genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20495157--20495281	54	2.3	54	90	2	189	27	15	24	32	1.95
20495157--20495315	54	2.9	54	83	7	155	27	15	24	33	1.95
20498328--20498367	21	1.9	21	84	0	53	42	0	2	55	1.13
20500217--20500299	38	2.1	40	91	4	134	46	3	2	46	1.33
20500257--20500301	23	1.9	23	86	4	63	48	4	2	44	1.35
20503922--20504097	50	3.5	50	89	2	264	36	14	22	26	1.93
20504073--20504190	31	3.8	31	87	0	173	27	17	27	27	1.98
20504209--20504380	47	3.7	46	82	3	173	27	15	27	29	1.96
20508907--20508954	11	4.2	11	79	10	60	37	2	4	56	1.30
20511630--20511758	33	3.9	33	90	6	208	39	7	22	30	1.82
20511609--20511783	33	5.3	32	83	10	110	39	9	21	29	1.84
20511743--20511829	33	2.7	33	78	8	81	40	9	20	29	1.84
20511767--20511883	33	3.5	33	74	6	103	35	12	24	26	1.92
20524700--20524754	16	3.6	16	70	9	51	45	9	20	25	1.80
20524696--20524755	30	2.0	30	90	0	93	45	10	20	25	1.81
20532179--20532256	38	2.1	38	100	0	156	41	15	20	23	1.90
20535134--20535289	41	3.8	41	85	4	208	25	16	26	30	1.97
20535743--20535859	8	15.6	8	69	17	56	40	35	2	21	1.67
20535742--20535822	14	5.5	15	67	12	51	39	37	2	20	1.66
20536315--20536805	118	4.3	115	86	4	589	31	17	19	31	1.95
20538122--20538157	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
20538109--20538149	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20538281--20538374	30	3.2	30	73	14	115	40	31	5	22	1.76
20538302--20538401	27	3.6	27	74	15	105	38	34	4	24	1.74
20538277--20538402	57	2.2	57	100	0	252	38	34	4	22	1.75
20538845--20538891	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
20539802--20539856	23	2.4	23	87	6	76	5	14	3	76	1.10
20541769--20541913	9	16.1	9	79	5	141	46	17	0	36	1.48
20541769--20541913	63	2.3	63	92	0	245	46	17	0	36	1.48
20545718--20545815	45	2.2	45	79	3	117	41	19	17	21	1.90
20547402--20547443	20	2.2	19	87	12	59	57	4	0	38	1.20
20547431--20547461	5	6.4	5	92	7	55	58	0	0	41	0.98
20550751--20551104	43	8.3	43	82	1	390	29	18	25	27	1.98
20550751--20551096	171	2.0	172	84	2	446	29	18	24	27	1.98
20559856--20559927	33	2.1	35	84	5	94	45	16	8	29	1.76
20562632--20562665	17	1.9	18	88	5	52	70	8	5	14	1.31
20562775--20562799	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
20562862--20562905	15	3.0	14	83	9	52	63	2	4	29	1.26
20562862--20562906	18	2.6	18	89	3	65	62	2	4	31	1.27
20565493--20565524	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
20565651--20565707	30	1.9	30	96	0	105	56	14	3	26	1.54
20565740--20565782	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
20565748--20565787	11	3.6	11	79	0	53	57	7	15	20	1.61
20568253--20568279	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20574222--20574246	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
20584667--20584706	17	2.4	17	87	4	55	32	0	0	67	0.91
20596840--20596876	14	2.6	14	86	0	56	70	5	5	18	1.27
20604204--20604275	9	8.2	9	71	9	51	34	0	15	50	1.44
20604408--20604515	9	12.2	9	66	20	59	37	2	15	44	1.61
20604446--20604506	16	3.7	15	85	10	68	36	3	18	42	1.66
20604782--20604868	40	2.1	41	85	2	113	65	9	2	22	1.33
20604884--20604926	23	2.0	21	86	9	59	67	0	2	30	1.03
20605248--20605388	62	2.3	62	94	0	246	56	2	4	36	1.33
20605310--20605681	99	3.8	99	93	0	611	52	3	6	37	1.44
20608662--20608687	12	2.2	12	100	0	52	50	23	7	19	1.73
20609885--20610058	77	2.3	77	90	3	271	28	20	18	32	1.96
20611241--20611275	15	2.3	15	90	0	52	62	0	5	31	1.18
20613406--20613436	5	6.2	5	92	0	53	54	0	45	0	0.99
20614643--20614716	37	2.0	37	100	0	148	43	13	10	32	1.79
20620572--20620616	20	2.2	20	88	0	63	40	8	26	24	1.84
20629276--20629377	29	3.8	28	68	22	85	32	26	20	20	1.97
20629267--20629369	50	2.1	50	96	0	188	33	24	20	21	1.97
20630866--20630958	20	4.4	20	66	17	62	41	3	2	52	1.29
20630981--20631015	16	2.2	16	89	0	52	45	0	2	51	1.16
20636166--20636195	7	4.3	7	100	0	60	30	26	13	30	1.94
20639965--20640003	21	2.0	19	85	14	53	56	5	0	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20645289--20645398	50	2.2	51	86	6	161	23	19	6	50	1.70
20658253--20658294	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
20658962--20659029	8	8.8	8	71	12	52	39	2	1	55	1.24
20658967--20659027	22	2.6	24	82	5	72	40	1	1	55	1.19
20658989--20659028	15	2.5	16	84	8	55	35	2	0	62	1.09
20660550--20660595	20	2.2	21	84	7	58	69	6	6	17	1.32
20662242--20662277	17	2.1	17	89	0	54	30	2	5	61	1.33
20662449--20662490	15	2.8	16	82	13	54	69	0	0	30	0.89
20662457--20662511	21	2.6	22	82	5	60	61	1	0	36	1.06
20662738--20662764	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
20662884--20662923	16	2.5	16	88	8	55	10	55	2	32	1.47
20671405--20671429	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
20676655--20676687	13	2.4	14	85	10	50	78	0	3	18	0.87
20676700--20676802	13	9.2	13	65	30	51	36	45	0	17	1.49
20676718--20676793	22	3.5	22	81	3	91	36	44	0	18	1.50
20677207--20677286	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
20677211--20677290	18	4.4	18	74	16	67	31	3	1	63	1.20
20677206--20677286	12	6.8	12	75	12	78	29	3	1	65	1.17
20680118--20680164	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
20680297--20680347	24	2.1	24	85	7	68	50	15	23	9	1.73
20683765--20683868	53	2.0	52	83	5	129	20	14	11	53	1.71
20684827--20685315	205	2.4	205	90	0	773	30	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20685340--20686458	132	8.5	132	92	0	1828	31	18	24	26	1.97
20687905--20687937	13	2.4	14	85	10	50	78	0	3	18	0.87
20687959--20688017	9	6.1	9	77	14	64	35	49	0	15	1.45
20687950--20688052	22	4.9	22	73	17	85	35	48	0	15	1.45
20687950--20688070	31	3.8	31	86	7	163	36	48	0	14	1.44
20688008--20688064	13	4.8	12	74	22	57	38	49	0	12	1.41
20688462--20688549	3	29.3	3	72	21	62	29	3	1	65	1.16
20688470--20688549	12	6.8	12	75	12	76	30	3	1	65	1.18
20689903--20689972	35	2.0	35	91	0	113	25	17	8	48	1.75
20690804--20690836	10	3.4	10	87	4	50	48	0	0	51	1.00
20692026--20692072	20	2.3	20	100	0	94	27	0	17	55	1.42
20692459--20692571	45	2.5	44	87	5	163	20	17	19	42	1.89
20692549--20692592	6	7.2	6	79	5	52	18	18	18	45	1.86
20694650--20694682	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
20695750--20695842	28	3.3	28	90	0	150	36	25	6	31	1.81
20695948--20696037	27	3.2	27	81	7	101	17	24	25	32	1.97
20695948--20696062	55	2.1	56	80	8	128	17	24	23	34	1.96
20699385--20699465	32	2.4	33	75	6	83	37	38	9	14	1.80
20702115--20702143	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
20703295--20703338	23	1.9	24	86	9	65	56	2	4	36	1.32
20703592--20703649	30	1.9	31	85	3	82	27	13	12	46	1.79
20703609--20703721	60	1.9	60	83	3	147	25	16	10	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20718093--20718129	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
20719467--20719503	18	2.1	18	89	0	56	21	8	18	51	1.72
20722537--20722561	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
20723616--20723669	25	2.2	24	81	18	58	40	0	5	53	1.24
20726723--20726972	125	2.0	126	86	0	349	29	15	16	38	1.89
20727043--20727128	34	2.8	29	75	17	91	41	17	1	39	1.57
20727049--20727124	34	2.2	35	86	9	104	40	15	1	42	1.56
20727155--20727191	17	2.1	18	90	5	58	43	13	0	43	1.44
20727163--20727204	22	1.9	22	95	0	75	42	11	0	45	1.41
20727261--20727338	41	1.9	41	89	0	120	43	17	0	38	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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