genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162894--8163311	90	4.7	90	86	3	578	26	28	14	30	1.95
8162896--8163311	45	9.4	45	67	16	224	26	28	14	30	1.95
8162894--8163311	174	2.4	177	87	2	590	26	28	14	30	1.95
8174801--8174842	13	3.6	12	84	9	52	54	7	0	38	1.28
8175297--8175352	21	2.8	20	80	20	71	64	3	0	32	1.11
8175291--8175363	33	2.2	32	90	4	110	65	4	0	30	1.11
8175298--8175367	26	2.7	27	82	12	85	65	4	0	30	1.11
8175393--8175443	27	2.0	27	88	7	79	64	1	0	33	1.05
8175403--8175446	9	4.9	9	80	0	52	63	2	0	34	1.07
8192984--8193096	25	4.4	25	76	6	84	23	26	18	30	1.98
8193239--8193286	26	1.9	26	83	8	64	47	2	10	39	1.49
8196655--8196724	35	2.0	35	97	0	131	34	11	18	35	1.87
8198883--8198935	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
8200418--8200525	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
8202110--8202153	19	2.3	19	80	7	54	29	27	11	31	1.91
8205876--8205928	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
8207410--8207517	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
8208121--8208202	43	1.9	43	100	0	164	32	25	18	23	1.97
8210548--8210683	67	2.0	67	94	0	236	31	21	9	37	1.86
8211309--8211377	36	1.9	36	84	0	93	27	24	23	24	2.00
8217140--8217191	17	2.7	21	77	17	58	3	21	1	73	1.10
8217143--8217171	11	2.7	11	94	5	51	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8217741--8217915	63	2.8	63	79	5	183	25	20	28	25	1.99
8218618--8218664	22	2.2	21	88	3	67	17	10	17	55	1.69
8222038--8222080	2	21.5	2	90	0	68	2	48	2	46	1.27
8222478--8222515	17	2.2	18	86	13	53	60	15	23	0	1.35
8222940--8222974	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
8235509--8235561	19	2.8	19	79	0	61	39	22	16	20	1.92
8235532--8235690	77	2.1	77	82	0	192	30	22	24	22	1.99
8243961--8244015	5	10.6	5	85	14	60	81	0	0	18	0.68
8243956--8244024	6	11.5	6	87	10	81	78	1	0	20	0.83
8250982--8251020	20	1.9	20	89	5	60	58	7	12	20	1.58
8263677--8263715	21	1.9	20	89	5	60	23	0	10	66	1.22
8283300--8283370	22	3.0	22	70	15	54	66	5	1	26	1.22
8290345--8290391	17	2.6	17	86	6	58	85	2	10	2	0.78
8290359--8290392	12	2.8	12	86	0	50	85	0	14	0	0.60
8290359--8290393	11	2.9	12	91	8	54	82	0	17	0	0.66
8297352--8297509	82	1.9	81	85	1	217	31	18	20	29	1.97
8297433--8298077	176	3.6	175	81	6	690	26	24	19	29	1.98
8297704--8297789	43	2.0	45	84	9	115	24	29	13	32	1.94
8297524--8298077	179	3.1	175	82	7	618	27	24	18	29	1.98
8308495--8308527	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
8308495--8308528	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
8308783--8308858	22	3.7	21	73	15	59	40	17	5	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8308819--8308909	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
8308831--8308901	35	2.0	36	94	2	126	36	14	12	36	1.84
8311723--8311986	40	6.7	40	86	5	333	25	20	26	26	1.99
8311775--8312021	120	2.1	118	84	4	318	26	20	26	26	1.99
8319740--8320003	40	6.7	40	88	5	351	25	21	26	25	2.00
8319740--8320036	119	2.5	118	81	9	329	26	21	26	25	1.99
8334527--8334558	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
8339653--8339684	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
8341964--8342005	12	3.6	12	80	3	50	64	0	11	23	1.27
8341965--8341994	16	1.9	15	93	6	51	63	0	10	26	1.26
8349630--8349702	22	3.5	22	74	14	64	76	2	9	10	1.11
8351161--8351309	44	3.4	44	77	0	109	29	20	26	23	1.99
8350913--8351322	177	2.3	178	79	5	434	29	19	24	27	1.98
8351184--8351300	44	2.6	44	82	1	135	28	21	25	24	1.99
8351277--8351608	182	1.8	181	86	3	479	33	17	20	28	1.96
8352581--8352613	12	2.8	12	95	0	57	63	0	12	24	1.28
8353514--8353562	10	5.0	10	83	11	66	71	2	8	18	1.21
8353803--8354092	155	1.9	155	100	0	580	35	13	17	33	1.89
8355186--8355222	2	18.5	2	88	0	56	45	2	2	48	1.30
8357722--8357819	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
8357722--8357812	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
8357791--8357835	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8358009--8358050	20	2.2	19	87	8	59	11	11	11	64	1.51
8366424--8366815	195	2.0	195	92	0	658	36	17	20	25	1.94
8366899--8367192	78	3.8	77	86	4	392	32	19	23	25	1.97
8367224--8367390	89	1.9	88	88	1	253	28	13	30	28	1.94
8367209--8367404	44	4.4	45	84	3	236	31	13	29	26	1.94
8367754--8367851	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
8367754--8367844	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
8367754--8367867	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
8368134--8368168	18	2.0	17	88	5	52	28	0	0	71	0.86
8372028--8372063	16	2.2	16	90	5	54	11	2	8	77	1.08
8382890--8382925	16	2.2	16	90	5	54	11	2	8	77	1.08
8403561--8403598	19	2.0	20	84	5	51	34	0	18	47	1.49
8405514--8405566	25	2.1	25	100	0	106	49	3	15	32	1.62
8407248--8407360	38	3.0	38	98	1	219	42	18	17	21	1.89
8409326--8409372	25	1.9	24	83	12	60	34	2	17	46	1.59
8415917--8415985	34	2.0	34	100	0	138	39	14	20	26	1.91
8423500--8423555	13	4.5	13	80	13	73	48	17	0	33	1.48
8423498--8423542	23	2.0	23	95	0	81	44	20	0	35	1.51
8424398--8424455	10	6.2	9	77	18	57	36	1	0	62	1.06
8424403--8424454	19	2.8	18	78	13	61	32	1	0	65	1.04
8424404--8424458	27	2.0	28	82	10	69	38	1	0	60	1.08
8428991--8429063	6	12.2	6	100	0	146	49	16	0	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8447528--8447847	46	7.0	46	87	2	394	22	23	13	41	1.88
8450205--8450246	17	2.3	18	88	8	59	0	28	0	71	0.86
8450275--8450318	12	3.8	12	81	3	54	9	15	0	75	1.05
8450463--8450512	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
8450533--8450583	24	2.1	24	82	7	59	25	9	7	56	1.58
8453003--8453052	24	2.1	24	100	0	100	24	24	16	36	1.94
8464329--8464397	25	2.7	25	82	13	79	31	15	23	28	1.95
8469850--8469890	21	2.0	21	100	0	82	41	14	29	14	1.86
8470633--8470698	30	2.2	30	94	0	114	56	18	3	22	1.55
8473840--8473912	23	3.1	22	77	11	56	27	23	19	30	1.98
8473858--8473912	24	2.3	23	79	11	58	27	21	16	34	1.95
8479679--8479730	25	2.0	26	85	3	70	40	11	3	44	1.59
8479839--8479956	62	2.0	61	86	5	168	48	4	5	42	1.44
8481631--8481660	15	1.9	16	93	6	53	53	6	13	26	1.64
8486299--8486331	13	2.4	14	90	10	50	15	0	0	84	0.61
8491723--8491749	12	2.2	12	100	0	54	18	25	18	37	1.94
8493293--8493399	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
8493331--8493395	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
8493333--8493393	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
8493415--8493445	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
8493420--8493450	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
8493720--8493762	22	1.9	23	85	4	61	46	13	4	34	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8493766--8493885	18	6.9	17	86	4	168	38	13	10	38	1.78
8493765--8493894	35	3.7	35	94	1	224	38	13	9	38	1.77
8494277--8494629	83	4.2	83	96	0	634	26	20	20	31	1.98
8494553--8495145	119	5.0	119	95	0	1044	29	18	18	33	1.95
8495137--8495314	44	4.1	44	70	13	161	28	25	16	29	1.97
8496187--8496230	8	5.9	7	80	15	52	2	13	0	84	0.73
8496187--8496233	11	4.6	10	82	12	60	2	12	0	85	0.70
8496187--8496233	15	3.1	14	82	11	58	2	12	0	85	0.70
8509206--8509238	12	2.7	13	86	13	52	66	0	0	33	0.92
8509577--8509663	21	4.2	21	69	8	54	56	0	5	37	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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