genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  39  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11320475--11320499	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
11320566--11320627	27	2.3	27	77	5	63	46	4	1	46	1.33
11339782--11340101	46	7.0	46	93	0	498	22	23	15	38	1.92
11342527--11342594	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
11344430--11344475	22	2.1	22	84	8	58	30	19	13	36	1.90
11344452--11344529	33	2.4	33	80	6	86	25	21	17	34	1.96
11352283--11352308	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
11356636--11356673	17	2.2	17	95	0	67	21	7	10	60	1.54
11368365--11368393	13	2.3	13	94	5	51	68	0	6	24	1.13
11379989--11380017	15	1.9	15	100	0	58	68	6	10	13	1.37
11381704--11381746	22	2.0	22	85	0	59	51	11	20	16	1.75
11386907--11386931	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
11386938--11386976	20	2.0	20	90	5	62	41	0	2	56	1.13
11386941--11386982	9	4.6	9	77	16	50	45	0	2	52	1.13
11386938--11386982	19	2.4	19	82	13	58	44	0	2	53	1.13
11392039--11392063	12	2.1	12	100	0	50	24	28	8	40	1.83
11399510--11399586	4	18.8	4	76	5	64	5	25	3	64	1.31
11405907--11406009	47	2.2	47	80	3	136	37	23	14	24	1.92
11406779--11406855	4	18.8	4	76	5	64	5	25	3	64	1.31
11417044--11417070	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
11417030--11417063	16	2.1	17	88	5	52	82	0	17	0	0.67
11417044--11417078	14	2.4	14	90	4	52	85	2	8	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11418713--11418756	20	2.2	20	87	0	61	29	2	27	40	1.68
11425875--11425924	16	3.1	17	80	8	59	42	0	0	58	0.98
11426051--11426104	26	2.1	27	83	10	69	46	0	7	46	1.31
11426060--11426109	17	3.1	16	77	13	57	44	0	6	50	1.26
11426187--11426247	32	1.9	32	90	9	99	40	0	9	49	1.36
11426197--11426271	31	2.4	31	82	10	82	42	0	9	48	1.35
11426691--11426741	21	2.4	21	96	0	93	37	0	21	41	1.54
11432981--11433162	26	7.2	26	86	1	237	29	21	20	28	1.98
11432981--11433162	52	3.6	52	92	2	300	29	21	20	28	1.98
11433945--11434024	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
11434082--11434534	27	16.7	27	75	8	161	33	9	18	38	1.83
11434167--11434414	54	4.6	53	75	7	196	30	8	20	40	1.82
11434167--11434348	81	2.3	80	86	3	258	31	9	18	40	1.82
11436143--11436221	7	11.7	7	72	5	56	41	39	0	18	1.51
11436143--11436222	28	3.0	27	78	8	83	41	40	0	18	1.51
11436453--11437163	141	5.1	141	87	2	943	33	23	16	26	1.96
11439870--11439911	13	3.2	13	83	12	59	21	33	30	14	1.93
11446045--11446146	28	3.6	28	80	5	116	26	18	31	23	1.98
11446045--11446171	56	2.3	56	88	0	182	27	20	29	22	1.99
11446072--11446171	28	3.6	28	79	0	119	29	21	27	23	1.99
11446249--11446343	32	3.0	32	88	0	136	34	10	26	28	1.89
11452266--11452367	28	3.6	28	81	5	116	27	17	31	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11452266--11452427	56	2.9	56	83	5	186	29	17	28	24	1.97
11452293--11452392	28	3.6	28	80	0	119	30	20	27	23	1.98
11452470--11452560	32	2.8	32	88	0	119	35	8	25	30	1.86
11456301--11456616	156	2.0	156	98	0	614	33	14	20	31	1.92
11462813--11462929	6	19.5	6	100	0	234	33	0	17	49	1.47
11466195--11466316	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
11466167--11466716	47	11.6	47	93	2	777	28	29	9	33	1.88
11468174--11468293	56	2.1	56	96	0	222	22	23	8	45	1.79
11474575--11474634	14	4.1	14	74	21	52	51	5	1	41	1.33
11475484--11475526	18	2.4	18	80	7	52	41	6	0	51	1.29
11475928--11475965	13	2.9	13	85	14	60	31	5	23	39	1.77
11477494--11477529	10	3.5	10	92	7	63	72	8	8	11	1.29
11477495--11477540	21	2.1	22	92	4	76	69	6	8	15	1.34
11477493--11477530	11	3.5	11	85	7	60	73	7	7	10	1.24
11477718--11477765	22	2.2	21	85	10	62	66	0	29	4	1.10
11478206--11478266	16	3.8	16	76	8	61	68	3	6	21	1.27
11478574--11478628	23	2.4	23	79	8	60	60	3	3	32	1.32
11478298--11478786	134	3.7	134	92	4	787	57	6	8	28	1.53
11478298--11478786	269	1.8	265	92	3	820	57	6	8	28	1.53
11478708--11478758	22	2.3	21	77	12	57	58	5	3	31	1.40
11478684--11478883	97	2.1	97	96	1	366	57	5	10	27	1.52
11478284--11478830	134	4.1	131	84	8	567	57	5	8	27	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11478417--11479350	366	2.6	366	95	1	1707	57	5	8	28	1.53
11478781--11479153	135	2.8	136	94	3	664	57	5	9	27	1.53
11479051--11479249	97	2.1	96	96	0	362	57	4	10	27	1.50
11478917--11479348	229	1.9	233	95	1	791	57	5	9	28	1.51
11481376--11481414	12	3.2	12	92	0	60	25	43	17	12	1.85
11485137--11485373	122	1.9	123	93	4	415	24	19	2	53	1.59
11485540--11485589	15	3.5	15	71	23	54	22	10	6	62	1.48
11485542--11485594	26	2.0	27	96	3	99	24	11	7	56	1.60
11487433--11488781	228	5.9	225	80	7	1052	30	21	23	24	1.99
11488109--11488140	16	2.0	16	100	0	64	25	6	37	31	1.81
11487889--11488595	244	3.0	243	81	8	835	29	20	24	25	1.99
11488125--11488781	227	2.9	226	82	6	772	30	19	24	24	1.98
11489821--11489863	19	2.4	18	84	7	52	0	25	2	72	0.97
11492884--11492988	26	4.0	26	92	0	183	33	7	24	34	1.84
11494585--11494725	27	5.2	27	80	11	164	20	24	21	33	1.97
11494582--11494725	54	2.7	54	90	2	218	20	24	22	33	1.97
11494585--11494743	81	2.0	80	81	8	189	21	24	20	33	1.97
11500979--11501086	26	4.2	26	90	0	171	33	8	23	35	1.85
11502668--11502808	27	5.2	26	74	11	115	18	21	22	37	1.94
11502668--11502808	54	2.6	54	82	5	178	18	21	22	37	1.94
11502668--11502826	27	5.9	26	79	10	97	19	22	21	37	1.95
11508002--11508319	3	105.3	3	65	17	74	59	3	8	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11508259--11508318	23	2.7	23	84	2	68	60	1	6	31	1.33
11508399--11508455	15	4.0	15	76	17	50	59	0	8	31	1.28
11508375--11508455	27	3.0	27	78	10	94	60	2	8	28	1.39
11508721--11508773	24	2.1	26	86	6	74	13	20	9	56	1.64
11508721--11508772	25	2.1	24	85	3	68	13	21	9	55	1.66
11508873--11508922	24	2.1	24	100	0	100	24	4	48	24	1.68
11509209--11509556	177	2.0	176	87	0	507	26	23	21	28	1.99
11509549--11509734	88	2.1	88	89	0	282	26	23	21	29	1.99
11509463--11509867	220	1.8	220	86	1	587	25	23	21	29	1.99
11509573--11509720	44	3.3	45	66	9	124	23	27	18	31	1.97
11509624--11511981	132	17.9	132	89	2	3221	26	24	19	29	1.98
11516435--11516481	19	2.5	20	86	6	62	48	12	17	21	1.79
11518360--11518690	3	109.7	3	68	15	132	62	2	6	28	1.34
11518550--11518680	35	3.8	35	74	10	110	62	2	5	29	1.29
11518544--11518633	38	2.4	38	79	3	101	66	3	2	27	1.19
11518584--11518680	23	4.3	22	75	11	74	61	2	5	30	1.29
11518619--11518690	29	2.7	27	85	8	85	62	0	8	29	1.24
11518736--11518791	21	2.6	22	77	8	62	64	0	8	26	1.23
11518766--11518800	18	1.9	18	88	0	52	74	0	2	22	0.95
11519081--11519133	25	2.1	25	82	10	63	13	18	9	58	1.61
11520730--11522312	228	6.9	228	80	4	1302	29	22	24	23	1.99
11520729--11522312	684	2.3	679	79	5	1587	29	22	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11520729--11522316	456	3.5	453	80	3	1519	29	22	24	23	1.99
11522424--11522606	87	2.1	87	95	1	330	31	16	16	34	1.92
11523729--11523762	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11526562--11526602	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11528508--11528541	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11528767--11528798	9	3.7	9	95	4	57	12	21	21	43	1.86
11530141--11530198	30	1.9	30	100	0	116	58	13	3	24	1.51
11530232--11530274	22	2.0	22	90	0	68	60	11	9	18	1.57
11536351--11536387	19	1.9	19	89	10	58	27	37	2	32	1.71
11537454--11537521	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316