genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68486124--68486256	40	3.3	40	81	4	144	40	18	4	36	1.71
68486474--68486528	23	2.4	23	81	6	67	30	18	25	25	1.98
68495173--68495533	47	7.7	45	73	12	248	27	19	29	23	1.98
68495176--68495534	94	3.8	92	78	12	358	27	19	29	23	1.98
68497147--68497182	17	2.1	18	94	5	65	11	47	30	11	1.74
68499680--68499741	20	3.2	20	77	13	83	38	17	1	41	1.59
68499680--68499735	19	2.9	19	79	12	69	39	17	1	41	1.60
68500103--68500362	45	6.0	45	79	6	191	32	26	16	24	1.96
68504032--68504075	22	2.0	22	100	0	88	45	13	13	27	1.81
68519055--68519282	40	5.7	40	90	4	354	26	27	21	25	1.99
68528784--68528933	39	3.9	39	91	0	212	25	30	19	25	1.98
68532344--68532380	19	2.1	17	90	10	56	43	5	16	35	1.71
68536961--68537028	33	2.0	34	88	2	102	30	26	14	27	1.95
68537175--68537254	27	3.0	26	73	8	72	41	18	21	18	1.91
68543340--68543451	42	2.6	43	78	10	115	31	25	16	27	1.96
68543339--68543486	43	3.5	43	73	12	126	29	26	18	25	1.98
68546417--68546538	46	2.5	48	82	5	140	27	22	15	35	1.94
68552755--68552979	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
68552755--68553012	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
68558315--68558393	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68563169--68563222	26	2.1	26	100	0	108	31	14	24	29	1.95
68564986--68565036	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68569972--68570029	21	2.7	21	81	2	80	24	25	32	17	1.96
68571315--68571403	41	2.2	40	91	2	142	14	37	25	22	1.92
68581005--68581088	44	1.9	44	95	0	150	34	27	16	21	1.95
68581619--68581675	30	1.9	29	85	3	78	24	26	1	47	1.62
68583967--68584030	15	4.3	15	78	7	67	56	18	10	14	1.67
68589494--68589582	45	2.0	45	100	0	178	35	22	16	24	1.95
68599389--68599486	46	2.1	46	94	0	169	31	17	7	43	1.76
68599619--68599655	19	1.9	19	89	10	58	27	18	10	43	1.83
68600985--68601220	48	4.9	47	81	3	256	23	29	18	27	1.98
68600941--68601220	96	2.9	96	84	2	339	23	29	18	27	1.98
68606207--68606296	44	2.1	43	95	2	162	17	14	32	35	1.90
68608068--68608290	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
68608143--68608325	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
68615959--68616132	39	4.4	39	88	4	190	24	20	28	27	1.99
68615912--68616132	40	5.6	40	85	5	227	24	20	28	26	1.99
68615912--68616132	79	2.8	78	83	4	246	24	20	28	26	1.99
68638496--68638604	52	2.1	52	91	3	175	31	16	11	40	1.85
68639767--68639800	15	2.4	14	85	5	50	67	2	11	17	1.34
68639866--68639915	22	2.2	23	82	3	66	76	0	2	22	0.89
68639867--68639930	33	1.9	32	81	15	76	71	0	3	25	1.00
68639933--68639973	19	2.1	19	86	9	55	41	0	4	53	1.22
68640654--68640682	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68641704--68641766	31	2.1	31	93	3	110	30	1	9	58	1.39
68641696--68641772	31	2.4	31	82	6	100	29	1	9	59	1.36
68641888--68641921	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
68654738--68654798	22	2.8	21	78	11	52	42	26	1	29	1.65
68654936--68654960	12	2.1	12	100	0	50	52	16	8	24	1.70
68657077--68657179	50	2.1	50	98	0	197	32	20	11	35	1.89
68659979--68660013	18	2.1	16	89	10	52	68	2	0	28	1.04
68666566--68666593	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
68672034--68672206	46	3.7	46	76	10	190	22	21	27	28	1.99
68672031--68672201	93	1.8	93	91	0	279	22	22	28	27	1.99
68673490--68673954	27	17.3	27	81	4	447	30	9	20	40	1.83
68674279--68674342	28	2.3	28	88	0	92	26	35	17	20	1.94
68678802--68678847	23	1.9	23	82	8	56	26	6	17	50	1.70
68680977--68681083	40	2.7	38	84	5	124	20	22	26	30	1.98
68688940--68689086	40	3.7	40	92	3	226	20	22	26	30	1.98
68696620--68696727	40	2.7	40	82	0	126	33	25	18	23	1.97
68706841--68707018	61	2.9	60	78	6	189	30	23	15	30	1.95
68708940--68708980	20	2.0	20	85	0	55	51	7	4	36	1.51
68714014--68714094	24	3.2	24	66	27	69	38	9	6	45	1.62
68714007--68714109	51	2.0	51	100	0	206	34	11	5	47	1.64
68722884--68723042	39	4.1	39	90	0	246	21	23	29	25	1.99
68725708--68725796	43	2.1	43	100	0	178	26	17	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68726423--68726531	43	2.6	41	78	12	105	24	20	27	27	1.99
68727959--68728012	27	2.0	27	82	13	67	48	1	1	48	1.23
68734311--68734539	48	4.9	48	73	9	166	25	20	25	28	1.99
68746667--68746702	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
68747752--68747800	21	2.3	21	96	0	89	28	26	22	22	1.99
68764684--68765017	50	6.8	50	78	6	335	28	17	29	24	1.97
68764698--68764973	145	1.9	145	88	0	417	28	17	28	25	1.98
68767073--68767122	22	2.3	21	83	16	59	32	0	12	56	1.36
68769961--68770212	55	4.8	53	79	9	248	36	17	24	21	1.95
68769968--68770168	108	1.8	110	87	6	302	35	17	24	22	1.95
68771969--68772291	27	12.0	27	80	7	201	32	10	17	38	1.84
68771971--68772291	55	5.9	54	76	9	219	32	10	18	38	1.85
68772207--68772291	26	3.2	26	91	5	136	35	10	17	36	1.85
68772280--68772356	27	2.9	27	82	0	91	28	19	15	36	1.92
68785351--68785384	17	2.1	16	88	5	50	20	14	17	47	1.83
68794309--68794484	50	3.7	49	76	14	172	26	18	31	24	1.97
68794313--68794529	91	2.3	91	83	9	249	26	18	30	24	1.98
68799440--68799472	14	2.3	15	94	5	59	57	15	9	18	1.63
68810789--68810860	31	2.3	31	80	0	81	16	33	25	25	1.96
68812121--68812270	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
68812093--68812270	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
68812094--68812249	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68819336--68819485	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
68819308--68819485	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
68819309--68819464	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
68830307--68830537	49	4.7	49	80	5	286	30	26	17	25	1.97
68830307--68830537	101	2.3	97	83	6	286	30	26	17	25	1.97
68834462--68834529	20	3.4	20	97	0	127	10	30	33	25	1.89
68836924--68837049	39	3.2	39	93	0	207	23	20	27	28	1.99
68836924--68837076	39	3.9	39	87	3	121	22	21	28	27	1.99
68836924--68837114	78	2.5	78	81	5	192	21	21	27	28	1.99
68844809--68844915	40	2.7	40	91	1	171	24	20	27	28	1.99
68849039--68849067	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
68849140--68849213	28	2.6	28	86	2	103	27	33	14	24	1.94
68849446--68849481	16	2.2	16	95	0	63	13	25	13	47	1.80
68858166--68858278	43	2.7	43	77	4	122	26	23	16	32	1.96
68860970--68861149	68	2.8	63	76	10	157	24	27	16	31	1.97
68861806--68861866	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
68868290--68868682	27	14.7	27	81	6	374	38	19	9	31	1.85
68868311--68868682	107	3.5	107	81	8	393	38	19	9	31	1.85
68868297--68868634	134	2.5	133	82	6	398	38	20	10	31	1.86
68868315--68868682	80	4.6	80	80	5	377	38	19	10	31	1.85
68868645--68868725	27	3.0	27	85	0	99	35	19	17	27	1.94
68879463--68879509	19	2.6	18	83	12	60	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68879612--68879647	17	2.1	17	89	0	54	44	0	13	41	1.44
68883063--68883102	13	3.1	13	96	0	71	15	32	32	20	1.93
68885149--68885185	16	2.3	16	90	0	56	81	0	2	16	0.81
68889344--68889527	67	2.8	63	77	11	185	28	16	30	23	1.97
68893051--68893151	48	2.2	46	84	10	129	31	12	20	34	1.91
68898830--68899035	29	7.1	29	75	6	193	20	29	15	34	1.93
68898830--68899034	87	2.4	87	82	4	243	20	29	15	34	1.93
68898930--68899055	58	2.2	58	88	2	182	23	28	11	37	1.89
68898959--68899055	29	3.3	29	72	5	88	23	28	10	37	1.88
68913136--68913326	48	4.0	48	88	0	265	29	18	25	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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