genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54017197--54017352	82	1.9	81	82	3	197	29	27	16	26	1.96
54025180--54025357	27	6.6	27	80	5	171	29	28	15	26	1.96
54025201--54025356	82	1.9	81	84	3	206	29	28	16	26	1.96
54029035--54029104	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
54029035--54029132	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
54030989--54031132	39	3.7	39	90	0	216	21	19	29	29	1.98
54030996--54031162	78	2.1	78	82	4	194	22	20	29	28	1.98
54032131--54032604	43	11.1	43	79	5	437	19	29	32	17	1.95
54032130--54032905	170	4.6	169	75	11	641	20	29	31	18	1.96
54032139--54032924	85	9.4	85	73	8	538	20	29	31	18	1.96
54032471--54032767	158	1.9	158	81	5	359	20	31	29	18	1.96
54032314--54032947	328	1.9	328	83	4	814	20	29	31	18	1.97
54032623--54032931	43	7.2	42	77	5	246	20	28	31	20	1.97
54033011--54033177	43	3.9	43	80	4	194	20	33	26	18	1.96
54033014--54033169	85	1.8	85	85	0	222	20	33	27	18	1.96
54040032--54040153	58	2.1	59	84	4	158	24	16	21	37	1.93
54040586--54040965	189	2.0	185	81	5	444	31	22	22	22	1.99
54041986--54042105	29	4.2	29	88	5	156	24	31	15	28	1.96
54041980--54042148	57	2.9	57	77	8	171	24	31	15	27	1.96
54042377--54042414	16	2.4	16	95	0	67	15	21	13	50	1.78
54044529--54044750	40	5.6	40	81	2	234	25	23	26	24	2.00
54051891--54052255	48	7.7	47	73	12	225	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54054668--54054795	56	2.3	56	88	0	184	35	25	12	26	1.92
54058683--54058719	18	2.0	19	94	5	67	54	2	16	27	1.56
54062592--54062685	47	2.0	47	93	0	161	25	20	19	35	1.96
54072728--54072753	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
54084755--54084844	32	2.8	32	90	5	130	27	27	15	28	1.96
54100347--54100393	23	2.0	25	84	12	64	46	0	0	53	1.00
54100826--54100851	11	2.4	11	100	0	52	19	42	0	38	1.51
54102549--54102626	21	3.7	21	92	0	120	41	47	2	8	1.49
54102696--54102795	27	3.7	27	69	16	73	42	21	18	19	1.90
54115833--54115933	51	2.0	51	100	0	202	36	27	9	25	1.88
54118471--54118534	33	1.9	33	84	6	85	21	21	28	28	1.99
54118691--54118789	27	3.7	27	73	10	89	41	22	19	17	1.90
54119224--54119262	20	2.0	19	85	14	53	23	35	25	15	1.94
54121712--54121850	57	2.4	58	81	3	156	33	19	17	29	1.95
54123023--54123120	29	3.4	29	83	6	110	29	27	15	27	1.96
54124636--54124671	16	2.2	17	90	5	56	11	0	30	58	1.33
54143727--54143765	19	2.1	19	90	0	60	25	5	0	69	1.09
54143734--54143786	19	2.7	20	82	11	56	24	1	3	69	1.15
54151658--54151850	43	4.5	43	88	0	251	31	18	18	32	1.94
54151658--54151850	86	2.2	86	87	0	278	31	18	18	32	1.94
54152817--54152848	14	2.3	14	100	0	64	21	0	21	56	1.43
54166299--54166471	47	3.7	46	76	13	183	20	17	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54166356--54166525	46	3.7	45	75	13	166	20	18	30	31	1.96
54166303--54166518	93	2.3	93	91	0	342	21	18	29	31	1.96
54168416--54168523	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
54169804--54169959	27	5.8	26	81	6	159	19	23	21	35	1.96
54169804--54169959	54	2.9	53	87	2	197	19	23	21	35	1.96
54175116--54175291	46	3.8	46	73	12	162	22	19	27	30	1.98
54175067--54175284	93	2.3	93	90	0	346	22	19	27	29	1.98
54175065--54175237	47	3.7	47	74	13	185	22	19	28	29	1.98
54177554--54177776	47	4.8	48	75	10	151	25	20	31	23	1.98
54177647--54177770	47	2.6	48	83	6	157	24	19	33	23	1.97
54182170--54182345	46	3.8	46	81	10	223	21	19	29	29	1.98
54182166--54182337	93	1.8	93	94	0	308	20	20	30	28	1.98
54187157--54187272	36	3.2	35	78	12	101	41	22	17	18	1.90
54198786--54198857	27	2.7	27	89	4	110	19	18	22	40	1.92
54209995--54210220	40	5.7	39	86	6	260	25	22	26	24	2.00
54209995--54210220	120	1.9	120	83	10	293	25	22	26	24	2.00
54213882--54213933	25	2.0	27	85	11	72	28	19	1	50	1.58
54216012--54216124	27	4.2	27	78	10	124	32	7	18	41	1.78
54216001--54216115	53	2.1	54	82	7	137	29	6	20	42	1.78
54216441--54216504	28	2.3	28	88	0	92	26	35	17	20	1.94
54217678--54217702	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
54224478--54224597	27	4.5	26	83	4	150	43	21	18	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54228420--54228576	27	5.8	27	78	3	136	43	19	13	23	1.86
54229022--54229100	34	2.3	35	86	2	115	26	18	24	30	1.98
54232974--54233064	34	2.8	33	83	5	112	29	23	25	21	1.99
54232974--54233070	32	2.9	33	82	8	117	29	22	24	22	1.99
54241511--54241629	6	19.3	6	71	20	77	50	15	15	18	1.78
54241520--54241661	31	4.5	31	87	4	196	51	14	15	19	1.76
54241495--54241653	62	2.6	62	87	5	207	51	14	15	18	1.76
54241798--54241926	27	4.8	27	91	3	188	35	21	24	18	1.95
54241798--54241944	54	2.8	54	85	4	138	36	21	23	19	1.95
54242085--54242149	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
54242575--54242893	27	11.9	27	87	0	424	25	21	20	33	1.97
54242593--54242976	81	4.9	81	83	5	480	24	19	21	34	1.97
54242844--54242938	45	2.1	46	88	2	138	25	18	23	32	1.97
54242890--54242977	27	3.3	26	85	3	113	25	15	22	36	1.94
54242646--54243019	126	2.9	126	84	5	347	26	18	21	33	1.96
54242754--54243030	153	1.8	153	81	3	324	27	16	21	35	1.95
54242958--54243139	27	6.7	27	85	2	240	31	8	21	38	1.84
54242958--54243139	54	3.4	54	91	3	294	31	8	21	38	1.84
54245089--54245213	51	2.5	51	81	5	128	26	14	30	28	1.95
54247534--54247636	50	2.1	49	83	5	127	35	18	18	27	1.94
54247937--54248822	296	3.0	294	90	1	1378	29	15	17	37	1.90
54250624--54250718	47	2.0	47	89	0	145	34	17	13	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54254096--54254194	42	2.4	41	81	6	110	21	33	28	17	1.95
54257052--54257101	22	2.3	22	82	6	57	16	2	48	34	1.57
54257063--54257113	22	2.3	22	86	6	68	13	0	49	37	1.43
54263892--54263941	24	2.1	23	85	3	64	50	10	22	18	1.76
54282209--54282288	40	2.0	40	95	0	142	27	12	15	45	1.82
54283131--54283191	31	2.1	27	82	11	68	34	0	18	47	1.49
54313453--54313513	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54318909--54319118	39	5.3	39	92	2	325	25	22	27	24	2.00
54318860--54319118	39	6.6	39	87	8	250	25	22	27	24	1.99
54335122--54335379	43	6.1	43	78	6	238	29	25	15	29	1.96
54335184--54335379	83	2.3	83	84	4	241	31	25	14	29	1.95
54341557--54341728	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
54341559--54341781	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
54341557--54341781	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
54341713--54341790	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
54348156--54348305	54	2.8	54	89	2	230	24	26	16	32	1.96
54351745--54351850	42	2.5	42	83	1	133	25	27	18	28	1.98
54353622--54353893	48	5.6	48	78	4	208	27	26	19	26	1.99
54353717--54353901	49	3.8	49	87	3	232	25	29	18	25	1.98
54357953--54358489	269	2.0	268	98	0	1029	28	22	12	36	1.90
54366679--54366790	39	2.9	39	94	0	188	27	27	22	22	1.99
54373706--54373791	45	1.9	45	87	0	127	31	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54378774--54378941	40	4.2	40	88	5	216	24	19	26	29	1.99
54378779--54378950	80	2.2	79	86	2	247	25	19	25	29	1.99
54386805--54386970	40	4.2	40	90	2	246	23	21	27	27	1.99
54397892--54397935	19	2.3	19	88	0	61	29	6	20	43	1.78
54397902--54397951	19	2.7	19	84	3	66	30	8	20	42	1.80
54411136--54411160	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
54417481--54417524	19	2.4	18	82	14	54	11	34	11	43	1.77
54423863--54423906	21	2.0	22	83	12	56	6	25	4	63	1.38
54447943--54448006	27	2.4	27	91	0	101	15	20	37	26	1.92
54448044--54448169	27	4.7	27	76	8	96	39	20	8	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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