genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24268186--24268224	19	2.0	20	85	5	53	43	10	7	38	1.67
24271676--24271735	30	2.0	30	96	0	111	26	21	18	33	1.96
24272568--24272636	28	2.5	26	84	11	86	62	2	5	28	1.33
24272898--24273046	25	6.1	24	72	14	126	53	3	8	34	1.47
24273004--24273050	11	4.1	11	78	10	58	55	6	2	36	1.37
24273004--24273123	35	3.7	35	69	21	100	55	6	2	35	1.40
24273236--24273296	21	2.9	20	81	15	70	65	4	1	27	1.22
24273265--24273294	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24274820--24274898	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24275017--24275317	47	6.3	47	90	3	458	29	30	8	31	1.88
24275028--24275333	145	2.1	145	94	0	531	29	30	8	31	1.88
24279270--24279541	75	3.9	64	77	15	186	31	22	17	27	1.97
24279324--24279623	75	3.9	77	88	2	426	31	21	17	29	1.96
24290832--24290866	17	2.1	17	88	0	52	71	17	0	11	1.14
24291689--24291757	28	2.5	26	84	11	86	62	2	5	28	1.33
24291775--24291805	10	3.1	10	90	0	53	35	0	12	51	1.40
24292023--24292188	24	6.9	23	71	17	68	54	3	7	34	1.47
24292019--24292190	50	3.5	46	75	13	157	53	3	7	35	1.46
24292097--24292190	24	3.9	23	82	15	111	56	3	4	36	1.35
24292124--24292190	13	5.6	13	70	25	67	56	4	1	37	1.29
24292127--24292194	11	6.0	11	79	6	82	55	5	1	36	1.33
24292300--24292479	3	60.0	3	70	17	92	62	4	2	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24292249--24292329	21	3.9	21	81	16	73	59	7	1	32	1.33
24292147--24292336	98	1.9	97	80	12	219	56	6	2	33	1.39
24293754--24293810	27	2.1	27	100	0	114	47	7	3	42	1.47
24296379--24296476	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
24296369--24296465	36	2.6	35	76	20	99	38	11	13	37	1.81
24296399--24296454	17	3.4	15	84	15	51	39	10	14	35	1.81
24301661--24302135	44	10.8	42	74	11	323	31	17	24	27	1.97
24301649--24302049	175	2.3	175	88	2	590	31	16	24	26	1.97
24301662--24302135	132	3.6	132	87	2	607	31	17	24	27	1.97
24301662--24302135	88	5.4	88	75	8	367	31	17	24	27	1.97
24302097--24303036	206	4.6	206	92	0	1443	30	17	22	29	1.96
24303430--24303472	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
24305977--24306029	9	5.8	9	82	10	63	41	1	0	56	1.10
24305977--24306029	19	2.8	18	88	8	79	41	1	0	56	1.10
24308760--24308784	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
24310152--24310247	40	2.5	40	84	3	115	38	32	12	16	1.86
24314975--24315160	43	4.3	43	90	2	286	26	29	20	23	1.99
24320610--24320827	40	5.5	40	85	4	266	22	22	28	26	1.99
24327476--24327693	40	5.5	40	89	3	291	22	23	28	25	1.99
24332709--24332780	31	2.3	31	83	4	83	13	33	30	22	1.93
24340363--24340580	40	5.5	40	86	4	275	22	22	28	25	1.99
24344090--24344152	22	2.9	21	76	6	72	44	36	0	19	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24344097--24344189	14	6.5	14	73	8	62	41	38	0	19	1.51
24344097--24344203	29	3.8	28	73	9	74	43	36	0	19	1.51
24345855--24345892	12	3.2	12	100	0	76	15	42	15	26	1.87
24355940--24356035	42	2.3	43	83	8	117	34	18	15	31	1.93
24360001--24360607	311	2.0	311	92	1	1020	34	20	12	32	1.89
24365405--24365457	22	2.4	22	81	9	63	20	22	13	43	1.86
24369280--24369400	57	2.1	57	87	3	172	40	21	4	33	1.72
24369312--24369410	19	5.2	19	74	4	92	40	22	6	31	1.78
24369593--24369681	24	3.7	24	81	3	99	32	19	23	24	1.97
24377232--24377265	17	2.0	17	88	0	50	14	32	41	11	1.82
24387047--24387182	27	5.0	27	84	5	168	36	16	12	34	1.87
24406057--24406103	20	2.5	19	80	10	51	27	44	21	6	1.76
24406070--24406109	20	2.0	20	95	0	71	22	42	25	10	1.84
24407284--24407322	6	6.5	6	93	0	51	76	0	15	7	0.99
24407284--24407322	12	3.2	12	88	0	60	76	0	15	7	0.99
24407483--24407542	10	5.8	10	75	14	50	78	3	1	16	0.97
24407482--24407537	6	9.3	6	78	18	55	78	3	0	17	0.89
24407481--24407537	16	3.6	16	72	23	57	77	3	0	19	0.92
24432302--24432497	39	5.1	39	78	7	193	18	18	30	32	1.95
24433573--24433626	27	2.0	27	85	7	74	48	5	1	44	1.37
24453606--24453683	39	2.0	39	100	0	156	35	17	17	28	1.94
24457549--24457574	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24475574--24475619	17	2.7	17	96	0	83	13	39	34	13	1.83
24483872--24483976	47	2.2	47	94	0	183	34	6	30	28	1.83
24506486--24506637	41	3.7	41	81	6	157	28	16	24	30	1.96
24508181--24508358	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24508202--24508357	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24508181--24508370	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
24516270--24516447	27	6.6	27	83	3	196	30	28	14	26	1.95
24516291--24516446	82	1.9	81	85	3	215	30	28	14	26	1.95
24516270--24516459	82	2.3	83	76	12	203	31	27	13	27	1.94
24539130--24539278	41	3.6	41	85	2	183	26	16	24	32	1.96
24539130--24539279	81	1.8	80	84	9	205	26	16	24	32	1.96
24541548--24541595	25	1.9	25	86	0	69	33	20	14	31	1.93
24541728--24541805	26	3.1	25	87	5	104	30	23	20	25	1.98
24542022--24542101	31	2.6	31	90	2	117	33	17	23	25	1.96
24543884--24543971	24	3.7	24	93	0	149	35	30	13	20	1.91
24543836--24543968	48	2.8	48	83	0	149	35	27	12	24	1.92
24543835--24543971	72	1.9	72	84	0	184	35	29	12	23	1.91
24545146--24545179	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
24551448--24551554	24	4.5	24	81	4	74	35	30	11	22	1.89
24551476--24551549	22	3.3	22	81	7	85	36	32	10	20	1.87
24551472--24551557	24	3.7	24	84	6	122	34	32	12	19	1.90
24553759--24553857	7	13.9	7	74	4	63	46	33	0	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24553815--24553856	22	2.0	21	95	4	75	47	30	0	21	1.51
24554016--24554095	40	2.0	40	90	4	126	27	20	18	33	1.96
24554117--24554340	40	5.6	40	79	4	202	27	20	19	32	1.97
24554117--24554320	79	2.6	79	82	0	237	27	20	19	32	1.96
24554378--24554643	40	6.7	40	76	8	195	26	20	21	31	1.98
24554375--24554643	120	2.2	120	80	8	291	26	20	21	31	1.98
24554705--24554758	22	2.4	22	87	6	72	24	27	25	22	2.00
24561378--24561451	30	2.5	31	82	10	91	41	9	10	37	1.73
24561970--24562010	21	2.0	21	90	0	64	34	4	14	46	1.66
24562523--24562561	20	2.0	20	89	0	60	46	12	2	38	1.56
24562655--24562712	27	2.1	27	87	6	82	29	31	18	20	1.97
24568089--24568129	7	5.9	7	100	0	82	29	29	0	41	1.56
24569006--24569043	19	2.0	20	89	5	60	34	10	5	50	1.59
24575672--24575721	20	2.5	20	93	0	82	34	14	34	18	1.90
24576155--24576215	26	2.3	26	78	13	72	36	26	8	29	1.85
24576319--24576424	27	3.9	27	83	2	115	21	22	18	36	1.95
24581570--24581652	31	2.6	32	82	3	96	60	19	6	14	1.55
24587498--24587625	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
24587498--24587625	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
24587730--24588374	241	2.7	241	98	0	1236	31	15	18	34	1.92
24590703--24590808	41	2.6	39	78	10	95	38	15	20	25	1.92
24592131--24592482	41	8.7	41	75	7	243	25	18	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24596692--24596761	24	2.8	25	75	14	74	34	15	25	24	1.95
24598353--24598390	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
24598619--24598787	46	3.7	45	78	13	191	30	28	19	21	1.98
24598620--24598790	93	1.8	93	93	0	297	29	28	19	21	1.98
24608773--24609452	137	5.0	137	90	0	984	28	20	17	33	1.95
24628258--24628336	31	2.5	31	93	0	140	25	25	18	30	1.98
24628360--24628451	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
24628597--24628692	25	3.8	26	90	4	144	25	25	23	26	2.00
24628584--24628692	25	4.4	25	86	6	125	24	24	22	28	1.99
24629446--24629525	27	3.0	27	92	3	126	21	26	21	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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