genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98625261--98625347	45	1.9	45	90	0	138	31	9	19	40	1.83
98625699--98626243	73	7.5	73	83	0	579	27	21	14	36	1.92
98625615--98626248	36	17.4	36	73	11	400	27	20	15	37	1.92
98625612--98626243	73	8.7	72	80	5	560	27	20	14	37	1.92
98630362--98630408	19	2.5	19	96	0	85	14	36	21	27	1.93
98643616--98643710	34	2.8	33	79	7	109	29	23	25	22	1.99
98646823--98646927	39	2.7	39	85	2	131	22	23	28	24	1.99
98652023--98652102	23	3.3	24	82	10	74	35	22	20	22	1.96
98652044--98652112	23	2.9	24	86	2	95	37	18	21	21	1.94
98653642--98653730	20	4.4	20	70	14	67	43	19	25	11	1.84
98653766--98653860	47	2.0	47	97	0	181	31	20	10	37	1.86
98655939--98656023	6	14.2	6	92	0	125	20	3	16	60	1.51
98669671--98669698	7	4.0	7	100	0	56	28	0	14	57	1.38
98672920--98672983	31	2.1	29	82	5	74	37	14	9	39	1.78
98678392--98678508	57	2.1	57	86	3	164	29	16	12	41	1.85
98681611--98681703	43	2.1	43	94	2	159	27	21	19	31	1.97
98686720--98686766	22	2.2	22	88	3	69	14	12	4	68	1.36
98686726--98686767	22	1.9	22	95	0	75	14	9	4	71	1.28
98687383--98687427	20	2.2	20	84	0	54	55	17	6	20	1.64
98693475--98693608	46	3.0	45	80	4	126	33	13	24	28	1.93
98696036--98696081	19	2.3	20	85	14	69	67	0	2	30	1.03
98701681--98701783	52	2.0	52	98	0	197	27	20	9	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98715432--98715476	23	2.0	23	90	0	72	44	2	6	46	1.42
98724145--98724196	26	2.0	27	85	14	74	11	15	11	61	1.57
98724324--98724419	49	2.0	49	85	4	131	42	5	15	36	1.70
98725449--98725508	3	20.0	3	92	0	102	63	0	33	3	1.11
98726567--98726606	3	13.3	3	89	0	53	42	0	25	32	1.55
98726570--98726606	15	2.5	15	95	0	65	43	0	24	32	1.55
98726567--98726606	18	2.2	18	95	0	71	42	0	25	32	1.55
98726904--98726930	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
98731687--98731770	41	2.0	41	97	0	159	40	8	20	30	1.82
98732647--98732710	32	2.0	32	96	0	119	23	12	12	51	1.73
98734744--98734950	47	4.3	47	80	6	184	28	28	16	25	1.97
98736847--98736896	15	3.3	15	88	0	73	58	14	18	10	1.63
98736838--98736905	15	4.5	15	80	7	59	54	17	17	10	1.70
98740445--98740637	47	4.0	49	80	9	191	29	29	17	23	1.97
98748431--98748478	18	2.7	18	76	0	60	66	0	0	33	0.92
98752260--98752325	23	3.0	22	76	12	64	27	21	15	36	1.93
98754935--98754996	30	2.1	30	93	0	106	59	14	1	24	1.44
98756367--98756419	21	2.5	22	72	12	56	66	0	0	33	0.92
98756370--98756421	23	2.4	23	81	18	67	65	0	0	34	0.93
98760201--98760236	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
98764429--98764467	20	2.0	20	85	10	53	35	0	7	56	1.28
98768200--98768241	22	1.9	22	90	9	68	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98768203--98768241	13	3.1	12	82	10	51	0	20	0	79	0.73
98777578--98777721	48	3.0	49	77	11	145	22	16	25	36	1.94
98785486--98785653	37	4.5	37	82	5	205	19	11	26	42	1.84
98785500--98785664	74	2.2	74	88	5	237	18	10	27	43	1.83
98787634--98787685	21	2.3	21	80	9	59	38	3	11	46	1.59
98787645--98787685	21	1.9	22	90	5	66	36	4	9	48	1.58
98797748--98797924	88	2.0	89	83	7	225	47	11	17	23	1.80
98803975--98804007	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
98804288--98804473	46	4.0	46	90	1	257	22	23	13	40	1.89
98807542--98807603	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
98820330--98820386	20	2.9	19	80	12	62	56	0	5	38	1.22
98820331--98820390	29	2.1	28	82	14	70	55	0	5	40	1.22
98820351--98820418	29	2.3	29	85	5	84	52	0	1	45	1.09
98821845--98821887	16	2.5	18	81	11	54	55	6	0	37	1.27
98832500--98832552	20	2.8	18	83	16	63	35	1	0	62	1.06
98834853--98834885	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
98837193--98837223	14	2.2	14	94	0	53	12	9	0	77	0.99
98845704--98845736	16	2.1	16	88	11	50	57	6	9	27	1.53
98847207--98847506	84	3.6	84	87	6	387	20	22	20	37	1.95
98847235--98847373	43	3.2	43	66	16	108	20	21	20	36	1.95
98847352--98847497	40	3.5	40	67	18	111	17	25	21	34	1.96
98847716--98847857	44	3.2	44	74	9	144	32	19	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98847458--98847812	177	2.0	177	88	3	527	27	22	20	29	1.98
98847986--98848113	64	2.0	64	86	3	177	39	12	17	31	1.87
98848749--98848839	48	1.9	47	88	2	137	8	29	16	45	1.78
98861302--98861334	16	2.1	16	88	11	50	57	6	9	27	1.53
98864086--98864123	19	2.1	19	85	5	51	60	7	5	26	1.46
98864369--98864422	22	2.3	24	84	9	67	57	3	1	37	1.27
98866363--98866392	13	2.4	13	94	5	53	60	6	0	33	1.23
98875273--98875314	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
98875405--98875452	16	3.1	16	81	3	62	66	0	0	33	0.92
98876097--98876145	18	2.7	18	84	12	64	57	2	2	38	1.22
98877940--98877979	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
98878637--98878662	6	4.3	6	100	0	52	34	19	15	30	1.93
98893062--98893112	21	2.5	20	81	6	59	49	1	0	49	1.12
98893084--98893156	32	2.4	29	78	17	76	56	1	2	39	1.22
98893816--98893842	6	4.5	6	100	0	54	0	14	48	37	1.45
98904023--98904156	46	2.9	46	79	2	142	32	20	19	28	1.97
98905151--98905211	31	2.0	31	90	6	97	27	31	18	22	1.97
98905307--98905503	35	5.6	35	81	3	209	34	22	10	31	1.89
98905307--98905503	105	1.9	105	82	2	252	34	22	10	31	1.89
98909646--98909703	25	2.3	27	77	19	72	58	8	0	32	1.28
98911078--98911102	13	1.9	13	100	0	50	72	28	0	0	0.86
98917564--98917601	19	2.0	19	100	0	76	36	10	0	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98917643--98917681	19	2.1	19	90	0	60	46	7	12	33	1.71
98926204--98926527	178	1.8	178	93	0	558	25	11	22	40	1.87
98930819--98930849	12	2.6	12	94	0	53	6	22	0	70	1.09
98933065--98933103	11	3.6	11	96	3	71	10	5	7	76	1.13
98935441--98935506	26	2.5	26	80	0	78	36	4	19	39	1.72
98942765--98942813	25	1.9	26	84	12	66	69	2	16	12	1.28
98943290--98943355	23	3.0	23	75	6	82	16	19	22	40	1.91
98948798--98948846	25	1.9	26	84	12	66	69	2	16	12	1.28
98948872--98948912	4	10.8	4	82	10	50	75	0	24	0	0.80
98948873--98948912	15	2.7	15	84	0	53	77	0	22	0	0.77
98949335--98949389	21	2.5	23	85	11	87	16	23	25	34	1.95
98950689--98951049	100	3.6	98	83	5	406	32	16	25	26	1.96
98951566--98951664	17	5.6	17	88	7	144	38	12	12	37	1.80
98951558--98951664	35	3.0	35	94	4	178	38	11	13	37	1.80
98951566--98951664	18	5.6	18	90	4	157	38	12	12	37	1.80
98952148--98952207	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
98952149--98952207	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
98954266--98954304	17	2.3	17	95	0	69	30	15	28	25	1.96
98955495--98955547	24	2.2	24	82	0	61	54	9	3	32	1.50
98955647--98955721	24	3.2	23	78	16	73	14	25	13	46	1.81
98955656--98955721	24	2.7	23	83	2	78	16	28	12	42	1.84
98958254--98958288	11	3.1	12	88	12	56	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98958254--98958304	21	2.4	22	80	6	61	41	0	0	58	0.98
98958417--98958479	30	2.1	30	94	5	110	57	17	3	22	1.54
98958509--98958551	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
98977019--98977120	3	33.3	3	69	24	63	63	1	1	32	1.16
98978980--98979464	88	5.5	88	66	13	264	27	18	19	34	1.96
98978882--98979380	87	5.7	87	67	14	247	28	19	18	33	1.96
98978922--98979481	175	3.2	174	89	3	786	26	19	19	34	1.96
98983667--98983716	14	3.5	14	79	15	50	40	10	26	24	1.86
98987354--98987404	18	2.9	18	72	13	52	64	1	1	31	1.15
98987622--98987724	3	33.3	3	69	23	63	64	1	1	32	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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