genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78179375--78179430	22	2.5	22	80	13	69	69	1	7	21	1.22
78179398--78179516	56	2.2	52	77	14	125	58	5	10	26	1.51
78181124--78181302	72	2.5	72	85	0	234	24	17	24	34	1.96
78183506--78183540	12	2.9	12	84	16	54	22	17	17	42	1.88
78184234--78184292	25	2.3	26	81	18	72	52	5	0	42	1.23
78185376--78185483	52	2.1	52	98	0	207	48	21	12	17	1.81
78186448--78186555	53	2.0	53	91	3	173	44	11	4	39	1.61
78188335--78188365	13	2.4	13	100	0	62	41	0	16	41	1.48
78191315--78191580	70	3.8	69	83	3	275	22	15	24	36	1.93
78191315--78191618	72	4.3	72	81	5	307	23	16	24	35	1.95
78192553--78192617	32	2.0	32	93	0	112	20	10	40	29	1.86
78194214--78194259	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
78194254--78194390	60	2.3	59	81	8	143	27	20	26	25	1.99
78200296--78200324	12	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
78200289--78200326	13	2.8	14	77	22	53	36	0	0	63	0.95
78204650--78205103	229	2.0	229	98	0	872	33	12	20	33	1.90
78205895--78206030	46	3.0	46	89	2	184	22	24	13	39	1.90
78211218--78211491	46	6.0	46	93	0	442	22	24	14	38	1.92
78213857--78213924	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
78214107--78214245	39	3.6	39	93	0	233	12	25	24	38	1.90
78216684--78216727	21	2.1	21	83	8	54	59	0	4	36	1.18
78216694--78216734	21	2.0	20	85	4	55	51	2	4	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78217559--78217605	6	7.8	6	97	0	76	38	34	10	17	1.84
78217663--78217699	7	5.3	7	93	0	65	32	13	27	27	1.94
78223862--78223907	24	2.0	23	91	4	74	73	0	4	21	1.00
78226018--78226613	133	4.4	132	74	6	457	29	20	18	31	1.96
78225982--78226612	44	14.1	44	74	5	406	28	21	17	32	1.96
78227527--78227571	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
78228117--78228146	15	2.0	15	100	0	60	53	0	13	33	1.40
78229418--78229721	46	6.6	46	91	0	430	42	13	23	20	1.88
78231002--78231049	25	1.9	25	95	0	87	22	22	14	39	1.91
78232605--78232668	31	2.1	30	82	8	76	40	0	3	56	1.15
78234537--78234605	34	2.0	34	88	0	102	43	10	23	23	1.84
78234571--78234856	46	6.2	46	86	1	351	44	13	23	18	1.85
78234574--78234856	137	2.1	138	89	0	424	44	13	23	18	1.85
78237323--78237366	22	2.0	22	95	0	79	34	18	11	36	1.86
78246906--78246930	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
78247014--78247039	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
78247021--78247076	15	3.3	16	76	16	51	62	1	5	30	1.28
78247244--78247355	4	28.0	4	73	7	84	65	1	9	23	1.32
78247244--78247355	20	5.6	20	79	8	129	65	1	9	23	1.32
78250278--78250306	7	4.3	7	95	4	51	24	0	0	75	0.80
78252392--78252440	17	2.9	17	79	11	64	63	2	0	34	1.06
78253299--78253386	43	2.0	43	97	0	167	27	22	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78255269--78255318	18	2.7	18	78	9	57	44	4	32	20	1.70
78274848--78274895	25	1.9	25	82	0	60	45	0	2	52	1.12
78280363--78280407	23	2.0	23	86	8	65	28	2	8	60	1.39
78281241--78281272	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
78281241--78281271	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
78281793--78281824	13	2.6	12	90	9	55	0	9	0	90	0.45
78281791--78281836	23	2.0	22	87	4	65	0	8	4	86	0.68
78281793--78281839	12	4.1	11	82	17	51	0	6	6	87	0.68
78282795--78282856	30	2.1	30	93	0	106	22	3	14	59	1.49
78283243--78283281	19	2.1	19	85	0	51	48	5	2	43	1.38
78295343--78295388	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
78295350--78295394	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
78302075--78302120	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
78302082--78302126	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
78305153--78305303	36	4.2	35	83	4	169	21	13	24	41	1.89
78306185--78306264	42	1.9	42	94	0	142	30	18	30	21	1.97
78307055--78307115	28	2.2	28	85	11	81	31	21	24	22	1.98
78307071--78307135	28	2.3	28	84	5	87	33	21	18	26	1.96
78307517--78307568	24	2.2	24	92	0	86	26	7	26	38	1.83
78309091--78309129	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
78309181--78309231	13	3.8	13	80	12	59	74	3	0	21	0.98
78309332--78309377	22	2.0	24	87	8	69	0	47	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78314295--78314320	3	8.7	3	100	0	52	0	30	34	34	1.58
78319234--78319302	33	2.1	33	100	0	138	39	31	5	23	1.78
78319262--78319373	55	2.0	55	98	0	215	41	27	8	22	1.81
78319655--78319680	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
78319612--78319678	9	7.6	9	75	9	50	62	2	0	34	1.10
78327046--78327103	23	2.7	21	77	12	64	53	1	1	43	1.21
78335604--78335660	22	2.4	25	80	13	68	43	0	1	54	1.10
78335597--78335670	29	2.6	27	82	6	85	47	0	2	50	1.15
78335717--78335749	16	2.1	16	94	0	57	51	0	0	48	1.00
78343218--78343257	21	2.0	20	85	5	53	42	5	2	50	1.37
78344032--78344114	41	2.0	41	97	0	157	14	27	9	48	1.75
78344681--78344719	20	2.0	20	94	0	69	33	0	12	53	1.39
78344881--78344940	26	2.3	26	97	0	111	46	6	6	40	1.56
78344937--78344976	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
78345152--78345191	15	2.7	14	85	11	53	72	2	20	5	1.15
78346120--78346217	40	2.6	37	75	15	101	14	24	30	30	1.94
78348359--78348388	12	2.5	12	88	0	51	50	0	0	50	1.00
78349059--78349166	33	3.4	33	71	20	104	36	0	11	52	1.37
78349057--78349175	60	2.0	60	91	3	195	33	0	12	53	1.39
78349456--78349521	27	2.4	27	82	5	71	24	25	28	21	1.99
78349571--78349619	19	2.5	20	83	3	64	65	2	0	32	1.04
78353617--78353659	19	2.3	19	84	8	52	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78353652--78353788	60	2.3	60	85	8	172	29	20	24	25	1.99
78354882--78354953	34	2.1	36	82	7	87	43	11	26	19	1.84
78358251--78358387	60	2.3	60	86	6	179	29	19	24	27	1.99
78358294--78358392	28	3.4	28	69	28	82	29	18	25	27	1.98
78360342--78360371	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
78362278--78362477	42	4.7	43	69	17	150	29	17	27	25	1.97
78362250--78362477	84	2.7	84	94	0	402	28	18	28	25	1.98
78362261--78362493	43	5.5	43	70	14	189	27	18	28	24	1.98
78367613--78367668	25	2.2	25	96	0	103	44	14	16	25	1.84
78369481--78369591	57	2.0	56	90	1	177	27	19	18	34	1.95
78371042--78371076	16	2.2	16	90	10	54	82	2	2	11	0.88
78372434--78372609	46	3.8	46	78	12	198	21	20	28	29	1.98
78372431--78372601	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
78374574--78374602	13	2.1	14	93	6	51	68	3	6	20	1.27
78382658--78382682	11	2.3	11	100	0	50	44	12	16	28	1.83
78384885--78384973	30	3.0	30	91	0	133	21	1	44	32	1.59
78386741--78386864	35	3.5	35	83	6	144	19	8	29	42	1.81
78387599--78387724	63	2.0	63	98	0	243	35	12	15	36	1.85
78388917--78388969	21	2.5	21	81	0	70	30	24	26	18	1.98
78388917--78388977	21	2.8	21	85	5	68	32	26	24	16	1.96
78390357--78390391	6	5.8	6	100	0	70	68	0	14	17	1.21
78393776--78393802	10	2.7	10	100	0	54	62	7	0	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78393810--78393857	11	4.3	11	89	10	71	70	0	2	27	0.98
78393810--78393857	24	2.1	22	88	11	71	70	0	2	27	0.98
78395332--78395448	49	2.4	49	82	1	135	34	11	11	41	1.79
78396461--78396498	20	1.9	20	94	0	67	55	15	0	28	1.41
78398640--78398679	20	2.0	20	90	9	64	32	12	30	25	1.92
78405412--78405450	12	3.2	12	81	0	51	30	58	2	7	1.39
78405428--78405468	9	4.6	9	82	11	57	21	63	2	12	1.40
78405447--78405524	30	2.6	30	79	0	93	24	57	3	14	1.53
78405518--78405698	60	3.0	60	80	7	156	24	57	4	13	1.54
78405579--78405636	24	2.4	24	85	0	80	27	58	0	13	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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