genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  210  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70248598--70248665	33	2.1	33	100	0	136	36	11	25	26	1.90
70248551--70248712	80	2.0	80	98	0	315	34	9	27	28	1.89
70248504--70248759	127	2.0	127	97	0	485	33	9	28	28	1.88
70248631--70248840	47	4.5	47	92	0	321	33	9	30	27	1.88
70248457--70248789	174	1.9	174	97	0	630	33	8	28	29	1.87
70248410--70248840	221	2.0	221	93	0	736	33	9	29	28	1.88
70248959--70249037	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
70251762--70251885	50	2.6	47	77	15	123	20	32	18	28	1.97
70254039--70254166	44	3.0	44	78	12	124	33	27	17	21	1.96
70255864--70257246	8	171.4	8	87	5	1597	16	1	33	48	1.56
70261655--70261711	25	2.3	25	78	6	62	33	12	15	38	1.85
70266340--70266398	29	2.0	29	96	0	109	40	16	15	27	1.89
70267470--70267508	21	1.9	21	89	5	62	46	0	5	48	1.24
70268497--70268531	16	2.1	16	89	5	52	34	34	8	22	1.85
70268563--70268615	16	3.3	16	71	10	54	43	18	3	33	1.68
70268802--70269012	117	1.8	117	92	0	359	22	10	22	43	1.84
70269341--70269387	23	2.0	23	100	0	94	27	12	17	42	1.85
70269540--70269682	33	4.3	33	72	13	114	27	2	45	23	1.67
70270370--70270394	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
70275134--70275237	42	2.5	42	84	4	111	34	23	17	25	1.96
70275158--70275237	42	1.9	42	89	0	124	33	25	15	26	1.95
70278441--70278619	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70279787--70279969	40	4.6	40	82	9	205	24	21	28	25	1.99
70279838--70279992	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	26	1.99
70304365--70304503	40	3.5	38	76	7	125	24	26	23	25	2.00
70304809--70304887	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70304869--70304971	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
70306824--70306902	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70307021--70307352	47	7.1	47	94	0	540	28	29	9	32	1.88
70311859--70312134	143	1.9	143	86	0	390	30	18	21	29	1.97
70318400--70318475	3	25.7	3	93	2	127	2	30	0	67	1.05
70319649--70320546	448	2.0	448	99	0	1760	31	14	19	34	1.92
70322647--70322678	15	2.1	15	100	0	64	28	12	18	40	1.87
70324197--70324272	32	2.3	32	88	2	116	27	3	17	51	1.63
70325798--70325824	14	1.9	14	100	0	54	40	22	0	37	1.54
70326281--70326321	22	1.9	22	90	5	66	9	43	26	19	1.82
70328437--70328582	41	3.4	42	72	15	113	25	17	28	29	1.97
70328437--70328592	83	1.8	85	82	6	201	26	17	27	28	1.97
70335791--70335918	49	2.6	49	82	2	150	28	23	28	19	1.98
70335791--70336009	49	4.6	46	70	15	135	29	20	28	21	1.98
70336149--70336204	16	3.5	16	87	0	85	33	5	30	30	1.80
70336186--70336279	44	2.1	46	88	4	138	32	5	26	35	1.79
70340622--70340681	27	2.2	27	85	8	77	68	5	1	25	1.19
70340642--70340693	27	1.9	27	88	7	79	69	5	0	25	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70342232--70342268	13	2.6	14	91	8	58	45	0	40	13	1.43
70345159--70345243	17	4.9	17	71	24	54	75	1	3	20	1.02
70345156--70345248	36	2.6	35	77	15	102	74	1	4	20	1.05
70345173--70345243	22	3.3	22	75	11	65	74	1	4	19	1.06
70345188--70345242	4	13.8	4	74	14	51	76	0	3	20	0.94
70348858--70348915	6	9.8	6	79	3	55	75	6	1	15	1.09
70349964--70350021	30	1.9	30	86	13	84	12	25	34	27	1.91
70350802--70350846	23	2.0	23	90	0	72	24	11	26	37	1.89
70350803--70350852	23	2.2	23	85	0	64	28	10	24	38	1.87
70353352--70353402	12	4.2	12	82	0	57	11	15	49	23	1.78
70361660--70361691	15	2.1	15	100	0	64	28	40	12	18	1.87
70364391--70364447	16	3.6	16	90	0	87	38	3	35	22	1.72
70364386--70364455	16	4.4	16	87	0	86	35	2	32	28	1.72
70364704--70365014	61	5.2	61	69	19	240	50	5	1	42	1.35
70364788--70364839	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
70364672--70365039	120	3.1	120	93	3	598	51	5	1	41	1.34
70365326--70365393	17	3.9	16	74	14	64	27	4	8	58	1.47
70375373--70375602	115	2.0	115	100	0	460	34	13	19	33	1.90
70381657--70381688	14	2.3	14	100	0	64	65	6	6	21	1.38
70383187--70383262	38	2.0	38	97	0	143	40	10	14	34	1.80
70384365--70384420	15	3.7	15	85	0	67	28	14	3	53	1.57
70389323--70389577	64	4.0	64	73	7	194	31	23	31	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70389338--70389575	128	1.9	128	78	5	266	31	22	31	13	1.93
70390165--70390231	28	2.4	27	78	7	71	62	0	7	29	1.22
70390895--70390941	20	2.3	20	92	0	76	29	31	12	25	1.93
70391831--70391896	23	2.8	24	78	17	68	24	4	1	69	1.15
70392004--70392053	24	2.1	23	96	3	91	8	8	4	80	1.03
70392004--70392065	24	2.6	24	87	7	74	8	8	6	77	1.13
70396666--70396818	44	3.4	45	81	12	177	33	24	15	26	1.95
70398274--70398308	16	2.2	16	89	0	52	34	20	2	42	1.66
70400717--70400769	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
70402257--70402338	26	3.2	26	96	0	146	35	23	7	34	1.82
70409527--70409558	6	5.3	6	100	0	64	0	34	15	50	1.45
70419866--70420024	39	4.1	39	89	0	246	25	28	23	22	1.99
70427965--70428054	6	15.0	6	92	0	108	27	1	21	50	1.56
70428344--70428409	22	3.3	22	68	24	72	33	0	13	53	1.41
70428343--70428423	38	2.2	38	97	2	155	34	0	13	51	1.41
70430449--70430489	16	2.5	16	88	4	55	26	2	14	56	1.51
70436401--70436453	19	2.8	20	83	11	67	39	0	1	58	1.09
70436401--70436440	20	2.1	19	90	4	62	37	0	0	62	0.95
70436408--70436453	9	4.7	10	76	13	51	36	0	2	60	1.09
70437769--70437812	17	2.6	17	92	0	79	27	0	18	54	1.44
70452522--70452631	37	3.0	36	76	15	102	52	5	1	40	1.35
70462185--70462447	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70462224--70462482	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
70484891--70485019	46	2.8	46	95	0	222	20	20	28	30	1.98
70502736--70502836	30	3.4	30	69	4	87	26	26	14	31	1.95
70503239--70503263	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
70504209--70504264	10	5.5	10	75	10	51	82	5	3	8	0.94
70505206--70505251	16	3.1	14	82	14	56	76	2	17	4	1.06
70505187--70505251	31	2.1	30	83	13	80	75	3	16	4	1.10
70505332--70505410	30	2.7	29	80	7	88	62	0	25	12	1.31
70510330--70510364	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
70510327--70510374	20	2.4	20	75	0	60	31	18	29	20	1.97
70514353--70514409	5	11.0	5	77	17	55	78	1	17	1	0.91
70514357--70514405	27	1.9	25	84	12	64	79	2	16	2	0.92
70515996--70516173	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70516017--70516172	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70524183--70524333	27	5.6	27	86	1	194	30	28	15	25	1.96
70524183--70524333	55	2.8	55	86	2	198	30	28	15	25	1.96
70528170--70528266	30	3.2	30	74	8	90	27	26	15	29	1.96
70531751--70531860	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
70534565--70534594	16	1.9	16	93	6	53	60	10	3	26	1.45
70534991--70535017	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
70534991--70535039	10	4.8	10	85	5	53	36	32	8	22	1.84
70542219--70542383	24	6.9	24	87	2	224	32	31	13	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70544198--70544307	31	3.5	31	98	0	211	30	26	18	25	1.98
70544526--70544595	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
70545405--70545469	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
70545427--70545478	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
70545499--70545682	54	3.4	54	76	10	169	31	8	20	40	1.81
70545500--70545682	27	6.7	27	79	6	147	31	8	20	40	1.81
70545586--70545724	27	5.2	26	79	6	118	28	9	21	40	1.84
70545714--70545886	27	6.4	27	87	2	213	39	6	24	28	1.81
70547157--70547189	17	1.9	17	93	0	57	42	6	0	51	1.26
70549885--70549909	12	2.1	12	100	0	50	56	8	28	8	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320