genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23267107--23267143	17	2.2	17	90	0	56	35	5	0	59	1.20
23267108--23267184	39	2.0	38	82	9	95	32	3	2	61	1.28
23278812--23278844	15	2.1	16	88	5	50	21	18	0	60	1.36
23281179--23281226	17	2.8	17	100	0	96	43	6	27	22	1.77
23282841--23283008	46	3.6	45	75	15	164	30	28	20	20	1.98
23282846--23283016	93	1.8	93	89	2	272	29	28	21	20	1.98
23283437--23283496	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
23288001--23288050	17	2.9	17	70	21	50	64	10	0	26	1.25
23288280--23288347	19	3.5	20	80	11	72	64	1	1	32	1.11
23288285--23288373	19	4.6	20	71	23	66	60	1	3	34	1.20
23288300--23288347	20	2.7	18	87	12	64	66	2	0	31	1.03
23288297--23288335	15	2.7	14	80	7	51	64	2	0	33	1.08
23288296--23288347	21	2.4	21	84	15	63	67	1	0	30	1.02
23288323--23288399	16	5.0	16	69	12	54	61	5	2	31	1.32
23288431--23288470	21	1.9	21	94	0	71	65	0	7	27	1.20
23290156--23290868	119	6.0	118	90	2	1011	32	18	15	33	1.92
23290156--23290871	237	3.0	237	90	2	1096	31	18	15	33	1.93
23290156--23290853	356	2.0	360	88	1	1064	32	18	15	33	1.92
23302599--23302642	22	2.0	23	86	4	63	54	2	2	40	1.25
23302851--23302897	18	2.6	18	83	16	69	63	4	2	29	1.25
23302969--23303037	19	3.7	17	75	22	59	66	0	2	30	1.06
23302972--23303073	38	2.6	41	78	13	106	60	0	3	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23325520--23325587	17	4.1	17	67	19	54	63	0	1	35	1.04
23326051--23326131	35	2.3	36	95	2	146	35	14	12	37	1.84
23326051--23326139	17	4.9	19	86	10	134	35	15	11	37	1.84
23339550--23339602	24	2.3	23	80	3	61	39	7	5	47	1.56
23346959--23346992	13	2.6	13	100	0	68	50	11	32	5	1.63
23351875--23352047	51	3.5	51	74	13	182	29	13	28	28	1.94
23351814--23352092	96	2.9	96	88	3	400	30	14	25	29	1.95
23352012--23352131	45	2.7	45	85	2	143	31	18	25	25	1.97
23352892--23352935	21	2.3	19	84	11	54	6	18	2	72	1.17
23354619--23354673	27	2.1	26	83	12	69	27	1	7	63	1.31
23358162--23358246	30	2.9	30	84	13	122	48	0	5	45	1.26
23358346--23358383	5	7.6	5	82	11	51	44	0	0	55	0.99
23361073--23361133	19	3.0	21	85	9	63	37	18	9	34	1.83
23361085--23361146	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
23361269--23361297	7	4.3	7	95	4	51	13	0	0	86	0.58
23364798--23364840	19	2.3	19	84	8	52	51	11	4	32	1.59
23367010--23367311	89	3.4	89	68	12	276	19	22	23	34	1.97
23366923--23367659	178	4.2	178	77	10	887	20	21	23	34	1.96
23367280--23367833	43	12.7	43	65	15	165	20	20	22	35	1.96
23367234--23367481	130	1.9	129	86	3	354	20	21	22	35	1.96
23367102--23367855	352	2.1	353	99	0	1476	20	21	23	35	1.96
23382330--23382465	10	13.4	10	67	17	59	31	4	2	61	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23384135--23384163	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
23385631--23385948	111	2.8	116	79	7	351	16	18	16	47	1.83
23389324--23389420	49	2.0	49	83	6	124	39	11	10	39	1.75
23392670--23392694	13	1.9	13	100	0	50	4	0	8	88	0.64
23392661--23392711	20	2.6	19	84	12	59	9	1	9	78	1.04
23400119--23400171	18	3.0	17	83	8	54	83	3	5	7	0.92
23400133--23400171	9	4.2	9	80	6	51	84	2	7	5	0.84
23400119--23400178	16	3.8	16	77	18	63	80	5	6	8	1.03
23401190--23401360	64	2.8	61	87	3	236	31	17	13	37	1.89
23401559--23402008	176	2.5	175	75	11	452	28	20	23	27	1.99
23401954--23402732	176	4.4	176	85	3	977	30	17	23	28	1.97
23401670--23402254	308	1.9	308	86	4	840	29	18	24	27	1.98
23402390--23402489	43	2.3	45	78	5	123	31	18	23	28	1.97
23401986--23402732	348	2.1	347	87	3	1054	30	17	24	28	1.97
23406329--23406389	19	3.3	18	72	6	50	42	8	11	37	1.71
23407280--23407319	17	2.3	18	91	4	64	12	45	27	15	1.82
23407309--23407427	54	2.2	54	98	0	229	20	42	20	17	1.90
23416790--23416822	14	2.4	14	90	5	50	66	12	9	12	1.44
23419102--23419131	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23422244--23422281	20	1.9	20	88	0	58	39	47	2	10	1.52
23425808--23425843	18	2.0	18	100	0	72	22	16	11	50	1.77
23427336--23427453	40	3.0	40	92	0	191	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23431465--23431506	15	2.5	17	81	14	52	9	7	2	80	0.97
23431468--23431514	25	1.9	24	86	4	67	10	6	4	78	1.06
23431516--23431549	8	4.4	8	85	7	52	38	0	0	61	0.96
23432572--23432634	19	3.3	19	93	0	108	33	7	22	36	1.83
23432624--23432653	5	6.0	5	100	0	60	40	0	20	40	1.52
23439255--23439305	22	2.3	23	80	13	61	64	3	5	25	1.33
23439311--23439374	20	3.2	22	68	18	59	54	0	6	39	1.26
23439360--23439408	19	2.6	18	75	9	53	63	2	4	30	1.24
23439357--23439459	38	2.7	36	81	15	111	64	0	2	32	1.15
23439403--23439469	16	4.2	16	76	17	68	64	0	2	32	1.09
23439577--23439618	20	2.2	19	87	12	59	64	0	4	30	1.14
23441430--23441480	23	2.3	23	87	12	72	60	0	7	31	1.25
23443271--23443338	7	10.8	6	80	16	59	82	0	14	2	0.79
23444285--23444886	79	7.4	79	85	7	715	30	23	22	23	1.99
23444285--23444886	166	3.7	160	84	7	707	30	23	22	23	1.99
23444287--23444886	245	2.4	245	91	1	972	30	23	22	23	1.99
23444624--23444761	38	3.6	38	72	21	133	28	25	23	21	1.99
23444976--23445359	175	2.2	175	92	0	624	34	20	20	25	1.96
23445028--23445300	86	3.1	86	66	18	220	34	20	19	25	1.96
23445816--23445893	19	4.2	19	91	3	124	35	11	16	35	1.85
23445806--23445921	38	3.4	35	76	20	104	35	12	17	35	1.87
23445854--23445891	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23456386--23456563	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
23456386--23456563	54	3.3	55	82	3	200	29	27	15	27	1.96
23464480--23464657	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23464501--23464656	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23469774--23469842	10	7.4	9	79	11	68	30	0	4	65	1.12
23469797--23469845	17	2.8	18	84	6	64	28	0	0	71	0.86
23472529--23472598	31	2.3	31	97	0	131	24	32	37	5	1.79
23474298--23474344	23	2.0	23	95	0	85	29	27	12	29	1.93
23475500--23475731	85	2.7	85	87	2	324	31	20	19	28	1.97
23480577--23480624	25	2.0	25	95	4	89	16	20	18	43	1.88
23480688--23480832	26	5.8	26	69	11	81	18	26	20	34	1.96
23481397--23481519	61	2.0	61	98	0	237	37	18	18	25	1.94
23485165--23485189	13	1.9	13	100	0	50	8	24	40	28	1.83
23486637--23486696	30	2.0	30	96	0	111	28	26	15	30	1.96
23497143--23497167	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
23504112--23504177	29	2.2	30	86	2	89	43	4	4	46	1.44
23504263--23504297	16	2.2	16	100	0	70	54	11	5	28	1.59
23510681--23510847	42	4.0	42	83	2	201	32	26	13	27	1.93
23514776--23514821	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
23514783--23514827	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
23518693--23518727	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
23518830--23518874	24	1.9	24	86	4	65	4	22	15	57	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23526471--23526523	15	3.5	15	75	14	54	47	0	1	50	1.12
23526812--23526866	27	2.0	28	85	3	76	49	21	3	25	1.66
23527033--23527090	27	2.3	24	75	25	66	39	10	0	50	1.37
23527314--23527354	20	2.2	20	86	8	59	48	4	2	43	1.37
23546271--23546443	46	3.7	46	76	15	194	21	18	28	30	1.97
23546265--23546436	93	1.8	93	93	0	299	22	19	28	29	1.98
23548026--23548097	37	1.9	37	97	0	135	43	13	16	26	1.86
23549939--23549988	23	2.2	23	100	0	100	40	8	24	28	1.83
23552878--23552916	20	2.0	20	84	0	51	5	23	23	48	1.70
23553864--23553920	24	2.4	24	87	0	78	21	29	31	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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