genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42847709--42847745	19	1.9	19	94	0	65	40	5	16	37	1.71
42849908--42849953	23	2.0	24	86	4	67	17	17	0	65	1.28
42852712--42852805	42	2.3	42	88	5	138	51	15	2	30	1.56
42861523--42861562	19	2.1	19	95	0	71	25	10	5	60	1.49
42862821--42862877	29	1.9	30	92	3	98	26	5	14	54	1.61
42867475--42867558	26	3.2	26	94	0	141	36	23	4	34	1.76
42871074--42871146	32	2.3	32	88	4	103	38	4	5	52	1.44
42871169--42871321	19	8.3	18	75	13	107	62	0	4	33	1.16
42871163--42871254	10	9.7	9	74	18	55	60	0	4	34	1.16
42871197--42871324	9	13.8	10	69	21	59	61	0	3	34	1.14
42873789--42873814	10	2.6	10	100	0	52	26	0	7	65	1.20
42874490--42874659	46	3.7	46	76	10	193	30	28	18	22	1.98
42874498--42874669	93	1.8	93	92	0	290	28	29	19	22	1.98
42874495--42874684	46	4.1	46	69	14	122	29	28	19	22	1.98
42879720--42879747	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
42881717--42881741	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
42883598--42883630	14	2.5	14	90	9	52	63	0	9	27	1.24
42883576--42883886	163	1.9	164	87	4	457	47	7	11	33	1.68
42886268--42886358	45	2.0	45	93	0	155	43	9	18	27	1.82
42888131--42888217	43	2.0	43	88	0	129	20	25	31	22	1.98
42888687--42889177	35	13.7	35	71	13	223	31	3	30	34	1.75
42888672--42889150	70	6.7	70	77	8	383	32	3	30	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42888713--42888793	42	1.9	42	87	0	117	34	2	30	32	1.71
42888819--42888899	38	2.1	39	88	2	119	35	1	29	33	1.66
42888672--42888969	108	2.7	109	80	3	312	32	3	29	33	1.75
42888765--42889181	105	4.0	106	75	8	330	32	3	30	34	1.75
42888756--42889178	35	12.0	35	76	5	237	31	3	30	34	1.76
42893503--42893727	48	4.8	49	73	10	175	26	16	28	28	1.96
42893647--42893770	42	3.0	42	87	0	176	27	15	25	31	1.96
42895848--42895956	43	2.5	43	95	2	193	14	26	36	22	1.93
42897913--42898136	46	4.8	46	80	5	245	23	20	26	29	1.99
42897959--42898129	93	1.8	93	92	0	288	23	20	27	28	1.99
42903138--42903361	46	4.8	46	80	6	247	24	20	25	29	1.99
42903184--42903354	93	1.8	93	91	2	281	23	21	26	28	1.99
42904088--42904379	145	2.0	145	97	0	548	33	11	19	35	1.88
42905675--42905729	24	2.3	24	84	3	67	34	23	1	40	1.66
42910111--42910204	28	3.4	28	86	2	109	21	18	38	22	1.93
42911457--42911490	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
42913536--42913570	11	3.2	11	87	0	52	34	0	17	48	1.47
42916201--42916384	40	4.7	40	85	8	243	23	21	27	27	1.99
42916201--42916416	78	2.7	77	80	11	215	25	20	27	26	1.99
42932925--42933109	40	4.7	39	85	9	241	23	22	27	26	1.99
42932925--42933109	79	2.3	81	86	7	254	23	22	27	26	1.99
42932926--42933142	79	2.7	78	80	12	246	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42946899--42946941	20	2.2	20	100	0	86	34	13	25	25	1.93
42948312--42948361	21	2.4	20	83	9	64	18	14	30	38	1.89
42951182--42951408	40	5.7	40	96	0	409	21	27	20	30	1.98
42959904--42960130	40	5.7	40	96	0	409	21	27	20	30	1.98
42982799--42982855	26	2.2	26	90	0	87	31	5	7	56	1.49
42982868--42982898	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
42984414--42985519	228	4.9	228	82	3	1107	31	22	23	23	1.99
42984414--42985553	456	2.5	455	81	2	1282	30	22	23	23	1.99
42988440--42988534	39	2.4	39	76	16	99	50	1	4	44	1.28
42992830--42992890	30	2.0	30	100	0	122	16	13	32	37	1.87
43005511--43005543	15	2.2	15	94	0	57	33	18	9	39	1.82
43011414--43011483	20	3.5	20	76	5	72	47	14	8	30	1.74
43011408--43011492	40	2.1	40	85	8	111	47	15	9	28	1.76
43015570--43015631	27	2.3	26	78	10	63	59	11	14	14	1.61
43028999--43029040	22	2.0	22	90	4	68	23	21	38	16	1.93
43048195--43048358	27	6.1	27	82	1	177	29	20	14	35	1.92
43048195--43048358	54	3.0	54	83	3	197	29	20	14	35	1.92
43058923--43058960	20	1.9	20	88	0	58	13	39	26	21	1.89
43061708--43061754	22	2.1	23	84	11	62	10	17	12	59	1.60
43064626--43065002	40	9.5	40	89	1	517	27	27	22	22	1.99
43064626--43065002	120	3.2	120	91	1	589	27	27	22	22	1.99
43069549--43069763	39	5.4	40	88	5	305	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43069549--43069768	79	2.8	78	86	5	300	26	27	21	24	1.99
43087142--43087359	40	5.5	40	91	2	325	25	27	23	23	2.00
43091383--43091423	20	2.1	20	86	4	57	63	0	34	2	1.08
43091990--43092055	36	1.9	33	84	9	87	21	21	0	57	1.41
43091990--43092048	20	3.2	19	72	18	52	22	20	0	57	1.41
43095704--43095765	30	2.1	30	96	0	115	29	25	3	41	1.71
43095731--43095770	21	1.9	21	84	0	53	27	25	2	45	1.66
43102836--43102990	42	3.7	42	85	3	195	29	15	24	30	1.96
43105793--43106122	126	2.6	125	89	1	516	28	17	19	34	1.94
43106240--43106335	33	2.9	33	88	1	129	43	16	0	39	1.48
43112578--43112741	87	1.9	86	88	3	249	35	23	14	25	1.93
43115479--43115523	19	2.6	17	82	10	56	17	4	6	71	1.25
43138579--43138730	41	3.7	40	73	6	124	32	24	20	23	1.98
43139200--43139258	29	2.0	29	96	0	109	27	18	6	47	1.74
43140574--43140789	107	2.0	107	95	0	387	32	22	18	26	1.97
43140885--43140921	18	2.1	18	100	0	74	45	16	10	27	1.80
43146138--43146288	44	3.5	42	85	10	191	31	26	19	23	1.98
43152120--43152377	84	3.0	86	88	3	371	50	10	5	33	1.60
43155065--43155195	41	3.2	41	92	2	210	22	20	4	51	1.65
43156641--43156742	30	3.4	30	74	12	109	42	23	16	17	1.89
43156590--43156750	30	5.3	31	69	12	100	43	22	13	21	1.86
43156626--43156773	31	4.9	30	68	11	95	42	22	12	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43156589--43156836	61	4.1	61	82	1	264	41	22	12	22	1.87
43156589--43156840	122	2.1	122	81	3	301	42	23	11	23	1.87
43156589--43156871	122	2.3	122	80	2	273	42	22	11	22	1.86
43159616--43159668	20	2.7	20	79	2	63	32	0	5	62	1.19
43167053--43167082	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
43169720--43169757	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
43176959--43177008	24	2.1	24	96	0	91	50	18	6	26	1.69
43180095--43180171	21	3.7	21	83	0	100	12	25	33	27	1.93
43182217--43182260	18	2.4	18	88	0	61	63	2	0	34	1.07
43182213--43182295	18	4.2	19	71	15	53	65	2	2	30	1.18
43183154--43183202	19	2.5	20	81	15	66	30	0	2	67	1.02
43183150--43183208	28	2.1	28	84	6	75	35	0	1	62	1.05
43183361--43183431	31	2.2	32	92	2	117	47	15	7	29	1.71
43183730--43183781	13	4.0	13	79	0	59	46	19	1	32	1.61
43183730--43183781	26	2.0	26	84	0	68	46	19	1	32	1.61
43184229--43184268	20	2.0	20	90	5	62	45	0	0	55	0.99
43184627--43184689	28	2.2	29	80	8	67	65	1	1	31	1.12
43184669--43184701	16	2.1	16	88	11	50	63	0	3	33	1.10
43190179--43190208	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
43191952--43192013	10	6.5	11	80	15	52	72	0	27	0	0.85
43191960--43192020	4	15.2	4	74	19	56	72	0	27	0	0.85
43191961--43192020	19	3.2	19	82	15	72	73	0	26	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43191949--43192023	32	2.4	31	76	12	82	69	0	30	0	0.89
43191960--43192020	28	2.2	28	91	5	97	72	0	27	0	0.85
43196454--43196513	30	2.0	30	83	6	77	18	25	30	26	1.98
43200347--43200420	10	7.7	10	72	24	52	40	0	4	55	1.19
43200372--43200404	17	2.0	17	88	5	50	42	0	3	54	1.15
43201152--43201190	20	2.0	20	89	0	60	33	2	0	64	1.08
43201536--43201691	77	2.0	77	98	0	303	24	17	17	40	1.91
43202497--43202557	21	2.9	22	82	2	63	59	6	0	34	1.24
43202507--43202557	21	2.4	21	87	6	68	64	7	0	27	1.21
43203495--43203529	10	3.7	9	85	14	52	82	0	0	17	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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