genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96454295--96454446	76	2.0	76	98	0	295	38	11	9	40	1.73
96457686--96457854	41	4.1	41	83	5	191	36	20	21	21	1.95
96458183--96458225	21	2.0	20	82	13	50	25	2	27	44	1.66
96458260--96458299	14	2.9	14	85	11	55	20	0	40	40	1.52
96458260--96458303	21	2.1	21	83	8	54	22	0	40	36	1.54
96458832--96458919	42	2.1	42	89	2	133	37	13	20	28	1.91
96463974--96464124	43	3.5	43	88	1	212	24	19	25	29	1.99
96469651--96469698	23	2.0	24	84	11	64	35	4	6	54	1.45
96470847--96470952	26	4.1	26	92	0	176	33	6	23	36	1.81
96473650--96473690	16	2.5	17	80	15	50	56	7	4	31	1.48
96480470--96480518	25	2.0	25	91	0	80	44	16	18	20	1.86
96482260--96482432	40	4.3	40	85	2	206	32	25	17	24	1.97
96482257--96482432	80	2.2	80	84	3	239	32	25	17	25	1.96
96483218--96483246	13	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
96499222--96499372	40	3.8	40	85	5	171	31	22	19	27	1.98
96503709--96503747	19	2.1	19	85	4	53	33	5	7	53	1.51
96504384--96504423	13	3.2	12	85	7	53	85	2	5	7	0.83
96515815--96515854	16	2.6	16	96	4	73	25	5	0	70	1.08
96515811--96515869	5	11.8	5	72	13	50	22	3	0	74	0.96
96534139--96534223	36	2.4	34	70	3	80	74	1	10	14	1.14
96534192--96534221	13	2.2	13	94	5	51	86	0	0	13	0.57
96539938--96539966	15	2.0	15	93	6	51	10	13	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96542881--96542931	23	2.2	24	89	10	79	25	0	1	72	0.95
96545649--96545683	18	1.9	18	88	0	52	31	17	2	48	1.61
96550715--96550772	19	3.1	19	87	2	82	37	0	6	55	1.27
96555507--96555882	94	4.0	94	97	0	698	30	10	19	39	1.86
96555912--96555974	24	2.6	24	83	11	76	22	15	28	33	1.95
96576144--96576260	61	1.9	62	87	5	175	23	12	13	50	1.76
96584838--96584871	17	2.0	17	88	0	50	32	2	14	50	1.58
96597503--96597543	19	2.2	19	90	0	64	87	2	0	9	0.62
96597493--96597541	14	3.5	14	86	5	64	83	4	2	10	0.85
96606319--96606361	21	2.0	21	100	0	86	39	27	13	18	1.89
96613978--96614012	17	2.1	17	94	0	61	20	14	11	54	1.70
96617490--96617649	52	3.1	52	80	9	182	28	15	25	30	1.95
96617555--96617693	46	2.8	52	77	15	150	23	15	30	30	1.96
96618440--96618497	20	2.9	20	86	0	89	20	31	31	17	1.96
96621136--96621180	20	2.2	20	96	0	81	40	6	8	44	1.62
96626460--96626503	20	2.4	18	80	20	56	36	4	4	54	1.41
96626465--96626504	20	2.1	19	95	4	71	37	5	5	52	1.45
96638570--96639373	210	3.8	210	87	2	1045	30	18	21	29	1.96
96641303--96641341	20	2.1	19	86	13	55	33	5	5	56	1.43
96641623--96641669	22	2.1	22	84	7	60	34	2	0	63	1.06
96647124--96647179	28	2.0	28	100	0	112	25	25	17	32	1.97
96660513--96660663	27	5.6	27	85	3	187	29	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96660513--96660663	55	2.8	55	85	4	191	29	28	15	25	1.96
96661147--96661173	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
96668672--96668822	27	5.6	27	85	3	187	29	28	15	25	1.96
96668672--96668822	55	2.8	55	85	4	191	29	28	15	25	1.96
96669304--96669333	14	2.1	14	100	0	60	43	0	6	50	1.28
96686543--96686611	3	23.0	3	100	0	138	0	33	0	66	0.92
96699706--96699775	27	2.6	27	97	0	113	24	24	25	25	2.00
96703479--96703539	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
96705155--96705204	25	2.0	25	96	0	91	28	14	24	34	1.93
96705236--96705261	11	2.4	11	100	0	52	53	26	0	19	1.45
96714617--96714680	31	2.1	31	88	8	96	56	10	4	28	1.54
96715025--96715068	21	2.1	21	91	0	70	13	9	13	63	1.51
96717432--96717471	14	2.7	15	84	11	55	25	0	2	72	0.97
96717622--96717655	17	1.9	18	88	5	52	20	5	11	61	1.50
96718460--96718542	33	2.6	32	77	7	78	21	7	9	61	1.51
96718843--96719100	131	2.0	130	84	2	338	27	20	17	34	1.95
96730505--96730571	30	2.3	30	79	7	75	34	4	7	53	1.49
96741261--96741313	27	2.0	27	96	0	97	16	24	24	33	1.96
96745907--96746084	27	6.6	27	80	6	164	29	28	16	25	1.97
96745928--96746083	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	25	1.97
96759673--96759823	26	5.9	27	73	22	114	37	18	23	19	1.94
96759700--96759788	46	1.9	46	90	4	144	38	16	24	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96761427--96761533	26	4.2	26	91	1	180	35	23	8	32	1.85
96762313--96762346	17	1.9	18	88	5	52	23	26	8	41	1.83
96766852--96767010	27	5.9	27	81	11	175	34	22	23	19	1.96
96766870--96767010	54	2.6	54	93	2	221	34	23	23	18	1.96
96768630--96768737	26	4.2	26	90	0	171	36	22	8	33	1.84
96768630--96768737	52	2.1	52	96	0	198	36	22	8	33	1.84
96769725--96769793	24	2.7	26	80	4	79	31	17	24	26	1.97
96771476--96771510	13	2.8	13	91	4	54	54	17	0	28	1.43
96772121--96772177	26	2.2	26	83	0	69	29	36	14	19	1.91
96779163--96779197	18	1.9	18	100	0	70	40	42	0	17	1.49
96780740--96780799	22	2.7	23	94	5	106	51	10	0	38	1.35
96780816--96780934	57	2.1	57	85	3	159	27	18	6	47	1.74
96786196--96786243	14	3.6	12	79	20	51	64	0	0	35	0.94
96786187--96786290	41	2.4	45	75	19	114	58	0	2	37	1.19
96788095--96788147	17	3.0	18	76	21	58	58	0	1	39	1.09
96794721--96794763	21	2.0	22	81	4	52	37	0	2	60	1.10
96794779--96794816	14	2.7	14	95	0	67	23	7	7	60	1.51
96801977--96802112	43	3.2	43	96	0	245	26	31	18	23	1.97
96807174--96807437	46	5.7	46	92	2	406	21	23	14	39	1.91
96811251--96811300	26	1.9	26	87	0	73	42	4	4	50	1.40
96811270--96811300	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
96811448--96811523	15	5.1	14	78	12	71	38	42	1	18	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96811856--96811906	15	3.5	15	72	5	50	47	29	3	19	1.68
96812030--96812077	24	2.1	23	88	7	71	18	0	35	45	1.50
96812131--96812343	41	5.2	41	81	6	182	19	21	21	37	1.94
96812131--96812343	82	2.6	81	83	5	239	19	21	21	37	1.94
96812164--96812343	41	4.4	41	85	1	200	18	21	21	37	1.94
96813691--96814049	177	2.0	178	88	4	539	30	14	17	37	1.90
96815053--96815101	23	2.1	23	84	0	62	20	6	12	61	1.52
96823828--96823872	21	2.2	20	88	7	65	6	17	0	75	1.01
96825577--96825755	90	2.0	90	97	0	340	32	18	3	45	1.68
96828654--96828714	29	2.1	29	81	6	70	54	9	8	27	1.62
96831667--96831708	20	2.1	21	86	8	61	64	0	0	35	0.94
96839033--96839312	141	2.0	139	95	1	506	32	19	12	35	1.89
96845837--96845894	19	3.1	19	97	0	107	37	17	15	29	1.90
96846191--96846245	27	2.0	27	100	0	110	10	25	10	52	1.69
96846194--96846260	27	2.5	27	85	4	73	14	26	10	47	1.77
96853610--96853673	33	1.9	33	100	0	128	46	4	9	39	1.57
96860780--96860836	11	5.2	11	73	0	51	64	15	5	14	1.45
96860729--96860806	31	2.6	28	70	20	68	61	11	5	21	1.49
96861667--96861702	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
96862271--96862309	19	2.1	19	85	0	51	48	7	2	41	1.45
96862557--96862590	9	3.7	9	92	4	50	50	14	8	26	1.72
96863585--96863611	12	2.2	12	100	0	54	40	0	22	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96867402--96867442	20	2.0	20	100	0	82	19	24	26	29	1.98
96870035--96870184	82	1.9	80	84	5	203	30	28	20	20	1.98
96873687--96873758	6	12.2	6	74	11	60	16	2	4	76	1.06
96874258--96874299	20	2.1	20	100	0	84	30	9	19	40	1.83
96876799--96876864	21	2.9	23	76	17	66	19	6	0	74	1.03
96876971--96877018	12	3.9	12	84	13	62	14	2	0	83	0.74
96876951--96877044	24	3.8	24	72	19	61	12	4	3	79	0.99
96876951--96877019	12	6.0	11	77	11	59	11	4	1	82	0.87
96888379--96888435	26	2.2	26	100	0	114	26	19	7	47	1.74
96889773--96889827	23	2.3	23	87	6	74	16	16	40	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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