genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79006832--79006861	12	2.4	13	94	5	53	73	10	0	16	1.09
79008120--79008229	26	4.2	26	91	2	168	33	4	25	36	1.76
79009831--79009943	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
79009829--79009943	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
79014135--79014386	40	6.2	40	82	9	303	26	28	22	23	1.99
79014145--79014382	83	2.9	83	93	0	404	25	29	22	23	1.99
79021292--79021398	43	2.5	42	77	8	110	29	14	26	28	1.95
79041277--79041423	43	3.4	44	73	12	117	28	19	24	27	1.98
79049973--79050025	22	2.5	22	84	3	63	18	37	30	13	1.89
79076575--79076686	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
79076575--79076686	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
79078307--79078414	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
79082561--79082709	50	3.0	50	80	3	174	24	18	28	28	1.98
79082562--79082748	51	3.7	50	78	2	149	24	17	27	29	1.97
79082663--79082784	51	2.4	51	80	5	122	27	13	28	29	1.95
79084886--79084922	14	2.4	16	86	8	51	27	18	2	51	1.60
79084886--79084926	16	2.8	14	88	7	55	26	17	4	51	1.65
79088072--79088105	13	2.6	13	95	0	59	17	61	11	8	1.54
79107212--79107336	46	2.8	45	83	7	166	29	29	20	20	1.98
79107220--79107355	46	3.0	46	73	15	133	28	29	19	22	1.98
79140214--79140389	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
79140211--79140382	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79144984--79145009	12	2.2	12	100	0	52	30	7	0	61	1.24
79147598--79147934	171	2.0	171	95	0	611	44	16	15	24	1.85
79148164--79148205	22	1.9	22	90	9	68	33	23	14	28	1.94
79161850--79162167	47	6.6	50	80	10	319	28	18	29	22	1.98
79171208--79171381	46	3.7	46	77	14	153	27	20	29	22	1.99
79171415--79171548	47	2.8	48	79	6	155	26	20	28	24	1.99
79172490--79172582	28	3.3	28	92	0	159	16	20	45	18	1.86
79174034--79174205	93	1.8	93	91	0	281	27	29	22	20	1.98
79174026--79174201	46	3.8	46	80	7	194	28	28	21	21	1.98
79175500--79175539	21	1.9	21	100	0	80	15	40	20	25	1.90
79177053--79177180	28	4.5	28	86	2	166	28	13	25	32	1.93
79177053--79177180	57	2.2	57	87	2	177	28	13	25	32	1.93
79191846--79191872	14	1.9	14	100	0	54	66	0	7	25	1.17
79193747--79193776	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
79196299--79196347	25	2.0	24	84	15	64	63	2	4	30	1.24
79202170--79202345	46	3.8	46	77	10	187	28	27	21	22	1.99
79208760--79208978	46	4.7	45	83	7	237	29	19	29	21	1.98
79227097--79227534	47	9.4	47	94	2	731	28	29	8	32	1.88
79227097--79227534	139	3.1	140	93	1	711	28	29	8	32	1.88
79227097--79227534	186	2.4	186	94	0	759	28	29	8	32	1.88
79227405--79227477	22	3.3	22	64	17	60	28	31	10	28	1.91
79232718--79232867	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79232718--79232867	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
79232719--79232867	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
79240383--79240532	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
79240383--79240532	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
79240384--79240532	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
79243246--79243470	40	5.7	40	86	7	282	24	22	27	25	2.00
79243246--79243503	80	3.3	78	83	9	274	25	22	27	24	2.00
79243246--79243476	119	1.9	119	84	6	306	25	22	27	24	2.00
79246868--79246916	20	2.5	20	80	6	55	12	4	4	79	1.01
79250630--79250845	40	5.4	40	92	2	339	25	27	22	24	2.00
79257727--79257948	40	5.6	39	90	3	311	26	27	21	25	1.99
79263431--79263577	43	3.4	43	78	10	140	22	17	25	34	1.96
79263478--79263577	42	2.4	42	81	5	121	25	18	25	32	1.97
79277307--79277813	47	10.6	47	91	3	782	28	29	8	33	1.86
79277307--79277813	96	5.3	94	93	2	782	28	29	8	33	1.86
79277307--79277813	145	3.5	143	93	3	817	28	29	8	33	1.86
79281217--79281273	25	2.3	25	84	0	69	15	24	21	38	1.92
79281228--79281284	25	2.3	25	81	6	71	21	21	21	36	1.95
79283101--79283208	43	2.5	43	84	0	135	25	11	23	40	1.87
79290480--79290586	43	2.5	43	90	1	162	25	13	25	36	1.92
79296520--79296743	96	2.4	92	89	5	274	32	8	30	29	1.86
79296520--79296743	47	4.7	47	92	2	360	32	8	30	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79296857--79297001	35	4.1	34	82	11	177	22	18	33	25	1.96
79296870--79297001	69	1.9	70	86	6	189	21	17	34	27	1.95
79298248--79298350	43	2.4	43	98	0	197	23	15	34	26	1.94
79298332--79298405	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
79298716--79298937	40	5.6	40	88	3	270	24	22	27	25	2.00
79302278--79302691	47	8.8	47	96	0	738	32	8	30	28	1.86
79306146--79306408	40	6.6	40	83	4	246	26	27	20	24	1.99
79306111--79306408	80	3.7	80	77	9	236	25	27	20	25	1.99
79306146--79306408	120	2.2	119	80	4	289	26	27	20	24	1.99
79306340--79306417	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
79311091--79311268	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
79311112--79311267	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
79316124--79316188	17	3.7	17	71	20	53	50	4	1	43	1.32
79321339--79321411	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
79321399--79321442	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
79321541--79321639	23	4.3	23	92	0	162	33	25	20	21	1.97
79333399--79333516	59	2.0	59	94	0	209	22	5	22	50	1.70
79335395--79335579	27	6.9	27	93	0	244	41	21	7	30	1.80
79335401--79335652	54	4.7	54	83	4	294	40	20	7	30	1.81
79335396--79335652	81	3.2	80	82	2	273	40	20	7	31	1.81
79335401--79335652	27	9.3	27	83	6	235	40	20	7	30	1.81
79335680--79335799	27	4.4	27	84	8	154	35	20	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79335680--79335799	54	2.2	54	85	5	170	35	20	20	24	1.96
79336060--79336111	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
79336127--79336190	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
79336152--79336211	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
79339440--79339521	40	2.0	42	95	4	150	47	19	7	25	1.75
79345072--79345176	52	2.0	52	94	3	185	31	14	16	38	1.88
79352659--79352930	40	6.8	40	93	1	395	23	19	27	29	1.98
79370394--79370466	22	3.4	22	86	1	94	32	19	23	24	1.97
79370833--79371269	51	8.8	52	79	10	411	26	17	18	36	1.94
79370827--79371316	26	19.8	26	75	14	359	27	17	18	36	1.93
79370827--79371239	77	5.5	75	78	10	382	26	17	19	37	1.93
79371227--79371296	21	3.3	22	75	16	76	32	15	15	35	1.90
79373188--79373446	76	3.3	79	82	6	278	25	20	27	26	1.99
79373188--79373446	116	2.2	119	82	4	303	25	20	27	26	1.99
79373188--79373446	40	6.6	39	85	6	283	25	20	27	26	1.99
79373241--79373481	79	3.1	80	83	3	242	25	20	28	25	1.99
79381133--79381397	80	3.3	80	81	6	263	25	21	27	25	1.99
79381189--79381395	40	5.2	39	88	4	238	25	21	28	25	1.99
79381196--79381430	80	3.0	80	80	5	201	25	21	28	24	1.99
79386149--79386334	40	4.7	40	88	5	227	25	22	26	25	2.00
79386202--79386367	80	2.1	79	82	7	194	27	19	25	26	1.99
79389282--79389330	25	2.0	25	83	0	62	38	22	12	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79398381--79398613	27	8.7	27	82	5	206	39	22	8	29	1.84
79398389--79398558	54	3.2	54	85	4	236	40	20	8	31	1.82
79398381--79398538	81	2.0	80	92	1	262	40	21	6	31	1.80
79398389--79398628	54	4.5	54	79	4	227	39	21	9	30	1.84
79398657--79398711	27	2.0	27	89	0	83	36	20	23	20	1.95
79399257--79399308	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
79401912--79401968	6	9.3	6	75	17	55	49	15	17	17	1.81
79402087--79402146	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
79402489--79402946	27	17.0	27	84	4	505	25	20	17	36	1.95
79402489--79402946	81	5.7	81	84	3	589	25	20	17	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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