genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80195378--80195594	46	4.6	46	76	8	163	21	30	20	26	1.98
80202188--80202365	46	3.8	44	82	10	180	23	31	17	27	1.97
80202190--80202365	93	1.9	93	90	3	282	23	31	17	27	1.97
80203403--80203443	19	2.2	19	95	0	73	17	14	12	56	1.68
80203411--80203450	19	2.2	19	90	4	64	20	17	10	52	1.72
80204294--80204318	13	1.9	13	100	0	50	72	16	12	0	1.13
80208503--80208580	29	2.8	28	80	7	86	25	33	16	24	1.96
80208501--80208580	28	2.8	28	79	7	90	25	32	17	25	1.97
80211876--80212002	46	2.8	46	92	0	209	32	30	18	18	1.95
80214235--80214354	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
80215481--80215665	40	4.7	40	80	7	191	23	22	27	25	2.00
80215534--80215698	79	2.1	79	85	6	219	25	21	27	26	1.99
80221636--80221755	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
80222883--80223065	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
80222884--80223067	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
80222936--80223100	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
80229023--80229101	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
80229220--80229442	47	4.7	47	88	1	304	27	30	9	32	1.88
80232985--80233170	42	4.2	46	76	15	158	30	25	15	28	1.96
80233036--80233164	48	2.8	45	86	9	158	30	25	15	28	1.96
80233177--80233300	37	3.4	37	89	4	189	25	28	18	28	1.98
80233519--80233560	19	2.3	19	95	4	77	33	11	14	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80237401--80237489	20	4.4	20	77	4	90	39	20	30	10	1.85
80238589--80238625	4	9.2	4	93	0	65	0	27	0	72	0.84
80242836--80242892	29	2.0	29	100	0	114	38	21	15	24	1.92
80242952--80243024	28	2.6	29	82	6	87	35	20	12	31	1.90
80249082--80249150	36	1.9	36	96	0	129	30	11	33	24	1.91
80249540--80249614	36	2.1	36	97	0	141	28	14	22	34	1.94
80254459--80254716	45	5.9	45	79	8	257	22	17	28	31	1.96
80254467--80254716	89	2.9	85	80	8	258	22	17	28	30	1.97
80263503--80263535	11	3.1	11	86	4	50	36	0	0	63	0.95
80266290--80266365	40	1.9	40	86	5	109	26	19	27	26	1.99
80268602--80268658	22	2.6	22	75	10	62	26	28	22	22	1.99
80271154--80271227	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
80274458--80274524	33	2.0	33	100	0	134	23	20	14	40	1.90
80281548--80281644	47	2.1	47	98	0	185	35	5	12	47	1.63
80282069--80282109	20	2.1	20	86	4	57	60	4	0	34	1.18
80287637--80287674	19	2.0	19	100	0	76	5	31	5	57	1.43
80289910--80289965	29	1.9	29	85	0	76	46	7	1	44	1.41
80289995--80290089	31	3.1	30	77	5	93	47	11	5	35	1.62
80297928--80297977	25	2.0	25	100	0	100	24	32	4	40	1.73
80299538--80299594	19	3.0	19	100	0	114	36	5	21	36	1.76
80303773--80303830	30	1.9	30	100	0	116	51	20	17	10	1.74
80308898--80309024	38	3.3	38	87	0	182	18	18	26	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80310803--80310953	75	2.0	75	96	0	275	47	14	5	31	1.68
80319557--80319600	22	2.0	22	86	0	61	45	2	4	47	1.35
80322855--80322966	27	4.2	26	84	5	125	35	24	23	16	1.95
80322855--80322966	54	2.1	54	88	6	165	35	24	23	16	1.95
80329398--80329509	27	4.2	26	88	5	143	35	23	24	16	1.95
80329398--80329509	54	2.1	54	88	3	163	35	23	24	16	1.95
80353969--80354125	43	3.7	43	75	7	142	31	22	17	28	1.97
80365735--80365937	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
80365669--80365937	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
80365901--80366046	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
80368932--80368978	16	3.0	15	82	17	60	21	2	6	70	1.20
80372966--80373012	19	2.5	19	89	6	69	19	21	14	44	1.86
80377648--80377774	64	2.0	64	92	0	209	30	17	14	37	1.89
80378105--80378355	87	2.9	88	88	2	380	27	23	21	27	1.99
80378133--80378359	44	5.2	44	66	7	156	28	22	22	26	1.99
80378373--80378665	133	2.2	134	82	3	340	29	16	24	29	1.97
80380773--80380813	15	2.5	17	88	11	59	21	0	2	75	0.92
80381205--80381441	127	1.9	127	80	4	282	26	16	19	36	1.93
80383091--80383145	10	5.6	10	72	12	51	0	14	7	78	0.96
80383145--80383178	16	2.2	15	89	5	50	23	5	0	70	1.09
80394205--80394263	28	2.1	29	84	9	77	54	3	13	28	1.55
80399509--80399636	57	2.2	59	76	8	138	33	19	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80400504--80400577	29	2.5	30	86	4	114	9	21	13	55	1.66
80401075--80401109	12	2.8	12	91	4	52	80	8	8	2	1.01
80406178--80406349	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
80406171--80406346	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
80409031--80409150	48	2.5	48	84	5	147	27	21	15	35	1.93
80410235--80410340	56	1.9	56	98	0	203	50	17	3	28	1.64
80413428--80413547	48	2.5	48	83	2	145	29	21	14	35	1.93
80416467--80416526	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
80418293--80418333	20	2.0	20	90	0	64	31	4	2	60	1.30
80419004--80419179	46	3.8	46	76	12	189	21	19	28	30	1.98
80421766--80421802	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
80424701--80424827	46	2.7	46	81	10	134	21	30	19	28	1.98
80427720--80427756	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
80428824--80428850	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
80443069--80443127	16	3.6	16	81	9	66	55	5	0	38	1.22
80447676--80447745	36	2.0	35	83	13	90	64	1	0	34	1.03
80447688--80447743	17	3.3	17	77	5	60	69	0	0	30	0.89
80452292--80452330	18	2.0	20	90	9	64	46	12	0	41	1.42
80453557--80453586	15	2.0	15	93	0	51	46	3	20	30	1.66
80457375--80457430	23	2.4	23	84	0	76	17	23	16	42	1.88
80460428--80460469	15	2.8	15	92	0	66	38	7	4	50	1.51
80464666--80464721	16	3.1	19	72	27	66	42	1	7	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80467480--80467521	21	2.0	21	100	0	84	33	23	14	28	1.94
80470433--80470484	26	2.0	26	85	7	70	42	19	21	17	1.89
80475834--80476094	133	1.9	136	82	9	329	26	18	28	26	1.98
80482758--80482815	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
80482823--80482887	26	2.5	27	80	14	75	50	0	1	47	1.10
80484243--80484358	58	2.0	61	86	8	168	42	3	2	51	1.32
80484248--80484378	58	2.2	61	81	10	155	42	3	3	50	1.36
80486376--80486434	22	2.9	19	76	11	55	74	6	10	8	1.22
80493600--80493629	11	2.7	11	100	0	60	20	20	36	23	1.95
80493634--80493910	50	5.5	50	91	0	428	35	15	22	27	1.94
80493890--80493948	31	1.9	31	96	0	109	28	18	25	27	1.98
80493903--80493994	46	2.0	46	86	0	130	26	21	23	28	1.99
80493950--80494018	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
80497129--80497157	5	5.8	5	100	0	58	58	20	0	20	1.39
80513056--80513232	27	6.5	27	83	3	104	30	27	15	26	1.96
80533335--80533363	15	1.9	15	100	0	58	27	0	17	55	1.42
80537002--80537129	48	2.8	45	76	8	148	27	16	28	27	1.97
80537002--80537174	94	1.8	94	83	0	229	27	17	27	27	1.98
80538055--80538123	30	2.3	30	100	0	138	14	28	39	17	1.89
80540126--80540178	19	2.9	18	76	13	54	50	11	20	16	1.76
80540298--80540349	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
80540282--80540435	67	2.3	67	97	0	290	31	22	27	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80540365--80540416	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
80540689--80541016	27	12.1	27	85	3	410	24	19	20	35	1.96
80540679--80541016	81	4.2	81	88	1	455	23	19	21	35	1.96
80541043--80541222	27	6.7	27	91	0	261	38	6	22	32	1.80
80541214--80541288	27	2.8	27	84	8	82	29	10	20	40	1.86
80543852--80544069	56	3.9	56	82	5	255	28	14	23	33	1.94
80543852--80544069	111	2.0	112	85	6	300	28	14	23	33	1.94
80545472--80545552	39	2.1	39	97	0	153	30	9	20	38	1.86
80550347--80550760	207	2.0	208	94	1	724	33	8	19	39	1.81
80557475--80557539	28	2.3	28	94	0	112	30	27	7	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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