genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30222301--30222456	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
30226190--30226337	75	2.0	75	95	0	269	29	10	29	30	1.90
30226265--30226442	49	3.7	49	94	2	306	29	9	30	30	1.89
30226560--30226638	37	2.1	37	88	0	113	24	20	30	25	1.98
30245293--30245469	27	6.6	27	83	4	178	29	28	14	27	1.95
30245293--30245469	54	3.3	54	82	4	205	29	28	14	27	1.95
30245314--30245468	82	1.9	80	86	5	222	29	28	14	27	1.95
30253344--30253521	27	6.6	27	79	3	151	29	27	15	27	1.96
30254003--30254028	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
30258330--30258501	46	3.7	46	77	14	192	21	20	28	29	1.98
30263498--30263609	51	2.2	51	86	0	161	39	11	21	27	1.88
30265404--30265581	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30265425--30265580	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30267952--30268035	28	3.0	28	85	1	114	22	3	27	46	1.68
30268217--30268303	21	4.0	23	78	13	85	17	22	22	36	1.94
30269377--30269516	52	2.9	46	70	17	113	27	17	26	29	1.97
30271804--30271915	51	2.2	51	85	0	152	39	11	22	26	1.88
30274403--30274454	18	2.9	18	82	0	68	26	25	26	21	1.99
30276273--30276443	46	3.7	48	80	8	169	26	18	30	23	1.97
30285158--30285226	6	11.3	6	77	9	68	15	4	1	78	0.98
30285156--30285226	5	13.0	5	79	18	63	16	4	1	77	1.00
30285156--30285220	31	2.0	33	88	5	98	16	3	1	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30289274--30289460	66	2.8	66	88	0	275	20	29	18	31	1.96
30292104--30292650	281	2.0	280	94	1	952	33	7	25	33	1.84
30295189--30295239	22	2.3	22	89	0	84	31	23	27	17	1.97
30302109--30302316	67	3.2	64	79	10	206	22	29	16	31	1.96
30305387--30305918	48	11.3	47	76	12	405	31	19	24	24	1.98
30305387--30305918	96	5.7	95	76	10	477	31	19	24	24	1.98
30305369--30305912	144	3.8	143	83	7	662	31	19	23	24	1.98
30305672--30305840	85	2.0	85	88	0	248	32	20	23	24	1.98
30305623--30305881	133	1.9	133	87	0	374	31	20	23	24	1.98
30308482--30308538	25	2.3	25	90	0	96	38	21	26	14	1.91
30309544--30309602	28	2.1	28	93	0	100	37	1	3	57	1.25
30309752--30309791	13	2.8	15	85	11	57	22	2	2	72	1.09
30310580--30310634	27	2.0	28	82	10	69	43	9	0	47	1.35
30317050--30317087	20	1.9	20	100	0	76	26	15	23	34	1.95
30319605--30319823	40	5.6	40	88	4	313	21	22	28	26	1.99
30323247--30323280	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
30330364--30330425	31	2.0	31	90	0	97	41	9	14	33	1.79
30333426--30333463	16	2.4	16	90	0	58	52	18	18	10	1.73
30333693--30333788	28	3.4	29	80	7	108	29	14	30	26	1.95
30336147--30336179	17	1.9	17	93	0	57	12	21	48	18	1.80
30344383--30344407	13	1.9	13	100	0	50	48	32	0	20	1.50
30344470--30344496	13	2.1	13	100	0	54	40	14	0	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30345139--30345219	43	1.9	42	84	2	108	35	23	14	25	1.93
30364311--30364782	239	2.0	232	82	7	576	31	14	20	33	1.92
30385950--30386122	38	4.5	38	86	1	211	19	20	26	34	1.96
30392651--30392810	38	4.2	37	88	6	221	19	21	25	33	1.97
30392651--30392841	76	2.5	76	85	6	258	18	20	26	33	1.96
30400485--30400540	25	2.2	25	81	6	69	41	14	21	23	1.89
30410988--30411026	3	13.0	3	83	0	51	28	0	5	66	1.12
30413850--30413880	12	2.6	12	94	0	53	29	9	32	29	1.89
30415158--30415183	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
30421774--30421834	5	12.0	5	76	13	54	22	3	0	73	0.97
30423600--30423641	20	2.0	20	86	4	57	50	14	26	9	1.73
30425707--30425833	33	3.8	33	74	6	103	22	26	17	33	1.96
30428407--30428440	16	2.2	16	90	10	54	8	5	5	79	1.05
30430756--30430789	17	2.0	17	88	11	52	50	11	11	26	1.73
30431242--30431286	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
30434103--30434279	27	6.5	27	83	3	194	27	15	27	29	1.96
30434104--30434259	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
30434100--30434279	82	2.2	81	82	3	218	27	15	26	30	1.96
30459578--30459671	40	2.3	41	82	8	113	26	17	26	29	1.97
30469454--30469517	27	2.4	27	84	5	76	26	20	15	37	1.92
30474240--30474463	83	2.8	79	87	6	331	25	28	24	21	1.99
30474240--30474464	40	5.6	40	82	3	281	25	28	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30482339--30482440	40	2.6	40	87	7	138	24	26	23	25	2.00
30486098--30486130	16	2.2	16	89	10	52	9	6	6	78	1.08
30488955--30489004	20	2.5	20	86	3	64	50	2	12	36	1.51
30494054--30494223	40	4.3	40	90	0	225	26	28	21	23	1.99
30511737--30511835	46	2.1	49	84	7	132	35	14	24	26	1.93
30514421--30514633	40	5.5	40	92	6	341	23	29	23	23	1.99
30522397--30522534	40	3.5	40	90	3	199	24	28	23	23	2.00
30529303--30529444	47	3.0	47	95	1	250	28	12	14	44	1.82
30530225--30530445	45	5.0	45	90	2	306	24	20	28	26	1.99
30543420--30543565	37	3.9	37	89	0	211	28	29	18	23	1.98
30543776--30544456	47	14.1	47	86	6	912	27	30	11	30	1.92
30543776--30544432	147	4.5	145	89	4	916	26	30	12	30	1.92
30544280--30544357	24	3.2	25	63	17	65	29	32	10	28	1.90
30568252--30568278	13	2.1	13	100	0	54	44	7	0	48	1.31
30572271--30572504	29	8.1	30	78	8	166	35	12	26	25	1.92
30572295--30572505	86	2.4	87	77	4	203	35	13	26	24	1.93
30572259--30572482	115	1.9	115	87	1	324	33	12	27	26	1.92
30577778--30577802	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
30578793--30578849	18	3.2	18	74	13	55	3	31	1	63	1.22
30580085--30580161	27	2.8	27	84	2	82	20	23	16	38	1.92
30583823--30583881	30	1.9	31	86	3	84	45	3	23	27	1.68
30583920--30583953	16	2.1	17	88	5	52	55	0	20	23	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30584026--30584115	45	2.0	45	93	0	153	46	4	24	24	1.71
30584830--30584873	17	2.6	17	81	0	52	54	2	2	40	1.25
30585918--30586108	56	3.4	56	89	0	274	26	14	25	33	1.94
30592213--30592373	56	2.9	56	86	2	209	25	13	24	36	1.92
30594481--30594508	13	2.2	13	100	0	56	25	42	7	25	1.80
30595824--30595925	42	2.4	43	83	6	127	30	21	16	31	1.96
30600087--30600296	39	5.3	39	91	2	316	25	21	27	25	2.00
30608059--30608281	39	5.7	40	84	8	257	26	22	26	24	2.00
30608059--30608281	79	2.8	81	83	9	273	26	22	26	24	2.00
30608059--30608314	79	3.3	79	81	10	208	26	21	26	24	1.99
30614939--30615011	36	2.0	36	97	0	137	28	34	20	16	1.94
30616011--30616161	43	3.5	42	78	4	167	33	25	14	26	1.94
30622365--30622394	13	2.3	13	100	0	60	56	13	6	23	1.60
30622899--30622999	42	2.4	43	81	5	116	24	18	24	31	1.98
30622855--30623012	43	3.7	42	73	10	124	24	18	24	32	1.97
30630626--30630831	46	4.5	46	78	11	176	23	30	18	28	1.98
30630663--30630834	94	1.8	92	86	7	249	23	30	18	27	1.98
30636968--30637000	16	2.1	16	94	0	57	42	30	6	21	1.77
30638974--30639138	43	3.9	42	70	12	122	22	18	26	32	1.97
30646560--30646653	40	2.3	40	83	7	111	48	11	7	31	1.67
30646553--30646653	20	4.9	20	77	10	89	48	10	6	33	1.65
30650418--30650942	47	11.4	47	89	3	802	32	8	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30651061--30651139	37	2.1	37	86	9	108	26	17	29	26	1.98
30661330--30661512	79	2.3	82	84	7	234	24	27	23	24	2.00
30661330--30661512	40	4.6	39	83	9	219	24	27	23	24	2.00
30663097--30663683	292	2.0	293	99	0	1158	23	19	19	36	1.95
30665294--30665471	27	6.6	27	82	5	189	29	28	14	27	1.95
30665314--30665470	82	1.9	81	87	3	226	29	28	14	27	1.95
30683682--30683859	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30683703--30683858	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30691762--30691937	27	6.6	27	82	5	169	30	27	15	26	1.96
30691762--30691937	55	3.3	54	81	5	196	30	27	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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