genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625403--625675	137	2.0	137	91	0	447	28	24	23	23	2.00
625540--625953	88	4.7	87	82	7	437	27	22	25	24	2.00
625315--625761	225	2.0	225	89	0	680	29	23	23	23	1.99
627695--627735	3	13.7	3	90	10	66	29	2	0	68	1.03
628250--628280	16	1.9	16	93	0	53	35	6	3	54	1.42
651038--651071	16	2.1	16	88	0	50	47	8	2	41	1.50
651054--651104	24	2.1	24	85	0	66	49	9	1	39	1.47
653027--653059	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
653771--655394	145	11.8	136	77	12	786	29	7	16	46	1.74
653771--654124	143	2.5	137	84	4	433	30	5	16	47	1.71
654005--654358	120	3.0	120	96	0	645	29	5	18	46	1.72
654408--655402	145	7.0	143	78	7	956	28	8	16	46	1.75
654262--655238	278	3.5	273	81	6	1014	28	7	16	47	1.75
654838--655377	286	1.9	287	82	4	678	28	8	15	46	1.76
661390--661424	17	2.1	17	94	0	61	54	2	5	37	1.39
661772--661810	3	13.0	3	88	0	60	61	0	5	33	1.18
664367--664410	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
667002--667049	20	2.6	18	80	6	60	81	4	8	6	0.98
666996--667055	25	2.4	25	83	8	68	78	3	13	5	1.04
668774--669012	44	5.4	43	67	12	162	28	20	23	27	1.99
668736--669259	88	6.0	88	87	4	684	28	20	24	26	1.99
668830--669056	44	5.2	44	64	10	131	28	23	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671023--671064	3	14.0	3	89	0	66	33	4	0	61	1.17
671414--671446	15	2.1	16	88	11	50	36	6	3	54	1.41
671412--671446	17	2.1	17	94	0	61	37	5	2	54	1.39
672760--672806	17	2.9	16	87	12	60	70	2	25	2	1.10
672977--673325	189	1.9	178	83	9	450	30	20	10	37	1.87
673637--673670	4	8.8	4	93	6	61	52	20	0	26	1.46
673946--674004	30	1.9	31	89	3	93	25	16	32	25	1.97
679698--679767	34	2.1	34	100	0	140	47	2	27	22	1.66
680941--681006	33	2.0	33	100	0	132	33	9	9	48	1.66
684126--684170	23	2.0	23	82	8	56	37	13	8	40	1.76
684266--684338	30	2.4	30	97	0	137	41	6	15	36	1.73
685135--685164	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
687002--687044	22	2.0	22	90	0	68	20	4	11	62	1.46
689289--689322	11	3.2	11	87	4	52	91	0	8	0	0.43
691694--691724	14	2.2	14	94	0	53	45	0	25	29	1.54
692827--692866	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
696402--696431	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
697173--697212	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
703020--703046	8	3.4	8	100	0	54	66	0	0	33	0.92
704570--704615	22	2.1	22	83	0	56	47	4	8	39	1.54
710539--710565	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
711000--711102	43	2.4	43	93	0	179	24	33	22	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714981--715044	25	2.6	25	95	5	112	32	12	34	20	1.90
716195--716323	7	18.1	7	69	9	55	37	37	0	24	1.56
716234--716303	28	2.5	28	77	9	79	37	38	0	24	1.56
716366--716443	21	3.9	21	67	16	65	46	25	1	26	1.61
716608--716909	41	7.4	41	88	0	374	19	23	20	36	1.95
721962--722003	20	2.2	19	87	12	59	78	2	4	14	1.01
725346--725403	20	3.0	20	74	16	61	48	0	1	50	1.11
728689--729223	237	2.3	238	85	5	735	34	17	19	28	1.95
729880--729942	31	2.0	31	100	0	126	46	12	12	28	1.79
733169--733215	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
734073--734112	16	2.5	16	87	0	62	32	37	5	25	1.77
739998--740332	167	2.0	166	94	0	580	36	12	10	40	1.78
742200--742232	16	2.0	17	94	5	59	36	12	0	51	1.39
748641--748843	96	2.1	96	81	3	230	31	19	20	29	1.97
761143--761335	102	1.9	102	88	2	289	35	9	16	38	1.81
766147--766210	32	2.0	32	93	0	110	31	15	28	25	1.96
770684--770823	69	2.0	69	88	0	208	38	10	18	32	1.85
771870--771922	21	2.5	21	96	0	97	20	58	1	18	1.49
772159--772208	25	2.0	25	92	0	82	48	24	12	16	1.79
772416--772451	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
781145--781252	15	7.2	14	65	22	51	45	7	22	25	1.78
781138--781252	30	3.8	30	96	0	203	46	6	22	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783432--783461	14	2.1	14	100	0	60	20	13	33	33	1.91
791019--791546	188	2.9	177	79	9	482	42	17	19	19	1.89
807001--807034	13	2.7	12	90	9	50	67	11	11	8	1.42
807759--808014	117	2.2	117	82	5	300	27	21	16	34	1.94
807798--808014	117	1.9	117	85	1	301	27	21	15	36	1.93
808932--808959	11	2.5	11	100	0	56	60	0	0	39	0.97
812339--812380	22	1.9	22	85	0	57	28	2	0	69	1.01
812486--812523	21	1.9	20	84	10	51	26	0	2	71	1.00
816311--816398	44	2.0	44	100	0	176	40	13	25	20	1.89
829097--829137	21	2.0	21	90	0	64	29	19	29	21	1.98
832232--832271	19	2.2	18	86	4	53	40	0	2	57	1.12
834945--835011	31	2.2	31	81	5	73	37	2	11	47	1.56
854245--854282	17	2.3	17	95	4	69	42	0	2	55	1.14
855535--855574	20	2.0	21	85	14	57	35	10	0	55	1.34
862971--863360	132	3.0	130	87	6	561	23	19	15	41	1.89
867095--867129	18	1.9	18	100	0	70	40	25	0	34	1.56
873877--874195	171	1.9	171	92	0	539	40	16	17	26	1.90
877195--877223	14	2.1	14	100	0	58	27	27	13	31	1.94
879184--879217	14	2.4	14	90	0	50	20	0	8	70	1.13
879612--879651	20	2.0	20	85	0	53	57	0	0	42	0.98
884281--884344	13	4.9	13	77	7	67	32	7	25	34	1.84
892365--892531	57	2.9	57	94	0	298	17	27	22	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904483--904676	46	4.3	46	65	12	132	30	24	20	24	1.98
916071--916109	8	4.4	9	84	15	55	38	0	0	61	0.96
916071--916109	17	2.2	18	90	4	62	38	0	0	61	0.96
916647--916715	35	2.0	35	100	0	138	28	23	11	36	1.90
941395--941429	7	5.0	7	92	0	52	20	0	0	80	0.72
948227--948268	21	2.0	22	86	13	61	11	26	14	47	1.78
949146--950038	378	2.4	375	84	3	1100	30	14	15	39	1.87
950080--950119	14	2.9	14	81	11	55	65	2	2	30	1.19
950493--950528	18	2.1	17	89	5	54	50	5	0	44	1.25
952600--952656	28	2.2	26	81	9	62	52	3	3	40	1.35
959295--959358	30	2.1	31	97	2	121	60	3	6	29	1.36
970829--970880	19	2.7	20	85	8	63	61	5	1	30	1.30
985612--985846	78	3.0	78	91	0	371	30	23	23	22	1.99
986626--987001	192	2.0	189	86	4	524	22	12	18	46	1.82
988407--988476	31	2.3	31	82	5	88	31	1	14	52	1.50
988821--988946	35	3.2	41	84	14	194	34	13	10	42	1.78
991472--991582	55	2.0	55	98	0	213	37	9	12	40	1.75
996708--996936	123	1.9	123	87	3	336	22	13	22	41	1.89
1000687--1000728	6	7.0	6	91	0	66	30	14	50	4	1.63
1006404--1006471	31	2.2	31	86	0	91	50	8	8	32	1.64
1010039--1010063	13	1.9	13	100	0	50	56	16	8	20	1.65
1026528--1026613	41	2.1	41	95	2	156	33	1	9	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1026898--1026955	18	3.2	17	72	18	55	51	0	1	46	1.11
1026901--1026956	19	3.1	18	79	10	69	48	0	1	50	1.11
1027904--1027941	10	3.8	10	89	0	58	68	2	21	7	1.28
1028071--1028098	6	4.7	6	100	0	56	17	32	14	35	1.90
1028294--1028375	30	2.7	31	79	7	87	35	7	6	51	1.55
1037844--1037904	29	2.1	30	87	3	88	39	21	4	34	1.75
1040744--1040807	30	2.1	30	91	0	101	37	21	4	35	1.75
1053520--1053703	39	4.6	41	81	11	197	25	22	27	25	2.00
1053520--1053703	79	2.3	80	82	8	216	25	22	27	25	2.00
1053573--1053734	78	2.1	77	81	9	186	26	21	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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