genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73450792--73450832	20	2.0	20	100	0	82	36	4	19	39	1.73
73453366--73453404	18	2.2	18	85	0	51	23	15	12	48	1.79
73456405--73456568	3	54.7	3	67	18	74	31	6	2	59	1.36
73456407--73456452	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
73456570--73456601	17	1.9	16	93	6	55	34	0	12	53	1.39
73456800--73456898	23	4.5	22	77	12	87	33	4	3	59	1.31
73456804--73456898	45	2.1	45	84	5	120	33	4	3	58	1.33
73457072--73457130	27	2.2	27	87	6	84	37	6	5	50	1.51
73458568--73458621	22	2.5	22	100	0	108	24	53	7	14	1.66
73460352--73460459	26	4.2	26	91	0	171	36	24	7	32	1.83
73478600--73478668	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
73478655--73478685	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
73479000--73479032	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
73481903--73481961	22	2.6	23	76	10	59	11	15	3	69	1.31
73488233--73488342	58	1.9	57	85	9	152	31	21	17	29	1.96
73488196--73488342	57	2.6	57	79	6	154	31	20	16	31	1.95
73490378--73490578	52	3.8	51	79	8	201	25	17	25	30	1.97
73490394--73490622	52	4.5	51	76	11	147	26	17	27	28	1.98
73494303--73494384	40	2.0	40	92	0	137	42	12	15	29	1.83
73496900--73496940	21	2.0	21	95	0	73	21	26	41	9	1.84
73505267--73505492	94	2.4	93	81	7	278	30	15	25	28	1.95
73513162--73514256	365	3.0	365	99	0	2165	34	16	18	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73522006--73522078	22	3.1	26	73	26	72	30	6	8	54	1.56
73526064--73526117	21	2.6	21	90	0	90	31	35	18	14	1.91
73527596--73527654	31	1.9	31	86	6	84	38	18	11	30	1.87
73528341--73528428	45	2.0	45	93	2	151	32	2	7	56	1.41
73535311--73535338	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
73547929--73548000	31	2.3	32	85	2	101	44	11	13	30	1.79
73548325--73548435	45	2.5	44	79	5	116	28	27	18	24	1.98
73548287--73548475	89	2.1	89	80	3	202	29	23	17	29	1.97
73554793--73554846	24	2.2	24	83	9	65	35	1	7	55	1.39
73555492--73555828	128	2.6	127	85	2	449	26	16	19	36	1.94
73567180--73567521	45	7.6	45	70	12	197	32	20	20	27	1.97
73567132--73567386	135	1.9	133	82	3	323	30	19	20	29	1.97
73569321--73569375	24	2.2	26	84	12	71	34	1	7	56	1.38
73571069--73571133	31	2.1	31	100	0	130	33	15	3	47	1.61
73573837--73573948	56	2.0	56	87	0	161	15	24	14	46	1.82
73577012--73577067	11	4.7	12	76	22	55	39	0	1	58	1.08
73577102--73577135	17	1.9	18	88	5	52	52	0	8	38	1.33
73577325--73577367	22	2.1	22	87	12	65	34	0	2	62	1.08
73578082--73578125	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
73584289--73584341	6	8.7	6	78	12	54	16	0	5	77	0.96
73584930--73584971	21	2.0	20	86	4	57	19	38	26	16	1.92
73585024--73585074	21	2.4	21	83	6	59	15	33	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73585057--73585098	22	1.9	22	90	9	68	11	35	23	28	1.91
73601677--73601708	17	1.9	17	93	6	57	37	9	0	53	1.34
73612649--73613717	132	8.1	132	96	0	1859	27	18	25	28	1.98
73617060--73617244	42	4.4	41	83	6	199	30	26	18	23	1.98
73617056--73617244	85	2.2	85	82	4	220	30	26	18	24	1.98
73620057--73620114	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
73621602--73621654	26	2.0	26	82	7	63	39	20	11	28	1.87
73625048--73625084	15	2.5	15	84	16	51	48	29	0	21	1.50
73625598--73625645	23	2.1	22	85	11	62	27	0	22	50	1.50
73625687--73625905	41	5.3	41	89	3	316	20	23	22	33	1.97
73627703--73627779	37	2.1	37	92	0	127	40	20	7	31	1.81
73630287--73630319	7	4.7	7	100	0	66	54	0	0	45	0.99
73632985--73633042	26	2.2	26	96	0	107	37	24	3	34	1.72
73645563--73645594	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
73645526--73645934	89	4.6	89	82	10	505	36	18	17	27	1.93
73645526--73646233	151	4.3	177	76	17	549	33	20	17	28	1.95
73645844--73646450	74	8.2	73	79	10	630	32	22	17	27	1.97
73645879--73646450	151	3.9	146	82	9	605	31	22	17	28	1.97
73646178--73646350	70	2.4	70	82	6	197	34	26	16	23	1.96
73648602--73648626	12	2.1	12	100	0	50	52	16	16	16	1.76
73659361--73659449	26	3.3	26	78	10	90	51	3	7	37	1.48
73659456--73659520	32	2.0	32	88	5	96	58	4	3	33	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73659447--73659545	53	1.9	51	86	12	139	60	4	2	33	1.27
73661092--73661155	25	2.6	25	76	18	64	59	4	4	31	1.38
73662837--73662893	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
73662833--73662891	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
73663267--73663351	21	4.0	21	84	3	89	15	22	27	35	1.94
73663513--73663553	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
73665057--73665176	59	2.0	59	100	0	240	36	8	18	36	1.81
73669519--73669575	15	3.9	15	83	2	80	35	1	10	52	1.46
73669515--73669573	30	2.0	28	93	6	100	32	1	10	55	1.43
73669945--73670012	21	3.1	23	75	8	79	16	19	25	39	1.91
73670174--73670214	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
73684371--73684422	14	3.9	14	82	5	54	32	0	0	67	0.91
73694079--73694115	16	2.4	16	90	4	58	56	2	0	40	1.13
73701873--73701904	14	2.4	13	90	10	55	31	3	12	53	1.54
73702574--73702637	31	2.1	31	84	0	83	37	1	9	51	1.44
73703739--73703768	13	2.2	13	94	5	51	0	0	10	90	0.47
73703739--73703768	11	2.7	11	94	0	51	0	0	10	90	0.47
73704625--73704659	10	3.4	10	84	7	52	28	8	0	62	1.24
73706151--73706180	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
73710709--73710742	17	2.0	17	88	0	50	41	2	17	38	1.65
73715800--73715847	24	2.0	23	88	4	69	41	16	20	20	1.90
73715816--73715984	24	6.9	25	68	12	84	34	21	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73715939--73715996	26	2.2	26	81	0	71	36	24	18	20	1.95
73718838--73718893	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
73722068--73722114	13	3.7	13	80	5	60	78	10	2	8	1.04
73722074--73722123	26	2.0	26	96	4	93	78	10	4	8	1.09
73722258--73722296	15	2.6	15	95	0	69	25	23	12	38	1.90
73731530--73731569	12	3.5	12	90	6	57	37	0	2	60	1.11
73733454--73733511	29	2.0	29	83	6	73	65	6	0	27	1.18
73740228--73740266	14	2.8	14	88	0	60	41	10	17	30	1.83
73740820--73740856	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
73740871--73740916	15	3.2	15	75	12	51	43	0	2	54	1.12
73740924--73741007	31	2.8	30	77	15	84	50	1	2	46	1.22
73741694--73741726	15	2.2	15	89	10	50	84	6	9	0	0.76
73742983--73743049	3	21.3	3	80	6	71	34	1	4	59	1.26
73743949--73744002	25	2.2	24	83	9	65	70	5	3	20	1.23
73745184--73745220	16	2.4	16	86	8	51	37	0	8	54	1.30
73747811--73747859	19	2.5	19	87	12	73	38	6	0	55	1.25
73752307--73752346	4	10.0	4	83	0	53	25	20	2	52	1.59
73752307--73752346	16	2.5	16	95	0	71	25	20	2	52	1.59
73760818--73761036	90	2.5	89	84	4	273	30	17	18	33	1.94
73761036--73761236	73	2.8	73	97	0	377	29	17	17	35	1.93
73761181--73761343	56	3.0	54	91	5	265	31	13	16	38	1.87
73773999--73774399	44	8.7	43	69	16	207	34	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73773924--73774210	138	2.1	138	87	0	412	33	19	20	26	1.96
73774025--73774515	94	5.2	94	82	3	515	35	19	18	26	1.95
73774062--73774515	189	2.4	188	84	1	552	36	18	18	26	1.94
73774181--73774427	44	5.2	47	70	18	163	35	19	19	25	1.95
73775173--73775216	21	2.1	21	95	0	79	54	9	18	18	1.69
73778806--73778842	18	2.1	18	100	0	74	45	10	10	32	1.74
73784894--73784988	9	10.6	9	93	0	127	45	23	7	24	1.78
73785008--73785054	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
73792541--73792585	20	2.4	19	81	7	56	57	2	17	22	1.50
73808482--73808572	29	3.2	29	84	3	105	27	29	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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