genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  58  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17216207--17216279	31	2.4	31	81	6	87	23	10	20	45	1.83
17226349--17226412	25	2.6	25	76	0	74	31	17	32	18	1.94
17228547--17228648	49	2.1	49	90	0	159	26	26	4	42	1.75
17229824--17229866	15	2.8	16	83	16	56	20	20	0	58	1.40
17233176--17233215	21	1.9	21	85	10	55	50	22	5	22	1.68
17237238--17237273	18	2.0	18	88	0	54	22	16	27	33	1.95
17237563--17237690	9	14.6	9	83	8	138	28	8	17	45	1.78
17237661--17237693	15	2.2	15	94	0	57	30	6	9	54	1.56
17238047--17238088	21	2.0	21	90	0	66	21	21	16	40	1.91
17240678--17240709	15	2.1	15	94	0	55	15	0	12	71	1.14
17241287--17241407	44	2.7	45	84	3	174	27	22	21	28	1.99
17242289--17242399	18	6.4	18	74	12	97	44	12	15	27	1.83
17242301--17242363	16	3.8	16	81	6	63	49	11	12	26	1.74
17242266--17242400	18	7.9	17	72	9	87	42	11	14	32	1.80
17242350--17242434	18	4.7	18	72	17	70	34	12	12	40	1.82
17242306--17242446	35	4.1	35	77	9	112	39	12	12	36	1.80
17242350--17242435	19	4.7	19	71	15	74	34	12	12	39	1.82
17243005--17243035	11	2.8	11	90	0	53	22	3	0	74	0.96
17243033--17243086	10	5.2	10	80	14	56	0	22	0	77	0.76
17243030--17243083	14	3.9	14	85	4	65	0	20	0	79	0.73
17243027--17243072	24	2.0	23	87	8	67	2	15	0	82	0.76
17243637--17243737	30	3.4	29	72	11	80	46	1	21	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17243652--17243753	30	3.4	30	82	2	125	45	3	21	29	1.70
17243749--17243783	14	2.4	15	90	4	54	28	0	2	68	1.04
17244025--17244339	53	5.9	54	90	5	482	37	18	15	28	1.91
17244425--17244457	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
17244418--17244465	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
17244453--17244617	87	1.9	87	82	7	210	35	18	20	26	1.95
17244536--17244913	73	5.2	73	91	3	606	35	17	17	29	1.93
17244540--17244913	72	5.2	72	91	3	594	35	17	17	30	1.93
17244540--17244913	145	2.6	145	92	3	621	35	17	17	30	1.93
17244788--17245588	145	6.0	125	83	9	441	35	18	15	30	1.92
17244913--17245466	72	7.7	72	94	2	927	34	18	16	31	1.93
17244913--17245466	145	3.8	144	93	2	927	34	18	16	31	1.93
17244913--17245466	217	2.6	217	94	2	965	34	18	16	31	1.93
17245343--17245588	123	2.0	126	88	4	374	37	17	14	30	1.90
17245470--17246027	72	7.8	72	93	2	919	35	17	16	30	1.92
17244549--17246925	485	4.9	491	89	7	3558	34	18	16	30	1.92
17244536--17247634	557	5.7	553	89	6	4278	35	18	15	30	1.93
17245470--17246023	217	2.6	217	93	2	938	34	18	16	31	1.93
17245900--17246558	123	5.0	126	74	14	474	36	17	15	30	1.91
17246027--17246435	72	5.7	72	93	1	662	34	18	15	31	1.92
17246027--17246435	145	2.8	144	92	2	671	34	18	15	31	1.92
17246439--17246993	72	7.7	72	93	2	902	34	18	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17245539--17247641	485	4.4	483	83	10	2587	35	18	15	30	1.92
17246870--17247272	123	3.2	123	90	3	578	36	19	15	28	1.92
17247328--17247559	122	1.9	126	85	4	328	33	23	14	28	1.94
17247501--17247630	69	1.9	69	88	0	197	27	21	15	35	1.94
17253576--17253687	17	6.4	18	73	13	90	43	12	15	28	1.83
17253588--17253650	16	3.8	16	81	6	63	49	11	12	26	1.74
17253553--17253688	17	7.9	17	71	11	80	41	11	13	33	1.80
17253553--17253693	18	8.3	16	70	17	72	40	10	13	35	1.79
17253637--17253723	19	4.7	19	71	13	74	34	12	12	40	1.81
17253593--17253734	36	4.1	35	76	11	114	39	11	11	36	1.79
17254300--17254326	11	2.5	11	100	0	54	22	7	0	70	1.12
17254324--17254376	10	5.2	10	82	15	56	0	22	0	77	0.77
17254320--17254365	24	1.9	24	95	0	83	2	19	0	78	0.86
17254322--17254373	14	3.8	13	85	12	61	0	21	0	78	0.74
17254327--17254379	24	2.2	24	86	6	72	0	24	0	75	0.80
17254942--17255043	30	3.4	30	82	2	125	45	3	21	29	1.70
17267727--17267832	55	1.9	55	84	3	142	20	22	34	21	1.96
17270011--17270063	28	1.9	28	88	3	81	52	3	11	32	1.55
17270012--17270070	28	2.1	27	84	3	73	54	5	10	30	1.56
17276434--17276473	18	2.2	18	90	0	62	70	0	0	30	0.88
17276489--17276529	20	2.0	20	85	0	55	53	0	2	43	1.13
17280333--17280387	27	2.0	27	100	0	110	14	25	7	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17286399--17286426	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
17286502--17286564	30	2.1	30	100	0	126	30	9	9	50	1.66
17291231--17291516	137	2.1	136	95	0	509	31	24	18	25	1.97
17291764--17291816	26	2.0	26	82	13	65	26	11	22	39	1.88
17293306--17293413	26	4.2	26	91	0	153	37	23	5	33	1.78
17295504--17295556	28	2.0	27	92	7	90	60	33	1	3	1.26
17296548--17296579	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
17298380--17298415	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
17298388--17298419	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
17305190--17305387	53	3.5	53	69	19	159	25	14	22	37	1.92
17305103--17305408	116	2.6	116	95	0	533	25	14	22	37	1.92
17305218--17305620	199	2.1	196	82	8	488	25	15	21	37	1.93
17305345--17305528	72	2.5	73	83	6	232	27	15	23	34	1.94
17305768--17305889	57	2.2	56	88	5	176	27	12	18	41	1.86
17305858--17305919	30	2.1	30	88	11	92	19	11	29	40	1.86
17306744--17306811	28	2.5	28	76	11	77	60	30	2	5	1.35
17307790--17307821	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
17308954--17309066	27	4.2	27	75	10	97	33	15	24	25	1.95
17308901--17309073	54	3.2	54	70	8	145	34	15	23	26	1.94
17328469--17328523	26	2.1	27	83	9	71	56	5	3	34	1.40
17331003--17331045	22	2.0	22	85	0	59	34	4	27	32	1.78
17337193--17337420	56	4.0	57	84	4	282	28	21	7	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17337193--17337420	113	2.0	114	83	2	289	28	21	7	43	1.79
17339129--17339166	19	2.0	19	85	10	51	26	23	5	44	1.74
17344817--17344911	3	32.0	3	75	10	79	31	6	3	58	1.38
17355590--17355691	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
17356076--17356121	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
17356079--17356107	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
17356076--17356121	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
17356076--17356135	24	2.5	24	86	2	77	68	0	31	0	0.90
17356217--17356255	14	2.7	14	85	14	53	84	10	2	2	0.81
17356392--17356461	14	4.9	14	76	13	54	78	0	21	0	0.75
17356392--17356458	24	3.0	22	77	16	68	79	0	20	0	0.74
17356408--17356448	11	3.7	11	90	9	66	75	0	24	0	0.80
17356809--17356852	22	2.2	20	84	12	54	34	13	9	43	1.76
17356966--17357032	19	3.7	18	74	18	68	31	13	11	43	1.80
17356956--17357171	36	6.1	37	78	8	141	31	13	8	46	1.73
17356956--17357308	17	19.9	18	68	14	182	30	14	10	45	1.78
17357308--17357365	17	3.6	16	76	15	57	41	5	6	46	1.53
17358356--17358396	21	1.9	22	85	5	57	31	46	2	19	1.63
17361022--17361063	22	1.9	22	95	0	75	69	4	0	26	1.08
17361040--17361180	9	15.0	9	66	22	60	68	5	2	23	1.25
17361049--17361100	19	2.8	18	77	5	59	69	1	1	26	1.10
17361040--17361115	28	2.7	27	72	6	71	69	2	2	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17361129--17361175	25	2.0	24	84	16	62	74	6	2	17	1.12
17361129--17361175	24	2.0	23	83	4	58	74	6	2	17	1.12
17362197--17362251	24	2.2	24	83	3	65	63	5	7	23	1.41
17362647--17362689	9	4.9	9	82	2	52	60	2	0	37	1.10
17363295--17363323	14	2.0	15	93	6	51	10	6	6	75	1.17
17364487--17364808	107	3.0	108	93	1	538	38	15	13	31	1.87
17364487--17364794	161	1.9	161	94	0	544	37	16	13	31	1.88
17364487--17364794	54	5.7	54	95	0	537	37	16	13	31	1.88
17364910--17365068	75	2.1	74	83	5	214	33	22	16	27	1.95
17377348--17377402	24	2.2	24	83	3	65	63	5	7	23	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316