genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22718289--22718329	16	2.6	16	96	3	75	4	31	4	58	1.40
22718387--22718468	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
22719941--22720059	41	2.9	43	85	6	156	35	25	21	18	1.95
22720156--22720213	27	2.1	29	87	6	84	51	18	1	27	1.56
22724834--22724948	43	2.7	42	82	6	133	34	25	15	24	1.95
22724855--22724956	43	2.4	43	85	1	134	36	23	13	26	1.92
22727287--22727331	22	2.0	22	91	8	74	33	6	6	53	1.53
22727506--22727553	20	2.4	21	75	6	55	20	2	33	43	1.64
22729277--22729315	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
22729415--22729444	3	9.7	3	92	7	51	63	3	0	33	1.11
22732199--22732241	17	2.5	17	84	0	59	53	39	0	6	1.28
22733394--22733432	20	2.0	20	89	0	60	33	5	0	61	1.18
22733566--22733718	3	52.3	3	75	17	135	31	2	2	63	1.22
22733645--22733690	20	2.3	20	85	7	58	32	2	6	58	1.36
22733711--22733755	23	2.0	22	82	4	54	17	11	4	66	1.38
22737798--22737907	43	2.6	42	84	7	132	26	17	24	31	1.97
22738580--22738697	43	2.7	43	97	0	218	23	19	32	24	1.98
22744718--22744845	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
22744751--22744828	39	2.0	39	97	0	147	32	0	21	46	1.52
22744718--22744845	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
22744964--22745638	241	2.8	240	95	1	1217	33	14	17	34	1.90
22748917--22748952	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22749543--22749628	40	2.2	39	79	12	95	22	18	18	40	1.91
22750116--22750154	13	3.0	13	96	0	69	46	2	7	43	1.46
22750686--22750748	21	3.0	21	76	2	54	26	0	22	50	1.49
22751038--22751370	41	8.2	40	80	7	296	24	15	25	33	1.95
22751038--22751370	121	2.7	120	78	9	327	24	15	25	33	1.95
22753695--22753896	27	7.5	27	88	0	206	29	22	6	41	1.80
22753668--22753896	54	4.2	54	86	0	278	30	22	7	39	1.82
22753695--22753896	81	2.5	81	87	0	296	29	22	6	41	1.80
22753900--22754002	54	1.9	53	90	2	161	35	20	21	22	1.96
22753900--22754006	27	4.0	27	80	4	117	35	21	20	22	1.96
22754527--22754614	6	14.3	6	71	17	65	19	17	13	50	1.79
22754530--22754593	25	2.6	25	89	0	92	18	20	14	46	1.83
22755306--22755619	163	1.9	163	84	2	425	27	22	17	32	1.96
22755595--22755974	29	13.3	29	79	8	332	37	23	13	25	1.91
22755595--22755969	115	3.3	114	78	6	382	37	23	13	25	1.92
22755582--22755975	86	4.6	85	78	6	402	37	23	13	25	1.92
22756369--22756433	32	2.0	32	84	0	85	32	26	7	33	1.85
22758034--22758182	42	3.6	42	77	8	144	30	23	14	31	1.95
22768014--22768054	21	2.0	21	90	0	64	48	24	4	21	1.69
22768009--22768107	28	3.5	28	72	4	83	48	27	4	20	1.67
22769539--22769582	23	1.9	23	90	0	70	56	9	0	34	1.31
22772920--22772994	21	3.4	23	78	12	86	40	26	20	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22772920--22773006	21	4.0	23	77	10	83	39	25	20	14	1.91
22774455--22774490	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
22775155--22775280	60	2.1	61	82	5	148	42	17	7	32	1.78
22782794--22782991	41	4.9	40	86	4	247	35	21	22	20	1.96
22783165--22783247	21	3.6	21	71	20	67	28	2	25	43	1.67
22783167--22783263	49	2.0	46	90	5	149	29	3	25	41	1.71
22787478--22787791	43	7.3	43	81	2	344	22	16	32	28	1.96
22787470--22787791	129	2.5	129	82	6	400	22	17	31	27	1.96
22787470--22787770	86	3.5	86	83	1	388	23	16	32	27	1.96
22788473--22788540	21	3.4	21	76	10	79	73	5	0	20	1.04
22788473--22788540	20	3.4	19	74	13	66	73	5	0	20	1.04
22791593--22791635	19	2.2	20	88	12	63	13	11	0	74	1.07
22792491--22792579	40	2.3	39	86	7	126	39	1	6	52	1.35
22799286--22799456	10	16.7	10	64	18	50	56	2	3	36	1.31
22799324--22799411	9	10.1	8	71	17	52	56	2	2	38	1.24
22799340--22799407	27	2.6	27	80	11	79	57	2	1	38	1.23
22799401--22799452	22	2.4	22	77	6	52	55	1	3	38	1.29
22799587--22799677	10	9.2	10	70	13	55	62	2	3	31	1.23
22799293--22799677	20	20.3	18	66	19	117	58	3	2	35	1.28
22799567--22799668	10	10.3	10	70	18	54	61	1	1	34	1.18
22806507--22806546	20	2.0	20	85	0	53	30	5	2	62	1.29
22809843--22809962	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22811378--22812110	47	15.4	47	92	2	1021	33	9	29	27	1.89
22814019--22819230	570	9.2	568	78	5	4493	33	16	15	34	1.91
22827604--22827656	26	2.1	25	82	3	61	18	20	20	39	1.92
22830583--22830921	134	2.5	134	83	0	401	33	17	11	36	1.86
22831023--22831556	292	1.8	292	81	4	675	35	13	18	32	1.90
22832635--22832728	47	2.0	47	91	0	152	30	14	12	41	1.84
22834031--22834516	263	1.8	263	81	1	607	33	14	18	33	1.91
22836593--22837824	568	2.2	563	76	7	1200	33	17	14	34	1.90
22838314--22838883	287	2.0	288	85	1	786	31	18	14	36	1.90
22843669--22845068	549	2.6	541	83	5	1648	33	16	16	34	1.91
22848785--22849064	134	2.1	134	82	1	346	32	19	11	36	1.87
22849470--22849764	134	2.2	134	79	7	330	33	17	11	37	1.85
22849608--22849891	157	1.8	157	83	4	367	33	17	10	37	1.85
22849765--22850060	134	2.2	134	80	5	323	33	17	10	37	1.85
22849473--22850055	291	2.0	291	99	0	1148	33	17	11	37	1.85
22851451--22851804	134	2.6	134	81	3	408	31	18	11	37	1.87
22852868--22853202	134	2.5	131	76	6	314	31	19	12	37	1.88
22853150--22853903	398	1.9	398	84	1	1026	35	16	16	31	1.91
22855989--22856067	33	2.4	33	82	0	95	29	26	27	16	1.97
22874530--22874822	134	2.2	135	83	3	367	30	21	11	35	1.90
22874730--22874919	97	2.0	97	85	6	260	30	24	10	34	1.89
22875297--22875655	133	2.7	134	83	4	456	30	17	12	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22876637--22876661	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22876981--22877013	16	2.1	16	94	0	57	60	0	0	39	0.97
22877976--22878034	31	1.9	31	86	6	84	55	13	11	18	1.68
22881341--22881373	15	2.2	15	89	10	50	36	6	6	51	1.51
22882378--22882424	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
22882921--22883069	39	3.9	38	88	2	183	28	17	5	48	1.69
22884277--22884362	45	1.9	45	88	4	129	26	30	12	30	1.93
22884576--22885010	210	2.1	210	90	1	676	29	22	18	28	1.98
22884824--22885189	179	2.0	179	95	0	651	30	22	18	29	1.97
22884614--22885399	389	2.0	389	94	1	1387	30	22	18	29	1.97
22885003--22885813	210	3.9	210	89	4	1264	30	22	17	28	1.97
22885003--22885813	415	1.9	418	89	3	1269	30	22	17	28	1.97
22893728--22893756	13	2.2	13	100	0	58	6	37	0	55	1.27
22895096--22895179	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
22914088--22914171	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
22919687--22919733	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
22920242--22920391	39	3.9	38	90	2	194	29	18	5	47	1.70
22931463--22931487	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
22931349--22931907	277	2.0	275	97	0	1064	51	12	17	18	1.76
22934575--22934629	22	2.5	21	80	8	56	47	3	3	45	1.38
22935083--22935124	13	3.0	14	80	19	52	40	2	0	57	1.12
22937851--22937895	22	2.2	20	88	8	63	26	11	0	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22939309--22939366	15	4.2	13	75	16	55	27	0	1	70	0.97
22941406--22941675	72	3.8	67	78	15	271	62	2	8	26	1.38
22941406--22941680	141	2.0	140	83	8	353	62	2	8	26	1.38
22941406--22941691	68	4.1	71	81	7	309	61	2	9	26	1.40
22942895--22942930	18	2.1	18	89	5	56	5	2	13	77	1.05
22943117--22943520	44	9.1	44	77	8	300	29	20	16	34	1.94
22943117--22943521	89	4.6	89	79	2	368	29	20	16	34	1.94
22943127--22943520	133	3.0	132	77	3	362	29	20	15	33	1.94
22944048--22944115	34	2.1	30	86	10	91	52	35	2	8	1.47
22945293--22945354	28	2.3	29	78	15	71	30	4	0	64	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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