Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  306  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100594498--100595157
72
8.5
75
74
13
477
32
20
16
31
1.94
100594773--100594800
14
2.0
14
100
0
56
57
7
21
14
1.61
100594693--100594858
92
1.8
90
87
6
246
32
20
18
28
1.96
100594782--100595171
75
5.2
72
82
10
419
34
19
16
29
1.94
100595175--100595349
70
2.5
70
85
4
212
33
22
14
28
1.94
100611010--100611173
30
5.5
30
93
0
283
23
3
48
25
1.67
100611010--100611173
60
2.7
60
99
0
319
23
3
48
25
1.67
100617612--100617646
12
2.9
12
82
0
52
28
2
2
65
1.21
100622202--100622239
16
2.4
16
82
4
51
42
2
0
55
1.14
100624157--100624207
19
2.8
18
85
5
59
9
7
3
78
1.07
100630555--100630606
15
3.2
15
73
19
50
44
0
1
53
1.11
100630639--100630675
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
100643529--100643848
46
7.0
46
92
2
448
21
23
14
40
1.91
100645982--100646014
14
2.5
13
90
9
57
69
0
0
30
0.88
100650132--100650191
27
2.2
27
96
0
111
46
33
8
11
1.70
100650587--100650691
51
2.1
51
85
3
140
31
16
19
33
1.93
100652821--100652873
28
1.9
27
92
3
88
52
0
11
35
1.37
100652821--100652868
15
3.3
15
82
8
64
52
0
10
37
1.36
100652906--100652949
14
2.9
14
86
10
52
84
0
15
0
0.63
100652906--100652981
26
2.9
26
90
2
107
77
0
19
2
0.88
100657717--100657779
30
2.1
30
87
0
90
23
6
11
58
1.55
100660124--100660163
13
3.1
13
100
0
80
22
32
30
15
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100663697--100663752
15
4.1
13
76
14
51
42
0
1
55
1.10
100663701--100663743
15
2.8
16
79
10
54
44
0
2
53
1.13
100663638--100663859
120
1.9
120
98
0
426
42
1
6
49
1.38
100663640--100663827
61
3.1
60
70
14
188
42
1
6
48
1.39
100663821--100663862
15
2.7
16
82
14
52
45
0
2
52
1.13
100663812--100663853
15
2.9
15
82
10
52
47
0
0
52
1.00
100664000--100664097
45
2.2
45
85
1
126
32
27
5
34
1.79
100663988--100664097
45
2.6
44
78
8
122
31
28
5
34
1.80
100664076--100664145
16
4.4
16
94
0
104
34
34
1
30
1.67
100668854--100668890
18
2.1
18
100
0
74
51
16
5
27
1.66
100679112--100679169
31
1.9
31
86
10
84
36
15
5
43
1.69
100686731--100686795
31
2.1
31
82
5
78
27
15
16
40
1.89
100689866--100689933
26
2.6
26
95
4
120
36
7
16
39
1.76
100699677--100699706
10
3.0
10
100
0
60
50
0
0
50
1.00
100700037--100700075
6
6.3
6
85
5
51
46
0
0
53
1.00
100701139--100701192
27
2.0
28
85
3
74
55
1
0
42
1.10
100703147--100703180
17
2.0
17
94
0
59
50
5
5
38
1.51
100707031--100707169
69
2.0
69
100
0
278
32
28
4
34
1.77
100712254--100712283
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
100712312--100712339
10
2.8
10
100
0
56
32
7
0
60
1.24
100721133--100721210
38
2.1
38
90
0
120
17
28
17
35
1.94
100727450--100728051
83
7.2
83
93
1
956
27
18
18
34
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100739455--100739495
21
2.0
21
85
9
57
58
9
9
21
1.59
100740231--100740377
19
7.6
19
65
23
58
61
2
2
34
1.22
100740234--100740291
17
3.4
16
83
13
55
60
3
1
34
1.24
100740331--100740368
14
2.6
16
80
20
55
60
0
5
34
1.19
100740332--100740377
12
4.1
11
77
22
51
60
0
4
34
1.16
100743060--100743351
50
5.7
51
81
8
324
19
28
25
27
1.99
100743060--100743348
107
2.8
102
84
8
358
19
28
25
26
1.99
100743446--100743477
13
2.5
13
94
0
55
56
12
0
31
1.37
100744453--100744546
40
2.3
39
89
5
134
0
28
8
62
1.24
100748866--100748932
32
2.1
32
94
0
116
53
0
8
37
1.32
100762692--100762745
23
2.5
23
82
8
60
61
9
0
29
1.27
100762692--100762739
23
2.1
23
84
3
62
62
10
0
27
1.27
100762955--100763000
15
2.9
15
90
6
65
67
0
6
26
1.15
100762949--100763035
44
2.0
44
82
13
108
65
0
8
26
1.20
100762947--100763033
15
6.0
14
75
13
61
65
0
8
26
1.20
100764717--100764764
19
2.5
19
75
0
51
54
4
4
37
1.39
100770319--100770379
31
2.0
31
90
0
95
36
9
9
44
1.71
100770917--100770949
2
17.0
2
87
6
50
51
0
0
48
1.00
100772042--100772099
29
2.0
29
100
0
116
48
13
10
27
1.75
100779175--100779210
17
2.2
17
95
5
65
11
8
8
72
1.29
100780558--100780595
6
6.5
6
81
6
51
15
0
5
78
0.91
100780558--100780595
17
2.2
18
90
4
60
15
0
5
78
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100780558--100780595
11
3.4
11
89
7
58
15
0
5
78
0.91
100780577--100780640
25
2.5
25
76
16
60
18
9
4
67
1.37
100783121--100783181
29
2.1
29
93
0
104
32
14
11
40
1.82
100785628--100785684
30
1.9
30
82
10
73
29
10
12
47
1.74
100788759--100788803
17
2.7
16
79
6
54
44
2
11
42
1.52
100798696--100798720
9
2.8
9
100
0
50
56
8
0
36
1.29
100805576--100805606
4
7.8
4
100
0
62
22
0
0
77
0.77
100806575--100806805
118
2.0
118
91
0
372
22
15
29
31
1.95
100806909--100806948
21
2.0
20
85
5
53
75
0
0
25
0.81
100809787--100809849
29
2.2
29
82
0
72
15
6
3
74
1.15
100809816--100809893
28
2.7
30
77
18
76
20
3
2
73
1.12
100809920--100809963
22
1.9
24
90
9
74
38
0
0
61
0.96
100809932--100809993
32
1.9
33
93
3
108
32
0
1
66
1.02
100809963--100810031
22
3.1
21
82
10
75
42
0
1
56
1.08
100809931--100810001
33
2.2
33
87
5
108
35
0
1
63
1.03
100810611--100810658
22
2.1
24
88
7
73
62
0
0
37
0.95
100810747--100810793
18
2.6
18
83
12
60
74
2
10
12
1.16
100810747--100810794
19
2.6
18
83
3
60
75
2
10
12
1.14
100811371--100811406
18
2.0
18
100
0
72
55
5
5
33
1.46
100812528--100812635
55
2.0
55
85
1
146
50
2
7
38
1.45
100813555--100813602
25
1.9
25
83
8
62
52
2
0
45
1.12
100818505--100818673
46
3.7
46
75
13
177
30
31
18
18
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100822079--100822106
13
2.2
13
100
0
56
25
0
28
46
1.53
100822504--100822553
10
4.8
10
75
24
50
56
12
2
30
1.47
100822504--100822572
20
3.4
20
82
9
61
53
11
1
33
1.46
100822523--100822591
19
3.5
19
86
4
84
53
10
1
34
1.44
100822540--100822597
19
3.0
19
75
14
57
51
8
1
37
1.43
100822764--100822794
16
1.9
16
93
0
53
35
6
9
48
1.62
100823517--100823566
10
5.0
10
83
9
66
22
10
2
66
1.32
100825072--100825110
19
2.0
20
85
14
55
46
10
17
25
1.80
100826484--100826533
10
4.8
10
75
24
50
58
12
0
30
1.34
100826484--100826571
20
4.3
20
78
11
65
54
11
1
32
1.43
100826503--100826571
19
3.5
19
86
4
84
53
10
1
34
1.44
100826520--100826577
19
3.0
19
75
14
57
51
8
1
37
1.43
100826580--100826645
29
2.3
28
77
12
71
65
1
3
30
1.17
100826910--100826965
24
2.3
24
100
0
112
28
25
8
37
1.86
100829690--100829726
20
1.9
18
89
10
56
35
21
0
43
1.53
100833843--100833911
28
2.5
28
85
4
86
31
11
28
27
1.92
100839661--100839702
21
2.0
21
100
0
84
28
9
9
52
1.65
100845116--100845171
19
2.8
20
79
12
62
33
25
16
25
1.95
100845968--100846010
9
4.7
9
82
5
59
46
30
0
23
1.52
100847632--100847676
18
2.4
19
85
14
58
37
0
2
60
1.09
100850098--100850202
37
2.9
37
92
1
176
34
4
14
46
1.65
100850139--100850199
17
3.4
17
68
12
50
34
3
11
50
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100850210--100850332
9
13.7
9
90
3
167
22
17
21
38
1.93
100868229--100868259
10
3.0
10
95
4
53
0
12
0
87
0.55
100870671--100870720
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
100875310--100875359
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
100881018--100881090
38
2.0
36
84
10
94
21
5
4
68
1.27
100881044--100881090
18
2.6
17
80
9
58
25
4
2
68
1.19
100881080--100881173
21
4.1
24
70
19
67
40
0
2
57
1.11
100881391--100881445
13
4.3
13
72
9
51
14
5
1
78
1.02
100881391--100881467
36
2.1
38
83
9
97
18
3
3
74
1.13
100881892--100881965
29
2.6
29
85
8
80
54
5
1
39
1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316