genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18629688--18629858	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
18634755--18634799	24	1.9	23	86	4	63	28	22	8	40	1.84
18636773--18636947	46	3.8	46	76	13	196	29	29	20	21	1.98
18636780--18636951	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
18642209--18642265	27	2.1	27	90	0	87	36	17	5	40	1.72
18643364--18643410	21	2.2	21	96	0	85	23	31	0	44	1.54
18645675--18645701	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
18646184--18646361	27	6.5	28	85	4	170	29	15	27	28	1.96
18646185--18646340	82	1.9	81	81	6	190	29	15	27	27	1.96
18653783--18653809	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
18654292--18654469	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18654293--18654448	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18654289--18654469	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18665316--18665478	65	2.5	66	84	1	211	33	20	11	34	1.89
18665315--18665478	33	5.0	33	84	4	197	33	20	11	34	1.88
18665471--18665597	29	4.4	29	95	0	227	22	29	13	33	1.92
18671061--18671247	40	4.7	40	89	0	275	32	27	20	19	1.97
18681298--18681402	27	3.9	27	84	9	126	34	22	23	19	1.96
18683016--18683123	26	4.2	26	95	0	198	37	25	6	30	1.81
18691749--18691773	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
18692320--18692498	27	6.6	27	82	6	191	27	15	27	29	1.96
18692322--18692472	82	1.9	81	87	4	223	27	15	27	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18692318--18692498	82	2.2	81	80	4	213	28	14	27	29	1.96
18699166--18699190	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
18699736--18699914	27	6.6	27	79	6	173	28	14	27	29	1.95
18699734--18699914	82	2.2	81	78	4	195	28	14	27	29	1.95
18709384--18709659	143	1.9	143	94	1	482	27	23	14	34	1.94
18716474--18716511	20	1.9	20	84	10	51	26	2	5	65	1.27
18730504--18730583	26	2.9	27	76	9	81	37	17	13	31	1.89
18730584--18730714	65	2.0	65	95	0	235	25	14	17	42	1.87
18732447--18732620	46	3.8	44	80	9	179	21	29	20	28	1.98
18732358--18732619	94	2.8	92	77	12	239	23	29	18	29	1.98
18738715--18738871	43	3.6	44	74	9	144	32	22	16	28	1.96
18749880--18749946	27	2.5	27	83	9	84	22	25	20	31	1.98
18761152--18761414	40	6.7	40	86	6	333	26	20	27	25	1.99
18761152--18761414	79	3.3	79	84	7	331	26	20	27	25	1.99
18761204--18761420	119	1.8	119	88	2	337	26	20	28	25	1.99
18761204--18761447	119	2.1	118	85	3	330	26	20	27	25	1.99
18761153--18761447	79	3.7	79	80	8	302	27	20	27	24	1.99
18763270--18763417	57	2.6	57	79	4	147	29	21	18	31	1.97
18764379--18764418	15	2.6	16	84	4	55	30	10	2	57	1.45
18788224--18788338	55	2.1	55	80	9	128	18	24	34	22	1.96
18788844--18788911	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
18795558--18795596	15	2.6	16	84	8	55	53	15	17	12	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18795999--18796032	18	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36
18797205--18797349	52	2.8	52	84	3	157	23	17	31	26	1.97
18803875--18804083	53	3.9	53	77	1	202	21	23	17	37	1.94
18809641--18809681	10	4.4	10	79	17	52	60	2	19	17	1.46
18809935--18810009	26	2.9	26	79	0	87	38	14	18	28	1.90
18815304--18815328	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
18817665--18817979	48	6.6	48	77	7	311	24	27	20	26	1.99
18817665--18817979	143	2.2	144	84	6	408	24	27	20	26	1.99
18817665--18817996	96	3.5	96	81	5	363	25	28	19	26	1.99
18819855--18819894	21	1.9	21	84	0	53	45	10	15	30	1.78
18838740--18838782	20	2.3	18	81	14	52	44	0	18	37	1.50
18839432--18839695	46	5.6	48	75	11	206	29	18	29	22	1.98
18839432--18839800	48	7.7	48	74	11	233	28	19	28	23	1.98
18839575--18839796	49	4.6	50	78	6	199	27	18	28	24	1.98
18839432--18839793	94	3.8	95	81	6	315	28	18	29	23	1.98
18843232--18843278	24	2.0	24	86	0	67	44	4	36	14	1.65
18849956--18849994	21	1.9	19	85	10	51	33	12	2	51	1.54
18850517--18850896	48	7.9	48	77	0	373	26	27	18	27	1.98
18850520--18850896	96	3.9	96	85	0	520	26	27	18	27	1.98
18850517--18850893	144	2.6	145	79	0	416	26	27	18	27	1.98
18856111--18856169	29	2.0	29	96	0	109	35	15	15	33	1.89
18859977--18860087	51	2.2	51	98	0	213	26	9	29	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18860721--18861052	48	6.9	48	81	2	355	29	17	25	27	1.97
18863782--18864026	49	4.9	49	78	4	249	29	25	17	27	1.97
18868949--18869187	49	4.8	49	85	4	309	29	25	18	25	1.98
18868950--18869187	101	2.4	98	85	3	307	29	26	18	25	1.98
18872819--18872878	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
18872919--18872970	27	2.0	26	84	3	68	38	21	23	17	1.93
18880303--18880438	66	2.0	65	83	7	164	31	20	27	19	1.97
18880372--18880423	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
18887596--18887690	43	2.2	43	83	7	113	34	21	16	27	1.95
18887595--18887735	43	3.3	42	78	11	110	33	21	17	28	1.95
18893038--18893198	35	4.6	35	76	6	137	27	9	21	41	1.84
18893038--18893202	70	2.4	69	79	8	156	26	9	21	42	1.83
18899037--18899066	15	2.0	15	93	0	51	36	20	16	26	1.93
18903596--18903928	48	6.9	48	81	3	393	28	18	26	26	1.98
18903596--18903919	96	3.4	96	87	2	438	28	18	26	26	1.98
18903592--18903928	144	2.3	144	89	1	496	28	18	26	27	1.98
18907662--18907701	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
18908760--18908873	43	2.7	43	79	6	151	24	19	25	30	1.98
18909614--18909770	43	3.7	43	74	12	135	22	15	26	35	1.94
18914459--18914583	47	2.7	45	80	7	133	29	20	28	22	1.98
18918257--18918333	38	2.0	38	94	0	136	28	27	15	28	1.96
18918264--18918480	95	2.4	85	81	14	299	30	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18918278--18918470	95	2.0	95	95	0	350	31	26	13	27	1.94
18918297--18918525	48	4.8	48	77	7	243	31	24	14	30	1.94
18922113--18922140	12	2.3	12	100	0	56	32	42	17	7	1.77
18922996--18923088	24	3.8	24	77	11	82	22	24	22	30	1.99
18923006--18923064	23	2.5	24	84	10	77	20	22	23	33	1.97
18925498--18925554	27	2.1	29	87	9	84	54	12	12	21	1.69
18927216--18927240	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
18927790--18927967	27	6.6	27	80	7	164	27	15	26	30	1.96
18927791--18927941	82	1.9	81	85	4	214	27	15	27	29	1.96
18927898--18927978	27	3.0	27	83	0	63	27	14	25	32	1.95
18934386--18934410	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
18934958--18935135	27	6.6	27	81	7	173	27	15	27	29	1.96
18934959--18935109	82	1.9	81	87	4	223	27	15	27	28	1.96
18935040--18935146	27	3.9	27	83	1	70	26	14	27	31	1.95
18938613--18938637	12	2.1	12	100	0	50	0	44	32	24	1.54
18939430--18939582	42	3.7	40	74	11	130	29	24	14	31	1.95
18943807--18943977	93	1.8	93	91	0	279	30	28	18	22	1.97
18943802--18943974	46	3.7	46	75	13	174	31	27	18	22	1.97
18943852--18943993	46	3.1	45	71	18	114	29	28	18	23	1.98
18946918--18946971	26	2.1	26	82	0	63	31	22	20	25	1.98
18946955--18947139	27	6.9	27	82	6	171	38	21	8	31	1.83
18947128--18947510	27	14.2	26	84	4	397	31	21	6	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18947101--18947510	81	5.1	80	85	1	451	31	21	6	40	1.79
18948015--18948158	6	23.8	6	77	14	127	22	16	12	48	1.79
18948040--18948147	42	2.6	42	91	2	164	23	15	12	49	1.78
18949770--18949939	27	6.3	27	82	5	175	41	21	7	30	1.79
18949943--18950325	27	14.2	27	84	0	451	31	21	5	41	1.76
18950559--18950610	27	2.0	26	88	3	77	17	30	21	30	1.96
18950586--18950719	40	3.6	40	66	21	110	22	30	19	27	1.98
18950540--18950768	71	3.3	71	90	2	349	21	30	20	27	1.98
18950871--18951026	6	25.8	6	76	18	155	20	16	14	49	1.79
18950896--18951026	54	2.4	54	92	7	230	20	15	13	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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