genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6677253--6677375	65	1.9	65	98	0	237	21	26	16	35	1.94
6681327--6681386	10	6.0	10	81	11	70	68	1	6	23	1.22
6681327--6681386	20	3.0	19	85	9	84	68	1	6	23	1.22
6682030--6682207	95	1.9	96	87	1	268	31	24	14	30	1.94
6683336--6683418	5	15.6	5	74	16	53	74	0	2	22	0.93
6683336--6683419	18	5.1	16	72	22	59	75	0	2	22	0.92
6683336--6683418	26	3.3	24	76	20	82	74	0	2	22	0.93
6683358--6683420	11	6.3	11	70	26	50	74	0	1	23	0.90
6685253--6685287	18	2.1	17	89	10	54	45	2	14	37	1.59
6686347--6686623	50	5.5	50	94	0	455	35	15	22	26	1.94
6686602--6686662	32	1.9	32	100	0	122	31	19	24	24	1.98
6686616--6686706	46	2.0	47	88	2	139	26	21	24	27	1.99
6686664--6686732	31	2.2	31	84	0	84	27	18	26	27	1.98
6688164--6688237	33	2.2	33	85	0	94	33	14	18	32	1.92
6690581--6690618	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
6690615--6690640	10	2.6	10	100	0	52	69	0	7	23	1.14
6714586--6714625	18	2.3	18	86	4	55	37	17	20	25	1.94
6718006--6718055	21	2.3	22	82	6	57	28	6	2	64	1.28
6718018--6718066	23	2.2	21	85	7	62	34	2	2	61	1.19
6719289--6719357	31	2.2	31	78	0	75	28	18	17	34	1.94
6723995--6724022	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
6740287--6740344	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6740556--6740587	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6740682--6740923	50	4.7	50	84	4	279	27	23	29	19	1.98
6740682--6740931	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	20	1.99
6743323--6743391	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
6743323--6743391	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
6743607--6743661	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
6743627--6743661	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6743745--6743821	18	4.2	18	74	11	75	51	2	1	44	1.23
6743754--6743960	61	3.4	61	72	11	201	53	4	0	41	1.27
6743811--6743853	22	1.9	23	85	4	61	60	2	0	37	1.10
6743605--6744021	120	3.5	120	87	6	537	51	3	2	42	1.31
6744145--6744223	25	3.3	25	79	16	112	40	7	17	34	1.78
6750874--6750912	20	2.0	19	85	5	51	41	2	0	56	1.13
6751294--6751331	17	2.2	18	90	9	62	68	0	0	31	0.90
6754153--6754185	4	8.0	4	93	6	57	48	24	0	27	1.51
6756316--6756360	24	1.9	24	86	4	65	55	0	4	40	1.20
6756766--6756790	13	1.9	13	100	0	50	60	16	8	16	1.58
6763089--6763158	35	2.0	35	100	0	140	11	22	8	57	1.61
6772798--6772847	25	2.0	25	84	0	64	38	2	6	54	1.37
6776557--6776636	40	2.0	40	97	2	153	57	7	7	27	1.53
6777005--6777094	44	2.0	44	100	0	180	35	23	4	36	1.75
6779005--6779041	5	7.6	5	87	6	58	78	2	0	18	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6779005--6779041	14	2.6	14	91	4	56	78	2	0	18	0.87
6789013--6789064	26	2.0	26	100	0	104	38	11	19	30	1.87
6794758--6794784	12	2.2	12	100	0	54	44	0	0	55	0.99
6794789--6794828	4	10.5	4	84	10	57	27	2	22	47	1.64
6794786--6794817	14	2.3	14	94	0	55	28	3	21	46	1.66
6808507--6808531	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
6808819--6808843	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
6817391--6817469	38	2.1	38	97	0	149	35	16	12	35	1.87
6817670--6817708	19	2.1	19	100	0	78	25	15	23	35	1.94
6818243--6818306	26	2.5	25	78	12	67	45	1	1	51	1.20
6819770--6819915	53	2.7	53	86	4	186	30	26	15	28	1.96
6820929--6821052	61	2.0	61	96	0	230	23	8	21	45	1.79
6821504--6821537	14	2.3	15	90	5	52	29	5	0	64	1.17
6821522--6821579	23	2.7	23	79	10	61	31	8	0	60	1.27
6821528--6821588	17	3.5	18	74	14	56	29	6	0	63	1.19
6821701--6821787	3	29.0	3	100	0	174	33	0	0	66	0.92
6821811--6821884	37	2.0	38	84	7	98	27	9	1	62	1.34
6821811--6821861	19	2.7	19	69	9	50	23	9	0	66	1.21
6824612--6825009	139	2.8	136	80	6	370	48	17	12	21	1.79
6825208--6825278	20	3.3	23	66	22	73	56	9	0	33	1.32
6825206--6825286	40	2.0	40	100	0	162	51	9	0	38	1.35
6827855--6827989	62	2.2	62	80	7	148	28	15	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6828359--6828400	22	1.9	22	90	9	68	45	4	0	50	1.23
6828768--6828833	30	2.2	30	83	5	80	56	9	4	30	1.51
6833761--6833810	3	16.7	3	82	0	64	34	40	0	26	1.56
6833761--6833810	15	3.3	15	97	0	91	34	40	0	26	1.56
6838720--6838760	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
6841678--6841702	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
6847412--6847467	26	2.2	26	96	0	103	39	16	17	26	1.91
6854006--6854054	26	2.0	24	88	8	71	65	6	0	28	1.16
6854945--6855031	43	2.0	44	86	2	122	36	20	19	22	1.95
6855106--6855189	43	1.9	44	87	2	125	28	23	22	25	1.99
6855213--6855547	44	7.7	43	69	14	152	34	20	23	20	1.96
6855210--6855535	88	3.7	87	82	5	372	34	21	23	20	1.96
6856246--6856374	42	3.1	42	94	0	222	31	18	22	27	1.97
6856264--6856375	21	5.3	21	62	8	57	29	15	24	31	1.95
6856677--6856701	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
6857842--6857882	22	2.0	22	85	9	59	29	0	7	63	1.21
6859064--6859096	11	3.1	11	95	4	59	0	54	45	0	0.99
6859122--6859154	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
6859201--6859259	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
6859230--6859278	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
6866146--6866214	36	1.9	36	93	0	120	23	20	26	30	1.98
6867009--6867056	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6867005--6867060	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
6867005--6867056	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
6867209--6867273	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
6867262--6867329	30	2.3	29	84	2	82	58	4	4	32	1.37
6867223--6867369	77	1.9	77	83	2	188	55	4	6	34	1.43
6867203--6867421	23	9.0	24	72	13	103	56	4	5	34	1.42
6867907--6868081	30	5.8	30	89	1	237	20	4	48	26	1.67
6868794--6869045	77	3.3	77	90	2	375	34	21	18	25	1.96
6869136--6869169	14	2.4	14	85	0	50	67	5	14	11	1.39
6869148--6869389	76	3.2	75	84	3	308	34	20	16	28	1.94
6869379--6869406	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
6869388--6869556	73	2.3	74	84	2	223	36	19	17	27	1.94
6869536--6869585	14	3.6	14	81	7	57	64	2	12	22	1.37
6869539--6869571	15	2.2	15	94	0	57	69	0	9	21	1.15
6869565--6869806	78	3.2	75	84	5	298	36	19	16	26	1.93
6869811--6869948	71	1.9	71	91	0	222	31	16	16	34	1.92
6869687--6870039	155	2.2	156	81	8	414	34	17	16	31	1.93
6869905--6870071	88	1.9	87	82	7	212	41	16	13	28	1.87
6870063--6870381	77	4.3	74	82	7	351	33	20	16	29	1.94
6870105--6870521	77	5.4	76	77	12	440	33	22	15	28	1.94
6870230--6870521	160	1.8	160	88	3	453	33	22	15	28	1.95
6870372--6870527	72	2.2	73	86	2	233	39	22	14	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6870667--6871026	72	4.8	73	83	7	361	33	19	15	31	1.93
6870667--6871008	76	4.5	76	85	5	442	31	19	15	32	1.94
6870667--6871026	148	2.4	149	82	6	431	33	19	15	31	1.93
6871026--6871201	71	2.5	70	85	3	212	34	22	14	28	1.94
6879504--6879569	12	6.0	12	78	20	81	40	7	24	27	1.82
6879512--6879580	30	2.3	31	97	2	131	42	8	23	26	1.83
6879504--6879569	4	16.0	4	78	6	69	40	7	24	27	1.82
6881143--6881190	16	3.1	15	81	6	51	62	6	2	29	1.31
6881415--6881462	14	3.4	14	72	16	53	62	4	2	31	1.26
6881415--6881473	29	2.0	29	90	3	91	59	3	3	33	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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