genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66082025--66082301	150	1.8	150	100	0	554	38	7	12	41	1.72
66087208--66087279	37	2.0	34	81	7	81	5	38	1	54	1.33
66091561--66091738	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96
66091562--66091717	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
66091558--66091738	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
66098304--66098459	82	1.9	82	86	5	226	26	16	28	29	1.96
66098303--66098457	55	2.8	55	81	7	181	25	16	28	29	1.96
66098302--66098479	27	6.6	27	82	7	166	25	15	28	29	1.96
66113199--66113454	40	6.4	40	90	2	367	27	27	21	23	1.99
66122583--66122714	39	3.4	39	86	2	176	30	17	25	27	1.97
66122707--66122922	39	5.5	39	92	1	333	19	23	29	27	1.99
66122658--66122909	78	3.2	78	86	2	229	22	21	28	27	1.99
66144436--66144461	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
66148817--66148874	29	2.0	30	82	3	73	41	5	1	51	1.34
66149410--66149465	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
66150268--66150325	19	3.1	18	75	7	53	37	1	0	60	1.07
66150270--66150345	40	1.9	40	84	10	102	35	1	1	61	1.12
66151082--66151118	18	2.1	18	100	0	74	35	0	27	37	1.57
66153222--66153259	17	2.2	18	86	13	53	47	7	10	34	1.67
66156965--66157012	7	6.9	7	100	0	96	27	29	0	43	1.55
66160239--66160313	20	3.8	20	87	0	105	12	26	22	38	1.89
66161182--66161223	20	2.1	20	86	0	57	26	0	30	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66171121--66171189	34	2.0	34	81	10	79	36	24	0	39	1.56
66171150--66171193	23	1.9	23	81	9	54	38	27	0	34	1.57
66177456--66177522	25	2.7	25	88	0	98	20	14	26	37	1.92
66179201--66179268	27	2.6	26	79	9	68	22	25	19	33	1.97
66180555--66180722	93	1.8	92	84	3	230	26	21	26	25	1.99
66180510--66180726	49	4.6	47	72	11	167	26	21	27	24	1.99
66180510--66180773	141	1.9	138	83	5	343	25	20	28	25	1.99
66188207--66188356	67	2.3	67	82	6	184	30	14	32	23	1.94
66195628--66195780	67	2.4	65	79	5	166	30	13	32	24	1.93
66198389--66198454	32	2.1	32	100	0	132	34	6	30	28	1.81
66198623--66198751	49	2.6	48	79	9	136	31	20	24	23	1.98
66222075--66222149	34	2.2	34	97	0	141	18	22	5	53	1.65
66229534--66229702	48	3.5	48	76	7	164	26	15	30	27	1.96
66253007--66253178	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
66253007--66253178	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
66253034--66253211	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
66255175--66255221	20	2.3	20	92	0	76	8	25	44	21	1.80
66256996--66257031	8	4.4	8	89	3	54	41	0	0	58	0.98
66257703--66257775	28	2.6	28	100	0	146	19	26	8	46	1.77
66261666--66261696	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
66261663--66261702	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
66261888--66262079	53	3.7	50	82	8	174	22	23	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66261935--66262079	53	2.7	55	84	8	199	23	24	18	33	1.97
66266693--66266753	20	3.0	21	80	11	72	11	27	45	14	1.80
66268522--66268553	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
66274837--66274905	15	4.7	15	78	8	70	59	18	14	7	1.58
66274837--66274905	30	2.3	30	82	7	88	59	18	14	7	1.58
66282619--66282659	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
66283062--66283121	28	2.2	26	77	11	66	26	25	11	36	1.90
66283069--66283143	28	2.7	28	87	0	105	28	22	13	36	1.92
66284800--66284911	43	2.6	43	75	0	125	29	18	22	29	1.97
66288136--66288169	14	2.4	14	95	0	59	50	2	0	47	1.16
66290026--66290099	25	2.8	27	72	12	64	56	1	1	40	1.16
66303693--66303832	61	2.3	61	82	9	171	37	6	12	42	1.69
66305212--66305266	20	2.8	20	71	15	53	60	0	0	40	0.97
66307229--66307258	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
66317505--66317541	19	1.9	19	94	0	65	54	8	0	37	1.30
66325490--66325815	48	6.8	47	88	2	404	28	30	17	23	1.97
66325490--66325815	96	3.4	96	88	3	460	28	30	17	23	1.97
66325487--66325815	144	2.3	144	86	3	457	28	31	17	23	1.97
66330108--66330138	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
66330105--66330144	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
66330338--66330584	55	4.7	53	78	9	213	21	24	18	35	1.95
66335173--66335325	48	3.2	49	84	3	159	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66338025--66338207	96	1.9	95	97	1	348	32	8	28	30	1.87
66338025--66338213	47	4.0	47	93	3	335	32	8	29	30	1.87
66338043--66338264	96	2.3	95	88	2	313	31	8	31	28	1.87
66338383--66338461	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
66340438--66340723	142	2.0	142	98	0	554	31	22	7	38	1.82
66350709--66350754	24	1.9	24	100	0	92	52	19	23	4	1.64
66350709--66350754	8	5.8	8	92	0	74	52	19	23	4	1.64
66351366--66351411	20	2.3	20	75	17	51	28	17	26	28	1.98
66351440--66351541	28	3.5	27	71	21	80	26	20	28	24	1.99
66351404--66351540	60	2.3	59	85	8	170	28	19	25	26	1.99
66353176--66353209	15	2.2	16	89	5	52	20	17	5	55	1.62
66358159--66358400	120	2.0	120	100	0	484	34	4	23	37	1.74
66369798--66369880	27	3.1	27	79	6	80	39	12	26	21	1.88
66388223--66388447	40	5.7	40	88	3	285	28	28	19	22	1.98
66396109--66396333	40	5.7	40	88	3	285	28	28	19	22	1.98
66400355--66400930	47	12.1	47	92	0	792	32	8	29	28	1.87
66401049--66401127	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
66414257--66414350	43	2.2	44	90	5	147	51	13	6	28	1.66
66418996--66419093	43	2.3	44	89	3	146	48	13	6	31	1.66
66423427--66423468	5	8.4	5	100	0	84	40	0	21	38	1.53
66435859--66435929	21	3.2	22	80	8	81	28	5	19	46	1.72
66449918--66449975	30	1.9	30	85	0	80	32	12	24	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66450316--66450674	46	7.7	46	72	12	223	29	20	27	22	1.98
66450319--66450678	94	3.9	93	79	8	385	29	20	28	22	1.98
66457120--66457400	140	2.0	140	93	0	481	19	24	12	43	1.86
66461628--66461706	26	3.0	26	75	8	79	48	3	2	45	1.34
66461625--66461747	53	2.3	54	76	10	128	47	3	3	46	1.35
66462004--66462051	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
66466275--66466353	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66466487--66466806	47	6.8	47	92	3	500	28	31	9	30	1.88
66470209--66470524	80	3.9	79	86	4	368	24	27	23	25	2.00
66470222--66470524	120	2.5	120	85	4	371	23	27	23	25	2.00
66470209--66470445	40	5.9	40	93	0	384	24	27	23	25	2.00
66470226--66470524	40	7.5	40	86	5	190	24	27	23	25	2.00
66470929--66470956	14	2.0	14	100	0	56	35	35	14	14	1.86
66472829--66472907	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66473026--66473454	47	9.1	47	92	2	662	28	30	8	31	1.88
66483357--66483467	50	2.2	50	87	3	161	41	21	11	25	1.87
66486719--66486769	19	2.6	20	81	15	70	39	0	31	29	1.57
66492377--66492418	13	3.2	13	81	18	59	57	2	4	35	1.33
66492377--66492429	27	2.0	27	85	7	72	60	1	3	33	1.26
66494810--66494856	19	2.4	19	82	3	58	42	0	4	53	1.20
66494812--66494855	5	9.0	5	80	5	54	43	0	2	54	1.12
66495261--66495295	3	12.3	3	88	11	56	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66495294--66495325	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
66495349--66495391	21	2.0	21	82	8	52	79	6	11	2	1.02
66496071--66496102	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
66496431--66496496	21	3.2	20	78	6	62	18	22	22	36	1.95
66496690--66496738	13	3.8	13	76	17	50	51	0	20	28	1.48
66496683--66496738	6	9.2	6	74	18	53	51	0	19	28	1.47
66496698--66496738	19	2.2	18	87	12	57	51	0	19	29	1.47
66497596--66497671	39	1.9	40	83	2	100	64	0	2	32	1.07
66497637--66497699	28	2.2	28	83	8	74	63	0	6	30	1.19
66497930--66497981	18	2.8	18	85	11	61	26	5	5	61	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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