genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83581373--83581425	27	2.0	27	88	7	81	32	16	18	32	1.94
83582879--83582905	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
83585598--83585725	46	2.8	46	87	5	172	28	29	19	21	1.98
83590769--83590937	92	1.8	92	88	5	261	28	29	19	21	1.98
83590760--83590930	45	3.7	46	75	16	167	29	29	18	22	1.97
83606814--83606954	41	3.5	40	80	5	133	24	22	27	25	2.00
83606815--83606916	40	2.5	41	85	4	127	25	21	28	24	1.99
83609120--83609163	18	2.4	18	92	0	70	27	15	25	31	1.96
83609229--83610080	438	1.9	437	85	3	1149	24	21	21	32	1.98
83614152--83614519	144	2.5	144	85	2	495	26	27	18	27	1.98
83614152--83614568	96	4.3	96	81	2	406	25	27	19	27	1.99
83614152--83614568	144	2.9	144	83	2	453	25	27	19	27	1.99
83614163--83614568	48	8.4	48	78	2	348	25	27	19	27	1.99
83616950--83616998	21	2.3	21	79	6	55	61	20	2	16	1.44
83618019--83618103	28	3.0	28	79	3	98	29	28	12	29	1.94
83624438--83624566	47	2.8	45	81	12	145	25	29	17	27	1.98
83624391--83624568	46	3.8	46	76	12	175	24	28	18	29	1.98
83631156--83631376	46	4.8	45	78	8	196	23	29	19	27	1.98
83631202--83631375	94	1.9	92	85	4	242	24	30	18	26	1.98
83643022--83643070	24	1.9	24	84	12	62	36	6	10	46	1.63
83648222--83648491	47	5.8	45	77	9	222	21	30	20	27	1.98
83648229--83648492	93	2.8	90	80	6	271	21	29	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83656686--83656711	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
83661671--83661714	22	2.0	23	86	13	65	38	6	0	54	1.27
83664457--83664629	49	3.6	47	75	6	159	25	28	19	26	1.98
83664690--83664777	46	1.9	46	88	0	131	28	29	13	28	1.94
83668909--83668941	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
83670477--83670512	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
83678700--83678837	49	2.8	49	80	4	161	23	26	20	28	1.99
83678856--83678979	48	2.6	48	89	0	185	24	23	19	33	1.97
83684393--83684975	47	12.3	47	93	2	841	27	28	9	33	1.88
83684468--83684589	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
83687732--83688048	40	7.9	40	87	0	393	25	27	21	25	2.00
83687732--83688048	120	2.6	120	87	1	438	25	27	21	25	2.00
83687863--83688086	40	5.6	41	89	4	187	24	28	22	25	1.99
83687745--83688086	80	4.3	80	84	2	278	24	27	22	25	2.00
83687732--83688086	120	3.0	120	84	2	394	25	27	21	25	2.00
83690376--83690451	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
83690348--83690880	47	11.3	47	89	3	770	28	29	8	33	1.87
83692308--83692427	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
83693338--83693373	14	2.6	14	95	4	65	27	0	19	52	1.46
83705093--83705146	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
83709940--83709964	11	2.3	11	100	0	50	24	0	20	56	1.43
83711360--83711485	29	4.4	28	85	3	162	33	25	11	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83711360--83711454	28	3.3	29	89	2	140	34	24	9	31	1.87
83711360--83711485	57	2.2	57	87	2	173	33	25	11	30	1.90
83724654--83724724	37	1.9	37	94	0	124	25	32	19	22	1.98
83724868--83725004	46	3.0	46	83	0	175	24	32	10	33	1.89
83725011--83725376	47	7.4	46	81	14	381	25	30	12	32	1.92
83725090--83725167	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
83725162--83725236	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
83725221--83725260	19	2.1	19	95	0	71	27	27	10	35	1.89
83725174--83725307	66	2.0	66	98	0	259	26	29	11	32	1.92
83725080--83725376	160	1.9	160	95	0	540	25	29	12	31	1.92
83725127--83725354	113	2.0	113	97	0	429	25	29	12	32	1.92
83725275--83725350	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
83729712--83729764	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
83731250--83731333	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
83733512--83733613	26	3.9	26	79	5	98	45	24	12	17	1.84
83738312--83738656	40	8.6	40	91	0	555	21	27	20	30	1.98
83746899--83747246	40	8.7	40	90	0	543	21	27	20	31	1.98
83758084--83758138	28	2.0	28	100	0	110	27	0	25	47	1.52
83763222--83763288	35	2.0	33	85	11	91	62	1	4	31	1.24
83766840--83766947	26	4.2	26	95	0	189	33	7	23	36	1.83
83768530--83768695	27	6.1	27	83	2	190	16	24	23	36	1.94
83768530--83768695	54	3.1	54	92	1	262	16	24	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83768530--83768695	81	2.0	81	87	4	237	16	24	23	36	1.94
83783058--83783101	16	2.7	16	82	10	54	81	0	11	6	0.86
83784777--83784841	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
83786682--83786789	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
83788847--83789022	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
83788844--83789015	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
83792232--83792270	15	2.7	15	92	4	62	35	2	5	56	1.35
83800704--83800735	16	2.0	16	93	0	55	46	6	9	37	1.61
83807164--83807273	57	1.9	57	81	7	134	25	18	21	34	1.96
83811151--83811190	16	2.5	16	100	0	80	30	5	25	40	1.77
83817580--83817643	31	2.1	31	100	0	128	42	21	3	32	1.69
83818379--83818462	25	3.4	25	70	6	71	34	16	25	23	1.95
83818479--83818637	25	6.4	25	70	10	85	37	21	22	18	1.94
83818534--83818581	23	2.1	23	88	0	69	33	16	25	25	1.96
83818574--83818648	26	2.9	26	82	4	89	38	22	21	17	1.93
83821455--83821504	19	2.5	20	83	3	66	28	12	4	56	1.54
83823789--83823820	13	2.5	13	100	0	64	46	0	0	53	1.00
83825403--83825587	55	3.4	52	77	12	160	21	23	18	36	1.95
83825389--83825596	53	3.9	54	78	6	206	22	24	17	36	1.95
83825575--83825696	47	2.6	47	94	0	208	24	25	13	36	1.93
83827661--83827769	54	2.0	54	100	0	218	44	5	23	26	1.75
83830968--83831028	25	2.5	24	78	10	61	19	29	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83833451--83833496	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
83846504--83846684	40	4.6	40	79	3	170	23	25	24	25	2.00
83857299--83857335	15	2.5	15	95	0	65	13	29	27	29	1.94
83857398--83857514	44	2.7	44	91	2	191	29	15	25	29	1.96
83868059--83868329	39	6.9	39	93	0	434	22	29	26	22	1.99
83881705--83881752	21	2.3	20	89	3	69	31	22	12	33	1.91
83896216--83896341	45	2.9	44	82	9	127	23	28	23	24	1.99
83897980--83898226	79	3.1	79	81	7	252	26	27	21	25	1.99
83898003--83898226	40	5.7	40	83	6	244	26	28	21	24	1.99
83898005--83898226	118	1.9	120	82	11	287	26	27	21	24	1.99
83906142--83906326	40	4.7	40	82	8	173	25	27	22	24	2.00
83906148--83906326	79	2.2	80	81	7	213	24	27	22	24	2.00
83912612--83912921	39	7.9	39	94	0	521	23	29	26	21	1.99
83914296--83914354	29	2.0	29	100	0	118	38	3	20	37	1.69
83919265--83919289	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
83920363--83920422	30	2.0	30	96	3	113	56	0	16	26	1.40
83927362--83927429	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
83927251--83927578	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
83927531--83927609	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
83929526--83929666	27	5.2	27	81	11	173	34	23	24	17	1.96
83929526--83929669	54	2.7	54	92	2	236	34	23	25	17	1.96
83931289--83931396	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83936647--83936805	27	5.9	27	80	10	173	33	22	25	19	1.97
83936647--83936808	54	3.0	54	89	4	231	33	22	25	19	1.97
83936647--83936800	81	1.9	80	84	6	204	33	21	24	20	1.97
83940325--83940418	38	2.5	38	92	0	152	27	27	14	29	1.96
83941761--83941813	26	2.1	25	86	10	72	15	26	22	35	1.93
83947477--83947512	15	2.3	16	85	4	56	41	0	0	58	0.98
83947477--83947516	13	2.8	15	81	11	57	45	0	0	55	0.99
83947524--83947579	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
83948868--83948987	43	2.8	43	82	5	127	27	17	26	28	1.98
83955212--83955370	43	3.7	44	76	7	130	24	16	26	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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