genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66053284--66053500	40	5.5	40	84	6	255	24	28	23	23	1.99
66072177--66072254	24	3.0	25	78	14	95	38	15	20	25	1.92
66072170--66072266	28	3.6	28	78	13	105	37	14	21	26	1.92
66072290--66072436	51	2.9	51	93	2	251	31	14	26	27	1.95
66076267--66076464	80	2.5	81	90	3	301	27	19	17	35	1.94
66076266--66076464	27	7.4	27	81	3	240	28	19	17	35	1.94
66081427--66081604	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
66081428--66081583	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
66081424--66081604	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
66081509--66081615	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
66083254--66083326	28	2.4	32	73	20	82	35	24	17	21	1.95
66083261--66083321	28	2.2	28	87	0	86	34	26	18	21	1.96
66083472--66083528	29	2.0	28	83	6	71	38	24	21	15	1.92
66083663--66083833	27	6.3	27	77	0	162	26	19	18	36	1.94
66083663--66083833	81	2.1	81	84	0	216	26	19	18	36	1.94
66092488--66092517	15	2.0	15	93	0	51	20	6	16	56	1.62
66095732--66095785	28	1.9	28	92	0	90	24	38	18	18	1.93
66095988--66096056	30	2.3	30	94	0	129	21	33	23	21	1.97
66097107--66097189	43	1.9	43	87	0	121	28	31	16	22	1.96
66098662--66098917	40	6.5	40	88	5	353	24	28	23	23	2.00
66103135--66103250	24	4.4	27	79	15	145	34	14	25	25	1.94
66103135--66103250	52	2.2	52	93	0	196	34	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66103274--66103421	51	2.9	51	91	4	237	33	15	23	27	1.95
66105082--66105134	26	2.0	26	100	0	106	16	7	30	45	1.75
66105944--66105972	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
66106778--66106932	42	3.7	41	82	6	195	30	13	24	31	1.94
66106778--66106939	85	1.9	84	84	3	200	29	13	25	31	1.94
66108467--66108631	43	3.9	42	79	5	170	33	25	17	23	1.96
66112042--66112136	43	2.2	43	92	3	165	34	24	6	34	1.81
66113860--66113912	27	2.0	27	85	7	72	18	22	26	32	1.97
66133595--66133725	28	4.7	28	84	3	165	25	33	14	25	1.94
66137453--66137549	51	1.9	51	95	0	176	32	19	13	34	1.91
66145409--66145615	46	4.6	44	80	10	177	23	29	20	26	1.99
66145452--66145665	46	4.6	48	74	12	146	22	29	20	27	1.98
66148188--66148362	46	3.8	46	77	13	196	29	29	20	20	1.97
66148196--66148366	93	1.8	93	92	0	288	29	29	20	20	1.98
66149180--66149329	44	3.5	42	79	10	142	32	26	17	23	1.96
66160480--66160614	68	2.0	68	81	8	159	22	26	17	33	1.96
66161580--66161672	42	2.2	41	90	1	150	20	35	22	21	1.96
66165506--66165570	25	2.6	25	82	4	78	36	13	18	30	1.90
66165524--66165630	25	4.3	25	75	0	97	40	20	13	26	1.89
66169422--66169515	48	2.0	48	89	0	143	27	23	21	27	1.99
66171878--66172055	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
66171879--66172034	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66171875--66172055	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
66181179--66181333	42	3.7	42	80	3	159	32	23	14	29	1.94
66184005--66184041	19	2.0	18	89	5	56	24	16	40	18	1.90
66184116--66184198	28	3.0	28	87	5	107	26	15	31	26	1.96
66187445--66187497	16	3.3	16	73	7	54	13	22	16	47	1.82
66189788--66189964	27	6.6	27	82	4	178	26	15	27	30	1.96
66189789--66189943	82	1.9	80	85	5	213	26	15	27	30	1.96
66189785--66189964	82	2.2	80	81	3	209	26	15	27	30	1.96
66192836--66193063	40	5.7	40	96	0	411	21	27	20	31	1.98
66201789--66201965	27	6.6	27	82	4	178	26	15	27	30	1.96
66201790--66201944	82	1.9	80	85	5	213	26	15	27	30	1.96
66201786--66201965	82	2.2	80	81	3	209	26	15	27	30	1.96
66211656--66211810	42	3.7	42	77	3	159	29	22	15	32	1.95
66212260--66212627	73	5.0	73	77	5	341	27	21	14	36	1.92
66214995--66215058	32	2.0	32	100	0	128	56	15	6	21	1.62
66217168--66217206	12	3.2	12	85	7	53	74	2	7	15	1.15
66226318--66226366	26	2.0	25	84	8	64	32	18	22	26	1.97
66231707--66232052	184	1.9	183	91	0	566	28	20	10	40	1.86
66234218--66234267	23	2.2	23	89	7	75	42	14	20	24	1.88
66247137--66247170	17	2.0	17	100	0	68	35	0	17	47	1.48
66249717--66249777	32	1.9	32	93	0	104	44	8	8	39	1.64
66250316--66250357	16	2.6	17	77	11	52	38	0	7	54	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66255558--66255699	50	2.9	49	86	1	185	23	18	28	29	1.98
66262949--66263137	50	3.8	50	83	0	236	25	17	28	28	1.98
66262945--66263135	99	1.9	100	89	1	294	25	18	27	28	1.98
66264919--66264982	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
66265197--66265314	23	5.1	23	93	3	202	31	21	19	27	1.97
66265197--66265316	45	2.6	47	92	5	208	31	20	19	28	1.97
66265365--66265431	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
66265365--66265420	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
66265468--66265515	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
66267403--66267574	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
66284180--66284285	37	2.9	36	77	16	114	23	17	27	31	1.97
66292047--66292224	40	4.6	39	93	4	281	24	23	26	25	2.00
66292047--66292224	79	2.3	77	89	8	279	24	23	26	25	2.00
66300033--66300214	40	4.6	40	90	2	269	24	22	26	26	2.00
66307920--66307959	20	2.0	20	100	0	80	30	10	20	40	1.85
66316453--66316553	44	2.2	48	84	10	131	22	18	31	26	1.97
66321200--66321278	37	2.1	37	83	0	95	29	30	16	24	1.96
66321397--66321879	47	10.1	47	93	2	795	29	30	8	31	1.87
66321397--66321879	96	5.1	96	94	2	798	29	30	8	31	1.87
66321397--66321879	143	3.4	141	93	2	795	29	30	8	31	1.87
66325371--66325672	40	7.6	40	81	7	278	24	27	22	25	2.00
66325529--66325672	39	3.6	40	78	11	152	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66325982--66326060	29	2.7	29	78	5	88	27	30	15	26	1.96
66326063--66326096	16	2.1	16	94	0	59	35	35	11	17	1.87
66327970--66328048	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
66328166--66328553	47	8.1	47	92	2	616	29	30	8	31	1.87
66328166--66328553	96	4.1	95	92	3	620	29	30	8	31	1.87
66341357--66341458	44	2.3	44	94	0	186	31	23	15	29	1.95
66341593--66341644	26	2.0	26	85	7	70	44	15	3	36	1.65
66344759--66344871	43	2.6	44	79	8	135	33	24	17	23	1.96
66365374--66365421	20	2.3	21	86	10	64	35	22	0	41	1.54
66365654--66365770	44	2.7	43	76	8	123	33	25	17	23	1.96
66365612--66365770	43	3.7	42	76	9	144	33	24	17	24	1.96
66369961--66370112	67	2.3	66	82	4	175	29	15	31	23	1.95
66371936--66372000	32	2.0	32	96	0	121	20	24	29	26	1.99
66373684--66373760	27	2.9	26	84	5	93	35	19	18	27	1.95
66373754--66373843	27	3.3	27	76	7	92	40	24	6	28	1.80
66373769--66373847	27	2.9	26	83	3	95	41	24	6	27	1.79
66375520--66375691	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
66375522--66375744	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
66375520--66375744	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
66375676--66375753	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
66381160--66381331	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
66381162--66381384	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66381160--66381384	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
66381316--66381393	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
66383368--66383522	27	5.8	27	76	10	115	43	17	9	30	1.80
66383368--66383514	54	2.7	52	79	7	141	44	17	8	29	1.79
66383787--66383950	41	4.0	41	89	0	247	21	21	29	26	1.99
66384359--66384412	22	2.5	22	93	0	90	14	18	24	42	1.88
66385505--66385571	35	1.9	35	90	0	107	32	17	13	35	1.89
66387613--66387656	23	1.9	23	100	0	88	40	22	13	22	1.89
66397244--66397473	39	5.9	39	92	0	388	23	29	25	21	1.99
66402924--66403122	39	5.1	39	93	0	335	22	23	30	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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