genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586--656	32	2.2	32	80	5	81	23	25	28	22	2.00
600--654	16	3.4	16	78	9	67	25	23	27	23	2.00
6912--6973	11	5.8	11	81	9	67	22	1	1	74	1.00
6912--6973	13	4.5	13	76	13	61	22	1	1	74	1.00
7031--7088	30	1.9	30	92	0	98	31	0	10	58	1.31
18395--18485	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
18466--18534	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
18466--18534	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
21142--21314	52	3.3	52	80	5	186	32	28	14	23	1.94
35582--35625	22	2.0	21	82	4	52	29	20	15	34	1.94
37271--37586	154	2.0	155	98	1	607	37	15	15	31	1.90
39933--39966	16	2.1	16	94	0	59	50	35	5	8	1.58
42027--42169	71	2.0	71	94	0	250	39	6	26	26	1.81
44358--44425	3	22.7	3	85	5	93	63	1	4	30	1.23
45842--45953	43	2.6	44	78	5	120	26	22	20	30	1.98
46140--46527	177	2.2	174	88	3	582	24	22	23	30	1.99
46140--46526	88	4.4	88	92	2	575	24	22	22	30	1.99
48225--48269	24	1.9	23	82	13	56	8	0	11	80	0.92
53369--53435	3	22.7	3	82	8	84	62	1	4	31	1.24
54844--54955	43	2.6	44	78	5	120	26	22	20	30	1.98
55142--55529	177	2.2	174	88	3	582	24	22	23	30	1.99
55142--55528	88	4.4	88	92	2	575	24	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57221--57265	24	1.9	23	82	13	56	8	0	11	80	0.92
62387--62457	3	23.7	3	85	5	99	63	1	4	30	1.22
64728--64976	125	2.0	125	100	0	498	28	19	17	34	1.95
69022--69075	16	3.4	16	79	5	74	27	22	25	24	2.00
69196--69290	42	2.3	43	81	5	122	32	11	31	24	1.91
70300--70386	43	2.0	43	97	0	165	45	22	14	16	1.84
71607--71644	13	3.0	13	80	7	51	55	36	7	0	1.29
71793--71850	21	2.8	21	85	12	84	50	24	15	10	1.75
76923--76971	11	4.6	10	84	2	53	18	2	4	75	1.06
76925--76969	19	2.4	19	82	10	58	15	2	4	77	1.02
76912--76994	22	3.9	22	76	3	71	20	4	4	69	1.25
77015--77064	21	2.4	21	79	0	55	30	0	6	64	1.18
85948--85985	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
87444--87489	18	2.8	16	78	15	58	43	8	13	34	1.74
88922--88991	19	3.2	20	76	20	61	67	5	1	25	1.21
88954--88997	19	2.2	20	80	4	54	77	4	2	15	1.04
99731--99835	35	3.0	35	97	0	192	18	30	27	23	1.97
99778--99834	19	3.2	19	67	23	59	17	29	28	24	1.97
99749--99853	35	3.1	34	89	5	115	20	27	29	22	1.98
103103--103188	42	2.0	42	95	0	154	40	13	16	29	1.87
109329--109480	35	4.1	35	81	15	196	30	16	19	33	1.94
109370--109495	45	3.0	45	74	21	164	34	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109335--109495	80	2.0	80	98	0	313	32	15	18	32	1.92
123697--123731	17	2.1	17	88	0	52	17	5	28	48	1.69
142602--142626	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
144381--144493	51	2.2	51	81	6	122	45	4	12	38	1.62
145905--145954	21	2.4	21	89	0	82	40	4	6	50	1.46
158318--158410	18	5.2	18	85	0	132	31	13	24	30	1.94
158318--158410	36	2.6	36	89	0	150	31	13	24	30	1.94
159288--159336	22	2.2	22	86	13	66	57	0	2	40	1.10
166715--166781	34	2.0	34	100	0	134	26	11	14	46	1.80
175057--175146	44	2.0	44	97	0	171	38	14	11	35	1.82
187099--187151	23	2.3	23	80	6	63	60	3	9	26	1.45
191572--191619	19	2.5	20	74	16	55	45	0	6	47	1.27
194904--194937	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
197315--197355	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
199261--199294	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
202104--202160	16	3.5	17	74	11	57	50	1	1	45	1.22
202107--202160	24	2.2	25	77	9	58	50	1	1	46	1.23
205426--205481	28	2.0	28	89	0	85	42	10	8	37	1.71
213519--213570	26	2.0	26	100	0	104	46	11	19	23	1.82
215419--215457	14	2.5	15	84	15	53	43	2	0	53	1.14
216865--216918	13	3.8	14	75	20	58	51	11	12	24	1.72
216859--216922	30	2.1	30	100	0	128	48	9	14	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217306--217427	63	2.0	62	83	8	158	42	21	7	28	1.79
219791--219820	6	5.0	6	100	0	60	16	50	0	33	1.46
228496--228520	11	2.3	11	100	0	50	28	28	0	44	1.55
240861--240924	31	2.1	31	93	0	110	35	7	9	46	1.65
242987--243024	16	2.3	17	86	4	51	28	2	7	60	1.38
248429--248465	17	2.2	17	95	0	65	48	0	0	51	1.00
248612--248645	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
265058--265491	214	2.0	211	96	3	796	37	4	13	44	1.65
265462--265512	20	2.5	20	81	9	59	39	5	11	43	1.66
266482--266525	23	2.0	23	86	4	63	50	0	2	47	1.13
268835--268874	19	2.0	20	85	14	55	42	0	7	50	1.30
274789--275098	172	1.8	171	89	3	489	43	20	12	23	1.85
274971--275387	148	2.8	147	83	5	529	41	23	12	23	1.87
275602--275644	18	2.4	18	88	7	61	79	18	2	0	0.85
275597--275647	20	2.6	21	78	12	54	78	19	1	0	0.85
282944--282983	20	2.0	21	90	5	64	20	30	22	27	1.98
294587--294620	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
299225--299258	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
301745--301789	15	3.0	15	83	6	56	35	13	0	51	1.41
305840--305903	21	3.1	20	80	6	83	35	25	21	17	1.95
306161--306204	13	3.4	12	84	12	52	29	11	0	59	1.32
306976--307032	30	2.0	28	86	10	80	0	24	8	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332825--332924	50	2.0	50	100	0	200	28	8	14	50	1.70
335699--335813	58	2.0	59	84	5	153	40	8	11	40	1.72
336274--336319	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
337366--337403	18	2.2	18	85	4	51	2	10	2	84	0.83
344577--344603	12	2.2	12	100	0	54	29	0	7	62	1.22
344564--344605	12	3.8	11	81	9	50	35	0	14	50	1.43
354777--354803	12	2.2	12	100	0	54	37	22	0	40	1.54
365264--365297	9	3.4	10	88	12	52	20	11	0	67	1.21
371277--371317	19	2.2	19	100	0	82	29	9	24	36	1.87
371887--371926	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
371890--371933	20	2.2	20	91	0	70	54	0	6	38	1.27
371936--371997	32	1.9	32	83	6	81	50	1	0	48	1.10
380280--380534	142	1.8	140	86	6	372	43	5	3	47	1.43
383123--383185	29	2.1	31	85	5	85	38	6	1	53	1.36
384207--384299	18	5.2	18	88	0	141	31	22	12	33	1.92
384207--384303	36	2.7	36	95	3	169	31	21	13	32	1.92
388397--388439	11	4.0	11	81	3	52	30	4	46	18	1.69
388990--389018	15	1.9	15	100	0	58	31	6	20	41	1.79
389026--389060	12	2.9	12	86	0	52	25	8	8	57	1.57
393358--393398	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
397152--397201	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
397155--397197	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
397260--397288	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
397281--397314	11	3.1	11	91	0	50	85	0	14	0	0.60
397416--397440	12	2.1	12	100	0	50	84	8	8	0	0.79
397573--397649	23	3.3	23	85	12	104	83	0	16	0	0.66
397590--397648	7	7.9	7	92	7	82	84	0	15	0	0.62
397590--397648	15	3.9	14	87	12	82	84	0	15	0	0.62
397573--397648	30	2.5	30	87	10	102	82	0	17	0	0.66
398191--398246	18	3.1	19	79	5	62	33	10	14	41	1.80
398191--398264	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
398314--398367	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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