Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  291  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93145087--93145145
31
1.9
31
100
0
118
28
20
25
25
1.99
93145100--93145191
46
2.0
46
89
0
139
26
22
23
27
2.00
93145147--93145215
31
2.2
31
84
0
84
26
20
26
27
1.99
93147127--93147161
4
8.5
4
93
6
61
0
28
0
71
0.86
93147126--93147160
17
2.1
17
100
0
70
0
31
0
68
0.90
93147127--93147172
21
2.1
21
88
4
65
0
32
2
65
1.05
93147171--93147211
22
1.9
21
85
5
55
2
19
9
68
1.29
93147253--93147305
22
2.3
23
83
3
63
33
5
5
54
1.47
93147733--93147856
58
2.2
56
89
2
194
32
24
16
26
1.96
93148094--93148120
12
2.2
12
100
0
54
48
7
0
44
1.31
93157424--93157448
11
2.3
11
100
0
50
0
12
0
88
0.53
93158621--93158698
36
2.2
36
86
2
104
42
8
16
32
1.79
93158621--93158740
35
3.4
35
76
10
102
41
9
17
31
1.81
93159121--93159298
98
1.8
98
86
0
257
35
16
23
24
1.95
93159121--93159349
98
2.4
98
80
2
248
34
16
24
24
1.95
93159460--93159598
54
2.6
52
82
7
163
34
17
21
25
1.96
93159460--93159632
53
3.2
52
80
8
161
33
18
22
25
1.97
93170966--93171031
29
2.2
30
86
7
91
51
6
10
31
1.61
93173388--93173442
26
2.1
26
93
0
92
21
10
16
50
1.75
93173399--93173459
26
2.5
24
78
14
63
22
11
14
50
1.75
93179575--93179627
18
2.9
17
75
10
52
64
1
0
33
1.05
93184323--93184352
15
2.0
15
100
0
60
46
20
13
20
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93189119--93189149
5
6.4
5
96
3
55
0
22
38
38
1.54
93192547--93192577
11
2.8
11
95
0
53
19
48
3
29
1.64
93193122--93193178
18
3.2
18
92
0
96
26
24
17
31
1.97
93197232--93197262
11
2.8
11
95
0
53
19
48
3
29
1.64
93200654--93200759
43
2.5
44
80
10
121
30
13
21
34
1.92
93201955--93201991
18
2.1
18
100
0
74
40
0
10
48
1.38
93202429--93202480
16
3.2
16
94
0
95
26
0
34
38
1.57
93202460--93202551
45
2.1
44
81
2
103
30
5
27
36
1.79
93202715--93202749
18
2.0
18
88
5
54
54
0
0
45
0.99
93202698--93203352
120
5.5
120
99
0
1278
48
4
2
44
1.37
93202955--93202989
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
93203075--93203109
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
93203195--93203228
17
2.0
17
88
0
50
52
0
0
47
1.00
93203314--93203347
17
2.0
17
88
0
50
52
0
0
47
1.00
93206406--93206454
24
2.0
25
84
8
64
61
2
0
36
1.08
93209829--93209878
22
2.4
20
78
15
57
62
2
0
36
1.07
93211599--93211666
16
4.2
16
88
0
100
26
1
36
35
1.66
93211647--93211756
45
2.6
43
77
12
122
35
5
27
31
1.80
93211882--93211923
15
2.7
16
82
14
52
52
2
0
45
1.13
93211880--93212090
107
2.0
108
95
0
379
48
5
1
44
1.36
93211985--93212030
16
2.9
16
78
12
51
52
2
0
45
1.13
93211985--93212039
15
3.7
15
79
13
53
52
1
0
45
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93211883--93212146
107
2.5
107
86
6
335
50
4
1
43
1.33
93212890--93212916
13
2.1
13
100
0
54
22
0
29
48
1.51
93216706--93216747
19
2.2
20
87
8
61
42
0
0
57
0.99
93216828--93216874
16
2.9
16
78
9
51
23
0
10
65
1.23
93216828--93216856
15
2.0
15
93
6
51
24
0
6
68
1.13
93221774--93222073
148
2.0
148
97
1
566
35
13
17
35
1.88
93222031--93222084
27
2.0
27
100
0
108
29
3
18
48
1.65
93222310--93222351
3
14.0
3
84
0
57
40
0
33
26
1.56
93223845--93223875
16
1.9
16
100
0
62
32
16
6
45
1.72
93226681--93226736
27
2.1
27
100
0
112
21
10
23
44
1.83
93233145--93233179
15
2.2
16
90
5
54
45
2
0
51
1.16
93246362--93246413
25
2.1
25
82
10
63
7
7
19
65
1.43
93251056--93251087
16
2.0
16
100
0
64
31
18
6
43
1.75
93254118--93254203
45
1.9
45
85
4
120
54
4
6
33
1.48
93264204--93264304
39
2.6
39
84
3
105
25
30
22
20
1.98
93264222--93264308
39
2.2
39
87
0
120
28
29
19
21
1.98
93271493--93271649
67
2.3
68
96
1
289
24
30
14
31
1.94
93271493--93271675
67
2.7
67
90
5
255
23
28
14
33
1.94
93274954--93275053
39
2.6
39
85
4
123
24
31
24
21
1.98
93274972--93275057
39
2.2
39
89
2
129
26
30
20
22
1.98
93282160--93282354
68
2.8
68
91
3
284
22
29
15
32
1.95
93282197--93282354
68
2.3
68
97
0
298
24
30
14
31
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93282197--93282380
68
2.7
67
91
5
264
23
28
14
33
1.94
93285685--93285785
39
2.6
40
87
3
118
23
30
24
20
1.99
93285703--93285789
39
2.2
39
91
0
138
26
29
21
21
1.99
93294235--93294296
5
12.2
5
85
14
83
40
0
0
59
0.97
93294238--93294288
3
19.0
3
75
22
51
39
0
0
60
0.97
93294308--93294385
40
1.9
41
94
2
140
64
10
25
0
1.25
93294313--93294376
21
3.1
21
69
22
64
65
10
23
0
1.24
93295377--93295415
20
2.0
20
84
0
51
51
0
15
33
1.44
93295765--93295876
37
2.9
39
73
8
111
22
20
27
29
1.98
93296554--93296604
17
3.0
17
88
0
75
37
13
15
33
1.87
93297903--93298050
47
3.2
46
75
19
139
17
25
20
36
1.94
93297903--93297995
25
3.8
24
81
11
118
20
23
19
36
1.95
93297977--93298015
19
2.1
19
85
9
53
23
30
17
28
1.97
93298988--93299015
13
2.2
13
100
0
56
21
7
25
46
1.76
93299317--93299375
12
4.9
12
72
0
55
11
15
20
52
1.73
93299310--93299384
24
3.1
24
90
0
114
13
16
20
50
1.77
93300941--93301002
5
12.2
5
85
14
83
40
0
0
59
0.97
93300944--93300994
3
19.0
3
75
22
51
39
0
0
60
0.97
93301014--93301091
40
1.9
41
94
2
140
64
10
25
0
1.25
93301019--93301082
21
3.1
21
69
22
64
65
10
23
0
1.24
93302080--93302118
20
2.0
20
84
0
51
51
0
15
33
1.44
93302468--93302579
37
2.9
39
73
8
111
22
20
27
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93303257--93303307
17
3.0
17
88
0
75
37
13
15
33
1.87
93305550--93305647
48
2.0
49
98
2
189
54
18
12
15
1.71
93312767--93312866
48
2.1
49
96
1
184
20
36
7
37
1.79
93322025--93322070
17
2.7
18
78
18
53
41
10
6
41
1.66
93322656--93322689
16
2.1
16
88
0
50
20
8
0
70
1.13
93322760--93322818
25
2.5
23
83
5
64
40
0
5
54
1.23
93325057--93325120
31
2.1
31
82
11
78
31
17
14
37
1.89
93327116--93327156
21
1.9
22
90
5
66
68
0
29
2
1.03
93341218--93341315
48
2.0
49
98
2
189
54
18
12
15
1.71
93357443--93357488
17
2.7
18
78
18
53
41
10
6
41
1.66
93358074--93358107
16
2.1
16
88
0
50
20
8
0
70
1.13
93360470--93360533
31
2.1
31
82
11
78
31
17
14
37
1.89
93362535--93362575
21
1.9
22
90
5
66
68
0
29
2
1.03
93368912--93369378
148
3.2
149
87
6
657
29
5
6
58
1.46
93369347--93369373
14
1.9
14
100
0
54
44
0
0
55
0.99
93376137--93376175
7
5.6
7
96
0
69
46
0
41
12
1.42
93376603--93376634
7
4.6
7
96
0
55
46
0
40
12
1.42
93375939--93376867
459
2.0
462
98
1
1801
36
6
21
35
1.79
93377063--93377089
14
1.9
14
100
0
54
59
3
7
29
1.42
93377316--93377386
21
3.4
20
75
11
54
60
5
4
29
1.38
93378332--93378389
31
1.9
31
82
10
75
44
3
1
50
1.29
93381882--93381978
48
2.0
48
100
0
194
43
8
20
27
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93386830--93386869
15
2.7
15
84
7
55
57
2
12
27
1.48
93399856--93399954
3
32.7
3
79
4
101
61
3
2
33
1.23
93401259--93401609
140
2.5
140
86
1
506
28
19
18
34
1.95
93401536--93401653
44
2.7
45
75
7
118
29
22
19
27
1.98
93401617--93401743
44
2.9
44
80
1
137
29
24
15
29
1.96
93410932--93410997
34
2.0
32
82
8
80
36
0
4
59
1.18
93413130--93413202
21
3.3
21
66
26
60
39
10
23
26
1.87
93413129--93413489
46
7.8
46
92
0
562
38
14
24
22
1.91
93416921--93416953
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45
93417702--93417734
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320