genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24629595--24629703	56	2.0	55	83	5	139	32	8	19	40	1.81
24629588--24629861	27	10.1	27	76	7	146	31	9	19	39	1.84
24629681--24629861	54	3.4	53	77	5	184	29	8	21	40	1.82
24629653--24629862	81	2.6	81	79	6	221	29	8	21	40	1.83
24629588--24629876	81	3.5	81	71	12	207	32	9	19	39	1.83
24631736--24631837	24	4.2	25	74	13	63	29	20	23	26	1.99
24631770--24631838	24	2.8	25	79	14	72	36	17	23	23	1.95
24656928--24657137	39	5.3	39	89	4	298	24	27	22	25	2.00
24656928--24657185	78	3.3	79	83	11	291	24	27	22	26	2.00
24659348--24659377	14	2.1	14	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24688970--24689031	30	2.1	30	100	0	124	35	8	9	46	1.66
24702710--24702782	38	1.9	38	100	0	146	41	2	32	23	1.69
24708786--24708958	46	3.8	45	79	7	204	30	27	20	21	1.98
24708791--24708961	93	1.8	93	94	0	306	29	28	20	21	1.98
24726557--24726729	46	3.7	46	77	10	190	30	26	19	23	1.98
24731236--24731347	18	6.2	18	77	0	107	36	16	11	35	1.85
24731510--24731601	44	2.1	44	85	4	123	35	23	19	20	1.95
24738485--24738520	3	11.7	3	94	5	63	33	0	0	66	0.92
24738489--24738560	25	2.9	25	68	15	58	30	1	4	63	1.21
24738797--24738829	15	2.2	15	94	0	57	69	0	30	0	0.88
24740485--24740593	45	2.4	45	82	0	128	19	15	19	45	1.85
24740776--24740826	18	2.8	18	85	5	68	31	11	19	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24740821--24740960	18	7.8	18	70	9	88	35	11	15	37	1.84
24740976--24741039	18	3.6	18	80	0	74	35	7	15	40	1.76
24742634--24742683	6	8.5	6	82	4	57	76	0	0	24	0.80
24749656--24749765	18	6.1	18	73	0	94	36	18	12	32	1.88
24749656--24749765	36	3.1	35	78	12	107	36	18	12	32	1.88
24750746--24750779	16	2.0	18	88	11	54	55	0	0	44	0.99
24756778--24756823	20	2.2	21	88	7	76	10	26	47	15	1.78
24756960--24757026	3	23.0	3	73	11	50	68	1	29	0	0.98
24757410--24757442	17	1.9	17	100	0	66	78	6	3	12	1.04
24757481--24758006	148	3.6	148	82	11	701	58	7	7	26	1.51
24757485--24758004	284	1.8	289	88	6	817	59	7	7	26	1.51
24759699--24759728	15	2.0	15	93	0	51	66	6	16	10	1.41
24773599--24773637	18	2.2	18	95	0	69	28	41	23	7	1.82
24774228--24774276	18	2.8	17	81	6	62	44	14	4	36	1.64
24778040--24778078	19	2.1	18	85	4	51	66	5	0	28	1.12
24778360--24778422	28	2.4	28	92	7	105	19	6	3	71	1.21
24778414--24778451	19	2.1	19	90	5	60	15	5	10	68	1.36
24790826--24790898	20	3.4	20	72	22	67	43	1	2	52	1.24
24791258--24791298	20	2.0	20	90	0	64	29	9	17	43	1.80
24796653--24796733	29	2.8	29	82	0	99	30	12	22	34	1.91
24799804--24799843	19	2.0	20	85	4	55	45	5	10	40	1.60
24801578--24801619	22	1.9	22	85	9	59	78	2	2	16	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24801578--24801625	12	4.2	11	84	10	53	77	2	4	16	1.03
24807281--24807308	8	3.5	8	100	0	56	53	0	21	25	1.46
24808451--24808520	25	2.7	26	78	14	83	28	15	28	27	1.96
24815198--24815267	29	2.4	29	85	4	97	31	5	1	61	1.28
24815198--24815281	29	2.9	29	72	11	75	33	4	1	60	1.25
24815291--24815338	19	2.5	20	83	13	64	37	0	6	56	1.25
24815551--24815585	16	2.1	17	89	5	54	40	17	20	22	1.92
24824566--24824607	21	2.0	21	100	0	84	38	14	23	23	1.92
24827070--24827099	16	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
24835448--24835472	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
24837853--24837910	30	1.9	30	85	0	80	39	5	24	31	1.77
24838722--24838850	51	2.6	51	86	2	181	26	20	25	27	1.99
24838722--24838863	49	2.8	51	84	2	198	26	20	25	27	1.99
24842482--24842528	24	2.0	24	100	0	94	46	19	17	17	1.84
24845380--24845423	24	1.9	24	86	9	65	45	25	20	9	1.80
24845647--24845676	12	2.4	13	94	5	53	73	0	0	26	0.84
24857768--24857894	68	1.9	68	88	3	193	29	16	22	30	1.96
24857952--24858288	75	4.5	74	84	7	425	31	15	20	32	1.94
24857934--24858288	72	4.8	72	82	8	412	30	14	20	34	1.93
24858506--24858751	88	2.8	87	85	4	298	28	17	19	34	1.94
24858684--24858936	73	3.5	72	91	3	391	32	16	18	31	1.94
24860742--24860799	26	2.2	25	76	8	62	29	6	0	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24864096--24864210	42	2.7	42	76	9	101	40	15	23	20	1.90
24867162--24867233	35	2.1	35	92	5	119	36	12	19	31	1.89
24871794--24871837	18	2.4	18	92	0	70	70	2	2	25	1.10
24873900--24874043	48	3.0	48	98	1	281	37	14	12	35	1.84
24887634--24887663	14	2.1	14	93	0	51	53	16	0	30	1.44
24889061--24889119	17	3.3	17	68	13	55	54	15	15	15	1.72
24889059--24889128	37	2.0	32	84	13	86	52	14	18	14	1.74
24904475--24904499	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
24910456--24910484	11	2.6	11	100	0	58	10	62	0	27	1.28
24912904--24912937	10	3.4	10	83	0	50	85	11	2	0	0.71
24916256--24916323	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
24916145--24916472	174	1.9	174	98	0	629	31	24	14	30	1.94
24916425--24916500	29	2.6	28	83	10	91	31	28	13	26	1.93
24924399--24924466	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
24924288--24924615	174	1.9	174	98	0	638	31	24	14	30	1.94
24924575--24924646	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
24930435--24930512	33	2.3	32	79	14	79	37	21	1	39	1.62
24930777--24930810	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
24931479--24931517	19	2.0	21	85	10	55	51	2	0	46	1.14
24932715--24932830	20	5.8	19	73	11	74	42	18	27	11	1.85
24937035--24937086	20	2.6	20	90	0	86	15	26	28	28	1.96
24958757--24958810	27	2.0	27	100	0	108	51	3	11	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24959661--24959831	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
24959656--24959828	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
24966732--24966780	25	2.0	25	88	8	73	75	10	8	6	1.18
24971033--24971094	28	2.1	29	85	5	81	61	1	3	33	1.22
24971574--24971612	20	1.9	21	94	5	71	12	0	25	61	1.31
24981921--24982007	28	3.1	27	75	6	84	32	4	4	58	1.39
24998236--24998274	18	2.2	18	90	0	60	20	10	15	53	1.70
24999591--24999912	43	7.5	43	82	4	391	29	27	17	25	1.97
24999586--24999912	85	3.8	86	85	3	410	30	27	17	25	1.97
24999591--24999912	128	2.5	129	84	3	418	29	27	17	25	1.97
24999991--25000036	22	2.1	22	95	0	83	50	6	8	34	1.59
25003837--25003881	23	2.0	22	91	4	72	28	53	4	13	1.59
25005979--25006016	19	2.0	20	89	5	60	31	0	2	65	1.06
25006664--25006710	21	2.2	21	88	0	67	42	34	4	19	1.70
25007083--25007126	14	3.1	14	80	0	52	52	29	0	18	1.46
25007084--25007124	21	2.0	21	90	0	64	56	24	0	19	1.42
25007170--25007223	14	3.9	14	75	4	56	46	25	1	25	1.63
25007575--25007669	39	2.4	40	85	3	129	30	21	18	29	1.97
25007726--25007831	40	2.7	40	83	0	140	25	19	24	30	1.98
25007457--25007986	155	3.4	155	85	1	677	28	21	19	30	1.98
25007891--25007986	40	2.4	40	80	3	113	28	23	20	27	1.99
25023833--25023967	40	3.2	40	81	13	148	22	14	28	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25023881--25023992	46	2.4	46	92	0	179	23	13	27	35	1.92
25023979--25024050	28	2.6	28	86	0	99	30	13	27	27	1.94
25026900--25026955	29	1.9	29	100	0	112	32	5	32	30	1.80
25027560--25027614	21	2.6	21	94	0	92	18	27	32	21	1.96
25030342--25030389	23	2.1	23	100	0	96	31	16	8	43	1.78
25030713--25030752	21	1.9	21	89	0	62	42	0	15	42	1.46
25031128--25031189	25	2.4	25	76	7	63	20	22	20	35	1.96
25034720--25034814	43	2.2	43	90	3	147	27	12	25	34	1.92
25034703--25034874	43	4.0	43	76	9	129	31	13	22	32	1.93
25049174--25049328	43	3.6	43	76	6	127	28	16	23	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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