genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  186  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59882584--59882724	58	2.4	58	84	5	171	25	15	31	26	1.96
59887975--59888137	43	3.8	44	83	5	183	27	15	25	31	1.96
59887981--59888137	86	1.8	84	85	6	217	27	16	25	30	1.97
59889603--59889647	23	1.9	24	86	4	65	22	22	11	44	1.84
59889716--59889970	55	4.8	53	80	6	250	22	25	15	36	1.94
59895672--59895862	43	4.6	43	73	8	121	27	19	27	25	1.99
59895716--59895862	40	3.6	40	72	7	118	27	20	27	24	1.99
59900053--59900257	51	4.0	51	90	1	286	30	23	14	31	1.94
59900276--59900426	28	5.7	27	80	13	179	26	24	13	35	1.92
59900291--59900417	24	4.9	26	79	13	145	25	22	13	37	1.91
59900291--59900426	52	2.6	52	91	2	220	25	23	13	36	1.92
59900470--59900568	49	2.0	49	100	0	198	28	25	10	36	1.88
59905536--59905564	12	2.4	12	100	0	58	58	6	6	27	1.50
59907845--59908416	27	21.2	27	85	3	731	26	21	10	41	1.85
59908421--59908615	27	7.2	27	80	4	196	36	18	18	25	1.94
59908421--59908616	54	3.6	54	81	2	241	36	19	18	25	1.95
59908429--59908614	81	2.3	81	84	0	237	36	18	19	25	1.94
59908815--59908897	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
59908985--59909043	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
59909200--59909281	27	3.1	27	85	5	96	15	23	24	36	1.94
59909399--59909671	6	45.3	6	75	14	242	20	16	13	49	1.80
59909411--59909650	85	2.9	85	90	5	325	20	17	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59909659--59909692	18	1.9	18	88	5	52	26	11	8	52	1.67
59910320--59910524	51	4.0	51	85	1	252	30	25	12	31	1.93
59910558--59910734	24	6.9	24	75	12	147	22	22	15	40	1.91
59910555--59910743	52	3.6	52	90	0	270	23	22	15	38	1.92
59910696--59910885	82	2.4	81	90	4	298	25	21	14	37	1.92
59910872--59910967	49	2.0	49	100	0	192	26	23	12	37	1.91
59912445--59912539	30	3.1	30	67	24	88	41	12	21	25	1.88
59912438--59912555	34	3.6	34	68	23	117	42	11	18	27	1.84
59912693--59912761	23	3.2	23	61	23	58	26	7	27	39	1.82
59912688--59912768	42	1.9	42	100	0	162	27	8	24	39	1.84
59912691--59912757	19	3.2	21	61	23	50	25	7	26	40	1.82
59915702--59915921	27	8.1	27	85	1	253	35	17	20	26	1.95
59916538--59916654	6	19.0	6	68	18	62	18	17	14	48	1.81
59916558--59916633	31	2.5	31	86	0	107	19	18	14	47	1.83
59919766--59919840	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
59919738--59919989	47	5.3	46	90	4	360	27	30	9	32	1.88
59923323--59923686	40	9.1	40	89	0	532	26	27	21	24	1.99
59923740--59923814	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
59925861--59926072	40	5.3	40	85	3	259	23	20	28	28	1.99
59928714--59929002	40	7.1	40	83	5	366	25	28	21	24	1.99
59928714--59928994	86	3.4	85	80	10	334	25	28	21	24	1.99
59928714--59929002	126	2.4	119	85	4	373	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59929055--59929129	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
59931171--59931381	40	5.3	40	85	4	250	23	20	28	27	1.99
59935186--59935307	22	5.3	22	63	21	61	26	29	10	33	1.90
59935158--59935503	47	7.3	47	91	2	482	27	30	9	32	1.88
59938980--59939150	43	4.0	43	75	12	154	30	24	15	28	1.96
59942903--59942948	25	1.9	24	86	8	67	41	15	4	39	1.67
59948876--59949099	40	5.6	40	87	3	290	26	26	22	24	2.00
59948876--59949100	81	2.8	80	88	4	319	26	27	22	24	2.00
59950939--59950992	20	2.7	20	94	0	90	25	37	24	12	1.91
59954176--59954273	40	2.5	40	78	11	94	41	18	6	33	1.75
59954177--59954284	20	5.4	20	70	8	85	43	19	4	32	1.71
59954493--59954595	22	4.5	22	89	4	143	30	19	25	25	1.98
59954493--59954595	46	2.3	44	88	5	143	30	19	25	25	1.98
59963029--59963067	18	2.2	18	95	0	69	30	15	5	48	1.66
59973739--59973798	27	2.3	26	82	2	66	21	23	21	33	1.97
59996217--59996254	19	2.0	20	84	5	51	34	2	13	50	1.55
60008391--60008488	43	2.3	43	90	0	151	26	13	26	33	1.93
60009449--60009487	20	2.0	20	89	0	60	17	2	30	48	1.61
60011886--60011943	30	1.9	30	89	0	89	34	8	25	31	1.86
60012278--60012483	46	4.5	45	78	13	179	28	16	29	26	1.97
60015008--60015267	112	2.3	112	84	2	344	28	14	22	34	1.93
60015008--60015270	56	4.7	56	80	1	303	28	15	22	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60022267--60022297	5	6.2	5	100	0	62	41	0	0	58	0.98
60029429--60029455	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
60032873--60032905	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
60035804--60035887	43	2.0	43	85	0	114	27	15	22	34	1.94
60052322--60052499	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60052323--60052478	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60052319--60052499	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60060382--60060552	27	6.6	27	83	9	203	26	14	28	30	1.95
60065108--60065225	39	3.0	40	90	6	188	15	15	30	38	1.88
60065108--60065248	39	3.6	41	86	7	186	17	17	29	34	1.94
60066442--60066495	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
60086404--60086807	47	8.6	47	93	1	637	28	29	8	32	1.87
60086404--60086808	190	2.2	190	93	1	692	28	29	8	32	1.87
60102443--60102482	21	1.9	21	84	0	53	70	5	0	25	1.08
60102720--60102753	16	2.2	16	89	5	52	55	11	5	26	1.58
60106859--60106890	17	2.0	17	88	11	50	46	18	3	31	1.65
60114867--60115088	64	3.4	65	76	9	218	23	28	15	31	1.96
60116710--60116830	47	2.6	47	86	10	171	23	29	20	26	1.99
60116710--60116872	47	3.5	44	81	12	170	21	28	22	28	1.99
60118495--60118525	16	1.9	16	93	0	53	41	19	22	16	1.89
60118745--60118847	28	3.7	28	86	0	143	22	14	36	26	1.92
60133296--60133468	93	1.9	93	93	0	301	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60133289--60133464	46	3.8	46	77	12	198	30	28	19	21	1.97
60140354--60140524	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
60140347--60140521	46	3.8	46	79	13	207	29	29	20	20	1.98
60140395--60140533	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
60147416--60147587	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
60147409--60147584	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
60162544--60162570	13	2.1	13	100	0	54	62	14	7	14	1.51
60166422--60166453	12	2.7	12	95	0	55	46	34	0	18	1.49
60167770--60167851	25	3.3	25	74	16	98	40	3	4	51	1.41
60167771--60167870	49	2.0	49	94	0	173	38	7	5	50	1.52
60168516--60168556	19	2.2	18	95	4	73	36	4	4	53	1.44
60171515--60171622	29	3.8	29	79	6	103	27	25	15	31	1.96
60171853--60171903	16	3.2	16	86	10	77	11	21	19	47	1.81
60171853--60171899	8	5.9	8	79	0	58	12	23	21	42	1.87
60176025--60176167	28	5.0	28	86	6	171	26	27	16	29	1.97
60176025--60176167	57	2.5	56	83	5	162	26	27	16	29	1.97
60177223--60177449	40	5.7	40	88	0	328	31	27	22	18	1.97
60183873--60183906	15	2.3	15	90	10	52	58	14	20	5	1.57
60183873--60183907	16	2.3	15	85	5	52	60	14	20	5	1.54
60183942--60184103	84	1.9	84	93	0	279	21	22	34	21	1.97
60199890--60200422	44	12.1	44	86	0	690	29	14	29	26	1.95
60199890--60200422	132	4.0	132	90	0	796	29	14	29	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60214018--60214342	48	6.8	47	85	2	407	27	18	25	28	1.98
60214018--60214342	144	2.3	144	89	1	490	27	18	25	28	1.98
60216812--60216893	33	2.8	28	72	16	74	23	23	25	28	2.00
60217282--60217337	27	2.1	27	86	6	78	25	23	23	28	1.99
60218592--60218618	12	2.2	12	100	0	54	74	0	25	0	0.83
60222782--60222999	40	5.5	40	88	2	307	24	22	27	25	2.00
60230926--60231103	40	4.5	40	90	3	254	24	24	26	24	2.00
60233835--60233906	29	2.5	28	86	11	101	27	15	29	27	1.96
60233865--60234192	174	1.9	174	94	0	584	30	14	24	30	1.95
60239360--60239474	38	2.9	38	88	6	151	26	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316