Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  269  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87155614--87155651
19
2.0
19
94
0
67
31
23
10
34
1.89
87155727--87155752
7
3.7
7
100
0
52
84
0
0
15
0.62
87159083--87159140
9
6.7
9
76
21
61
60
0
39
0
0.97
87159080--87159144
15
4.5
15
82
7
89
60
0
40
0
0.97
87159084--87159140
3
19.7
3
73
20
50
61
0
38
0
0.96
87159083--87159130
25
2.0
24
91
4
78
62
0
37
0
0.95
87159086--87159140
19
2.9
19
82
17
71
61
0
38
0
0.96
87159083--87159140
5
11.2
5
82
17
66
60
0
39
0
0.97
87160919--87160952
14
2.4
14
100
0
68
35
14
5
44
1.70
87162087--87162310
62
3.6
62
95
0
403
49
8
6
35
1.58
87164557--87164710
64
2.3
65
81
7
175
23
30
14
31
1.95
87165221--87165281
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
87168072--87168118
25
2.0
25
83
8
62
27
14
4
53
1.60
87168379--87168644
46
6.0
46
85
7
343
21
24
15
38
1.92
87168558--87168633
38
2.0
38
97
0
143
22
26
19
31
1.98
87173046--87173111
19
3.5
19
74
0
60
13
10
16
59
1.61
87204768--87204946
98
1.8
98
84
2
243
34
11
22
32
1.89
87204802--87204976
65
2.7
66
80
4
176
35
12
23
28
1.91
87204785--87204946
33
4.9
33
83
3
175
33
12
21
32
1.91
87204818--87204961
33
4.4
33
79
5
139
30
15
23
30
1.95
87204834--87204976
66
2.2
64
81
6
171
34
12
24
27
1.92
87204762--87204973
98
2.1
98
80
5
230
34
12
22
30
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87204857--87204973
33
3.6
32
82
5
135
30
13
26
29
1.94
87211236--87211346
26
4.4
26
71
20
74
62
3
5
28
1.34
87211270--87211346
22
3.3
22
78
18
66
64
3
3
27
1.28
87211292--87211366
27
2.8
25
82
11
87
60
5
5
29
1.41
87211814--87211860
23
2.0
25
83
8
62
57
6
8
27
1.53
87213139--87213189
13
3.9
13
80
14
52
37
1
0
60
1.08
87213144--87213189
3
15.7
3
80
13
51
34
2
0
63
1.07
87213314--87213378
16
3.9
17
76
11
55
27
6
3
63
1.33
87213323--87213539
3
71.0
3
68
13
77
28
6
4
60
1.41
87213329--87213406
28
2.7
28
77
15
79
29
5
2
62
1.30
87213321--87213412
31
2.9
32
79
6
89
30
6
2
60
1.34
87213702--87213734
17
1.9
17
88
11
50
24
9
0
66
1.20
87213762--87213852
3
29.7
3
81
8
103
26
3
2
68
1.17
87215118--87215201
36
2.4
36
76
6
82
50
1
1
47
1.16
87215179--87215236
26
2.3
26
75
22
61
39
1
0
58
1.08
87217923--87217991
20
3.4
20
84
4
84
47
8
10
33
1.68
87217937--87218002
21
3.2
21
85
12
100
48
9
6
36
1.60
87217923--87218002
41
2.0
41
89
0
124
47
10
8
33
1.68
87219512--87219548
18
2.0
19
89
5
58
29
45
5
18
1.72
87220057--87220108
24
2.2
23
83
10
61
36
3
0
59
1.16
87220076--87220293
48
4.5
47
74
14
142
33
6
4
55
1.46
87220124--87220268
25
5.8
25
74
12
102
32
6
4
55
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87220262--87220310
23
2.1
23
85
7
64
32
6
2
59
1.34
87220428--87220462
16
2.3
15
90
5
52
31
2
2
62
1.24
87242279--87242654
148
2.6
146
87
4
490
30
17
20
31
1.96
87242253--87242654
73
5.5
73
86
5
490
30
17
20
30
1.96
87242614--87242841
87
2.6
86
77
10
214
29
14
19
35
1.92
87243471--87243526
18
3.4
18
68
27
61
25
48
7
19
1.74
87243461--87243546
30
2.9
30
94
0
154
26
48
5
18
1.70
87244010--87244139
25
5.5
23
73
10
86
35
6
3
55
1.40
87244075--87244226
25
6.0
26
73
13
95
33
6
4
55
1.46
87244204--87244262
23
2.8
20
72
16
57
32
6
5
55
1.48
87246973--87247034
28
2.3
26
88
5
88
66
1
1
30
1.11
87253257--87253311
5
11.0
5
76
7
58
43
0
3
52
1.18
87253727--87253755
12
2.5
12
94
5
51
37
0
0
62
0.96
87253754--87253800
3
15.7
3
100
0
94
0
0
31
68
0.90
87254645--87254819
77
2.3
75
81
13
184
41
1
19
38
1.59
87255146--87255231
21
4.1
21
83
3
111
19
22
23
34
1.96
87257552--87257615
32
2.0
32
96
0
119
48
20
6
25
1.72
87260588--87260641
27
2.0
26
82
10
65
38
0
11
50
1.38
87263277--87263321
7
6.6
7
84
5
65
0
17
0
82
0.68
87263277--87263323
13
3.5
13
88
2
67
0
19
0
80
0.70
87263277--87263321
20
2.2
21
88
4
65
0
17
0
82
0.68
87275678--87275719
21
2.0
21
85
0
57
26
4
7
61
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87276241--87276288
21
2.2
21
85
3
60
35
0
14
50
1.44
87277737--87277795
30
1.9
31
86
3
84
50
1
16
30
1.55
87282509--87282556
25
1.9
25
86
0
69
54
10
4
31
1.53
87302440--87302482
21
2.0
21
81
0
50
37
2
4
55
1.33
87305735--87305776
21
2.0
21
85
0
57
26
4
7
61
1.42
87305820--87305861
14
2.9
14
77
19
50
26
2
2
69
1.13
87307795--87307853
30
1.9
31
86
3
84
50
1
16
30
1.55
87313567--87314088
132
4.0
131
76
6
428
35
17
18
28
1.94
87316860--87317159
44
6.8
44
92
2
451
25
30
15
28
1.96
87320671--87320763
23
3.8
23
74
16
80
16
4
34
45
1.67
87320644--87320727
28
3.0
28
89
1
123
20
3
29
46
1.67
87320944--87321004
21
2.8
21
75
5
59
18
26
24
31
1.97
87335955--87336421
131
3.5
133
78
4
365
34
18
18
28
1.94
87339211--87339468
44
5.9
42
78
10
223
27
27
14
30
1.95
87339208--87339465
88
2.9
87
84
3
338
27
27
13
31
1.94
87339215--87339463
132
1.9
132
84
5
333
28
27
14
30
1.95
87351609--87351853
132
1.9
132
89
1
384
33
17
18
30
1.94
87354277--87354351
5
14.8
5
69
22
50
1
20
4
74
1.05
87354270--87354332
26
2.7
22
71
19
56
1
23
3
71
1.09
87354278--87354350
26
3.0
26
78
11
75
1
20
4
73
1.06
87354519--87354558
3
13.3
3
100
0
80
67
0
0
32
0.91
87360118--87360186
16
4.2
16
92
3
120
24
1
37
36
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87360118--87360186
33
2.1
32
94
2
120
24
1
37
36
1.65
87360167--87360257
45
2.0
45
85
2
121
27
6
28
37
1.82
87360422--87360456
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
87360405--87360990
119
4.9
120
98
0
1122
47
6
2
43
1.40
87366895--87367034
47
2.9
46
82
4
136
30
27
12
30
1.93
87367036--87367122
31
2.8
31
92
0
138
28
27
16
27
1.97
87367142--87367274
50
2.7
50
93
0
239
26
20
16
36
1.93
87371140--87371164
13
1.9
13
100
0
50
24
12
8
56
1.62
87383554--87383626
20
3.7
19
81
13
94
69
1
4
24
1.13
87383561--87383648
39
2.2
41
84
9
112
64
1
5
28
1.23
87385071--87385104
7
4.9
7
96
0
59
11
41
29
17
1.85
87386317--87386367
20
2.3
23
83
12
63
41
0
1
56
1.10
87396560--87396614
22
2.4
22
82
11
58
56
1
0
41
1.10
87399650--87399745
50
1.9
50
86
0
138
31
23
15
29
1.96
87402801--87402845
22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
87405641--87405685
22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
87408186--87408254
34
2.0
34
94
0
120
49
4
18
27
1.67
87418894--87418929
13
2.8
13
91
4
56
52
2
0
44
1.15
87426638--87426786
56
2.7
55
86
10
221
46
14
6
32
1.69
87426713--87426737
13
1.9
13
100
0
50
48
20
0
32
1.50
87433807--87433835
14
2.0
15
93
6
51
62
3
13
20
1.46
87435489--87435657
93
1.8
93
83
5
225
27
20
18
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
87436965--87437682
47
15.3
47
93
0
1175
28
28
8
35
1.86
87437369--87437444
22
3.3
22
67
16
64
27
30
9
32
1.88
87437510--87437585
22
3.3
22
66
16
64
26
30
10
32
1.90
87440149--87440254
44
2.4
44
85
3
151
25
20
21
32
1.98
87440133--87440590
138
3.3
137
76
6
426
27
20
19
32
1.97
87441115--87441188
37
2.0
37
97
0
139
51
17
10
20
1.75
87442635--87442780
41
3.6
41
93
3
233
28
25
19
26
1.99
87459935--87459982
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
87459931--87459986
24
2.3
24
81
6
69
66
1
1
30
1.12
87459931--87459982
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320