	379	3.0	378	98	0	2181	24	21	15	38	1.92
92674196--92674242	18	2.5	20	76	20	55	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92674763--92674812	19	2.8	18	82	14	59	36	2	8	54	1.42
92675153--92675198	15	3.1	14	81	9	56	34	2	10	52	1.49
92675154--92675196	21	2.0	21	82	8	52	32	2	11	53	1.50
92675171--92675235	22	2.8	23	78	19	64	33	3	4	58	1.34
92684627--92684703	29	2.5	31	85	4	104	54	12	7	24	1.64
92687736--92687787	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
92687674--92687903	120	1.9	120	99	0	451	41	1	6	50	1.38
92687684--92687871	61	3.1	61	70	17	201	42	1	6	49	1.39
92687865--92687906	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
92687856--92687897	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
92688032--92688141	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
92688122--92688189	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
92690120--92690168	15	3.2	16	75	11	50	38	10	8	42	1.68
92690670--92690741	31	2.4	31	83	2	92	25	15	8	51	1.71
92690689--92690748	31	1.9	31	86	0	84	23	20	8	48	1.76
92692954--92693009	13	4.3	13	82	14	53	60	0	7	32	1.24
92692960--92693012	3	17.3	3	84	3	70	62	0	5	32	1.19
92692966--92693051	16	5.4	16	74	19	72	62	0	9	27	1.25
92698318--92698350	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
92705044--92705136	39	2.3	40	81	5	109	39	20	18	21	1.92
92705208--92705316	40	2.7	39	80	6	121	29	22	18	30	1.97
92705206--92705331	40	3.2	38	75	13	112	26	23	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92705402--92705516	41	2.8	41	98	0	221	26	21	19	32	1.97
92706151--92706248	22	4.6	22	67	12	69	43	33	1	21	1.59
92706231--92706282	14	3.6	14	81	2	59	38	44	3	13	1.62
92707040--92707124	8	10.9	8	74	18	56	65	2	0	31	1.05
92707065--92707124	20	2.8	21	85	10	86	70	1	0	28	0.97
92711568--92711601	12	2.8	12	95	0	59	47	5	2	44	1.42
92711579--92711654	29	2.6	29	77	8	73	42	2	5	50	1.39
92711761--92711948	43	4.3	43	83	4	218	23	13	27	34	1.93
92718254--92718329	38	2.0	38	100	0	152	28	18	7	44	1.78
92720566--92720605	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
92720717--92720751	15	2.2	16	95	5	63	40	0	5	54	1.24
92720904--92720944	20	2.0	20	86	9	57	56	0	0	43	0.99
92725966--92725993	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
92728801--92728842	19	2.2	19	100	0	84	76	4	4	14	1.12
92735386--92735430	21	2.0	22	83	8	56	26	0	0	73	0.84
92735606--92735648	19	2.3	18	84	8	50	46	0	2	51	1.13
92738319--92738417	44	2.4	39	75	17	92	33	4	5	57	1.39
92738336--92738406	21	3.3	22	72	7	56	35	5	2	56	1.38
92747061--92747191	56	2.3	56	93	0	226	45	10	14	29	1.78
92757927--92757987	22	2.8	22	79	0	68	16	24	16	42	1.88
92761251--92761314	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
92761523--92761627	23	4.4	24	86	11	144	27	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92761673--92761723	20	2.5	20	93	0	84	31	21	11	35	1.90
92762966--92763040	27	2.8	26	80	15	89	21	18	21	38	1.93
92763144--92763294	27	5.6	27	81	7	166	29	7	20	43	1.79
92763082--92763214	56	2.4	54	80	7	135	33	6	18	42	1.74
92763169--92763327	54	2.9	53	78	7	142	30	10	19	40	1.84
92763171--92763327	81	1.9	81	81	12	189	29	10	19	40	1.84
92763326--92763457	27	4.9	27	88	3	169	39	8	23	28	1.84
92763290--92763494	81	2.5	80	68	14	177	36	11	20	31	1.88
92763469--92763564	27	3.6	27	83	5	122	30	8	19	41	1.81
92764917--92764974	10	5.4	10	76	15	62	44	0	1	53	1.10
92765172--92765208	16	2.3	16	90	0	56	27	27	2	43	1.68
92765388--92765420	16	2.0	17	88	5	50	30	0	6	63	1.18
92765984--92766038	26	2.2	24	78	12	58	56	10	1	30	1.44
92770629--92770667	14	2.9	14	80	3	53	53	0	0	46	1.00
92770630--92770675	19	2.3	20	85	3	58	54	0	2	43	1.12
92771271--92771334	20	2.8	23	81	13	71	67	3	0	29	1.06
92772165--92772210	19	2.4	19	81	0	56	47	0	0	52	1.00
92775320--92775368	19	2.5	20	87	9	75	34	0	6	59	1.22
92777330--92777366	16	2.4	16	82	8	51	48	0	0	51	1.00
92777814--92777838	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
92778933--92778974	14	3.1	14	82	3	59	50	0	4	45	1.23
92782587--92782613	14	1.9	14	100	0	54	22	7	22	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92784654--92784691	20	1.9	20	89	10	60	42	10	23	23	1.85
92786589--92786908	46	7.0	46	93	0	507	38	14	23	22	1.92
92793300--92793354	17	3.1	17	78	7	56	61	0	3	34	1.13
92793571--92793604	16	2.0	17	88	11	52	70	0	0	29	0.87
92797764--92797815	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
92799705--92799756	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
92802567--92802592	12	2.2	12	100	0	52	0	0	7	92	0.39
92810330--92810381	15	3.6	14	82	7	59	26	5	0	67	1.13
92839189--92839244	20	2.9	18	80	17	60	62	0	1	35	1.06
92842241--92842267	12	2.2	12	100	0	54	22	0	7	70	1.12
92842743--92842811	30	2.3	30	82	2	95	49	0	11	39	1.39
92865600--92865755	80	2.0	79	87	1	222	57	8	7	26	1.55
92865934--92866031	33	3.0	33	87	0	133	26	13	46	13	1.79
92867606--92867696	40	2.2	42	86	5	125	56	8	1	34	1.38
92882759--92882786	10	2.8	10	100	0	56	28	0	32	39	1.57
92884196--92884230	6	6.0	6	93	6	63	31	0	51	17	1.45
92889709--92889750	22	1.9	22	85	0	57	38	0	7	54	1.28
92893568--92893596	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
92894274--92894319	24	2.0	23	83	12	58	43	4	13	39	1.63
92896730--92896776	14	3.4	14	82	5	69	55	8	10	25	1.62
92896722--92896787	14	5.1	13	78	10	64	59	9	10	21	1.58
92896726--92896787	27	2.3	27	97	2	117	58	9	9	22	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92897091--92897158	18	3.6	18	77	14	66	69	2	2	25	1.17
92897099--92897179	39	2.1	39	81	9	94	69	1	3	25	1.13
92897127--92897185	24	2.5	24	83	5	75	71	0	3	25	1.02
92897143--92897189	9	5.2	9	80	10	51	72	0	2	25	0.96
92897079--92897182	15	7.1	15	69	14	65	68	1	4	25	1.20
92897089--92897189	21	4.9	20	75	13	82	68	1	2	26	1.15
92897851--92897881	16	1.9	16	93	0	53	83	9	3	3	0.86
92898454--92898784	88	3.8	88	84	0	430	22	22	19	35	1.96
92898640--92899002	44	8.3	44	66	17	184	23	21	20	34	1.97
92898450--92898784	176	1.9	176	88	1	501	22	22	19	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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