genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101546034--101546204	71	2.4	71	95	0	306	50	12	14	22	1.76
101549004--101549035	16	2.1	16	94	5	57	31	3	6	59	1.38
101554914--101556561	220	7.5	220	84	1	1944	29	22	14	32	1.94
101556395--101556700	164	1.9	164	89	0	477	27	21	13	37	1.91
101555958--101557166	605	2.0	601	84	3	1556	29	21	14	34	1.93
101556559--101562268	220	26.0	220	84	2	6728	29	21	15	33	1.94
101556559--101562268	441	13.0	439	84	2	6701	29	21	15	33	1.94
101563412--101563548	35	3.7	39	75	12	130	33	21	11	32	1.90
101563493--101563568	35	2.2	35	85	2	100	34	27	9	28	1.88
101564766--101564800	16	2.1	17	89	5	54	42	28	0	28	1.56
101566199--101566346	46	3.2	46	70	13	126	29	29	18	22	1.98
101567655--101577406	220	44.5	219	82	3	10333	29	21	15	33	1.94
101578628--101578728	40	2.7	39	83	8	129	36	22	6	33	1.81
101580868--101580908	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
101582110--101582156	25	1.9	24	86	4	67	10	10	6	72	1.28
101582803--101585515	220	12.4	220	85	2	3394	28	22	16	33	1.95
101582803--101585515	658	4.1	660	84	3	3413	28	22	16	33	1.95
101586100--101586150	20	2.4	21	87	12	70	54	0	1	43	1.11
101586414--101586444	16	2.0	16	93	6	55	45	6	6	41	1.55
101592779--101592818	18	2.2	19	86	4	55	30	0	15	55	1.41
101592879--101592956	32	2.5	31	81	10	88	44	15	6	33	1.72
101592980--101593008	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101595052--101595098	15	3.1	15	84	0	67	31	21	0	46	1.51
101595366--101595394	7	4.3	7	91	8	51	13	0	13	72	1.13
101597824--101598000	50	3.5	50	89	0	255	36	14	21	27	1.93
101597976--101598155	31	5.8	31	88	2	272	28	18	26	26	1.98
101598248--101598342	49	2.0	48	87	6	138	27	15	25	31	1.96
101603706--101603743	19	2.0	19	89	0	58	52	0	10	36	1.36
101605474--101605769	39	7.5	39	92	0	475	19	22	28	29	1.98
101631561--101631619	26	2.2	27	84	3	75	16	3	1	77	0.98
101640248--101640701	101	4.4	101	77	7	414	31	28	13	27	1.94
101640248--101640703	209	2.2	201	83	3	552	31	28	13	27	1.94
101656166--101656241	35	2.1	35	83	9	91	42	3	6	47	1.48
101675155--101675189	16	2.1	17	94	5	63	28	0	0	71	0.86
101687714--101687773	15	3.9	15	75	14	59	18	3	1	76	1.00
101696370--101696822	101	4.4	101	77	7	387	31	28	13	26	1.94
101696370--101696824	202	2.2	200	82	4	525	31	28	13	27	1.94
101704868--101704925	20	2.6	23	81	10	59	46	5	0	48	1.24
101715761--101716176	145	2.9	144	87	2	597	28	13	20	36	1.91
101716684--101716726	22	1.9	22	85	4	59	53	6	0	39	1.28
101717850--101718035	97	1.9	97	85	4	259	31	10	17	40	1.83
101733974--101734015	18	2.3	19	83	4	50	66	0	0	33	0.92
101745226--101745265	21	2.0	21	90	5	64	70	0	0	30	0.88
101748280--101748345	3	22.0	3	84	6	89	34	1	33	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101762741--101762772	8	4.0	8	95	0	55	37	46	0	15	1.46
101771859--101771898	21	1.9	21	84	0	53	40	42	2	15	1.60
101771851--101771891	14	2.9	15	85	7	59	34	43	2	19	1.64
101771880--101771927	15	3.3	15	76	5	53	43	35	0	20	1.52
101771883--101771990	22	5.0	21	68	16	60	45	29	0	25	1.54
101771951--101771995	14	3.2	14	80	0	54	48	26	0	24	1.51
101772089--101772136	21	2.2	22	88	3	71	43	29	0	27	1.55
101772201--101772235	15	2.4	14	86	9	52	45	31	0	22	1.53
101772203--101772263	22	2.8	21	78	7	59	50	24	0	24	1.49
101772491--101772594	40	2.6	38	79	11	111	31	20	21	26	1.98
101779484--101779727	133	1.8	131	85	5	339	26	18	18	36	1.94
101783735--101783848	58	2.0	58	80	3	131	29	11	13	45	1.78
101783792--101783877	31	2.8	31	82	5	104	26	13	12	46	1.80
101788433--101788654	111	2.0	111	86	1	311	33	24	13	27	1.94
101790531--101790567	19	1.9	19	88	0	56	51	2	5	40	1.39
101792340--101793094	132	5.7	132	92	0	1195	29	24	17	28	1.97
101792340--101793094	396	1.9	396	94	1	1343	29	24	17	28	1.97
101797841--101797881	21	2.0	21	85	0	55	2	41	2	53	1.27
101812667--101812693	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
101816965--101817048	29	2.9	29	78	18	93	36	5	1	55	1.32
101828541--101828604	31	2.1	30	88	8	94	50	1	0	48	1.10
101833250--101833288	19	2.1	19	100	0	78	41	15	15	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101834002--101834041	16	2.5	16	83	0	53	52	5	12	30	1.60
101834813--101834869	27	2.1	27	80	6	62	63	1	0	35	1.05
101839215--101839249	3	11.7	3	100	0	70	0	34	31	34	1.58
101841848--101842066	73	3.0	73	91	0	366	29	16	28	25	1.97
101842852--101842919	16	4.3	16	67	10	50	55	0	4	39	1.20
101842848--101842925	23	3.3	23	67	10	68	57	0	6	35	1.24
101842849--101842942	47	2.0	47	97	0	179	55	0	5	39	1.23
101843200--101843232	17	2.0	17	94	5	59	63	0	0	36	0.95
101845180--101845221	21	2.0	21	86	4	59	38	0	0	61	0.96
101845182--101845233	26	2.0	26	88	0	77	44	0	0	55	0.99
101846307--101846355	26	1.9	25	83	4	62	32	0	6	61	1.21
101847973--101848006	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
101850806--101850846	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
101852751--101852784	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
101862980--101863021	20	2.1	20	100	0	84	30	4	4	59	1.39
101868983--101869111	63	2.0	64	92	1	215	28	26	15	29	1.96
101870272--101870296	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
101879299--101879331	18	1.9	17	88	11	50	72	0	3	24	0.98
101883776--101883886	47	2.4	47	84	3	152	34	24	17	24	1.96
101884627--101884666	12	3.3	12	85	0	53	2	22	0	75	0.93
101884687--101884717	4	7.8	4	92	0	53	3	25	0	70	1.02
101891885--101891918	2	17.5	2	87	6	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101893592--101893667	15	4.9	16	72	20	63	63	3	2	30	1.26
101896089--101896126	16	2.4	16	86	4	51	34	0	0	65	0.93
101904384--101904410	5	5.4	5	100	0	54	37	18	44	0	1.50
101909622--101909652	15	2.1	15	93	0	53	6	22	0	70	1.09
101913845--101913980	54	2.5	54	97	0	254	33	23	16	26	1.96
101916680--101916741	21	3.0	21	73	7	63	35	24	20	19	1.96
101917846--101917905	26	2.3	27	85	11	72	55	3	0	41	1.16
101922825--101922869	23	2.0	23	81	0	54	31	4	8	55	1.51
101930089--101930148	28	2.1	28	87	0	84	40	8	15	36	1.77
101931055--101931106	3	17.3	3	95	0	95	34	0	0	65	0.93
101932566--101932899	43	7.8	43	74	8	200	31	26	20	22	1.98
101932585--101932907	130	2.5	127	78	7	341	32	26	18	21	1.97
101933227--101933285	21	2.8	21	92	0	91	0	49	22	28	1.50
101938856--101938992	9	14.6	9	72	8	103	32	2	20	45	1.63
101938860--101938992	57	2.3	57	85	0	167	31	2	20	45	1.63
101939049--101939088	22	1.9	20	90	10	62	65	0	0	35	0.93
101942344--101942389	7	6.6	7	79	0	56	43	36	0	19	1.51
101942344--101942416	21	3.4	21	75	11	67	45	32	0	21	1.53
101942774--101942817	14	3.1	14	80	9	54	31	47	0	20	1.50
101942894--101942939	22	2.0	23	88	12	69	56	30	0	13	1.37
101943617--101943673	21	2.7	21	75	8	62	43	24	3	28	1.70
101943748--101944171	41	10.3	41	87	1	526	24	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101944417--101944443	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
101949667--101949709	22	2.0	22	85	0	59	25	6	2	65	1.30
101949674--101949709	11	3.3	11	88	0	54	25	8	0	66	1.19
101949764--101949825	23	2.8	20	75	22	52	30	0	4	64	1.14
101951654--101951688	16	2.3	15	90	5	52	65	0	2	31	1.07
101951654--101951718	16	3.7	16	73	25	51	64	1	3	30	1.18
101951801--101951860	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
101951814--101951987	25	7.0	25	72	10	115	55	4	6	32	1.47
101951816--101951986	48	3.4	49	76	10	150	56	4	6	32	1.46
101951892--101951958	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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