genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76985705--76985824	38	3.2	38	90	2	170	33	22	20	23	1.97
76988052--76988313	39	6.6	39	86	5	302	25	21	27	25	1.99
76988052--76988313	118	2.2	120	84	9	335	25	21	27	25	1.99
76996269--76996530	39	6.7	40	86	7	319	25	22	27	24	2.00
77013109--77013216	55	2.0	55	98	0	207	35	14	13	36	1.86
77015075--77015296	40	5.6	40	83	5	238	26	27	21	25	1.99
77018039--77018150	42	2.7	42	77	9	113	29	16	27	26	1.97
77019005--77019077	30	2.4	30	79	6	76	45	5	20	28	1.73
77020814--77020991	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77020815--77020970	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77020811--77020991	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77028865--77029042	27	6.6	27	82	3	187	27	15	26	30	1.96
77028866--77029021	82	1.9	81	85	3	215	27	15	26	30	1.96
77028862--77029042	82	2.2	81	81	2	211	27	15	26	30	1.96
77030879--77030950	30	2.4	29	81	4	81	48	5	19	26	1.70
77032721--77032876	33	4.7	33	70	10	86	30	19	26	23	1.98
77032890--77033007	45	2.6	45	87	0	173	39	17	20	22	1.92
77032983--77033185	46	4.4	45	85	3	219	45	12	21	20	1.84
77033022--77033218	46	4.3	46	86	0	243	44	14	21	19	1.86
77032976--77033200	92	2.4	92	83	1	281	44	12	22	20	1.86
77033908--77033941	13	2.6	13	100	0	68	11	20	50	17	1.77
77042075--77042128	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77047924--77047977	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
77048231--77048469	49	4.8	50	81	4	286	26	17	26	30	1.97
77048231--77048469	101	2.4	100	84	2	320	26	17	26	30	1.97
77051519--77051566	25	2.0	24	91	0	69	31	14	18	35	1.91
77052142--77052181	19	2.1	19	90	0	62	35	12	12	40	1.81
77053833--77053880	17	3.0	17	74	20	50	37	22	0	39	1.55
77054914--77055014	44	2.3	44	93	1	168	50	7	12	28	1.69
77057711--77057823	27	4.2	25	78	13	91	36	21	23	18	1.95
77057735--77057823	27	3.2	27	79	3	97	33	22	24	19	1.97
77065542--77065651	27	4.0	26	82	9	121	35	20	23	20	1.96
77065542--77065651	55	2.0	54	84	5	141	35	20	23	20	1.96
77069923--77070053	46	2.8	47	79	6	133	28	20	28	22	1.99
77072584--77072846	120	2.2	119	82	4	316	26	28	20	24	1.99
77072584--77072793	40	5.3	40	92	0	314	26	29	20	23	1.99
77072587--77072846	80	3.3	80	86	3	267	25	28	21	24	1.99
77072778--77072855	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
77089138--77089209	29	2.5	29	81	0	90	30	30	12	26	1.93
77107899--77107933	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
77108048--77108107	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
77108085--77108155	25	3.0	23	78	9	81	57	5	5	30	1.45
77108170--77108228	25	2.3	26	77	8	68	57	1	3	37	1.25
77109669--77109727	30	2.0	30	86	6	84	42	27	8	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77109930--77110678	150	4.8	167	78	11	473	32	18	17	31	1.94
77110094--77110762	72	9.0	72	85	5	773	32	18	16	32	1.93
77110094--77110762	150	4.5	145	83	7	765	32	18	16	32	1.93
77110094--77110762	222	3.0	219	86	4	921	32	18	16	32	1.93
77122648--77122682	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
77122834--77122980	25	5.8	25	72	12	111	57	4	6	31	1.46
77122811--77122926	47	2.5	47	80	8	121	59	5	6	29	1.43
77123000--77123045	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
77123528--77123672	30	4.8	30	94	0	254	22	6	46	24	1.74
77124452--77124703	123	2.0	123	96	1	470	34	13	13	38	1.84
77149963--77150035	15	4.9	15	84	0	92	15	16	13	54	1.71
77158475--77158793	48	6.6	48	83	1	361	27	28	17	26	1.98
77158478--77158793	95	3.3	96	83	1	357	27	27	17	26	1.98
77158475--77158793	143	2.2	145	84	1	408	27	28	17	26	1.98
77162672--77162815	46	3.1	46	73	14	143	29	28	19	22	1.98
77164541--77164581	15	2.7	15	88	0	64	58	9	17	14	1.62
77167529--77167699	93	1.8	93	89	2	272	27	28	21	22	1.99
77167521--77167694	46	3.8	46	76	14	187	28	27	20	22	1.99
77167523--77167714	46	4.1	47	71	16	143	28	27	20	22	1.99
77168699--77169127	214	2.0	214	95	0	777	30	16	24	28	1.96
77169109--77169431	104	3.1	104	86	0	448	33	16	21	28	1.95
77171599--77171660	30	2.1	30	96	0	115	33	6	29	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77180332--77180563	48	4.8	48	78	4	234	24	27	18	29	1.98
77189062--77189211	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
77189086--77189269	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.96
77191591--77191650	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
77195577--77195625	23	2.1	23	92	0	80	51	26	0	22	1.49
77201875--77202107	48	4.8	47	75	7	209	25	28	17	28	1.97
77208054--77208087	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
77210979--77211010	16	2.0	16	100	0	64	25	31	31	12	1.92
77235214--77235361	48	3.1	47	87	1	197	38	8	24	29	1.84
77237520--77237723	40	5.1	40	90	2	295	22	22	28	26	1.99
77245841--77245942	43	2.4	43	93	0	177	15	26	33	24	1.95
77246227--77246272	19	2.4	19	96	0	83	2	23	43	30	1.66
77254671--77254842	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
77254673--77254895	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
77254671--77254895	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
77261742--77261913	40	4.3	41	86	5	210	25	27	20	25	1.99
77261742--77261966	80	2.8	79	80	7	231	25	27	20	25	1.99
77270222--77270342	47	2.6	47	89	0	188	35	13	25	25	1.92
77270322--77270518	55	3.6	55	81	4	222	35	19	24	19	1.95
77270322--77270529	53	3.9	54	81	4	213	35	19	25	20	1.96
77276793--77277066	47	6.0	45	76	11	225	34	16	25	23	1.95
77277032--77277220	55	3.5	54	76	7	152	34	19	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77277935--77277996	30	2.1	30	93	0	106	54	9	9	25	1.63
77283578--77283613	18	1.9	19	88	5	56	19	2	11	66	1.35
77292694--77292744	27	1.9	26	88	4	75	37	17	25	19	1.94
77306289--77306478	40	4.8	40	85	5	228	23	24	28	24	2.00
77314325--77314485	39	4.1	40	83	7	186	22	24	29	22	1.99
77330101--77330312	40	5.3	39	82	4	246	27	27	19	25	1.99
77330120--77330312	80	2.4	80	93	0	332	26	28	19	24	1.99
77338162--77338452	40	7.3	39	81	3	341	27	27	20	24	1.99
77338181--77338452	80	3.4	80	94	1	474	26	28	20	24	1.99
77342489--77342521	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
77347861--77347907	6	7.8	6	95	0	67	14	0	6	78	0.93
77350816--77350848	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
77353293--77353520	43	5.3	43	89	2	334	25	31	20	23	1.98
77353293--77353520	85	2.7	86	87	2	325	25	31	20	23	1.98
77360964--77361017	21	2.6	21	78	0	54	40	40	1	16	1.59
77360956--77360996	14	2.9	15	85	7	59	34	43	2	19	1.64
77360998--77361032	15	2.4	15	90	4	54	40	37	2	20	1.67
77361195--77361242	7	6.7	7	80	4	51	41	33	2	22	1.66
77361286--77361333	25	1.9	25	83	8	62	37	43	0	18	1.51
77361314--77361348	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
77361316--77361398	22	3.9	21	73	6	67	46	28	1	22	1.59
77361752--77361844	41	2.3	41	77	5	100	25	18	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77361799--77361922	40	3.1	39	80	5	133	21	18	21	37	1.94
77366452--77366695	40	6.1	40	87	3	305	22	22	27	27	1.99
77376254--77376307	28	1.9	28	92	0	90	38	22	3	35	1.72
77376256--77376319	28	2.3	28	86	0	83	35	23	4	35	1.76
77382121--77382172	27	1.9	27	88	0	77	25	17	21	36	1.94
77389068--77389245	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77389069--77389224	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77389065--77389245	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77391678--77391781	52	2.0	52	96	0	190	19	32	34	13	1.90
77391951--77392192	27	9.0	27	85	0	277	40	20	6	32	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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