genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33909026--33909070	20	2.2	20	92	7	74	2	26	0	71	0.98
33909023--33909056	12	2.7	13	86	9	52	0	23	0	76	0.79
33912223--33912298	31	2.5	31	91	0	125	17	32	32	17	1.93
33929622--33929802	79	2.3	81	81	7	210	26	22	26	24	2.00
33929623--33929802	40	4.5	40	81	6	206	26	22	26	25	2.00
33929671--33929835	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
33937572--33937755	39	4.6	39	81	5	192	25	22	27	24	2.00
33940936--33941112	27	6.6	27	81	5	169	29	27	15	27	1.96
33940936--33941110	54	3.2	53	82	3	188	29	27	16	26	1.96
33949051--33949228	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
33952585--33952727	72	2.0	72	88	2	216	25	15	37	21	1.93
33954952--33955147	98	2.0	98	98	0	383	37	13	7	41	1.73
33957153--33957233	27	3.0	28	82	7	87	50	3	23	22	1.65
33957181--33957242	27	2.3	28	81	13	76	54	6	19	19	1.65
33958371--33958411	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
33958337--33958410	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
33961643--33961749	37	2.9	37	86	5	162	25	13	50	11	1.74
33962793--33962839	7	6.7	7	80	0	58	46	25	0	27	1.53
33962725--33962844	14	8.4	14	68	9	73	43	30	0	25	1.60
33969250--33969321	24	2.9	24	87	4	99	31	16	23	27	1.96
33969252--33969380	23	5.5	24	73	14	99	33	16	21	28	1.95
33969250--33969379	46	2.8	45	81	9	127	32	16	22	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33972097--33972201	47	2.2	47	93	0	174	29	28	7	34	1.85
33980298--33980339	17	2.5	17	80	3	50	64	7	26	2	1.32
33984440--33984551	23	4.8	22	75	13	100	33	19	19	26	1.96
33987485--33987707	30	7.5	30	70	11	165	41	13	24	20	1.88
33987431--33987649	29	7.5	30	72	12	143	40	12	24	22	1.89
33987518--33987663	59	2.5	60	88	3	224	39	13	24	21	1.90
34005298--34005473	51	3.5	48	81	6	208	30	25	19	24	1.98
34005292--34005477	101	1.9	100	91	1	309	30	25	19	24	1.98
34007579--34007648	29	2.4	29	85	0	95	34	8	27	30	1.87
34007637--34007797	30	5.4	30	77	9	141	40	13	27	18	1.87
34007605--34007822	60	3.7	59	76	9	201	39	14	25	20	1.90
34009073--34009113	20	2.0	20	85	0	55	29	4	14	51	1.63
34009938--34010004	29	2.3	28	80	7	71	44	11	26	16	1.82
34009966--34010124	61	2.6	61	87	2	205	43	10	22	23	1.84
34010024--34010156	30	4.4	31	68	7	92	43	9	24	22	1.82
34009966--34010156	61	3.2	61	80	5	167	43	10	23	22	1.83
34018148--34018276	28	4.7	28	80	6	120	56	7	11	24	1.61
34018180--34018279	28	3.7	27	80	9	123	57	8	14	21	1.62
34021568--34021826	56	4.6	56	92	0	374	25	16	23	33	1.96
34031150--34031209	29	2.1	29	96	0	111	41	5	11	41	1.63
34031158--34031219	29	2.1	29	81	6	70	46	6	8	38	1.59
34034112--34034190	30	2.7	30	75	11	83	22	17	10	49	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34035099--34035157	29	2.0	29	93	0	100	35	15	6	42	1.73
34050089--34050122	9	3.7	9	88	4	50	8	2	2	85	0.80
34051603--34051646	20	2.2	20	95	0	79	31	0	11	56	1.35
34052497--34052528	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
34053219--34053279	13	4.7	13	87	0	95	37	31	8	22	1.84
34053219--34053292	26	2.8	26	85	0	103	37	27	8	27	1.84
34054239--34054278	14	2.8	14	88	3	53	65	0	2	32	1.06
34055746--34055784	20	2.0	20	84	0	51	12	25	51	10	1.71
34056286--34056674	51	7.6	50	72	14	257	31	4	4	59	1.38
34056320--34056539	103	2.2	102	79	8	234	30	4	5	60	1.37
34056297--34056842	26	21.5	26	71	11	337	29	5	4	60	1.39
34057811--34057895	41	2.1	41	86	8	120	50	7	4	37	1.51
34058059--34058095	18	2.1	18	100	0	74	21	21	10	45	1.82
34062902--34062942	7	5.9	7	100	0	82	43	14	0	41	1.45
34063663--34063790	32	4.0	32	93	0	229	34	10	9	45	1.72
34075240--34075367	39	3.3	39	91	0	202	32	21	25	21	1.98
34075338--34075424	39	2.2	39	100	0	174	28	25	28	17	1.97
34075239--34075406	78	2.2	77	82	5	203	31	21	26	20	1.98
34083287--34083414	39	3.3	39	89	0	202	31	21	26	21	1.98
34083286--34083440	78	2.0	76	85	5	204	30	21	27	20	1.98
34091299--34091426	39	3.3	39	91	0	202	32	21	25	21	1.98
34091298--34091452	78	2.0	76	83	5	195	30	21	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34115470--34115509	21	1.9	21	94	0	71	22	12	10	55	1.67
34119492--34119521	15	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
34119586--34119630	18	2.4	19	82	14	58	31	6	0	62	1.21
34123540--34123580	20	2.1	19	86	4	55	24	24	9	41	1.85
34131289--34131624	44	7.6	44	73	6	214	32	18	21	27	1.97
34131336--34131574	132	1.8	133	83	8	326	31	17	21	28	1.97
34131289--34131637	132	2.6	132	78	6	314	32	17	21	27	1.96
34133143--34133182	15	2.6	16	92	4	64	30	2	0	67	1.04
34133241--34133280	18	2.2	18	86	8	55	30	7	0	62	1.23
34133250--34133285	18	2.0	17	89	10	54	27	5	0	66	1.13
34135754--34135787	10	3.3	10	84	8	50	11	8	11	67	1.42
34137378--34137409	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
34143982--34144033	20	2.6	20	73	8	52	55	7	32	3	1.46
34144472--34144498	13	2.1	13	100	0	54	51	0	7	40	1.30
34145416--34145549	18	7.4	18	83	1	153	38	14	14	33	1.86
34147499--34147600	52	2.0	52	90	3	161	18	25	3	51	1.63
34163752--34163929	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
34163752--34163929	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
34178799--34178976	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
34178799--34178976	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
34190668--34190702	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
34191906--34192068	87	1.9	88	89	1	256	39	8	12	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34197984--34198096	28	4.1	28	88	1	165	35	12	24	27	1.91
34197984--34198096	56	2.0	55	93	1	190	35	12	24	27	1.91
34200677--34200714	18	2.1	18	90	0	58	28	18	26	26	1.98
34200832--34200878	21	2.2	22	84	3	60	44	17	14	23	1.85
34211772--34211830	30	2.0	30	83	6	75	55	6	0	37	1.26
34218299--34218538	120	2.0	120	95	0	435	42	2	3	51	1.31
34218453--34218511	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
34218466--34218521	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
34218492--34218545	24	2.4	22	82	14	65	40	3	0	55	1.17
34218738--34218790	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
34219142--34219179	15	2.5	15	87	8	51	18	0	5	76	0.97
34219153--34219180	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
34228061--34228248	101	1.9	99	85	2	259	30	27	18	24	1.98
34233924--34234052	46	2.8	46	94	2	215	19	20	29	30	1.97
34241444--34241572	46	2.8	46	94	2	215	19	20	29	30	1.97
34259233--34259285	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
34265326--34265428	44	2.3	45	83	3	118	31	21	12	34	1.91
34273828--34273865	18	2.1	18	95	0	67	28	26	10	34	1.90
34277529--34277580	25	2.1	25	100	0	104	34	9	11	44	1.73
34278696--34278743	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
34282616--34282663	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
34299466--34299508	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34304316--34304369	22	2.5	22	76	11	56	44	0	3	51	1.19
34304320--34304379	28	2.1	27	82	11	68	50	3	3	43	1.35
34308077--34308139	19	3.2	19	75	24	60	31	1	1	65	1.12
34308412--34308471	18	3.3	19	68	17	54	28	1	6	63	1.29
34308753--34308829	33	2.3	33	93	2	136	25	10	7	55	1.60
34310309--34310347	6	6.3	6	86	13	53	15	0	0	84	0.62
34310303--34310352	20	2.4	21	77	12	59	16	0	8	76	1.02
34310319--34310347	14	2.1	14	100	0	58	13	0	0	86	0.58
34316153--34316212	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
34319391--34319419	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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