genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15411273--15411469	86	2.3	87	89	1	297	33	22	20	23	1.97
15411608--15411750	44	3.3	43	67	13	112	28	25	20	25	1.99
15411529--15411779	87	2.9	87	89	2	360	28	25	20	25	1.99
15413260--15413329	35	2.0	35	91	5	115	32	2	5	58	1.36
15413488--15413519	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
15418287--15418397	25	4.5	25	80	5	111	31	18	27	21	1.97
15418288--15418384	50	2.0	49	83	6	124	30	19	28	20	1.97
15421574--15421628	25	2.1	25	83	10	65	50	1	7	40	1.40
15422379--15422460	26	3.2	26	94	0	146	31	4	25	37	1.77
15426831--15426940	42	2.6	42	95	0	193	33	24	19	22	1.97
15427042--15427092	14	3.5	15	76	10	52	52	17	0	29	1.45
15437457--15437616	24	6.7	24	73	4	126	22	14	30	32	1.94
15439044--15439080	18	2.0	18	89	5	56	29	0	2	67	1.04
15443221--15443289	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
15443221--15443289	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
15443504--15443549	15	2.9	16	84	12	51	50	0	0	50	1.00
15443515--15443549	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
15443490--15443826	120	2.8	120	84	9	377	50	3	2	43	1.32
15443635--15443790	18	8.0	18	67	24	77	53	1	1	42	1.19
15443701--15443743	22	1.9	23	85	4	61	60	2	0	37	1.10
15443605--15443789	59	3.1	58	72	14	187	54	2	1	42	1.22
15443775--15443867	17	4.7	21	69	22	76	46	6	2	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15443777--15443995	39	5.6	39	75	12	171	50	5	1	42	1.35
15443657--15443995	160	2.1	159	94	1	592	51	4	1	42	1.32
15443836--15444020	59	3.1	58	70	14	196	52	5	1	40	1.31
15443816--15444071	120	2.1	122	94	3	437	52	5	1	41	1.31
15444195--15444273	25	3.3	25	79	16	112	40	7	17	34	1.78
15446768--15446810	20	2.1	20	86	4	59	34	0	2	62	1.08
15451355--15451522	85	2.0	85	83	2	212	28	21	17	32	1.96
15451346--15451703	44	8.0	44	72	8	222	29	21	17	31	1.96
15452225--15452420	65	3.0	65	90	0	302	50	9	18	22	1.75
15456255--15456323	21	3.3	21	93	0	111	30	28	26	14	1.95
15456241--15456344	42	2.4	42	83	3	136	37	25	22	15	1.93
15456622--15456662	22	1.9	21	90	5	64	31	19	0	48	1.49
15456720--15456777	15	3.8	15	86	2	80	53	10	0	36	1.35
15457873--15457928	5	10.6	5	77	11	58	58	3	0	37	1.15
15458021--15458071	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
15458237--15458283	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
15459406--15459556	80	1.9	80	94	2	268	50	2	15	30	1.58
15465889--15465966	39	2.0	39	97	0	147	17	24	23	34	1.96
15472336--15472460	44	2.8	44	87	0	178	24	16	11	47	1.80
15483515--15483560	24	1.9	24	95	0	83	73	0	0	26	0.83
15483515--15483560	9	5.6	9	80	17	55	73	0	0	26	0.83
15483517--15483552	15	2.2	17	90	9	58	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15489556--15489590	6	5.7	6	96	3	61	68	0	0	31	0.90
15502630--15502789	42	3.8	42	79	0	140	17	24	15	42	1.88
15502631--15502744	21	5.4	21	67	0	75	17	25	15	41	1.89
15503266--15503421	72	2.2	72	89	1	231	21	26	23	27	1.99
15503438--15503566	67	1.9	67	89	6	199	25	27	27	20	1.99
15507054--15507231	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
15507055--15507210	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
15507051--15507231	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
15515102--15515279	27	6.6	27	82	3	196	27	14	26	30	1.95
15515103--15515258	82	1.9	81	86	3	224	27	14	26	30	1.95
15515099--15515279	82	2.2	81	82	2	220	27	14	26	30	1.95
15519390--15519612	39	5.7	40	84	8	257	26	22	26	24	2.00
15519390--15519612	79	2.8	82	83	8	275	26	22	26	24	2.00
15519390--15519645	79	3.3	79	81	9	215	26	21	26	24	1.99
15529171--15529256	40	2.2	40	91	0	136	27	27	20	23	1.99
15536539--15536761	40	5.6	40	86	3	254	24	20	27	27	1.99
15536614--15536796	79	2.3	80	83	1	235	25	20	27	26	1.99
15544437--15544659	40	5.6	40	83	6	213	24	19	27	28	1.99
15544437--15544661	80	2.8	79	82	7	242	24	19	28	28	1.98
15547867--15548366	47	10.6	47	92	1	802	32	8	29	29	1.87
15547867--15548366	143	3.5	143	94	1	837	32	8	29	29	1.87
15547867--15548366	190	2.6	188	93	1	856	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15550501--15550575	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
15550633--15550929	40	7.6	40	85	5	401	24	21	27	26	1.99
15550655--15550876	73	2.9	74	91	4	338	23	20	26	29	1.99
15550633--15550942	113	2.7	115	86	3	417	24	21	27	27	1.99
15554434--15554980	47	11.6	47	93	1	914	32	8	29	29	1.87
15554434--15554980	143	3.9	141	94	0	923	32	8	29	29	1.87
15554434--15554980	190	2.9	190	94	2	940	32	8	29	29	1.87
15561334--15561363	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
15563038--15563198	48	3.4	47	80	4	139	26	19	32	21	1.97
15570354--15570382	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
15578606--15578651	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
15589963--15590139	27	6.5	26	83	6	158	25	15	29	28	1.96
15589963--15590118	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	28	1.96
15589959--15590139	82	2.2	81	81	2	211	26	16	28	28	1.97
15590097--15590150	27	2.0	27	81	0	63	27	14	27	29	1.95
15591559--15591617	23	2.5	23	77	2	64	40	25	20	13	1.89
15595167--15595335	48	3.6	48	81	3	191	22	27	21	28	1.99
15597283--15597380	4	24.0	4	91	4	160	47	24	2	25	1.62
15597780--15597894	9	12.4	9	71	18	76	28	1	2	66	1.14
15597780--15597894	19	6.2	19	70	15	80	28	1	2	66	1.14
15597780--15597881	10	10.7	10	71	15	65	30	0	2	65	1.14
15605538--15605660	62	2.0	62	100	0	246	29	17	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15608852--15608983	53	2.4	55	82	6	151	46	1	3	48	1.29
15609078--15609171	44	2.1	44	86	4	125	35	25	5	34	1.79
15609162--15609222	16	3.8	16	82	0	77	32	29	1	36	1.67
15609153--15609222	32	2.2	32	84	0	86	32	28	2	35	1.72
15609583--15609617	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
15613227--15613412	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
15614540--15614660	56	2.2	56	95	0	224	22	24	8	44	1.80
15615125--15615175	7	7.1	7	90	2	75	39	0	45	15	1.47
15618994--15619125	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
15619110--15619187	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
15623011--15623098	40	2.2	40	91	2	140	43	22	17	17	1.88
15623082--15623178	41	2.4	41	85	3	124	38	23	18	19	1.93
15623218--15623295	22	3.5	22	77	3	84	46	34	1	17	1.57
15623183--15623304	45	2.7	44	79	5	145	48	33	0	17	1.53
15623879--15623903	12	2.1	12	100	0	50	0	0	8	92	0.40
15624563--15624600	15	2.6	15	84	16	53	15	0	39	44	1.47
15624592--15624646	21	2.5	22	79	2	58	20	1	38	40	1.63
15627308--15627372	30	2.2	30	100	0	130	23	20	3	53	1.59
15630895--15631162	40	6.7	40	93	0	446	22	27	20	29	1.98
15648445--15648622	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
15648446--15648596	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
15652112--15652197	40	2.2	39	82	2	109	24	16	29	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15662531--15662634	42	2.5	42	82	1	120	17	22	16	44	1.87
15662578--15662693	20	5.8	20	79	5	108	12	21	21	44	1.84
15662562--15662693	42	3.2	41	80	3	142	13	21	20	44	1.85
15684340--15684370	12	2.6	12	94	0	53	48	9	9	32	1.69
15685552--15685599	23	2.1	23	100	0	96	16	4	20	58	1.55
15689069--15689154	42	2.0	42	93	0	145	38	16	13	31	1.88
15695604--15695661	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
15698600--15698634	15	2.3	15	90	0	52	28	28	0	42	1.56
15702504--15702559	26	2.2	26	93	0	94	35	26	7	30	1.83
15709540--15709595	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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