genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  43  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12389488--12389524	14	2.6	14	91	0	56	21	0	37	40	1.54
12389664--12389713	23	2.2	23	82	3	57	26	4	26	44	1.72
12389700--12389798	50	2.0	51	84	6	130	21	4	35	39	1.72
12389765--12389824	14	4.2	14	81	12	77	18	3	31	46	1.65
12389765--12389827	21	3.0	21	83	2	81	17	3	34	44	1.65
12389769--12389827	7	8.3	7	81	3	64	16	3	37	42	1.66
12389964--12390000	13	2.7	14	87	8	58	43	2	5	48	1.40
12390057--12390096	19	2.1	19	90	0	62	75	2	2	20	1.04
12390359--12390406	18	2.6	18	78	15	53	27	33	0	39	1.57
12390526--12390564	20	2.0	20	94	0	69	17	10	12	58	1.61
12392904--12393474	104	5.4	105	95	1	968	34	5	3	56	1.40
12392904--12393474	209	2.7	209	94	2	975	34	5	3	56	1.40
12393264--12393304	13	3.4	12	78	21	50	29	0	4	65	1.13
12392904--12393474	313	1.8	318	93	3	1010	34	5	3	56	1.40
12393358--12393408	13	4.3	12	77	20	54	31	0	5	62	1.19
12393697--12393750	9	6.0	9	82	0	72	44	14	1	38	1.56
12393696--12393785	27	3.4	27	77	13	89	45	15	1	37	1.54
12398793--12398821	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
12399509--12399577	30	2.3	31	84	2	86	20	8	17	53	1.69
12403300--12403358	29	2.0	29	100	0	118	30	13	20	35	1.91
12408947--12409232	46	6.6	45	73	12	201	26	19	21	31	1.98
12408862--12409236	170	2.2	170	87	4	513	27	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12421171--12421222	12	4.2	12	76	13	52	17	1	32	48	1.58
12421196--12421224	13	2.2	13	100	0	58	17	0	27	55	1.42
12421357--12421393	13	2.7	14	87	8	58	43	2	5	48	1.40
12421447--12421486	19	2.1	19	90	0	62	75	2	2	20	1.04
12421738--12421785	18	2.6	18	78	15	53	27	33	0	39	1.57
12421900--12421938	20	2.0	20	94	0	69	17	10	12	58	1.61
12424596--12424636	13	3.4	12	78	21	50	29	0	4	65	1.13
12424243--12424701	103	4.4	103	90	6	698	34	5	3	55	1.40
12424924--12424977	9	6.0	9	82	0	72	44	14	1	38	1.56
12424923--12425010	27	3.3	27	80	12	85	46	15	1	36	1.54
12430010--12430038	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
12430734--12430802	30	2.3	31	84	2	86	20	8	17	53	1.69
12430811--12430992	43	4.3	43	81	5	217	26	27	17	28	1.98
12431323--12431363	20	2.0	21	85	4	57	43	0	0	56	0.99
12437764--12437794	11	2.7	11	95	5	53	35	0	3	61	1.12
12437848--12437991	78	1.9	77	88	5	222	54	5	6	34	1.49
12437858--12438009	75	2.0	77	82	8	186	53	9	4	32	1.53
12438512--12438548	17	2.1	19	90	10	60	43	8	40	8	1.64
12441002--12441026	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
12448937--12449025	7	12.3	7	74	19	76	62	5	1	30	1.25
12448937--12449025	15	6.1	14	76	17	76	62	5	1	30	1.25
12448917--12449013	44	2.3	42	94	3	167	60	8	2	28	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12452108--12452287	98	1.8	98	89	0	279	35	21	10	33	1.87
12453653--12453696	20	2.4	17	88	11	61	65	0	34	0	0.93
12456231--12456308	26	3.0	26	81	3	77	30	34	15	19	1.93
12457310--12457389	39	2.1	38	81	4	90	42	17	5	35	1.71
12462396--12462493	49	2.0	49	100	0	196	20	20	14	44	1.86
12464852--12464913	31	2.0	31	96	0	115	30	19	4	45	1.71
12464935--12464987	26	2.0	26	100	0	106	39	3	0	56	1.17
12468098--12468147	22	2.2	23	82	7	57	38	24	12	26	1.90
12472973--12473034	34	2.0	29	100	0	79	38	19	22	19	1.93
12480445--12480487	3	14.3	3	90	0	68	62	2	2	32	1.20
12480596--12480649	23	2.3	23	83	0	72	57	3	7	31	1.44
12480566--12480807	3	81.7	3	66	14	65	62	4	7	24	1.41
12481577--12481623	22	2.1	22	84	7	60	36	31	6	25	1.81
12482416--12483159	134	5.5	134	95	0	1276	29	22	20	27	1.98
12482526--12483120	46	13.3	46	64	12	184	30	23	19	27	1.98
12483237--12483818	44	13.2	43	77	7	517	29	26	17	27	1.97
12483285--12483818	132	4.0	132	94	0	933	29	26	17	27	1.97
12491151--12491196	3	15.3	3	90	0	74	63	2	2	32	1.19
12491275--12491517	3	81.7	3	66	15	58	62	4	7	25	1.42
12491306--12491359	23	2.3	23	83	0	72	57	3	7	31	1.44
12492305--12492369	23	2.9	23	95	2	114	35	32	4	27	1.77
12497745--12497777	17	1.9	17	93	0	57	72	6	0	21	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12506845--12506901	24	2.4	24	87	0	78	14	3	61	21	1.47
12506923--12506966	18	2.4	18	84	0	52	11	9	56	22	1.62
12506956--12507010	18	2.8	20	86	8	69	12	1	63	21	1.38
12506941--12507029	24	3.7	24	76	5	81	11	3	60	24	1.45
12507024--12507094	18	3.9	18	74	7	72	18	7	57	16	1.61
12507024--12507095	12	6.5	12	68	18	57	18	6	58	16	1.60
12507042--12507089	15	3.2	15	69	0	51	16	6	58	18	1.59
12507103--12507182	30	2.7	30	86	0	106	8	8	57	25	1.57
12508195--12508224	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
12513237--12513274	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
12513334--12513407	31	2.4	31	95	0	130	25	20	14	39	1.91
12513767--12513815	16	3.0	16	82	11	55	4	10	4	81	0.95
12519975--12520012	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
12520072--12520145	31	2.4	31	95	0	130	25	20	14	39	1.91
12520504--12520552	17	2.8	18	84	6	57	4	10	4	81	0.95
12526693--12526745	19	2.9	19	86	13	85	26	11	28	33	1.91
12526805--12526878	31	2.4	31	95	0	130	25	20	14	39	1.91
12527235--12527283	17	2.8	18	84	6	57	4	10	4	81	0.95
12527679--12527708	16	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
12527679--12527711	14	2.3	15	89	5	50	24	0	0	75	0.80
12533369--12533406	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
12533466--12533539	31	2.4	31	95	0	130	25	20	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12533898--12533938	18	2.2	19	86	4	57	2	7	4	85	0.81
12533908--12533946	18	2.2	18	86	4	53	5	10	5	79	1.04
12540108--12540164	19	3.0	19	100	0	114	26	10	31	31	1.90
12540224--12540297	31	2.4	31	95	0	130	25	20	14	39	1.91
12540656--12540704	17	2.8	18	84	6	57	4	10	4	81	0.95
12546873--12546910	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
12546970--12547043	31	2.4	31	95	0	130	25	20	14	39	1.91
12547403--12547451	17	2.8	18	84	6	57	4	10	4	81	0.95
12559361--12559393	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
12563795--12563828	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
12563792--12563828	11	3.5	11	92	7	67	81	0	0	18	0.70
12564488--12564572	39	2.2	40	85	4	120	40	21	20	18	1.92
12565061--12565095	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
12565022--12565100	22	3.6	22	71	8	54	24	0	29	46	1.53
12565076--12565123	25	1.9	25	87	8	71	18	0	41	39	1.51
12565180--12565214	7	4.9	7	93	6	61	17	0	40	42	1.49
12565180--12565214	15	2.4	14	95	4	61	17	0	40	42	1.49
12565314--12565345	14	2.3	14	94	0	55	25	0	25	50	1.50
12565376--12565423	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
12565371--12565420	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
12565415--12565452	14	2.7	14	84	8	51	23	2	42	31	1.68
12565397--12565451	28	2.0	28	85	0	74	20	1	41	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12572483--12572507	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
12573830--12573884	26	2.1	26	100	0	110	29	10	7	52	1.63
12574198--12574234	17	2.2	17	100	0	74	83	0	0	16	0.64
12574194--12574244	6	8.5	6	89	8	77	78	0	3	17	0.90
12574511--12574568	30	1.9	30	85	3	80	50	8	3	37	1.50
12575188--12575226	18	2.1	19	86	13	55	30	5	0	64	1.15
12575499--12575527	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
12576364--12576488	62	2.0	62	98	0	241	49	16	12	22	1.78
12576752--12576794	10	4.3	10	84	0	50	48	6	2	41	1.43
12577228--12577281	26	2.1	26	96	0	99	29	14	20	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316