genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72887085--72887139	22	2.4	23	85	8	69	41	0	3	54	1.18
72887753--72887892	76	1.9	75	89	4	219	30	10	12	46	1.75
72892883--72892929	21	2.2	22	92	7	80	36	0	8	55	1.31
72893526--72893582	25	2.3	25	93	0	96	43	17	15	22	1.87
72894950--72895019	31	2.3	30	82	7	79	50	2	7	40	1.45
72895303--72895344	19	2.3	19	87	4	59	42	11	0	45	1.41
72897978--72898003	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
72900037--72900061	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
72900292--72900350	28	2.2	27	79	11	68	32	0	8	59	1.28
72906968--72907030	12	5.7	11	71	19	51	6	11	1	80	0.95
72907103--72907148	21	2.1	23	92	8	78	39	0	2	58	1.10
72907103--72907148	22	2.1	22	88	8	67	39	0	2	58	1.10
72907103--72907180	35	2.2	33	85	14	104	39	0	1	58	1.06
72907146--72907205	20	2.8	21	85	12	77	43	0	0	56	0.99
72907125--72907184	13	4.9	13	76	17	58	40	0	1	58	1.08
72907293--72907380	11	8.3	11	68	20	53	40	0	1	57	1.06
72907265--72907344	13	6.4	13	72	22	64	40	0	2	57	1.12
72907286--72907336	21	2.4	20	81	12	57	39	0	1	58	1.09
72907326--72907362	18	2.0	19	94	5	67	40	0	0	59	0.97
72907321--72907397	40	1.9	39	82	10	93	48	0	0	51	1.00
72914394--72914452	29	2.0	29	83	6	75	32	15	13	38	1.86
72914847--72914887	20	2.1	20	86	13	59	46	12	0	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72917161--72917322	80	2.0	80	93	0	279	32	16	9	40	1.82
72922186--72922237	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
72922190--72922275	16	5.5	15	75	21	63	65	2	3	29	1.22
72922385--72922521	25	5.4	25	73	11	91	56	5	5	32	1.45
72922411--72922477	22	2.9	22	81	12	73	59	5	2	31	1.36
72922436--72922502	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43
72922555--72922600	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
72923049--72923117	30	2.3	30	97	0	129	14	4	52	28	1.61
72923977--72924026	15	3.6	14	81	10	57	54	6	20	20	1.65
72923839--72924088	103	2.4	104	85	4	315	39	18	15	26	1.91
72924157--72924191	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
72924338--72924513	75	2.3	76	89	2	266	35	17	14	32	1.91
72924493--72924527	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
72924048--72925425	336	4.2	333	86	7	1811	34	18	16	30	1.94
72924691--72924849	75	2.1	75	88	3	239	32	18	17	30	1.95
72924829--72924863	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
72924766--72925257	91	5.7	84	74	13	389	34	19	17	28	1.94
72924517--72925350	252	3.3	242	82	9	921	34	18	17	29	1.94
72925079--72925113	14	2.6	14	90	4	54	60	2	11	25	1.45
72925017--72925278	87	3.0	88	79	7	255	37	17	16	28	1.92
72925184--72925420	73	3.2	74	83	7	284	33	19	16	29	1.94
72935882--72935929	7	6.4	7	81	11	51	60	2	2	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72935882--72935929	14	3.2	14	82	11	60	60	2	2	35	1.20
72935871--72935929	8	7.5	8	81	7	59	61	1	3	33	1.23
72936054--72936138	25	3.5	24	78	10	75	58	5	4	30	1.42
72936128--72936189	28	2.3	27	82	2	70	54	3	6	35	1.42
72936073--72936288	25	8.9	25	71	14	121	55	3	6	35	1.42
72936069--72936288	48	4.5	47	69	17	123	55	3	5	35	1.42
72936574--72936612	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
72936741--72936809	30	2.3	30	94	0	120	14	4	50	30	1.62
72937059--72937147	39	2.2	40	75	18	71	49	1	1	48	1.16
72937053--72937147	7	14.1	7	75	16	67	50	1	1	47	1.15
72938319--72938386	22	3.0	22	85	6	93	16	22	19	42	1.89
72941018--72941063	23	1.9	25	86	8	69	78	4	17	0	0.91
72952680--72952747	32	2.2	31	84	7	84	45	2	4	47	1.38
72954348--72954380	17	2.0	17	88	5	50	30	9	6	54	1.56
72955196--72955220	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
72956298--72956343	23	2.0	24	91	4	76	26	32	17	23	1.97
72957325--72957367	19	2.2	21	84	12	56	41	11	11	34	1.78
72959492--72959549	27	2.0	27	83	9	71	44	1	6	46	1.40
72965661--72965700	17	2.4	17	87	8	55	55	0	2	42	1.13
72972711--72972765	21	2.7	21	71	2	58	43	0	1	54	1.10
72972870--72972906	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
72987555--72987603	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72987567--72987631	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
72987593--72987631	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
72987869--72987900	5	6.2	5	92	7	55	0	43	56	0	0.99
72996703--72996794	42	2.2	42	88	0	139	33	39	6	20	1.79
73001247--73001308	23	2.7	24	82	12	76	38	4	4	51	1.45
73001259--73001308	23	2.2	22	92	3	82	38	4	6	52	1.45
73004216--73004274	28	2.1	28	96	0	109	47	15	8	28	1.74
73004903--73004972	31	2.3	31	84	0	95	30	25	18	25	1.98
73004958--73004987	15	2.0	15	93	0	51	30	20	30	20	1.97
73004929--73005018	46	2.0	46	88	0	135	30	24	20	25	1.99
73004973--73005031	31	1.9	31	89	0	91	27	27	18	27	1.98
73005033--73005187	50	3.1	50	94	0	265	28	22	13	35	1.92
73008385--73008423	20	1.9	20	84	5	51	33	5	0	61	1.18
73011422--73011601	92	2.0	92	87	2	263	37	15	17	30	1.90
73011507--73011810	159	1.9	159	85	4	416	38	17	14	29	1.90
73011852--73012038	94	2.0	94	87	4	270	37	16	16	29	1.90
73014581--73014622	18	2.3	18	91	0	66	85	0	9	4	0.72
73017445--73017498	27	2.0	27	100	0	108	55	3	7	33	1.45
73021692--73021739	25	1.9	25	82	0	60	35	16	10	37	1.83
73025231--73025282	19	2.8	19	91	5	81	40	0	11	48	1.40
73029415--73029508	29	3.1	30	76	11	75	31	1	1	65	1.06
73030243--73030307	32	2.0	32	87	3	94	40	13	9	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73032968--73033341	3	127.7	3	71	9	193	29	7	2	60	1.35
73033282--73033347	34	1.9	34	81	6	80	28	4	3	63	1.29
73033334--73033400	12	5.7	12	81	13	59	19	4	2	73	1.14
73035819--73036170	52	7.0	52	85	8	467	34	14	22	28	1.93
73035871--73036177	98	3.1	98	91	1	429	34	14	22	28	1.93
73035805--73036170	150	2.5	144	92	5	579	34	14	22	28	1.94
73036141--73036323	37	5.0	37	94	1	307	37	16	21	24	1.94
73042125--73042230	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
73042364--73042435	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
73045954--73046056	54	1.9	54	84	4	136	42	20	24	12	1.86
73046810--73047017	44	4.8	43	72	8	170	30	19	23	26	1.98
73047032--73047176	44	3.3	44	87	1	184	26	26	24	23	2.00
73048467--73048501	18	1.9	18	88	0	52	25	11	5	57	1.56
73048554--73048684	3	43.0	3	68	14	54	32	7	3	57	1.42
73048591--73048635	18	2.5	18	85	0	63	40	4	0	55	1.20
73059924--73059963	15	2.6	16	84	4	55	75	20	0	5	0.99
73066072--73066112	21	1.9	22	90	5	66	29	14	7	48	1.71
73068039--73068104	33	2.0	34	85	8	91	37	10	7	43	1.68
73069948--73069984	2	18.5	2	94	0	65	48	0	51	0	1.00
73071817--73071850	16	2.1	16	89	10	52	64	5	14	14	1.46
73072442--73072591	21	7.1	21	70	3	113	16	23	16	43	1.87
73072441--73072618	42	4.2	42	89	0	257	16	23	16	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73074215--73074266	18	3.0	18	81	10	56	51	0	1	46	1.12
73077714--73077747	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
73077812--73077855	16	2.9	15	80	12	54	50	0	2	47	1.13
73078652--73078700	3	16.3	3	95	0	53	34	10	0	55	1.34
73078761--73078812	6	8.7	6	93	0	86	65	15	17	1	1.36
73079204--73079265	22	2.8	22	82	4	63	40	16	27	16	1.89
73080155--73080182	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
73085906--73085961	20	2.8	20	78	10	62	69	3	3	23	1.20
73098993--73099043	21	2.4	21	80	6	50	54	9	1	33	1.44
73099009--73099037	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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