genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59595468--59595588	42	2.9	40	77	11	100	19	24	15	39	1.91
59598898--59598959	26	2.3	27	78	13	67	66	0	8	25	1.19
59598862--59598971	34	3.1	35	71	20	86	63	1	9	25	1.34
59600138--59600163	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
59612178--59612273	41	2.3	41	87	0	138	29	29	22	18	1.98
59615587--59615703	35	3.3	35	86	2	164	42	29	11	16	1.82
59616837--59617004	76	2.2	75	79	11	191	49	11	10	27	1.73
59622866--59623050	50	3.7	49	81	8	178	25	18	27	29	1.98
59627023--59627089	21	3.2	21	72	8	73	16	14	40	28	1.88
59628205--59628370	76	2.2	74	82	5	208	53	12	10	24	1.69
59632949--59633152	53	3.8	54	81	4	205	22	25	17	35	1.95
59632962--59633152	55	3.5	53	80	4	213	21	24	17	36	1.95
59633970--59634027	30	1.9	31	82	3	73	27	24	10	37	1.88
59638554--59638804	67	3.8	64	75	13	192	30	17	29	23	1.97
59639167--59639212	24	1.9	24	86	8	67	43	6	19	30	1.76
59642267--59642470	53	3.8	54	81	5	207	24	24	16	35	1.94
59642278--59642445	53	3.1	54	83	3	214	23	24	16	35	1.95
59646535--59646574	20	2.0	20	85	9	55	62	5	7	25	1.42
59650072--59650120	24	2.0	24	92	0	80	48	6	16	28	1.69
59652419--59652496	27	2.9	26	83	7	93	37	19	16	26	1.93
59652481--59652853	27	13.9	27	80	3	135	38	20	10	30	1.87
59652481--59652818	54	6.3	52	80	7	259	38	21	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59652516--59652856	54	6.3	54	81	6	336	38	19	11	30	1.87
59652481--59652876	81	4.9	81	82	5	383	38	20	11	30	1.87
59653114--59653198	41	2.1	41	93	0	143	22	24	28	24	1.99
59653121--59653219	41	2.4	41	86	0	108	24	23	27	25	2.00
59657915--59658197	40	7.1	40	81	7	292	25	21	26	25	2.00
59657915--59658197	79	3.5	80	83	10	341	25	21	26	25	2.00
59666033--59666303	40	6.8	40	79	11	238	25	21	27	26	1.99
59666020--59666303	80	3.6	80	86	4	371	24	21	27	26	1.99
59666073--59666291	119	1.8	119	91	1	359	25	20	27	26	1.99
59674446--59674615	55	3.1	54	76	4	155	19	23	19	37	1.94
59687368--59687539	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
59687361--59687536	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
59703184--59703232	24	2.0	24	92	0	80	48	6	16	28	1.69
59705515--59705583	27	2.6	27	88	0	102	39	20	14	26	1.91
59705568--59705715	26	5.7	25	76	15	106	39	20	10	29	1.85
59705568--59705900	27	12.6	26	77	9	243	39	21	10	29	1.87
59705568--59705900	53	6.3	52	81	6	289	39	21	10	29	1.87
59705602--59705938	54	6.3	54	80	6	314	38	19	11	29	1.87
59705602--59705930	27	12.4	27	77	8	246	38	20	11	29	1.87
59705568--59705917	79	4.4	80	82	6	356	38	20	11	29	1.87
59705568--59705956	81	4.9	81	81	7	359	38	20	11	29	1.87
59706194--59706278	41	2.1	41	93	0	143	22	24	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59706201--59706299	41	2.4	41	86	0	108	24	23	27	25	2.00
59711003--59711286	40	7.1	40	81	7	292	25	21	26	25	2.00
59711003--59711286	80	3.5	80	83	9	341	25	21	26	25	2.00
59711004--59711267	119	2.2	121	84	6	358	25	21	26	25	2.00
59719150--59719433	40	7.1	40	84	7	355	25	21	27	25	2.00
59719150--59719414	119	2.2	121	88	6	396	24	21	27	26	1.99
59721466--59721591	46	2.7	46	92	0	207	21	20	26	30	1.98
59724955--59724991	13	2.8	13	87	0	56	51	10	8	29	1.65
59725169--59725225	22	2.7	21	81	10	62	40	0	5	54	1.23
59726015--59726078	32	2.0	33	84	3	85	48	7	6	37	1.57
59728462--59728496	18	1.9	18	88	0	52	25	14	8	51	1.70
59728875--59728948	25	3.0	25	97	0	139	39	0	0	60	0.97
59728887--59728932	17	2.8	17	71	15	51	41	0	0	58	0.98
59730657--59730701	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
59739173--59739541	197	1.9	197	97	0	702	37	24	14	23	1.92
59745860--59746121	39	6.7	39	91	3	379	19	23	29	27	1.98
59747504--59747640	40	3.5	41	79	10	160	25	27	22	24	2.00
59749790--59749838	24	2.0	24	100	0	98	42	16	12	28	1.84
59760154--59760290	46	3.0	46	85	2	186	24	29	8	36	1.86
59760264--59760455	47	4.1	47	90	1	269	25	31	11	32	1.91
59764496--59764847	40	8.8	40	85	1	454	25	26	22	25	2.00
59766336--59766472	46	3.0	46	85	2	186	24	30	8	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59766446--59766637	47	4.1	47	90	1	269	25	31	11	32	1.91
59775988--59776066	31	2.6	30	86	6	113	27	22	20	29	1.98
59776090--59776181	42	2.2	42	94	0	166	33	19	13	33	1.90
59776329--59776398	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
59777303--59777431	27	4.7	27	76	11	82	31	8	19	41	1.81
59777390--59777512	27	4.6	27	77	6	124	28	8	21	42	1.81
59777389--59777545	81	1.9	81	84	5	210	28	10	19	41	1.84
59777390--59777512	54	2.3	54	80	2	140	28	8	21	42	1.81
59777443--59777552	27	4.1	27	72	9	71	29	13	20	36	1.91
59777544--59777737	80	2.4	81	83	2	230	40	8	21	29	1.83
59777544--59777726	54	3.4	53	85	2	240	39	7	22	30	1.82
59777544--59777740	27	7.3	27	82	4	191	40	8	22	28	1.83
59779961--59780086	46	2.7	46	92	0	207	30	26	22	21	1.99
59782820--59782992	46	3.7	46	77	15	203	22	21	26	29	1.99
59782817--59782987	93	1.8	93	94	0	306	22	21	27	28	1.99
59785127--59785329	31	6.5	31	94	0	343	28	24	17	29	1.97
59786333--59786424	27	3.4	27	84	0	121	29	22	6	41	1.79
59786320--59786424	54	1.9	54	82	0	129	33	21	6	38	1.80
59786456--59786663	27	7.7	27	77	7	145	39	18	9	32	1.82
59786414--59786553	54	2.6	54	76	9	135	37	20	11	30	1.88
59786686--59786737	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
59787569--59787638	25	2.8	26	89	4	99	27	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59787594--59787665	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
59787858--59787940	31	2.7	31	87	3	116	28	15	25	30	1.96
59794186--59794778	295	2.0	295	100	0	1186	34	10	18	36	1.85
59795056--59795166	55	2.0	55	94	0	195	31	7	20	40	1.80
59799115--59799256	55	2.6	55	78	4	142	26	21	31	19	1.98
59805929--59806033	28	3.7	27	84	5	120	25	30	14	29	1.95
59807490--59807746	79	3.3	79	82	7	263	25	27	21	25	1.99
59807523--59807746	39	5.6	39	84	6	247	25	27	21	24	1.99
59807504--59807746	40	6.1	40	82	10	229	25	27	21	25	2.00
59814821--59815044	40	5.7	40	86	6	271	25	27	22	25	2.00
59814821--59815044	79	2.8	80	83	8	269	25	27	22	25	2.00
59814815--59815044	118	1.9	120	84	6	308	24	27	22	25	2.00
59816046--59816091	16	2.9	16	96	0	83	6	21	17	54	1.65
59816041--59816100	16	3.8	16	88	0	75	8	23	15	53	1.68
59823544--59823627	28	3.0	28	81	6	98	28	30	13	27	1.94
59823700--59823736	19	2.0	19	89	5	58	10	32	24	32	1.90
59823709--59823745	19	1.9	19	88	0	56	10	29	24	35	1.89
59827054--59827087	16	2.2	16	94	5	61	52	14	5	26	1.64
59843593--59843628	19	1.9	18	88	5	54	13	19	33	33	1.91
59843971--59844007	18	2.1	19	85	10	51	8	27	43	21	1.80
59844477--59844518	22	1.9	22	90	0	66	23	26	30	19	1.98
59859287--59859344	30	2.0	29	89	3	89	36	8	12	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59861034--59861206	93	1.9	93	90	2	276	29	30	18	21	1.97
59861028--59861199	46	3.7	45	72	11	143	30	30	17	21	1.96
59861637--59861862	115	2.0	115	98	0	434	24	23	8	43	1.81
59863702--59863790	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
59863702--59863781	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
59863713--59863790	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
59866702--59866871	46	3.7	46	77	16	170	30	30	18	21	1.97
59873258--59873404	29	5.1	29	82	8	133	29	14	29	25	1.95
59873270--59873418	58	2.6	58	80	11	164	28	14	31	25	1.95
59882579--59882718	29	4.9	29	85	2	149	25	15	32	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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