genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25072074--25072240	46	3.6	46	90	1	255	41	11	25	20	1.86
25072339--25072368	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
25076147--25076227	29	2.8	30	81	9	96	27	32	16	24	1.96
25084202--25084275	29	2.6	29	89	4	105	25	32	16	25	1.96
25088596--25088809	46	4.7	46	84	6	242	39	12	27	21	1.88
25088602--25088779	89	2.0	90	87	5	261	37	13	28	20	1.90
25088609--25088805	89	2.2	89	83	6	252	39	13	27	20	1.89
25090030--25090072	23	1.9	22	86	13	61	16	2	51	30	1.57
25114993--25115025	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
25115321--25115487	46	3.6	46	90	1	246	21	24	12	41	1.88
25119897--25120103	53	3.8	53	74	5	200	37	18	23	21	1.94
25125211--25125293	43	1.9	43	90	0	130	16	25	31	26	1.97
25125584--25125618	14	2.5	14	90	0	61	37	14	17	31	1.89
25127371--25127636	41	6.6	41	92	0	430	34	21	24	19	1.96
25127638--25127768	46	2.7	47	80	5	138	45	30	3	19	1.68
25128604--25128628	6	4.2	6	100	0	50	0	48	0	52	1.00
25129267--25129319	7	7.6	7	100	0	106	60	0	13	26	1.33
25129266--25129326	14	4.4	14	93	0	86	63	0	11	24	1.27
25129448--25129502	30	2.0	26	86	13	74	72	0	7	20	1.07
25129533--25129577	22	2.0	22	91	0	72	55	17	17	8	1.67
25145591--25145644	5	10.8	5	100	0	108	61	0	0	38	0.96
25146728--25146754	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25151213--25151469	47	5.4	47	91	3	365	32	8	31	27	1.88
25151367--25151441	22	3.3	22	65	17	62	32	10	30	26	1.90
25164558--25164669	28	4.0	28	82	2	109	30	23	16	30	1.96
25172022--25172055	12	2.8	12	81	0	50	23	41	17	17	1.90
25183075--25183246	40	4.3	40	85	0	229	24	20	26	28	1.99
25187001--25187025	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25190377--25190512	40	3.4	42	77	9	131	31	26	13	28	1.94
25191722--25191753	11	2.9	11	95	0	55	34	6	18	40	1.76
25193162--25193414	68	3.9	63	77	12	192	29	16	30	23	1.97
25201812--25201994	78	2.3	78	84	1	233	27	19	20	32	1.97
25205217--25205242	12	2.2	12	100	0	52	34	23	19	23	1.96
25233982--25234057	6	12.3	6	73	15	66	47	14	19	18	1.83
25233987--25234057	25	2.8	25	89	0	106	46	15	19	18	1.84
25233982--25234086	31	3.6	30	78	16	112	48	13	18	20	1.80
25233987--25234075	25	3.3	25	77	17	97	46	14	19	20	1.84
25234971--25235524	27	20.3	27	83	3	572	24	21	19	34	1.97
25234990--25235524	81	6.5	82	84	6	638	24	21	20	34	1.97
25235113--25235183	35	2.0	35	86	5	99	25	30	14	29	1.94
25235545--25235902	27	13.3	27	82	4	373	31	9	19	39	1.83
25235455--25235902	81	5.5	81	79	5	379	30	10	19	39	1.85
25240344--25240422	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
25240540--25240939	47	8.5	47	90	1	593	29	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25240595--25240939	190	1.8	190	96	0	636	30	28	7	33	1.85
25255266--25255479	42	5.1	42	79	7	204	28	26	16	28	1.97
25258890--25258956	27	2.5	27	79	11	75	50	2	1	44	1.26
25266589--25266714	46	2.7	46	80	7	130	26	19	29	24	1.98
25274198--25274312	46	2.5	46	87	5	151	27	19	31	21	1.97
25275567--25275610	22	2.0	22	91	4	72	9	34	29	27	1.87
25282875--25282899	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
25288597--25288621	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
25293046--25293086	14	2.9	15	85	10	59	48	12	9	29	1.72
25293651--25293713	30	2.1	30	82	5	74	52	0	0	47	1.00
25301377--25301434	11	5.0	12	74	14	50	53	0	0	46	1.00
25307386--25307429	22	2.0	22	95	0	79	34	15	27	22	1.95
25312226--25312370	71	2.0	71	98	0	281	33	12	19	34	1.89
25312279--25313253	490	2.0	490	97	0	1844	37	8	21	32	1.83
25314272--25314314	13	3.3	13	83	9	52	72	0	11	16	1.13
25314268--25314314	17	2.7	18	86	6	69	72	0	10	17	1.12
25314280--25314314	9	4.0	9	88	7	54	71	0	11	17	1.14
25314357--25314390	4	8.2	4	87	6	50	70	0	29	0	0.87
25315877--25315937	22	2.7	22	72	20	54	47	3	19	29	1.65
25316046--25316156	45	2.5	45	83	0	150	25	18	13	42	1.87
25316381--25316457	18	4.3	18	78	1	66	35	10	15	38	1.82
25318527--25318611	34	2.5	34	90	3	127	25	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25323216--25323435	111	2.0	111	92	0	368	38	10	10	40	1.74
25323472--25323595	57	2.1	58	82	2	160	27	16	5	50	1.68
25326206--25326327	25	4.9	25	73	14	83	32	21	25	20	1.97
25326272--25326361	26	3.5	26	78	4	85	36	24	23	15	1.94
25332222--25332264	17	2.5	17	92	0	68	18	25	23	32	1.97
25333318--25333392	24	3.2	23	73	16	64	17	32	17	33	1.93
25333552--25333695	24	6.0	24	70	9	105	18	24	20	36	1.95
25335541--25335633	44	2.1	44	94	4	161	22	7	23	46	1.77
25335976--25336390	138	3.0	138	97	0	778	22	13	19	44	1.85
25338955--25339017	27	2.5	24	80	12	63	39	1	1	57	1.18
25339246--25339282	17	2.2	17	90	0	56	56	0	2	40	1.13
25339675--25339733	10	6.6	9	76	17	52	69	1	1	27	1.07
25339675--25339732	19	3.1	18	80	14	64	70	1	1	25	1.06
25339672--25339740	27	2.6	26	86	9	86	66	1	1	30	1.09
25339669--25339741	9	8.2	9	74	17	55	67	1	1	30	1.08
25340598--25340641	22	2.0	22	86	0	61	38	2	20	38	1.65
25341704--25341743	19	2.1	19	100	0	80	47	0	5	47	1.24
25341777--25341810	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
25344185--25344223	18	2.2	18	90	4	62	48	5	0	46	1.24
25349884--25349999	25	4.6	25	85	2	117	21	23	18	36	1.95
25349909--25350005	25	3.9	25	88	0	131	20	23	19	36	1.95
25349942--25350021	25	3.2	25	83	1	63	21	21	21	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25353129--25353210	25	3.2	26	78	13	82	20	20	21	36	1.95
25353244--25353307	24	2.7	23	79	11	67	17	23	23	35	1.95
25353255--25353310	24	2.3	24	84	6	69	17	25	21	35	1.95
25354600--25354624	12	2.1	12	100	0	50	40	8	24	28	1.83
25354690--25354728	20	2.0	20	89	0	60	23	2	17	56	1.53
25358397--25358447	15	3.4	15	82	15	61	50	5	1	41	1.37
25358830--25358873	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
25358852--25358902	16	3.2	16	72	22	54	45	0	0	54	0.99
25358893--25358934	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
25358897--25358933	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
25360265--25360359	40	2.4	40	87	3	129	35	23	20	21	1.96
25360227--25360394	40	4.3	40	79	8	123	33	23	20	23	1.97
25360287--25360706	152	2.7	153	83	4	497	29	22	20	27	1.98
25361034--25361078	14	3.2	14	78	12	56	26	0	24	48	1.51
25361194--25361235	7	6.0	7	81	10	50	14	0	50	35	1.43
25361194--25361235	13	3.0	14	79	10	50	14	0	50	35	1.43
25361146--25361235	21	4.3	21	72	13	80	16	1	46	35	1.55
25361635--25361693	14	4.1	15	79	12	63	20	0	32	47	1.50
25364690--25364721	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
25365398--25365475	31	2.5	31	85	2	93	14	6	19	60	1.55
25365565--25365727	43	3.8	44	83	4	190	26	30	15	26	1.96
25366284--25366328	18	2.4	19	88	11	74	46	26	0	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25366565--25366709	73	2.0	73	98	0	281	44	8	15	31	1.77
25370233--25370280	22	2.3	20	79	13	53	52	0	2	45	1.12
25373620--25373712	9	10.3	9	88	0	132	31	9	24	34	1.88
25373620--25373712	27	3.4	27	92	0	159	31	9	24	34	1.88
25374675--25374705	15	2.1	15	93	0	53	51	0	0	48	1.00
25374893--25374960	34	2.0	34	97	0	127	51	2	16	29	1.59
25378958--25379011	20	2.6	21	82	11	67	37	0	5	57	1.22
25378997--25379045	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
25379001--25379039	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
25378997--25379038	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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