genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  86  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26047114--26047297	40	4.6	39	82	8	196	23	21	28	26	1.99
26047166--26047330	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
26055228--26055412	40	4.7	40	78	7	182	25	21	27	25	2.00
26055284--26055435	79	1.9	79	82	7	193	26	18	27	27	1.98
26059649--26059684	14	2.6	14	86	0	54	36	30	8	25	1.85
26064029--26064101	21	3.5	21	73	0	65	28	21	28	20	1.98
26065944--26066077	40	3.4	40	73	9	141	26	17	24	31	1.97
26070543--26070580	19	2.0	19	85	10	51	13	23	44	18	1.85
26070796--26070984	27	7.0	27	91	0	288	32	20	22	23	1.98
26071126--26071207	27	3.1	27	80	5	87	25	18	20	35	1.95
26074235--26074393	43	3.7	43	78	9	155	32	26	17	23	1.97
26084794--26084906	43	2.7	43	82	12	151	31	26	17	23	1.97
26088239--26088274	13	2.8	12	88	12	54	41	0	0	58	0.98
26088240--26088274	18	1.9	18	100	0	70	40	0	0	60	0.97
26093249--26093350	29	3.4	29	90	2	150	20	25	12	41	1.88
26096334--26096811	44	10.9	44	70	16	298	32	26	13	27	1.94
26096420--26097072	87	7.5	87	89	3	940	32	25	14	27	1.95
26107902--26107956	17	3.3	17	79	2	58	60	1	7	30	1.35
26107874--26107975	15	6.7	15	71	15	59	60	1	5	31	1.31
26109564--26109589	9	2.9	9	100	0	52	0	23	34	42	1.54
26116137--26116303	89	1.9	88	85	4	230	37	13	10	38	1.79
26116501--26116539	20	2.0	20	85	10	53	64	7	0	28	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26116532--26116569	19	2.0	19	100	0	76	47	15	5	31	1.68
26116728--26116877	10	14.9	10	68	19	55	29	5	2	63	1.27
26116821--26116879	20	2.8	22	80	14	72	27	5	0	67	1.11
26116845--26116918	19	3.8	18	77	10	58	29	4	1	64	1.20
26117460--26117612	36	4.2	36	74	9	121	43	13	20	22	1.86
26117488--26117629	75	1.9	75	88	0	212	43	13	20	22	1.86
26117498--26117653	75	2.1	75	82	2	188	42	13	21	21	1.87
26117683--26118112	36	11.7	35	72	9	224	43	14	20	22	1.87
26117680--26118128	75	6.1	73	76	6	379	43	14	20	21	1.87
26117667--26118033	147	2.5	146	87	2	522	44	14	19	20	1.87
26117796--26118108	111	2.8	110	75	9	303	44	14	19	21	1.86
26117765--26118187	75	5.7	73	77	6	246	44	13	18	22	1.86
26117667--26118220	147	3.8	148	81	4	433	44	14	18	22	1.86
26118252--26118444	36	5.2	35	70	15	120	47	16	16	20	1.83
26118172--26118460	150	1.9	153	83	6	381	47	14	17	20	1.83
26118172--26118468	75	3.9	75	83	4	328	46	15	17	20	1.84
26119263--26119317	25	2.2	26	78	15	62	50	5	3	40	1.43
26119210--26119346	68	2.0	71	86	5	199	50	3	4	41	1.40
26119218--26119365	68	2.1	71	80	7	160	51	3	4	41	1.37
26123396--26123426	14	2.2	14	100	0	62	38	12	6	41	1.69
26126490--26126694	102	2.0	102	90	1	322	35	23	12	28	1.91
26129638--26129804	27	6.1	27	82	10	198	37	22	22	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26129638--26129804	54	3.1	54	89	2	246	37	22	22	17	1.94
26131380--26131487	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
26132279--26132327	17	2.9	17	81	6	55	65	0	0	34	0.93
26132852--26132930	27	2.9	27	80	12	90	35	0	5	59	1.19
26132850--26132916	18	3.7	18	78	4	71	37	0	4	58	1.19
26145152--26145189	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
26145166--26145190	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
26145215--26145249	6	5.5	6	87	12	52	80	2	0	17	0.84
26145217--26145252	14	2.6	14	86	4	56	77	2	0	19	0.88
26145267--26145351	9	9.4	9	83	5	91	29	9	18	42	1.82
26149564--26149603	20	2.0	20	85	9	55	35	0	7	57	1.27
26149570--26149626	28	2.1	27	83	9	71	38	0	7	54	1.28
26149598--26149635	20	1.9	20	89	10	60	42	0	2	55	1.14
26157074--26157340	35	7.6	35	85	0	327	31	23	11	32	1.91
26157080--26157340	105	2.5	105	88	1	371	31	24	11	32	1.91
26161903--26162008	40	2.7	39	82	7	126	36	4	8	50	1.54
26165237--26165295	16	3.4	18	77	11	61	45	5	18	30	1.71
26165247--26165301	16	3.4	16	78	11	58	50	3	16	29	1.62
26165237--26165300	34	1.9	33	87	3	92	46	4	18	29	1.69
26165857--26165900	22	2.0	22	82	13	54	18	2	31	47	1.61
26166170--26166233	33	1.9	33	96	0	119	35	10	25	28	1.89
26166862--26166906	19	2.3	19	92	3	72	51	13	15	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26169532--26169588	28	2.0	28	100	0	114	28	7	38	26	1.82
26171004--26171061	17	3.2	17	72	13	62	34	3	8	53	1.49
26171002--26171167	37	4.9	37	84	13	177	33	6	10	49	1.62
26171031--26171119	29	3.1	29	98	0	169	35	6	5	51	1.52
26171099--26171159	17	3.4	17	68	12	50	32	3	13	50	1.57
26171167--26171249	9	9.4	9	76	5	89	27	9	19	43	1.82
26171173--26171215	17	2.5	17	82	10	61	27	9	23	39	1.85
26171162--26171249	26	3.3	27	79	6	81	27	10	19	43	1.83
26180567--26180592	9	2.9	9	100	0	52	57	0	42	0	0.98
26182020--26182052	15	2.1	16	88	5	50	27	0	3	69	1.03
26182474--26182535	30	2.1	30	100	0	124	20	22	19	37	1.95
26184433--26184469	18	2.1	18	94	0	65	45	8	18	27	1.77
26186368--26186479	33	3.4	32	79	11	113	38	12	22	26	1.90
26186376--26186479	32	3.2	32	80	5	102	38	11	23	26	1.89
26186472--26186614	31	4.5	31	83	6	173	29	16	27	26	1.97
26186678--26186742	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
26186797--26186870	34	2.2	34	92	0	121	25	10	28	35	1.90
26187416--26187455	20	2.0	20	100	0	80	45	5	15	35	1.68
26191713--26191886	50	3.5	49	88	3	260	24	17	28	29	1.98
26191713--26191895	99	1.8	100	92	1	314	24	18	27	29	1.98
26193814--26194198	126	3.0	126	92	1	619	25	18	19	35	1.95
26194660--26194713	15	3.8	15	73	14	60	48	29	0	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26194668--26194720	27	1.9	28	92	3	90	43	32	0	24	1.55
26194654--26194762	45	2.5	42	78	15	107	44	33	0	21	1.52
26209507--26209545	19	2.1	19	95	0	69	35	12	12	38	1.82
26211439--26211495	27	2.1	27	83	6	71	24	26	7	42	1.80
26211564--26211653	27	3.3	26	78	9	101	24	27	16	31	1.97
26213933--26213966	6	5.7	6	89	0	50	67	2	17	11	1.34
26214105--26214176	25	2.8	25	87	6	92	38	9	16	34	1.82
26214105--26214190	25	3.4	25	81	9	79	38	11	13	36	1.82
26217200--26217247	10	4.5	10	79	10	51	39	10	0	50	1.37
26228037--26228137	43	2.4	42	80	6	114	22	18	28	29	1.98
26235002--26235045	23	1.9	23	81	9	54	56	0	20	22	1.42
26236361--26236578	40	5.5	40	91	2	325	23	23	27	24	2.00
26238240--26238431	33	5.9	32	77	7	127	29	22	14	33	1.94
26238368--26238480	34	3.4	33	71	8	104	29	23	9	37	1.87
26238472--26238541	28	2.5	28	95	2	122	24	32	10	32	1.88
26243905--26244076	79	2.2	80	86	5	233	26	22	26	25	2.00
26243852--26244076	40	5.7	40	84	5	235	26	22	26	24	2.00
26243852--26244082	119	1.9	120	82	7	292	26	22	26	24	2.00
26243905--26244109	79	2.6	79	82	6	211	28	21	25	24	1.99
26245520--26245697	27	6.6	27	82	6	180	30	28	14	26	1.95
26251297--26251421	62	2.0	62	98	0	241	34	12	19	34	1.88
26253715--26253783	22	3.2	22	72	12	79	26	5	7	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26253702--26253788	43	2.0	44	97	2	167	26	4	9	59	1.47
26253702--26253769	22	3.1	22	71	12	77	27	4	11	55	1.55
26263002--26263055	27	2.1	25	86	6	72	14	11	14	59	1.62
26263008--26263064	26	2.1	27	81	9	64	19	10	14	56	1.67
26263715--26263775	21	3.0	21	80	2	70	34	24	16	24	1.95
26268137--26268170	16	2.0	18	88	11	54	52	0	2	44	1.16
26282128--26282236	27	4.1	27	87	5	132	36	22	23	16	1.94
26282128--26282236	54	2.0	53	85	1	146	36	22	23	16	1.94
26286633--26286863	118	2.0	118	92	0	381	29	30	17	22	1.97
26287629--26287733	42	2.5	42	92	3	167	24	11	34	29	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316