Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  92  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27946275--27946301
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1.9
14
100
0
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11
0
44
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23
22
22
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1.99
27950242--27950291
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2.1
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2.9
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0
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27950337--27950397
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16
14
34
1.89
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1.9
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27969406--27969511
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140
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14
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1.93
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199
37
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23
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1.9
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5.3
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25
2.00
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311
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28
28
20
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25
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80
3.3
80
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4
260
25
27
21
25
1.99
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120
2.2
119
80
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306
26
27
20
25
1.99
27990203--27990280
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1.9
41
84
5
104
28
28
20
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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24
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3.3
80
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4
233
25
27
21
25
2.00
27996930--27997194
120
2.2
119
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297
26
27
21
25
1.99
27997126--27997203
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1.9
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2.7
51
77
0
166
39
13
6
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1.71
28008193--28008402
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5.3
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27
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260
25
27
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25
1.99
28008191--28008455
120
2.2
118
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311
26
27
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1.9
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28
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3.4
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168
24
16
24
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10
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0
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10
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3.3
20
89
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20
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5.4
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2.1
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0
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23
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20
5.6
20
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134
43
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1.79
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11
3.8
10
86
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60
7
0
2
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11
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32
96
0
115
29
9
22
38
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28103090--28103163
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6
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1
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1.56
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5
12.0
5
76
17
56
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17
1
33
1.58
28103086--28103162
11
7.5
11
79
15
94
46
18
1
33
1.57
28103086--28103162
20
3.8
21
83
16
108
46
18
1
33
1.57
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2.0
14
100
0
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0
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14
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40
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40
90
0
304
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27
20
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2.5
11
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1.70
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2.1
92
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4
4
46
1.41
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2.0
52
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0
0
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129
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0
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2
3
46
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2.0
21
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34
37
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1.57
28142336--28142383
22
2.1
23
84
3
62
72
2
4
20
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28142991--28143030
21
1.9
21
90
10
64
27
10
0
62
1.27
28142978--28143030
21
2.3
24
75
21
60
28
7
1
62
1.33
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70
2.5
70
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4
212
29
13
22
34
1.92
28162180--28162515
72
4.5
73
85
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417
32
15
19
33
1.93
28162180--28162515
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4.5
74
84
4
419
32
15
19
33
1.93
28162737--28162982
88
2.8
87
84
4
289
28
17
19
34
1.94
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3.5
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91
3
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17
18
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16
2.0
16
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0
55
40
40
6
12
1.68
28164429--28164476
22
2.1
23
84
3
62
72
0
4
22
1.01
28164582--28164628
16
2.8
17
75
18
53
0
46
2
51
1.13
28164584--28164628
17
2.6
19
76
20
53
0
44
2
53
1.13
28165114--28165150
18
2.1
18
90
10
58
27
10
0
62
1.28
28173229--28173266
19
2.0
20
84
5
51
23
7
0
68
1.16
28178165--28178202
6
6.3
6
84
9
51
28
0
0
71
0.87
28178171--28178221
12
3.9
13
74
7
50
27
0
3
68
1.07
28183185--28183240
19
2.9
19
79
12
69
67
3
0
28
1.07
28188952--28188985
17
2.1
17
88
5
52
41
11
2
44
1.56
28193991--28194024
3
11.3
3
100
0
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0
0
67
0.91
28195741--28195783
22
2.0
22
86
13
63
20
20
39
18
1.93
28196864--28197128
46
5.7
48
76
10
203
23
32
18
26
1.97
28197718--28197756
18
2.2
18
100
0
78
64
12
5
17
1.46
28204636--28204762
61
2.1
61
98
0
245
38
12
5
43
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28212741--28212786
21
2.3
20
78
14
51
45
17
6
30
1.73
28215187--28215364
27
6.6
27
83
3
205
26
15
28
29
1.96
28215188--28215343
82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
28215184--28215364
82
2.2
81
83
2
229
27
15
27
29
1.96
28223260--28223437
27
6.6
27
85
3
214
26
14
28
30
1.95
28223261--28223416
82
1.9
81
89
3
242
26
14
28
30
1.95
28223257--28223437
82
2.2
81
84
2
238
27
14
27
30
1.95
28227042--28227167
46
2.8
44
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9
137
23
19
32
25
1.97
28228123--28228160
10
3.8
10
83
13
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28
31
18
21
1.97
28228122--28228159
20
1.9
20
94
0
67
28
34
18
18
1.95
28228123--28228183
20
3.0
20
83
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29
27
14
27
1.95
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10
4.6
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15
51
31
27
14
25
1.95
28229560--28229653
40
2.4
37
80
16
102
74
3
9
12
1.18
28232223--28232260
10
3.8
10
83
13
51
28
31
18
21
1.97
28232222--28232259
20
1.9
20
94
0
67
28
34
18
18
1.95
28232223--28232283
20
3.0
20
83
9
63
29
27
14
27
1.95
28232233--28232279
10
4.6
10
80
15
51
31
27
14
25
1.95
28236456--28236489
11
2.8
13
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17
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52
0
0
47
1.00
28236459--28236486
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2.5
11
100
0
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53
0
0
46
1.00
28238406--28238493
21
4.0
23
79
10
85
15
21
23
38
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28238418--28238478
21
2.8
21
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13
24
27
34
1.93
28241752--28241785
17
2.0
17
94
0
59
50
5
20
23
1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28244674--28244723
22
2.2
23
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13
77
50
0
0
50
1.00
28244677--28244715
11
3.5
11
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0
69
51
0
0
48
1.00
28244742--28244782
3
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3
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0
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0
4
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1.15
28246635--28246706
21
3.3
23
83
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15
23
26
34
1.94
28246647--28246706
21
2.8
22
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10
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1.92
28253088--28253219
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22
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1.94
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2.2
19
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8
57
39
2
2
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1.26
28271364--28271413
20
2.5
20
86
0
73
36
14
26
24
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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