genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20239532--20239577	20	2.3	19	82	10	56	71	2	6	19	1.18
20239521--20239597	21	3.7	20	77	20	70	70	1	7	20	1.20
20239492--20239597	11	9.3	11	73	20	53	67	1	8	21	1.27
20239492--20239597	12	9.2	12	71	25	63	67	1	8	21	1.27
20239679--20239860	3	62.7	3	71	13	132	60	2	6	31	1.33
20241387--20241413	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
20246711--20246751	21	2.0	21	85	0	55	29	24	17	29	1.97
20247416--20247448	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
20247663--20247711	22	2.2	22	77	0	53	63	10	8	18	1.50
20254330--20254384	29	1.9	28	85	3	74	36	0	1	61	1.06
20265712--20265738	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
20266080--20266118	3	12.7	3	84	15	53	28	5	0	66	1.12
20266081--20266134	25	2.2	25	90	6	83	27	7	0	64	1.20
20266438--20266462	11	2.3	11	100	0	50	48	8	8	36	1.62
20266920--20266945	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
20269159--20269211	26	2.0	26	85	7	72	45	3	1	49	1.31
20269684--20269749	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
20277711--20277765	13	4.2	13	78	0	56	40	27	5	27	1.78
20277715--20277768	26	2.1	26	82	0	63	38	29	3	27	1.74
20280901--20280952	15	3.5	15	82	10	63	30	7	0	61	1.24
20280906--20280962	29	2.0	29	83	13	73	28	8	0	63	1.24
20280932--20280977	15	2.9	15	87	6	56	23	6	2	67	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20281187--20281240	23	2.5	22	82	8	58	33	0	5	61	1.19
20288088--20288185	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
20288095--20288183	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
20295456--20295553	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
20295463--20295551	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
20303180--20303208	15	1.9	15	100	0	58	55	0	20	24	1.44
20305926--20306003	39	2.0	39	100	0	156	25	20	20	33	1.97
20307602--20307636	17	2.1	17	100	0	70	54	5	17	22	1.64
20312682--20312796	50	2.3	50	86	3	151	40	19	16	24	1.91
20314432--20314476	18	2.4	18	85	7	63	48	0	6	44	1.29
20325389--20325424	11	3.2	11	92	4	54	66	0	2	30	1.06
20330066--20330160	17	5.5	17	68	5	57	38	7	13	40	1.73
20331836--20331904	30	2.3	30	89	0	111	39	4	10	46	1.58
20335600--20335776	50	3.5	50	89	0	264	36	15	21	26	1.93
20335752--20335861	31	3.5	31	92	0	175	30	19	25	25	1.98
20335891--20336062	49	3.7	47	85	8	205	29	14	26	29	1.95
20335935--20336097	42	3.7	43	84	9	188	29	14	26	28	1.95
20337411--20337444	17	2.0	17	100	0	68	29	41	17	11	1.85
20358393--20358564	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
20358395--20358617	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
20358393--20358617	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
20358549--20358626	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20364771--20364942	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
20364773--20364995	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
20364771--20364995	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
20364927--20365004	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
20367309--20367690	196	1.9	196	85	1	523	35	28	13	22	1.92
20369488--20369530	10	4.4	10	79	2	52	48	20	2	27	1.62
20377464--20377513	18	2.8	17	85	8	73	52	2	0	46	1.12
20378053--20378090	20	1.9	20	89	10	60	50	0	13	36	1.42
20378614--20378684	34	2.1	34	100	0	142	35	15	8	40	1.78
20381165--20381323	27	5.9	27	82	11	184	34	22	24	18	1.96
20381183--20381326	54	2.7	54	94	2	245	34	23	24	17	1.96
20382918--20383025	26	4.2	26	95	0	198	35	26	7	30	1.84
20386769--20386946	47	3.8	46	83	8	209	31	26	20	21	1.98
20386769--20386946	94	1.9	92	84	6	234	31	26	20	21	1.98
20391278--20391368	39	2.3	39	88	0	128	31	4	17	46	1.68
20395653--20395779	28	4.5	28	86	0	155	30	20	22	26	1.98
20395672--20395817	56	2.6	57	80	6	156	32	20	22	24	1.98
20395653--20395806	84	1.8	84	80	5	186	31	19	22	26	1.98
20397909--20397974	30	2.2	30	81	8	80	30	3	0	66	1.06
20398097--20398146	23	2.2	23	85	7	66	22	0	8	70	1.13
20398429--20398497	33	2.1	33	94	0	120	27	10	4	57	1.50
20406287--20406401	30	3.9	30	81	5	128	29	23	3	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20406287--20406402	29	3.9	30	80	5	130	29	23	3	43	1.70
20406284--20406415	29	4.5	29	72	12	90	32	21	3	43	1.68
20406284--20406409	59	2.1	59	79	5	148	32	21	3	42	1.69
20406910--20406979	11	6.0	11	77	12	61	70	8	21	0	1.14
20406926--20406980	24	2.3	24	93	0	101	65	9	25	0	1.22
20407566--20407613	17	2.8	17	76	23	55	31	16	10	41	1.82
20407668--20407716	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
20407715--20407754	20	2.0	21	95	5	73	45	12	10	32	1.75
20407746--20407774	9	3.2	9	100	0	58	89	0	0	10	0.48
20407861--20408278	17	24.3	17	70	13	187	31	13	11	44	1.78
20407861--20408265	54	7.8	53	70	15	147	30	13	11	44	1.79
20407861--20408001	72	2.0	72	83	5	178	30	13	12	43	1.80
20408089--20408261	91	1.9	88	85	8	233	30	12	12	45	1.78
20408241--20408279	18	2.2	18	90	0	60	38	12	7	41	1.72
20408734--20408762	13	2.1	14	93	6	51	75	3	0	20	0.94
20408760--20408874	30	3.9	30	81	5	128	29	23	3	43	1.70
20408760--20408875	29	3.9	30	80	5	130	29	23	3	43	1.70
20408760--20408888	29	4.4	29	74	15	95	31	21	3	43	1.68
20408758--20408882	59	2.1	59	79	5	146	32	21	3	42	1.69
20409401--20409455	23	2.4	23	93	3	94	67	7	25	0	1.16
20409382--20409448	13	5.2	12	75	8	53	74	7	17	0	1.04
20410045--20410111	17	3.9	17	79	11	82	31	17	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20410150--20410175	9	2.9	9	100	0	52	92	0	0	7	0.39
20410149--20410177	9	3.0	10	90	10	51	89	0	0	10	0.48
20410264--20410681	17	24.3	17	70	12	194	31	13	11	44	1.79
20410264--20410668	54	7.8	53	70	14	145	30	13	11	44	1.79
20410264--20410404	72	2.0	72	83	5	178	30	13	12	43	1.80
20410644--20410682	18	2.2	18	90	0	60	38	12	7	41	1.72
20410660--20410706	19	2.3	19	80	20	51	51	8	6	34	1.58
20410501--20410683	91	2.1	89	81	7	221	33	12	10	43	1.77
20416145--20416170	11	2.4	11	100	0	52	15	15	0	69	1.20
20437874--20437950	37	2.1	37	80	4	84	40	16	23	19	1.91
20438219--20438258	21	1.9	21	84	0	53	55	2	2	40	1.27
20438438--20438496	30	1.9	32	82	6	77	30	5	3	61	1.34
20440580--20440689	18	6.1	18	74	4	96	35	16	14	33	1.89
20440777--20440891	51	2.2	54	84	7	148	43	22	18	15	1.87
20442126--20442188	31	2.0	32	84	9	85	46	4	0	49	1.23
20442168--20442221	18	2.9	19	78	10	67	44	5	0	50	1.25
20446612--20446649	18	2.2	18	86	9	53	68	5	5	21	1.29
20451011--20451089	28	2.8	28	84	0	95	32	12	25	29	1.93
20451499--20451539	21	1.9	22	85	5	57	39	2	24	34	1.69
20453987--20454053	32	2.1	32	97	0	125	64	7	13	14	1.49
20454992--20455030	20	2.0	20	84	0	51	58	12	7	20	1.58
20455098--20455145	23	2.2	24	82	14	59	25	16	2	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20455203--20455249	21	2.2	21	84	0	58	44	2	8	44	1.46
20455854--20455935	20	4.0	21	70	7	71	58	8	8	24	1.55
20464911--20464958	7	6.3	7	82	17	60	27	4	0	68	1.07
20470672--20470769	23	4.3	23	71	5	63	22	25	19	32	1.97
20473678--20473707	15	2.0	15	100	0	60	26	0	13	60	1.34
20473894--20473970	9	8.4	9	72	18	52	33	0	1	64	1.01
20473893--20473968	27	2.7	28	82	15	95	34	0	1	64	1.02
20483472--20483572	34	3.2	34	62	34	89	26	19	0	52	1.53
20483473--20483598	60	2.1	60	98	0	243	26	19	2	51	1.59
20489014--20489041	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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