genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70761025--70761162	27	5.1	27	81	0	177	25	21	17	36	1.94
70761004--70761168	54	3.1	53	80	6	181	27	21	15	35	1.94
70761001--70761160	81	2.0	81	86	0	221	27	21	16	35	1.94
70761155--70761306	27	5.7	27	82	5	121	30	11	19	38	1.86
70761190--70761357	81	2.1	81	83	4	205	30	8	20	40	1.83
70761190--70761306	54	2.2	54	90	0	180	30	10	19	39	1.85
70761190--70761358	54	3.1	54	82	3	171	30	8	20	40	1.82
70761287--70761660	27	13.9	27	81	5	84	36	6	22	34	1.81
70761234--70761383	81	1.9	81	81	2	185	30	6	22	40	1.79
70761351--70761615	54	4.9	54	86	1	334	39	6	23	31	1.79
70761351--70761615	81	3.3	81	88	1	379	39	6	23	31	1.79
70776384--70776443	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
70776484--70776535	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
70785614--70785734	42	2.9	42	77	1	116	33	26	16	23	1.96
70785609--70785726	43	2.8	42	76	2	119	33	27	16	22	1.95
70789742--70789928	39	4.7	40	83	9	240	24	28	21	25	1.99
70789742--70789928	79	2.4	78	85	5	252	24	28	21	25	1.99
70792990--70793368	38	9.0	38	70	19	220	30	24	14	29	1.95
70793035--70793331	47	6.7	47	74	15	299	31	23	14	30	1.95
70792997--70793288	85	3.4	85	92	0	494	30	24	14	29	1.95
70793200--70793368	48	3.8	48	81	8	189	29	24	14	31	1.95
70793120--70793368	133	1.9	132	87	0	363	30	24	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70798564--70798684	42	2.8	43	83	3	138	31	26	19	22	1.98
70801136--70801179	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
70801199--70801240	15	2.9	15	79	6	52	54	2	0	42	1.13
70801786--70801823	14	2.7	14	95	0	67	34	18	7	39	1.80
70802377--70802434	26	2.2	27	84	6	75	31	1	0	67	1.01
70805297--70805370	35	2.1	35	100	0	148	41	21	2	33	1.67
70806212--70806318	25	4.3	25	72	10	78	34	22	23	19	1.96
70809981--70810013	14	2.4	14	85	5	50	30	6	3	60	1.36
70821528--70821589	30	2.1	29	96	3	115	37	30	4	27	1.78
70823142--70823248	54	2.0	54	98	0	205	41	13	19	26	1.88
70824393--70824602	48	4.5	46	80	3	215	25	18	30	25	1.98
70824334--70824602	48	5.7	46	76	5	182	25	18	29	26	1.98
70825837--70825899	22	2.6	25	80	19	87	57	0	12	30	1.36
70825858--70825896	11	3.5	11	80	13	53	58	0	10	30	1.31
70825853--70825897	22	2.0	22	100	0	90	57	0	8	33	1.30
70826107--70826192	40	2.2	39	85	2	109	24	16	29	30	1.96
70829820--70830029	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
70837782--70837991	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
70850738--70850912	49	3.5	49	82	3	233	29	26	17	26	1.98
70850730--70850917	100	1.9	100	94	0	331	29	25	19	26	1.98
70855172--70855223	25	2.1	25	96	0	95	32	3	21	42	1.71
70857312--70857355	13	3.3	13	81	12	54	15	13	15	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70858953--70859007	27	2.0	27	82	6	67	18	21	23	36	1.95
70859001--70859058	23	2.5	23	91	0	89	22	20	17	39	1.92
70870761--70870798	9	4.1	9	86	6	58	5	10	0	84	0.77
70870758--70870800	10	4.3	10	79	8	52	4	13	0	81	0.84
70872409--70872539	48	2.7	48	84	0	163	25	19	24	30	1.98
70877623--70877688	34	1.9	34	87	0	96	28	30	9	31	1.88
70887826--70887855	15	2.0	15	93	0	51	26	40	3	30	1.72
70902392--70902494	37	2.8	37	95	0	179	23	32	20	24	1.98
70902635--70903043	48	8.5	48	96	0	710	32	27	6	34	1.81
70907346--70907574	40	5.7	40	94	0	395	26	27	20	26	1.99
70909655--70909864	39	5.3	39	92	2	325	24	22	28	24	2.00
70909604--70909864	39	6.6	39	86	8	245	25	22	27	24	2.00
70914220--70914481	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
70918570--70918797	40	5.7	40	88	2	332	26	26	21	25	2.00
70921211--70921432	46	4.7	46	78	13	211	22	28	21	27	1.99
70928599--70928665	33	2.0	33	91	0	107	34	16	23	25	1.95
70930141--70930283	48	3.0	48	88	0	223	20	18	29	31	1.96
70933872--70933933	30	2.1	30	87	0	88	30	24	8	37	1.84
70937615--70937684	25	2.8	25	82	0	86	28	21	22	27	1.99
70938492--70938575	27	3.1	27	91	3	125	20	28	21	29	1.98
70938615--70938973	27	13.3	27	77	6	246	31	8	20	40	1.82
70938725--70938959	81	2.9	80	83	6	296	29	7	21	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70938952--70939189	27	8.8	27	91	0	323	40	8	22	28	1.83
70938950--70939189	81	3.0	81	90	0	372	40	8	22	29	1.83
70942509--70942611	37	2.8	37	92	0	170	25	31	20	23	1.98
70942752--70942887	48	2.5	55	75	21	151	30	28	7	33	1.84
70942784--70942900	48	2.4	48	98	0	225	29	28	8	34	1.87
70950572--70950756	79	2.3	81	82	7	209	24	28	22	24	1.99
70950553--70950756	40	5.1	40	80	8	220	24	27	22	25	1.99
70958509--70958693	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
70958490--70958693	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
70966454--70966585	40	3.3	40	90	3	178	25	27	21	25	2.00
70966454--70966638	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
70969907--70970078	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
70969907--70970131	80	2.8	80	79	7	208	25	27	21	25	1.99
70976240--70976411	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
70979100--70979147	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
70988047--70988120	17	4.4	17	78	0	85	33	8	12	45	1.71
70988046--70988112	34	2.0	34	87	0	98	35	7	10	46	1.66
70988048--70988156	51	2.1	51	82	0	128	31	7	13	47	1.70
70998400--70998537	54	2.5	55	83	2	170	27	26	28	17	1.97
71016832--71016903	33	2.2	33	100	0	144	52	18	11	18	1.73
71020207--71020282	23	3.4	22	82	14	84	31	21	23	23	1.98
71020206--71020306	23	4.4	23	73	10	73	35	20	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71020222--71020315	47	2.0	46	84	8	120	35	21	22	21	1.96
71020230--71020317	23	3.8	24	75	12	78	36	21	21	20	1.95
71025587--71025611	12	2.1	12	100	0	50	16	32	0	52	1.44
71025540--71025660	63	1.9	62	88	5	181	28	25	5	40	1.78
71061602--71061823	40	5.6	40	89	1	331	27	26	22	23	2.00
71069654--71069697	22	2.0	22	86	0	61	65	9	6	18	1.42
71070226--71070255	12	2.4	13	94	5	53	30	0	0	70	0.88
71077078--71077134	30	1.9	30	82	13	73	35	8	10	45	1.70
71078913--71078941	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
71083368--71083399	6	5.7	6	96	3	50	84	0	0	15	0.63
71083701--71083747	23	2.0	23	100	0	94	23	21	12	42	1.87
71084516--71084565	20	2.6	18	79	17	55	24	8	0	68	1.16
71084520--71084598	30	2.6	30	75	15	81	25	8	0	65	1.21
71088367--71088424	15	3.8	15	93	2	98	53	12	0	34	1.38
71089325--71089388	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
71090107--71090345	27	8.9	27	75	0	127	24	27	16	31	1.96
71092126--71092183	25	2.3	26	90	3	91	27	22	17	32	1.96
71102170--71102247	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
71102200--71102701	174	2.9	174	96	0	923	29	14	24	31	1.94
71106191--71106225	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
71110311--71110353	22	2.0	22	100	0	86	37	4	11	46	1.61
71114337--71114598	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71122362--71122584	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
71122362--71122584	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
71122362--71122617	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
71126199--71126243	13	3.4	13	81	6	63	15	11	4	68	1.34
71126126--71126507	100	3.9	98	80	11	412	26	16	17	38	1.91
71126433--71126993	73	7.6	73	83	6	650	31	16	19	31	1.94
71126413--71127023	148	4.1	147	86	3	732	30	16	19	33	1.94
71126433--71127023	221	2.7	222	89	2	879	30	16	19	32	1.95
71127094--71127126	14	2.4	14	100	0	66	18	9	6	66	1.40
71126992--71127469	91	5.3	90	81	5	463	26	16	18	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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