genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63181959--63182011	26	2.1	26	96	3	99	28	28	15	28	1.96
63181861--63182107	123	2.0	122	95	2	442	29	28	10	31	1.90
63181984--63182149	49	3.4	49	94	3	300	29	28	10	31	1.90
63181812--63182149	170	2.0	172	97	1	635	29	29	9	31	1.89
63190054--63190310	46	5.5	46	76	13	206	30	19	29	20	1.97
63190047--63190310	93	2.8	93	81	7	279	29	19	29	20	1.97
63190054--63190311	47	5.5	48	73	12	184	30	19	29	20	1.97
63190965--63191168	104	2.0	104	94	0	354	20	24	29	25	1.99
63192735--63192905	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
63192732--63192902	46	3.7	45	77	16	181	28	28	21	21	1.98
63197936--63197974	6	6.7	6	88	5	62	79	0	2	17	0.84
63197912--63197974	18	3.6	17	75	10	65	76	1	4	17	1.04
63197915--63197974	24	2.6	23	86	5	84	76	1	5	16	1.04
63199360--63199646	126	2.3	126	89	3	418	22	27	26	23	1.99
63205140--63205364	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
63205142--63205364	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
63220459--63220884	47	9.1	47	93	0	656	28	31	8	31	1.88
63224233--63224371	40	3.5	38	76	7	125	24	26	23	25	2.00
63224675--63224753	29	2.7	29	82	5	97	29	31	15	24	1.95
63224735--63224837	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
63226851--63227276	47	9.1	47	93	0	656	28	31	8	31	1.88
63229749--63229809	6	10.0	6	74	15	54	14	4	3	77	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63229776--63229809	11	3.0	11	91	4	50	17	0	2	79	0.86
63236423--63236679	27	9.5	27	83	3	266	41	21	15	21	1.90
63236602--63236691	27	3.3	26	92	3	126	37	15	18	27	1.92
63241840--63241871	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
63241883--63242167	50	5.7	50	79	3	270	27	17	25	29	1.97
63241943--63242062	49	2.4	51	88	2	181	29	19	24	27	1.98
63241888--63242175	150	1.9	149	81	5	348	27	18	25	29	1.98
63241837--63242167	50	6.6	50	77	5	175	26	16	25	31	1.97
63242379--63242408	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
63247978--63248245	40	6.7	40	95	0	455	21	26	20	30	1.98
63260745--63260830	27	3.3	27	64	26	76	36	4	15	44	1.67
63260728--63260827	51	2.0	51	100	0	200	37	6	16	41	1.72
63261061--63261234	46	3.8	46	76	6	181	23	19	28	28	1.98
63261054--63261225	93	1.8	93	88	2	265	22	20	28	28	1.99
63261786--63261849	33	1.9	33	100	0	128	28	12	18	40	1.87
63264339--63264505	45	3.6	45	75	12	146	26	18	29	25	1.98
63284405--63284463	24	2.4	25	78	15	70	33	22	20	23	1.97
63288335--63288368	15	2.5	13	82	17	50	5	11	58	23	1.55
63288339--63288368	15	2.0	15	100	0	60	6	13	60	20	1.55
63288882--63288913	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
63290279--63290383	53	2.0	53	84	3	140	19	23	19	38	1.93
63297522--63297661	55	2.6	55	81	7	162	20	22	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63297529--63297719	55	3.6	54	75	9	160	19	24	17	38	1.93
63301262--63301308	20	2.3	20	100	0	94	36	14	0	48	1.44
63302611--63302722	43	2.6	42	81	5	145	30	25	15	29	1.95
63307973--63308025	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
63316652--63316742	22	4.1	22	80	4	94	31	15	24	28	1.95
63316652--63316742	44	2.0	45	81	6	105	31	15	24	28	1.95
63325856--63326123	40	6.7	40	94	0	446	30	20	26	22	1.98
63339559--63339622	23	2.6	24	85	12	60	35	15	14	34	1.88
63339579--63339622	23	1.9	23	100	0	88	31	18	13	36	1.90
63340259--63340305	22	2.2	21	85	11	60	25	19	0	55	1.43
63340691--63340720	13	2.2	14	94	5	53	3	6	6	83	0.90
63340849--63340885	13	2.8	13	83	0	56	35	2	0	62	1.10
63340880--63340925	15	3.1	15	81	15	51	56	2	0	41	1.11
63347118--63347303	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
63347120--63347273	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
63355035--63355218	40	4.6	41	78	12	197	26	22	26	25	2.00
63355087--63355251	79	2.1	79	80	6	183	27	21	26	24	1.99
63356585--63356730	41	3.6	41	90	4	242	23	26	25	23	2.00
63364547--63364730	79	2.3	82	82	10	222	25	27	22	25	2.00
63364547--63364730	40	4.7	40	84	8	209	25	27	22	25	2.00
63371714--63371755	18	2.3	19	84	12	61	9	45	28	16	1.79
63382034--63382239	46	4.5	46	73	7	143	27	30	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63382113--63382248	47	3.0	44	78	15	143	27	31	16	24	1.97
63386698--63386953	39	6.6	39	95	0	458	29	27	21	21	1.98
63394534--63394828	39	7.6	39	91	0	482	30	26	21	22	1.99
63398546--63398669	38	3.2	37	81	6	140	23	25	23	28	2.00
63401815--63401879	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
63401985--63402075	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
63401985--63402100	56	2.1	55	82	9	137	19	24	21	34	1.96
63403158--63403191	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
63409626--63409690	28	2.3	28	89	0	94	33	27	6	32	1.82
63409796--63409885	28	3.2	28	87	7	130	21	24	22	32	1.98
63410338--63410378	18	2.3	18	86	0	55	19	2	9	68	1.29
63420694--63420718	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
63420691--63420759	29	2.3	31	80	9	81	60	5	0	33	1.20
63420997--63421079	41	2.0	41	100	0	166	26	16	4	51	1.64
63439251--63439419	48	3.6	48	76	7	161	27	16	30	26	1.97
63439248--63439419	98	1.8	92	83	9	229	26	17	30	25	1.97
63446824--63447138	47	6.7	46	71	14	191	28	18	28	24	1.98
63448234--63448273	21	2.0	21	90	5	64	10	40	27	22	1.86
63452057--63452109	25	2.1	26	83	16	67	43	1	33	20	1.63
63453465--63453508	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
63455639--63455720	42	2.0	42	87	0	119	28	13	24	34	1.93
63460345--63460377	15	2.3	15	89	5	50	75	6	3	15	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63460906--63460955	18	2.8	18	100	0	100	44	0	0	56	0.99
63463530--63463672	9	15.2	9	66	20	53	39	2	2	55	1.26
63463539--63463593	22	2.7	19	78	13	56	29	5	1	63	1.27
63463612--63463672	28	2.2	28	85	5	79	45	0	3	50	1.17
63463614--63463674	20	3.1	19	88	9	79	44	0	3	52	1.17
63463642--63463674	11	3.2	11	83	16	52	48	0	0	51	1.00
63479113--63479437	50	6.5	50	76	4	323	25	18	25	30	1.98
63479113--63479294	101	1.8	101	87	0	274	26	19	24	30	1.98
63479113--63479437	151	2.2	151	94	1	571	25	18	25	30	1.98
63481760--63482034	48	5.4	48	76	13	282	34	6	27	30	1.83
63481841--63481872	14	2.4	14	94	5	57	34	0	21	43	1.53
63481793--63481920	62	2.1	62	98	1	249	35	4	25	34	1.77
63481760--63482034	96	2.7	97	88	8	381	34	6	27	30	1.83
63481854--63482037	48	3.8	48	93	0	314	33	7	28	30	1.84
63482207--63482309	37	2.8	37	93	0	179	24	20	31	24	1.98
63483399--63483430	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
63485636--63485736	40	2.5	40	87	6	134	15	26	19	37	1.92
63489516--63489665	41	3.6	41	75	10	144	24	21	27	27	1.99
63489496--63489665	41	4.2	40	72	18	143	23	21	27	27	1.99
63497721--63497867	40	3.6	41	78	9	149	21	22	29	27	1.99
63499394--63499528	27	5.0	27	83	0	155	38	22	7	31	1.82
63499409--63499514	54	2.0	54	94	0	185	38	22	8	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63499481--63499570	27	3.4	26	78	7	74	35	17	17	28	1.93
63499816--63499867	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
63500086--63500293	6	33.7	6	72	18	124	18	16	14	50	1.78
63500086--63500237	25	6.6	25	70	21	93	19	17	13	48	1.80
63500109--63500190	37	2.2	37	82	8	112	19	18	14	47	1.82
63500087--63500208	62	2.0	62	91	0	199	18	18	13	49	1.80
63500089--63500274	87	2.1	87	91	2	293	18	17	15	49	1.80
63504066--63504273	53	3.9	52	75	6	175	21	24	16	38	1.93
63507886--63508052	43	3.9	42	75	5	129	25	18	22	32	1.97
63516881--63516959	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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