genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19471032--19471084	22	2.5	22	96	3	99	56	0	7	35	1.28
19475194--19475272	28	2.8	28	73	3	70	46	31	2	18	1.63
19476312--19476352	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
19476395--19476453	30	2.0	30	89	0	91	25	6	11	55	1.60
19476575--19476607	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
19477157--19477214	13	4.1	14	78	21	59	0	13	3	82	0.79
19477160--19477214	21	2.6	21	82	8	67	0	14	3	81	0.82
19477157--19477221	12	5.2	12	78	15	62	0	15	3	81	0.81
19487849--19488064	50	4.3	50	80	4	220	28	13	19	38	1.89
19487849--19488064	100	2.2	100	85	4	292	28	13	19	38	1.89
19495059--19495139	41	2.0	41	85	4	110	18	20	29	30	1.97
19496471--19496670	71	2.8	71	85	1	213	34	25	14	26	1.94
19496514--19496681	71	2.4	70	86	2	219	31	27	14	26	1.95
19499050--19499108	17	3.6	17	80	13	61	71	0	1	27	0.96
19499066--19499109	22	2.0	23	90	4	72	72	0	2	25	0.96
19502564--19502595	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
19505351--19505443	46	2.0	46	100	0	186	36	17	16	30	1.91
19506168--19506205	20	1.9	20	88	0	58	57	0	2	39	1.12
19506480--19506511	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
19506607--19506640	15	2.2	16	94	5	61	61	0	0	38	0.96
19509745--19509912	46	3.6	45	79	7	176	22	28	21	27	1.99
19509650--19509915	47	5.7	47	74	13	176	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19509650--19509911	140	1.9	141	84	5	352	23	29	20	27	1.99
19519631--19519696	29	2.3	29	84	10	82	54	0	3	42	1.15
19521795--19521833	20	2.0	20	100	0	78	12	25	10	51	1.71
19525751--19525808	11	5.5	10	76	15	55	31	25	0	43	1.55
19525750--19525808	22	2.8	21	82	15	68	30	25	0	44	1.55
19527480--19527545	30	2.2	30	83	5	80	28	45	19	6	1.74
19527599--19527641	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
19527906--19527951	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
19527913--19527957	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
19531008--19531274	116	2.3	116	96	0	489	39	3	8	47	1.52
19531057--19531238	54	3.2	54	71	19	172	42	2	8	46	1.48
19534289--19534952	126	5.3	125	93	1	1015	27	21	17	33	1.96
19535070--19535251	95	1.9	95	87	4	269	41	14	1	42	1.52
19535240--19535281	16	2.6	17	85	11	61	54	26	0	19	1.44
19538282--19538463	46	4.0	46	90	1	249	20	23	14	40	1.90
19542557--19542857	128	2.4	127	86	3	401	29	13	17	39	1.88
19542557--19542899	128	2.7	127	81	6	320	30	14	16	38	1.89
19553956--19554167	45	4.7	45	88	0	280	30	17	20	31	1.96
19554091--19554807	177	4.0	176	86	3	904	29	20	22	27	1.98
19555672--19555696	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
19559743--19560043	128	2.4	127	88	3	428	28	15	18	38	1.91
19563095--19563138	23	1.9	23	100	0	88	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19564848--19564892	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
19568625--19568669	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
19591197--19591237	19	2.2	19	86	0	55	36	14	26	21	1.93
19591482--19591510	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
19605593--19605628	15	2.4	15	95	0	63	36	22	22	19	1.95
19609807--19609859	16	3.3	16	86	5	63	15	20	0	64	1.29
19611258--19611298	3	13.7	3	94	0	55	39	0	60	0	0.96
19612815--19612856	16	2.4	19	80	11	54	26	2	4	66	1.23
19613397--19613454	27	2.1	28	80	3	64	51	3	10	34	1.53
19616172--19616218	23	2.0	23	100	0	94	25	21	8	44	1.80
19622230--19622263	16	2.1	16	94	0	59	44	17	8	29	1.79
19624266--19624305	21	1.9	21	84	0	53	25	5	0	70	1.08
19624253--19624306	27	1.9	29	85	7	76	27	3	0	68	1.06
19626791--19626871	18	4.5	18	90	4	128	37	13	11	38	1.80
19626791--19626880	35	2.5	36	90	7	146	37	14	10	37	1.80
19630729--19630901	46	3.8	45	79	10	188	21	19	30	28	1.97
19630723--19630893	93	1.8	93	91	0	279	21	19	30	28	1.98
19635808--19635983	46	3.8	45	78	10	194	22	21	28	28	1.99
19635805--19635975	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	27	1.99
19640157--19640241	34	2.5	34	96	0	152	21	34	21	23	1.97
19641414--19641441	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
19642170--19642204	17	1.9	19	88	11	56	11	11	11	65	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19642170--19642204	18	2.0	17	88	5	52	11	11	11	65	1.47
19644048--19644102	23	2.4	23	82	8	60	23	23	16	36	1.94
19650464--19650488	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
19650656--19650692	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
19651503--19651527	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
19652237--19652350	44	2.6	44	82	0	147	31	14	20	33	1.93
19652237--19652397	88	1.8	88	81	2	198	29	18	18	32	1.95
19667078--19667129	22	2.3	23	83	6	61	19	23	17	40	1.91
19670601--19670625	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19672346--19672384	21	1.9	20	84	5	51	30	25	5	38	1.78
19672345--19672395	21	2.5	20	78	12	50	31	25	5	37	1.80
19673244--19673302	23	2.5	24	78	13	61	38	6	3	50	1.45
19675217--19675260	23	2.0	22	86	4	61	36	15	2	45	1.59
19684315--19684459	71	2.0	71	85	0	191	33	19	15	31	1.93
19686442--19686511	34	2.1	34	97	0	131	45	21	11	21	1.83
19698050--19698079	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
19698158--19698199	6	7.0	6	100	0	84	0	33	16	50	1.46
19703923--19703969	23	2.0	23	95	0	85	38	8	2	51	1.45
19705102--19705186	44	1.9	44	100	0	170	41	14	14	30	1.85
19743044--19743104	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
19744626--19744705	39	2.1	39	83	6	101	25	23	25	26	2.00
19750340--19750391	13	4.0	13	84	0	68	57	11	0	30	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19756485--19756633	52	2.9	51	84	2	154	29	24	20	25	1.99
19758202--19758368	24	6.8	24	71	14	99	35	20	23	19	1.95
19758202--19758367	25	6.8	25	75	6	124	35	20	24	19	1.96
19765414--19765449	14	2.6	14	90	0	54	47	0	13	38	1.44
19766919--19766953	14	2.6	14	86	4	54	71	2	25	0	1.00
19768813--19768842	5	5.8	5	92	7	51	83	0	0	16	0.65
19773250--19773279	5	5.8	5	92	7	51	83	0	0	16	0.65
19775449--19775755	52	6.1	51	86	9	409	35	14	22	28	1.93
19775435--19775755	98	3.3	97	87	8	445	34	14	22	28	1.93
19775441--19775755	150	2.1	150	92	1	522	35	14	22	27	1.93
19775651--19775866	37	5.3	44	87	9	199	37	14	21	26	1.92
19775719--19775864	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
19793481--19793571	14	6.5	14	75	7	51	39	16	12	31	1.85
19793481--19793598	28	4.2	28	79	5	105	40	15	11	32	1.83
19793495--19793603	14	7.9	14	71	8	62	39	15	12	32	1.85
19801109--19801204	48	2.0	48	84	8	124	42	21	5	30	1.75
19805556--19806113	138	4.0	136	89	3	846	40	7	6	45	1.58
19807957--19808087	45	2.9	45	80	0	163	23	23	14	38	1.92
19810216--19810260	21	2.1	21	84	8	56	22	11	11	55	1.66
19810222--19810303	42	2.0	42	83	7	105	24	13	8	53	1.67
19810222--19810302	21	4.0	21	80	12	80	23	13	8	54	1.67
19811780--19811823	23	1.9	23	85	0	61	40	2	4	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19818615--19818701	44	2.0	43	90	2	138	21	9	14	54	1.69
19820894--19820928	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
19828463--19828493	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
19829127--19829198	31	2.3	31	95	0	126	52	8	9	29	1.63
19831357--19831398	12	3.5	12	87	12	68	85	0	14	0	0.59
19832283--19832307	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19832434--19832484	20	2.6	20	84	9	61	76	1	9	11	1.10
19839744--19839802	5	11.4	5	76	16	50	72	3	22	1	1.08
19839748--19839801	26	2.1	25	86	3	72	72	3	22	1	1.10
19839758--19839810	26	2.0	26	85	7	72	73	1	22	1	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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