genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77391953--77392165	108	2.0	108	96	0	390	41	20	6	31	1.77
77391960--77392165	54	3.8	54	92	0	349	42	20	5	31	1.76
77391960--77392263	81	3.8	81	80	3	281	41	21	6	30	1.79
77391960--77392247	27	10.7	26	77	8	220	40	21	7	30	1.80
77392277--77392495	27	8.1	27	83	5	257	36	15	20	27	1.93
77392923--77392987	22	3.0	21	80	6	67	21	20	21	36	1.95
77393146--77393247	27	3.8	27	84	5	125	18	22	21	37	1.94
77393384--77393472	6	14.3	6	71	19	67	19	17	14	48	1.81
77393384--77393488	31	3.4	31	81	5	115	19	17	14	49	1.79
77401955--77401979	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
77421884--77421961	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
77421914--77422242	175	1.9	174	96	0	604	30	14	24	30	1.95
77430053--77430130	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
77430083--77430410	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95
77443116--77443239	57	2.2	57	86	4	169	29	20	7	43	1.78
77447447--77447538	27	3.4	25	79	8	69	38	19	9	32	1.85
77447478--77447589	27	4.1	27	76	6	93	41	20	9	28	1.84
77447572--77447875	27	11.2	27	87	2	385	30	22	7	39	1.82
77447518--77447864	109	3.2	109	84	4	310	31	21	8	38	1.84
77447572--77447875	81	3.7	81	88	1	428	30	22	7	39	1.82
77448112--77448163	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
77448093--77448232	67	2.1	68	87	2	201	17	27	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77448200--77448259	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
77448381--77448475	25	3.6	25	75	15	91	20	21	12	46	1.83
77448378--77448510	31	4.5	30	78	11	141	21	19	12	46	1.82
77448378--77448518	6	22.8	6	68	16	74	21	19	12	46	1.82
77448378--77448504	56	2.3	56	97	0	236	21	20	11	46	1.82
77448409--77448500	25	3.4	25	78	16	112	21	22	9	45	1.81
77453925--77454165	25	9.6	25	88	0	349	25	17	12	45	1.82
77453925--77454165	50	4.8	50	92	0	392	25	17	12	45	1.82
77454086--77454149	12	5.2	12	70	7	56	23	15	12	48	1.79
77455990--77456152	25	6.6	25	89	1	247	26	16	9	47	1.78
77455994--77456138	12	11.7	13	66	12	63	28	14	9	47	1.75
77455991--77456138	74	2.0	74	94	0	260	27	15	9	47	1.76
77457978--77458141	25	6.6	25	91	0	256	26	17	9	46	1.78
77457989--77458127	12	11.2	12	66	7	71	26	15	10	47	1.77
77459970--77460133	25	6.6	25	91	0	256	26	17	9	46	1.78
77459981--77460119	12	11.2	12	66	7	71	26	15	10	47	1.77
77461960--77462122	25	6.6	25	91	1	256	26	17	9	46	1.79
77461960--77462122	74	2.2	75	92	2	274	26	17	9	46	1.79
77461960--77462135	99	1.8	96	87	0	208	27	16	10	46	1.79
77463949--77464112	25	6.6	25	91	0	256	26	17	9	46	1.78
77463960--77464098	12	11.2	12	66	7	71	26	15	10	47	1.77
77465940--77466124	97	1.9	98	93	3	320	25	17	9	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77465940--77466124	25	7.6	25	88	4	270	25	17	9	47	1.78
77467796--77467984	25	7.6	25	88	0	270	26	16	9	47	1.78
77468814--77468944	45	2.9	43	83	7	145	25	23	22	28	1.99
77473710--77473934	40	5.6	39	85	6	258	24	21	27	25	1.99
77481118--77481308	50	3.9	49	87	5	262	28	13	10	47	1.75
77481122--77481308	25	7.6	25	84	3	236	28	13	10	47	1.75
77482145--77482364	45	5.0	45	92	2	349	23	21	27	27	1.99
77483685--77483714	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
77487351--77487528	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77487372--77487527	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77493374--77493406	4	8.5	4	86	6	50	45	0	3	51	1.16
77493533--77493565	17	1.9	17	93	0	57	42	0	12	45	1.41
77496814--77496855	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
77497133--77497197	30	2.2	29	88	2	94	35	3	9	52	1.49
77500821--77500983	46	3.5	45	76	8	166	22	19	28	29	1.98
77503931--77504018	30	3.0	30	80	8	90	11	15	14	57	1.64
77503940--77504019	15	5.4	15	79	7	83	11	16	12	60	1.60
77508034--77508253	46	4.7	46	75	11	148	24	29	19	27	1.98
77510390--77510474	22	4.0	20	68	18	55	60	2	1	36	1.18
77510419--77510474	16	3.4	16	75	12	51	64	1	0	33	1.04
77510402--77510475	28	2.5	28	77	14	71	60	1	1	36	1.13
77512025--77512065	21	2.0	21	85	9	57	39	9	7	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77516003--77516058	27	2.1	27	89	0	85	37	17	16	28	1.91
77516173--77516206	17	1.9	18	94	5	61	11	41	32	14	1.82
77522275--77522367	42	2.2	42	84	3	116	33	26	11	27	1.92
77525430--77525465	16	2.2	16	95	0	63	36	16	25	22	1.94
77528933--77529041	57	1.9	57	94	0	191	36	18	6	38	1.76
77532188--77532341	42	3.7	42	76	6	159	31	23	14	31	1.94
77532188--77532340	84	1.8	84	82	1	191	31	23	14	30	1.94
77534135--77534212	35	2.2	35	97	0	147	61	7	17	12	1.54
77537433--77537679	40	6.2	40	85	3	277	26	28	22	23	1.99
77537456--77537638	79	2.3	80	89	0	269	26	27	22	22	1.99
77543746--77544009	118	2.2	121	85	5	360	25	27	23	24	2.00
77543727--77544009	40	7.1	40	86	6	362	24	27	22	24	2.00
77551891--77552110	117	1.9	119	84	7	306	24	28	22	24	2.00
77551889--77552110	77	2.8	80	82	9	251	24	28	22	24	1.99
77551870--77552110	40	6.1	39	85	7	285	24	28	22	24	2.00
77556936--77556974	18	2.2	18	86	9	53	66	0	7	25	1.18
77557708--77557748	17	2.4	17	83	0	55	46	17	17	19	1.85
77559492--77559588	27	3.6	27	87	2	131	25	14	29	29	1.95
77561355--77561490	57	2.4	57	80	4	141	34	16	19	30	1.93
77561870--77561898	14	2.1	14	100	0	58	34	13	20	31	1.92
77562656--77562754	30	3.3	30	95	0	171	18	20	36	25	1.95
77562697--77562746	15	3.3	15	72	10	57	14	14	38	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77566868--77566920	18	2.8	18	75	18	54	64	1	7	26	1.31
77576907--77576988	41	2.0	41	100	0	164	19	7	24	48	1.74
77578205--77578382	40	4.5	40	83	6	202	24	23	28	24	2.00
77584058--77584310	128	2.0	128	97	0	479	24	22	18	34	1.96
77586471--77586687	40	5.4	40	86	4	271	25	23	26	23	2.00
77591492--77591549	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
77591889--77592251	47	7.8	45	72	11	241	28	21	28	21	1.99
77591892--77592252	94	3.9	93	75	11	335	29	21	27	21	1.99
77608634--77608714	43	1.9	43	85	5	112	23	25	30	19	1.98
77617945--77618012	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
77618114--77618192	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
77629168--77629435	40	6.7	40	87	3	335	25	27	22	24	2.00
77629168--77629392	79	2.8	80	89	1	335	25	27	23	24	2.00
77629161--77629429	119	2.2	120	86	0	360	25	27	22	24	2.00
77632750--77632922	40	4.3	39	88	2	238	34	16	2	46	1.60
77632751--77632921	13	12.8	13	69	18	104	34	16	2	46	1.60
77632784--77632922	27	5.1	27	69	17	85	35	14	2	47	1.56
77651526--77651797	47	5.7	47	92	2	420	32	9	30	27	1.88
77651916--77652104	37	5.1	37	95	1	326	21	18	33	26	1.96
77651916--77652104	73	2.6	73	94	1	324	21	18	33	26	1.96
77666192--77666233	17	2.5	17	96	0	75	38	26	4	30	1.77
77670536--77670749	40	5.4	40	88	3	274	23	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77672413--77672555	25	5.7	25	72	14	98	30	13	22	34	1.92
77672410--77672617	50	4.1	50	78	4	195	30	13	23	31	1.94
77672561--77672619	26	2.3	26	87	0	82	30	18	23	27	1.98
77675397--77675596	38	5.3	38	88	0	283	30	24	22	22	1.99
77685653--77685737	27	3.1	27	91	0	125	34	15	22	28	1.94
77693129--77693222	27	3.5	27	91	0	143	34	20	22	23	1.97
77703676--77703770	40	2.4	40	98	0	181	29	30	20	20	1.97
77712082--77712206	40	3.4	35	80	17	123	31	32	17	19	1.95
77714786--77714842	25	2.3	25	81	3	71	45	15	10	28	1.79
77730718--77730780	25	2.4	26	77	17	67	61	1	3	33	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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