genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101635847--101635896	23	2.1	24	81	3	57	46	2	6	46	1.39
101643773--101643807	18	1.9	18	88	0	52	25	0	5	68	1.11
101648446--101648487	20	2.0	21	86	4	59	7	11	2	78	1.04
101660102--101660128	13	2.1	13	100	0	54	44	14	22	18	1.86
101662480--101662516	18	2.1	18	100	0	74	16	13	37	32	1.87
101662811--101662838	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
101663380--101663419	15	2.7	15	84	0	53	40	0	2	57	1.12
101664592--101664623	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
101665650--101665769	9	12.9	9	76	11	100	61	1	1	35	1.16
101665701--101665745	20	2.4	19	88	7	65	57	0	0	42	0.98
101665689--101665788	18	5.4	18	73	19	64	59	2	0	39	1.09
101665862--101665924	28	2.2	29	83	8	76	58	1	3	36	1.23
101667552--101667594	21	2.0	22	86	4	61	41	2	6	48	1.43
101681171--101681221	24	2.1	24	81	0	57	31	7	3	56	1.46
101682251--101682286	18	2.0	18	88	0	54	66	2	0	30	1.06
101686310--101686364	28	1.9	29	85	10	78	38	12	1	47	1.52
101699165--101699209	24	1.9	23	82	13	56	66	0	20	13	1.24
101704071--101704112	17	2.4	18	85	14	54	69	0	2	28	1.01
101705734--101705803	26	2.7	26	97	0	131	27	14	22	35	1.93
101706009--101706055	24	2.0	23	83	4	58	51	0	0	48	1.00
101706033--101706077	17	2.6	17	79	10	56	66	0	2	31	1.04
101717527--101717599	20	3.7	19	72	5	65	26	13	6	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101718624--101718653	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
101726637--101726705	20	3.5	20	75	11	70	28	7	5	57	1.49
101726678--101726750	20	3.7	21	75	8	64	26	9	10	53	1.66
101732856--101733004	76	2.0	75	90	4	237	24	24	12	38	1.90
101736679--101736734	18	3.0	18	72	15	51	46	5	1	46	1.36
101738144--101738188	15	2.8	17	84	15	60	37	2	26	33	1.69
101738276--101738313	10	3.7	10	86	6	58	21	2	2	73	1.07
101740210--101740249	20	2.0	20	90	9	64	25	0	5	70	1.08
101745471--101745544	28	2.6	29	78	6	80	51	4	4	40	1.40
101752949--101753121	46	3.7	46	77	13	192	22	21	26	29	1.99
101752946--101753116	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
101754198--101754240	18	2.3	19	88	4	61	55	0	0	44	0.99
101754198--101754247	19	2.7	18	87	3	64	56	0	0	44	0.99
101754390--101754449	30	2.0	29	87	3	84	41	5	5	48	1.47
101761357--101761438	42	2.0	42	97	0	155	42	9	12	35	1.75
101767562--101767619	22	2.6	22	86	8	73	39	3	0	56	1.16
101793784--101795252	177	8.3	177	95	1	2543	28	16	26	29	1.97
101793784--101795252	355	4.1	355	96	0	2590	28	16	26	29	1.97
101793784--101795436	45	37.3	44	81	3	1402	27	16	26	29	1.97
101798038--101798238	106	1.9	106	96	0	375	29	20	19	30	1.97
101808597--101808637	17	2.3	19	87	8	59	31	0	2	65	1.05
101814143--101814176	8	4.4	8	85	7	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101814143--101814172	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
101816994--101817046	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
101817027--101817117	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
101817282--101817318	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
101817360--101817545	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
101817262--101817551	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
101821935--101822228	149	2.0	150	94	0	518	36	14	15	33	1.88
101823980--101824027	24	2.0	24	84	8	62	41	2	4	52	1.32
101833987--101834068	40	2.0	40	100	0	164	40	9	0	50	1.36
101835217--101835277	31	2.0	29	90	6	95	31	0	11	57	1.34
101835239--101835297	29	2.0	29	83	3	73	32	3	10	54	1.51
101835400--101835496	31	3.2	30	76	5	106	47	11	6	35	1.65
101836453--101836519	30	2.3	28	77	7	71	49	1	2	46	1.26
101845882--101846148	46	5.6	46	82	11	297	35	14	21	28	1.93
101845896--101846133	52	4.8	51	84	9	307	34	14	21	28	1.93
101845882--101846133	98	2.6	98	94	0	441	34	15	21	28	1.94
101846114--101846257	37	4.0	37	92	3	233	36	16	21	25	1.94
101846114--101846257	72	2.0	72	90	5	229	36	16	21	25	1.94
101848020--101848274	39	6.5	39	90	3	370	20	22	27	29	1.98
101847990--101848274	117	2.4	116	84	8	371	20	22	28	28	1.98
101847987--101848291	78	3.9	75	79	11	303	19	22	29	29	1.98
101853386--101853427	19	2.3	19	84	12	52	66	7	2	23	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101856243--101856293	14	3.4	14	79	12	57	58	0	1	39	1.09
101860065--101860099	15	2.4	15	95	4	63	34	0	0	65	0.93
101866762--101866798	11	3.6	11	79	20	53	51	0	5	43	1.24
101866761--101866802	19	2.2	19	100	0	84	54	0	4	40	1.21
101872394--101872423	12	2.6	11	90	10	51	73	0	0	26	0.84
101874184--101874234	3	17.0	3	76	15	52	33	0	1	64	1.05
101874184--101874234	15	3.4	15	89	5	68	33	0	1	64	1.05
101876223--101876689	155	2.9	167	80	8	582	30	11	16	41	1.84
101878121--101878199	30	2.6	30	83	4	95	44	1	1	53	1.16
101878146--101878222	32	2.4	30	82	8	82	41	2	2	53	1.28
101880040--101880095	25	2.3	25	79	17	64	64	3	0	32	1.11
101882355--101882415	26	2.3	26	94	2	104	39	21	1	37	1.63
101900953--101901284	167	2.0	167	96	0	619	17	22	22	37	1.93
101908718--101908745	14	2.0	14	100	0	56	14	42	7	35	1.73
101921029--101921707	205	3.3	204	88	4	973	40	18	13	28	1.88
101926512--101926576	33	2.0	33	87	6	96	44	30	6	18	1.74
101928517--101928564	23	2.1	23	88	0	69	33	6	12	47	1.66
101932523--101932557	17	2.1	17	100	0	70	28	54	0	17	1.43
101932575--101932600	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
101933583--101933658	39	2.0	38	84	7	100	26	26	23	23	2.00
101935281--101935316	5	7.0	5	87	6	54	61	2	0	36	1.11
101941358--101941492	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101942310--101942354	5	9.0	5	90	9	74	60	0	0	40	0.97
101943092--101943149	14	3.9	14	73	10	53	15	5	6	72	1.24
101943161--101943203	22	2.0	22	86	9	61	32	0	2	65	1.06
101943577--101943671	35	2.7	35	96	0	172	24	4	12	58	1.51
101945937--101945968	15	2.0	17	88	11	50	62	18	3	15	1.45
101949787--101949814	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
101951356--101951398	22	2.0	22	86	4	61	37	0	6	55	1.27
101955922--101955981	31	1.9	31	89	0	93	58	10	1	30	1.41
101961028--101961113	29	2.9	29	74	6	84	44	1	1	53	1.15
101974394--101974465	33	2.2	33	84	0	90	25	30	9	34	1.88
101979204--101979240	19	1.9	19	88	0	56	54	24	5	16	1.63
101996733--101996787	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
101996925--101997019	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
101997000--101997051	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
101999037--101999062	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
102020251--102021676	717	2.0	713	99	0	2807	35	16	14	32	1.90
102023966--102024024	21	2.9	21	82	7	59	69	0	3	27	1.04
102023967--102024057	18	4.7	18	73	18	60	68	1	3	27	1.12
102024486--102024538	27	1.9	27	85	11	72	28	1	1	67	1.11
102031306--102031363	29	2.0	29	86	0	80	43	10	3	43	1.55
102031688--102031719	16	1.9	17	93	6	57	62	0	3	34	1.11
102034020--102034061	18	2.4	17	88	11	59	42	2	2	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102036703--102036735	11	2.8	12	86	9	50	27	3	0	69	1.03
102042575--102042617	21	2.0	21	95	0	77	44	16	13	25	1.85
102043094--102043595	268	1.9	265	90	3	803	21	15	16	46	1.84
102050549--102050585	18	1.9	19	89	10	58	48	5	2	43	1.40
102050852--102050916	32	2.0	33	82	8	80	50	6	4	38	1.48
102052398--102052444	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
102065390--102065510	60	2.0	59	85	7	165	38	19	19	21	1.93
102065852--102065888	4	9.2	4	100	0	74	48	27	0	24	1.51
102069520--102069545	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
102069877--102069910	17	1.9	18	88	5	52	26	0	5	67	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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