genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99519168--99519220	24	2.2	25	86	10	74	54	0	5	39	1.24
99519510--99519539	12	2.5	12	94	0	51	56	0	10	33	1.32
99519532--99519567	15	2.5	14	86	4	54	66	2	0	30	1.06
99519647--99519710	24	2.7	24	78	2	67	46	4	9	39	1.57
99519742--99519768	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
99520525--99520582	26	2.2	26	84	9	73	75	1	15	6	1.09
99521765--99522041	75	3.7	73	84	8	355	32	20	17	28	1.96
99521765--99522196	148	2.8	152	86	6	563	33	20	16	29	1.95
99521949--99522130	87	2.1	88	87	3	260	39	16	15	28	1.90
99522040--99522196	74	2.2	72	90	3	251	35	19	15	29	1.92
99521874--99522189	161	2.0	162	92	0	526	34	19	16	29	1.93
99539955--99539993	20	1.9	20	84	5	51	71	7	5	15	1.26
99548900--99549139	130	1.8	131	83	4	315	32	15	9	42	1.79
99548923--99549388	126	3.7	123	77	8	368	31	15	10	42	1.80
99550580--99550619	21	1.9	21	84	0	53	45	0	2	52	1.14
99550930--99550972	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
99554528--99554598	37	1.9	37	88	0	106	18	16	12	52	1.75
99567238--99567320	35	2.4	35	85	0	103	36	19	15	28	1.93
99571767--99571917	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
99579282--99579432	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
99589430--99589454	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
99591665--99591704	20	2.0	20	100	0	80	55	25	5	15	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99593404--99593463	27	2.2	27	84	0	75	63	5	5	26	1.36
99593454--99593630	3	59.3	3	70	11	87	63	2	7	25	1.34
99595134--99595176	15	2.8	16	82	3	52	72	4	4	18	1.20
99597962--99598096	27	5.2	26	73	22	108	57	2	5	34	1.36
99597977--99598020	21	2.1	21	95	4	81	54	4	6	34	1.47
99597992--99598193	27	7.3	26	70	15	97	56	3	4	35	1.38
99598114--99598191	24	3.4	22	78	7	66	56	3	5	34	1.40
99598114--99598167	22	2.3	23	81	6	65	59	3	5	31	1.38
99598243--99598283	21	2.0	21	85	0	55	53	4	2	39	1.35
99598500--99598603	3	36.0	3	68	12	58	64	0	4	29	1.20
99598531--99598587	22	2.5	24	78	16	68	64	0	5	29	1.15
99598547--99598604	16	3.6	16	76	21	59	70	0	1	27	0.97
99600622--99600664	20	2.2	20	95	0	77	30	27	18	23	1.98
99601427--99601464	17	2.2	17	90	9	60	71	13	5	10	1.30
99613301--99613342	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
99613331--99613511	3	60.3	3	69	15	74	64	3	3	28	1.27
99613361--99613416	23	2.4	24	82	8	71	71	0	0	28	0.86
99613378--99613416	14	2.7	15	88	4	62	76	0	0	23	0.78
99613476--99613509	14	2.4	14	85	0	50	64	0	2	32	1.08
99614260--99614292	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
99614573--99614896	46	7.0	47	91	2	419	20	24	14	40	1.90
99614578--99614890	92	3.4	92	91	0	473	20	24	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99617685--99617734	24	2.1	24	92	0	82	24	4	48	24	1.68
99617713--99617780	30	2.3	30	86	0	91	20	0	45	33	1.52
99618068--99618376	133	2.3	133	85	5	408	28	22	19	30	1.98
99618415--99619229	85	9.6	85	88	3	1099	21	26	22	29	1.99
99618415--99619230	172	4.8	171	87	2	1137	21	26	22	29	1.99
99619338--99619474	40	3.3	40	66	18	100	16	20	23	39	1.92
99619094--99619483	87	4.6	84	82	4	351	20	21	22	36	1.95
99621352--99621385	9	3.8	9	88	11	52	5	2	0	91	0.51
99621352--99621384	17	1.9	17	93	0	57	6	3	0	90	0.52
99625823--99625864	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
99625853--99626049	3	65.7	3	71	12	104	64	3	3	28	1.25
99625900--99625938	14	2.7	15	88	4	62	76	0	0	23	0.78
99629418--99629457	21	1.9	21	94	0	71	22	10	7	60	1.54
99646005--99646079	37	2.0	37	92	0	123	40	14	14	30	1.86
99646786--99646824	19	2.1	19	85	9	53	58	2	15	23	1.49
99647528--99647810	18	15.3	18	70	12	117	37	14	11	36	1.83
99647519--99647810	36	7.9	36	68	12	153	37	14	11	36	1.82
99647529--99647810	54	5.1	55	72	12	157	37	14	11	36	1.83
99647609--99647810	72	2.8	70	80	6	201	37	15	11	35	1.83
99647927--99648029	47	2.2	47	85	0	143	39	22	20	17	1.92
99650795--99650870	24	3.2	23	83	10	91	18	13	30	38	1.89
99662367--99662574	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99662489--99662549	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
99662407--99662549	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
99662579--99662879	54	5.1	56	66	20	152	42	2	4	49	1.37
99662628--99662826	66	3.2	63	68	19	175	41	3	6	48	1.46
99662590--99662887	120	2.5	120	93	1	508	42	2	5	49	1.38
99662663--99662850	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
99662715--99662766	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
99662831--99662865	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
99663030--99663120	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
99663101--99663136	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
99665084--99665144	24	2.7	24	77	12	74	59	0	3	37	1.14
99665101--99665141	21	1.9	22	90	5	66	68	0	0	31	0.90
99666352--99666381	13	2.3	13	100	0	60	43	33	10	13	1.77
99674321--99674367	24	1.9	25	82	4	60	44	2	0	53	1.12
99676471--99676515	10	4.6	10	81	15	58	68	0	0	31	0.89
99676471--99676512	11	4.2	11	85	14	56	71	0	0	28	0.86
99688810--99688841	7	4.6	7	100	0	64	87	0	0	12	0.54
99692509--99692574	31	2.1	32	82	2	80	56	3	3	37	1.30
99697408--99697449	20	2.0	20	90	4	66	61	0	7	30	1.22
99701128--99701161	2	17.0	2	93	0	59	50	2	47	0	1.16
99706735--99706932	102	1.9	102	94	0	351	32	15	17	35	1.91
99711923--99712210	47	6.1	47	95	0	513	34	12	27	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99711923--99712250	47	7.0	47	91	2	301	33	11	28	26	1.92
99712234--99712406	46	3.8	46	92	0	283	34	9	31	23	1.88
99719725--99719776	26	2.0	25	85	10	70	59	1	1	36	1.19
99724298--99724339	19	2.2	19	91	0	66	14	19	33	33	1.91
99724478--99724538	28	2.1	29	85	8	81	60	4	3	31	1.34
99724495--99724629	18	8.0	16	69	22	73	62	4	4	28	1.34
99724506--99724597	48	1.9	48	82	12	118	63	5	4	27	1.36
99724468--99724614	66	2.2	67	84	4	190	61	4	6	27	1.40
99726258--99726288	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
99733073--99733562	245	2.0	245	92	1	813	35	20	15	29	1.93
99742732--99742796	27	2.4	27	89	7	96	53	0	3	43	1.16
99743235--99743300	24	2.7	24	79	9	71	40	12	3	43	1.57
99750373--99750426	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
99754833--99754857	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
99755115--99755155	19	2.2	20	86	8	59	21	0	0	78	0.76
99755123--99755162	20	2.1	19	85	4	53	22	0	5	72	1.04
99756597--99756630	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
99759755--99759788	7	4.9	7	100	0	68	0	29	26	44	1.55
99764576--99764638	14	4.5	14	73	15	51	33	0	3	63	1.10
99766389--99766790	46	8.7	46	91	0	545	41	13	22	22	1.89
99766966--99767026	25	2.4	25	91	0	95	59	3	16	21	1.51
99766978--99767030	25	2.1	25	100	0	106	60	3	16	18	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99767112--99767144	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
99773728--99773762	12	2.8	13	86	8	54	25	14	0	60	1.35
99774687--99774955	47	5.7	47	87	4	375	36	18	25	19	1.95
99774687--99774955	25	11.4	24	73	10	207	36	18	25	19	1.95
99774687--99774905	72	3.1	71	74	10	223	35	18	26	19	1.95
99779843--99779902	10	6.0	10	81	11	70	23	8	1	66	1.28
99780619--99780652	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
99781933--99781968	18	2.0	18	94	0	63	5	30	22	41	1.76
99790099--99790624	183	2.9	183	87	2	745	17	17	27	37	1.92
99792450--99792483	17	2.0	17	100	0	68	17	41	5	35	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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